genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  122  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21997588--21997639	11	4.7	11	75	0	50	36	5	3	53	1.43
21997584--21997888	44	7.0	44	72	5	161	36	7	6	49	1.56
21997780--21997888	22	4.9	22	78	4	67	37	8	5	48	1.56
21997779--21997869	22	4.0	22	78	4	83	36	9	4	49	1.56
22005758--22005805	22	2.2	22	81	7	53	77	0	16	6	0.97
22011248--22011272	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22011447--22011585	21	6.7	21	71	7	86	35	6	10	47	1.64
22011452--22011574	63	2.0	63	80	6	142	31	7	12	48	1.68
22011727--22011767	21	2.0	21	90	4	66	36	7	0	56	1.27
22011878--22012010	44	3.0	44	76	6	126	39	13	5	41	1.67
22011893--22012020	22	5.8	22	73	0	103	39	11	6	42	1.67
22012018--22012124	22	4.9	22	68	11	67	34	7	12	45	1.69
22012147--22012355	22	9.4	22	69	8	91	38	11	5	44	1.64
22012193--22012354	44	3.6	44	72	4	153	40	9	5	43	1.61
22012183--22012355	91	1.9	91	93	0	301	39	10	5	43	1.63
22012249--22012302	25	2.2	25	82	0	63	38	7	3	50	1.48
22012380--22012553	22	7.9	22	68	17	78	38	6	5	50	1.50
22012387--22012525	46	3.0	46	72	17	128	37	5	5	51	1.48
22012971--22013077	10	11.1	10	71	11	89	34	1	10	53	1.46
22012971--22013039	5	14.2	5	77	6	61	36	2	11	49	1.54
22012976--22013080	33	3.2	33	79	0	102	34	1	9	54	1.44
22013041--22013102	3	21.7	3	82	15	69	32	0	3	64	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22012969--22013098	38	3.3	38	80	10	122	33	1	8	56	1.39
22013913--22013997	28	3.3	23	72	24	64	22	1	4	71	1.11
22013924--22013993	28	2.4	27	82	15	79	21	1	5	71	1.15
22018667--22018711	23	2.0	21	87	8	63	84	4	6	4	0.87
22019582--22019661	38	2.1	38	83	4	99	32	18	11	37	1.87
22019799--22019980	55	3.4	53	80	6	195	20	21	15	42	1.89
22019776--22019946	55	3.1	54	77	9	186	21	19	14	43	1.87
22020462--22020541	33	2.4	33	81	4	99	28	1	8	61	1.34
22020507--22020634	3	42.3	3	86	7	80	21	0	12	65	1.30
22020541--22020602	18	3.4	18	93	0	106	9	0	22	67	1.19
22020547--22020605	21	2.8	21	97	0	109	8	0	23	67	1.17
22021461--22021505	17	2.6	18	77	19	51	26	0	4	68	1.08
22022358--22022408	22	2.3	22	96	0	93	41	13	1	43	1.55
22022430--22022471	22	1.9	22	95	0	75	42	0	9	47	1.36
22022619--22022658	21	1.9	21	94	0	71	27	5	7	60	1.45
22022585--22022747	80	2.1	79	82	5	195	31	7	4	56	1.48
22022916--22022988	22	3.3	22	84	3	76	36	10	4	47	1.58
22022997--22023085	22	4.0	22	82	0	79	42	4	4	48	1.43
22022906--22023065	83	1.9	83	80	2	187	41	8	3	46	1.51
22023023--22023077	11	5.0	11	77	0	56	36	1	7	54	1.39
22023212--22023293	22	3.8	22	85	1	94	39	8	3	48	1.51
22023255--22023314	22	2.8	22	90	7	88	38	3	6	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22027130--22027169	20	2.0	20	85	9	55	52	2	7	37	1.43
22028934--22028980	6	7.8	6	83	9	60	23	0	0	76	0.78
22028938--22028980	11	3.6	11	84	9	50	23	0	0	76	0.78
22028938--22028985	23	2.0	23	88	4	69	25	2	0	72	0.95
22028939--22028980	17	2.5	17	100	0	84	23	0	0	76	0.79
22031101--22031155	25	2.2	25	80	0	65	36	12	10	40	1.79
22031112--22031167	25	2.2	25	96	0	103	32	8	12	46	1.73
22048427--22048468	21	2.0	21	90	9	68	23	11	16	47	1.80
22051433--22051465	15	2.2	15	94	0	57	39	6	18	36	1.75
22051460--22051491	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
22056788--22056819	16	2.0	16	100	0	64	37	0	18	43	1.51
22057381--22057410	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22059700--22059737	18	2.1	19	85	9	53	50	13	10	26	1.73
22061959--22061989	4	8.0	4	92	7	55	77	0	22	0	0.77
22062152--22062197	16	2.8	16	86	3	56	84	0	8	6	0.77
22062152--22062179	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
22071966--22074011	722	2.8	722	99	0	4038	30	24	13	31	1.93
