genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  11  of  131  ( 15626 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767882--2768165	34	8.4	34	74	5	164	30	18	13	38	1.89
2768032--2768160	17	7.7	16	67	12	71	27	22	13	36	1.91
2767900--2768164	68	3.9	68	77	4	232	30	19	12	37	1.89
2768205--2768250	15	2.9	15	93	6	74	30	10	13	45	1.77
2768378--2768701	85	3.8	84	80	6	341	19	19	15	45	1.85
2768571--2769019	160	2.8	159	82	2	510	21	17	13	47	1.81
2771673--2771715	19	2.2	19	88	12	61	65	0	0	34	0.93
2772367--2772487	59	2.1	59	82	0	143	36	18	10	34	1.85
2774389--2774465	39	2.0	39	89	5	120	12	1	63	22	1.36
2774392--2774477	39	2.2	39	85	2	118	17	1	59	22	1.44
2774740--2774777	20	2.0	20	89	5	60	34	0	5	60	1.19
2778467--2778503	6	6.2	6	90	0	56	21	0	48	29	1.50
2778466--2778501	18	2.0	18	94	0	63	25	0	47	27	1.52
2778851--2778892	21	2.0	21	90	0	66	26	45	2	26	1.66
2778847--2778902	18	2.9	18	75	14	58	28	39	3	28	1.73
2778871--2778972	33	3.0	33	83	8	125	35	29	3	31	1.76
2778872--2778971	18	5.7	18	64	19	59	35	30	4	31	1.76
2796312--2796337	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2798678--2798714	15	2.6	14	87	8	56	37	8	0	54	1.30
2800920--2800968	24	2.0	24	88	0	71	51	0	6	42	1.27
2801009--2801047	21	1.9	21	94	5	71	41	0	5	53	1.23
2815141--2815170	12	2.4	13	94	5	53	50	6	3	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817577--2817606	13	2.3	13	94	0	51	43	3	3	50	1.35
2817630--2817661	17	1.9	16	93	6	55	65	0	0	34	0.93
2817629--2817658	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
2821931--2821978	23	2.1	23	84	7	62	47	2	6	43	1.40
2832691--2832717	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
2834662--2834686	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2836087--2836123	18	2.0	18	89	5	56	32	0	0	67	0.91
2838713--2838751	16	2.4	17	91	4	62	28	0	2	69	1.02
2839338--2839370	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
2856073--2856106	14	2.4	14	90	0	59	55	0	2	41	1.15
2856166--2856210	16	2.6	17	82	10	65	55	8	13	22	1.65
2862702--2862751	26	1.9	26	91	0	82	32	12	2	54	1.49
2864058--2864106	24	2.0	24	92	0	80	46	10	2	40	1.49
2865065--2865104	21	1.9	21	84	0	53	37	0	0	62	0.95
2869769--2870216	222	2.0	219	96	1	824	38	12	16	32	1.86
2875252--2875285	15	2.3	15	95	5	61	88	0	11	0	0.52
2876107--2876164	15	4.0	15	73	15	50	41	1	0	56	1.09
2876111--2876171	17	3.3	18	72	17	54	36	1	0	62	1.05
2876106--2876164	27	2.2	27	84	3	75	42	1	0	55	1.09
2877480--2877509	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2882405--2882455	24	2.1	24	82	7	59	41	15	13	29	1.86
2883927--2884202	138	2.0	138	97	0	516	28	20	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2885654--2885740	36	2.4	36	76	0	84	29	19	9	41	1.82
2887298--2887341	20	2.2	20	87	4	61	36	6	0	56	1.26
2890024--2890057	17	2.0	18	88	11	54	50	0	0	50	1.00
2890024--2890098	16	4.8	16	73	15	50	45	1	0	53	1.08
2890035--2890098	23	2.8	23	79	11	69	45	1	0	53	1.10
2891235--2891265	16	1.9	16	93	0	53	35	3	0	61	1.12
2894047--2894093	21	2.3	21	78	10	53	53	2	0	44	1.12
2896469--2896507	17	2.3	17	86	8	53	48	5	0	46	1.24
2896516--2896637	40	3.1	40	78	12	112	50	3	0	45	1.23
2896566--2896613	15	3.3	15	75	16	55	45	0	2	52	1.12
2896893--2896936	22	2.0	22	86	0	61	34	9	6	50	1.61
2903229--2903267	19	2.1	19	100	0	78	20	10	12	56	1.65
2904051--2904077	8	3.4	8	100	0	54	0	11	0	88	0.50
2909011--2909479	234	2.0	234	100	0	938	43	11	3	41	1.58
2917253--2917396	31	4.7	31	75	13	113	45	0	0	53	1.05