22082897--22082943	24	2.0	24	95	0	85	61	6	23	8	1.48
22085432--22085474	21	2.0	22	95	4	79	60	20	0	18	1.36
22086262--22086290	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
22091548--22091587	19	2.1	19	90	0	62	15	0	12	72	1.12
22091993--22092038	23	2.1	23	84	15	62	34	0	4	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22092021--22092062	21	2.0	21	86	13	61	42	0	4	52	1.22
22092277--22092313	12	2.8	14	88	8	51	62	13	8	16	1.54
22096158--22096191	16	2.3	14	90	10	50	67	0	0	32	0.91
22117121--22117157	14	2.6	15	79	12	51	35	0	0	64	0.94
22117265--22117293	9	3.3	9	90	9	51	10	0	0	89	0.48
22117262--22117293	8	3.9	8	92	8	55	12	0	0	87	0.54
22117224--22117335	10	11.0	10	76	17	81	30	0	0	67	1.02
22121780--22121829	21	2.3	22	82	3	66	52	4	0	44	1.20
22121910--22121962	22	2.4	22	77	0	61	45	1	5	47	1.37
22121982--22122038	29	2.0	29	82	0	69	43	1	1	52	1.21
22128574--22128629	29	1.9	29	92	0	94	55	0	7	37	1.27
22140241--22140278	18	2.1	18	95	0	67	73	0	0	26	0.83
22140589--22140622	15	2.3	15	100	0	68	23	20	14	41	1.89
22143936--22144371	212	2.0	218	88	3	650	45	4	10	38	1.60
22145177--22145240	30	2.1	31	82	2	76	35	14	3	46	1.60
22145185--22145255	30	2.4	30	85	4	90	36	12	4	46	1.62
22153646--22153679	16	2.1	17	89	10	54	50	0	0	50	1.00
22154864--22154909	21	2.2	21	100	0	92	54	17	8	19	1.68
22162590--22162699	56	2.0	56	87	1	159	25	13	23	37	1.92
22163470--22163543	37	2.0	37	91	0	121	25	18	9	45	1.80
22163955--22163986	16	2.0	16	93	0	55	31	3	25	40	1.71
22164034--22164087	28	2.0	27	88	3	81	31	7	18	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22164700--22164761	32	1.9	32	90	6	99	19	1	14	64	1.37
22165470--22165526	27	2.1	27	84	12	73	52	1	10	35	1.46
22177053--22177086	14	2.4	14	90	0	50	52	2	0	44	1.16
22179782--22179809	11	2.5	11	100	0	56	67	0	0	32	0.91
22179967--22179991	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22180313--22180347	15	2.4	15	90	4	54	54	0	0	45	0.99
22182476--22182530	23	2.3	24	96	3	103	54	21	5	18	1.63
22184834--22184970	71	1.9	71	90	0	220	47	14	16	21	1.82
22190930--22190975	20	2.3	20	82	17	60	34	2	0	63	1.07
22198183--22198243	27	2.3	27	100	0	122	52	6	29	11	1.62
22198100--22198290	105	1.8	105	88	2	294	40	9	33	16	1.80
22203432--22203460	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
22203935--22204009	21	3.6	20	75	13	71	37	0	0	62	0.95
22204410--22204447	14	2.8	14	80	4	51	44	0	2	52	1.14
22204532--22204568	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
22204519--22204580	30	2.1	30	84	0	79	48	0	0	51	1.00
22204870--22205014	73	2.0	73	93	0	245	28	22	21	27	1.99
22213071--22213122	15	2.9	18	69	25	56	48	0	0	51	1.00
22213067--22213151	18	4.7	18	72	16	59	51	0	0	48	1.00
22215993--22216080	30	2.9	30	86	3	106	45	17	29	7	1.76
22216402--22216514	55	2.1	54	81	6	131	26	14	25	33	1.94
22217054--22217144	36	2.6	36	75	11	93	58	0	7	34	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22223625--22223676	22	2.4	22	93	3	88	69	7	5	17	1.33
22223932--22224463	289	1.8	288	86	2	762	37	13	14	35	1.85
22224663--22224713	21	2.5	21	96	3	95	49	0	0	50	1.00
22229637--22229671	14	2.8	12	84	16	52	42	2	0	54	1.15
22230958--22231008	23	2.3	22	83	12	61	45	0	0	54	0.99
22231654--22231709	26	2.1	27	84	15	73	55	3	3	37	1.35
22232131--22232160	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
22232341--22232368	1	28.0	1	100	0	56	0	0	100	0	0.00
22236670--22236754	31	2.8	30	70	19	77	45	0	1	52	1.08
22238161--22238225	23	2.8	24	72	9	71	66	3	1	29	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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