2917227--2917386	62	2.5	61	79	16	155	47	0	1	51	1.08
2919872--2919911	20	1.9	22	85	10	57	37	2	0	60	1.11
2919872--2919931	25	2.6	23	77	17	61	40	1	0	58	1.08
2925938--2926018	39	2.1	39	88	0	117	49	11	11	28	1.72
2926102--2926255	79	1.9	80	80	3	177	33	10	20	35	1.86
2927451--2927488	14	2.7	15	88	8	53	55	0	0	44	0.99
2933648--2933686	18	2.2	18	90	4	62	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2934064--2934130	14	4.3	14	71	23	53	55	2	0	41	1.15
2934066--2934139	35	2.1	35	85	2	105	55	2	0	41	1.14
2934066--2934149	34	2.4	34	78	9	98	55	2	0	41	1.12
2934172--2934304	34	4.0	33	82	9	164	42	0	2	55	1.12
2934172--2934305	67	2.0	68	88	4	200	41	0	2	55	1.12
2937905--2945570	696	11.0	696	95	1	13418	38	14	27	20	1.91
2950062--2950097	19	2.0	17	89	10	54	55	0	0	44	0.99
2951876--2951903	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2959679--2959800	61	2.0	60	92	4	201	30	21	11	36	1.89
2961174--2961205	15	2.0	17	88	11	50	43	0	0	56	0.99
2962201--2962242	22	1.9	22	90	0	66	30	9	11	47	1.72
2968173--2968254	43	1.9	43	87	5	121	26	13	24	35	1.92
2968302--2968757	151	3.0	151	97	0	851	27	20	14	37	1.91
2971528--2971554	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2976594--2976636	21	2.0	21	100	0	86	44	4	9	41	1.57
2976594--2976692	21	4.7	22	78	14	75	39	6	14	40	1.70
2977175--2977786	41	14.9	41	80	3	407	23	12	16	47	1.81
2977176--2977825	123	5.3	122	79	5	540	23	12	16	47	1.80
2977176--2977827	82	7.9	82	80	6	545	24	12	16	47	1.80
2977218--2977827	165	3.7	162	80	6	473	24	12	16	46	1.81
2978545--2978872	172	1.9	172	80	11	386	45	8	7	39	1.61
2978964--2978990	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2990412--2990475	29	2.2	29	82	0	83	32	29	7	29	1.86
2995902--2995932	13	2.3	14	94	5	55	51	0	0	48	1.00
2998874--2998906	2	16.5	2	87	12	50	51	0	3	45	1.16
2999675--2999723	9	5.2	9	80	4	53	67	6	2	24	1.24
2999733--2999813	8	9.4	8	70	19	56	58	1	1	39	1.14
2999727--2999847	17	7.1	17	70	17	83	58	3	1	36	1.24
2999787--2999849	18	3.4	18	75	16	58	58	4	0	36	1.19
2999727--2999865	17	8.4	16	69	19	65	58	2	1	36	1.22
2999789--2999865	20	4.4	18	68	28	60	61	3	0	35	1.15
2999878--2999944	25	2.5	26	80	20	77	67	8	2	20	1.32
2999911--2999947	19	1.9	20	94	5	67	59	5	2	32	1.34
2999909--2999970	20	3.0	20	83	9	72	56	6	3	33	1.41
3000014--3000067	19	2.8	20	77	5	56	27	0	9	62	1.25
3000128--3000174	18	2.4	21	82	13	64	29	2	2	65	1.15
3000174--3000251	41	1.9	40	84	10	104	39	0	6	53	1.26
3000185--3000250	20	3.2	20	79	16	80	42	0	6	51	1.26
3000262--3000302	23	1.9	22	85	14	59	26	2	9	60	1.40
3000340--3000380	21	2.0	21	90	0	64	29	2	9	58	1.43
3000360--3000419	29	2.1	28	84	9	77	38	0	3	58	1.15
3000372--3000412	20	2.2	19	83	16	50	31	0	2	65	1.05
3000398--3000489	19	4.8	19	70	11	62	43	3	2	51	1.30
3007740--3007798	29	2.1	28	81	9	66	30	0	6	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3010149--3010194	23	2.0	23	86	0	65	47	15	6	30	1.70
3016178--3016206	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
3024253--3024313	31	2.0	31	100	0	122	49	4	26	19	1.69
3028616--3028645	15	1.9	16	93	6	53	73	0	13	13	1.10
3029299--3029333	18	1.9	18	88	0	52	11	17	20	51	1.75
3040269--3040390	61	2.0	61	93	0	208	36	26	5	31	1.80
3045412--3045450	18	2.1	19	85	4	53	41	0	10	48	1.37
3046292--3046345	19	2.9	19	81	10	60	42	0	1	55	1.10
3050782--3050820	14	2.9	14	88	3	53	41	0	0	58	0.98
3050763--3050817	24	2.3	23	77	20	58	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131