genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  34  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7710070--7710292	104	2.1	105	84	0	286	36	14	15	33	1.89
7710274--7710349	22	3.5	21	87	7	82	36	26	7	28	1.84
7712583--7712646	3	21.7	3	96	3	121	31	0	0	68	0.90
7712771--7712811	17	2.3	18	83	8	57	68	0	4	26	1.10
7712974--7713000	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
7715676--7715745	30	2.3	30	83	11	81	47	2	1	48	1.25
7716121--7716247	67	1.9	67	88	0	191	29	13	19	37	1.90
7720273--7720315	19	2.3	19	88	4	61	46	4	11	37	1.61
7720710--7720764	24	2.2	26	77	9	60	16	3	10	69	1.32
7720794--7721044	46	5.4	47	78	7	228	48	12	7	31	1.68
7720794--7721073	92	3.1	92	81	4	264	46	13	7	32	1.71
7721320--7721544	44	5.2	43	75	9	163	49	12	8	29	1.69
7721320--7721527	85	2.4	87	80	2	240	50	13	7	28	1.69
7721920--7721996	32	2.4	33	82	8	88	23	23	1	51	1.55
7721974--7722095	50	2.4	49	75	15	115	20	30	0	49	1.49
7722333--7722373	20	2.0	21	90	4	66	12	21	0	65	1.25
7722519--7722604	34	2.6	33	79	1	100	38	18	10	32	1.85
7722769--7722816	16	3.2	15	78	18	55	2	18	0	79	0.84
7722779--7722817	14	2.9	13	81	7	51	0	20	0	79	0.73
7722760--7722803	21	2.1	21	87	4	63	2	20	2	75	1.03
7725293--7725368	8	8.9	8	72	22	57	11	9	0	78	0.95
7725288--7725370	21	4.0	21	72	10	55	12	9	0	78	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7725918--7725961	19	2.3	19	88	4	61	6	13	4	75	1.17
7727716--7727813	48	2.0	48	92	0	160	35	8	19	36	1.82
7729162--7729194	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
7730780--7730806	13	2.1	13	100	0	54	7	0	40	51	1.30
7730772--7730814	22	2.0	22	86	9	61	13	0	37	48	1.43
7730753--7730852	29	3.4	29	74	12	87	19	0	31	50	1.48
7730747--7730814	21	3.1	21	76	15	59	16	0	32	51	1.45
7730753--7730852	30	3.4	31	78	8	100	19	0	31	50	1.48
7731200--7731250	26	1.9	27	84	11	70	19	3	7	68	1.30
7731285--7731353	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
7731409--7731447	20	1.9	21	89	5	62	23	20	28	28	1.99
7731641--7731686	23	2.0	23	86	4	65	58	17	2	21	1.49
7733131--7733171	20	2.2	19	80	16	50	19	0	14	65	1.26
7733610--7733634	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
7733633--7733689	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
7733886--7733941	14	3.9	14	79	9	67	55	26	0	17	1.43
7733817--7734073	61	4.3	60	73	9	204	43	31	2	21	1.67
7733831--7734073	30	8.1	30	76	5	199	44	30	2	22	1.67
7734866--7734944	38	2.1	38	100	0	158	36	12	5	45	1.64
7734871--7734932	19	3.3	19	65	17	56	40	11	6	41	1.66
7735965--7736012	24	2.0	24	100	0	96	20	12	8	58	1.60
7740565--7740613	19	2.7	18	81	6	62	83	2	6	8	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7740565--7740613	18	2.6	19	75	18	57	83	2	6	8	0.87
7740677--7741113	217	2.0	216	99	0	865	28	17	12	40	1.87
7742033--7742248	33	6.5	33	73	5	116	34	22	11	31	1.89
7742057--7742221	66	2.5	64	77	6	179	33	23	11	31	1.90
7742057--7742241	66	2.8	66	73	12	166	34	22	11	30	1.90
7742250--7742313	33	1.9	33	84	6	85	32	15	12	39	1.85
7742332--7742489	33	4.8	32	75	10	133	32	19	13	34	1.90
7742250--7742544	131	2.3	130	80	8	296	31	18	15	34	1.92
7742332--7742578	66	3.8	65	74	14	175	33	18	15	32	1.92
7742370--7742554	98	1.9	98	82	4	230	31	19	15	33	1.93
7742597--7742666	33	2.2	33	84	2	88	28	21	14	35	1.92
7742597--7742678	32	2.5	33	82	3	87	30	21	13	34	1.92
7742766--7742936	37	4.7	37	68	10	102	20	13	13	52	1.73
7742757--7743080	36	8.9	37	71	10	184	17	14	15	52	1.75
7742903--7743087	72	2.5	72	82	5	219	15	15	16	52	1.75
7744375--7744414	20	2.0	20	85	0	53	22	0	25	52	1.47
7744708--7744754	20	2.3	21	78	14	53	25	0	12	61	1.31
7744992--7745029	10	3.7	10	83	16	51	71	0	2	26	1.00
7744986--7745038	21	2.5	22	79	17	58	71	1	1	24	1.06
7745313--7745539	57	3.9	57	81	7	235	47	32	0	18	1.55
7745325--7745539	30	7.4	30	73	10	171	47	32	0	19	1.55
7745514--7745725	30	6.9	30	77	7	169	44	29	0	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7745514--7745725	91	2.3	91	82	6	241	44	29	0	25	1.60
7745537--7745721	61	3.0	61	77	9	146	45	26	1	26	1.60
7745685--7745740	30	1.9	28	82	13	69	42	35	0	21	1.53
7749961--7749989	11	2.7	11	94	5	51	17	3	6	72	1.21
7752703--7752746	22	2.0	21	82	4	52	34	2	2	61	1.21
7752756--7752827	29	2.4	30	78	15	71	48	4	1	45	1.30
7753723--7753771	20	2.5	20	93	0	80	51	6	14	28	1.66
7753773--7754202	216	2.0	215	80	7	478	52	6	10	30	1.60
7754854--7754904	18	2.8	17	79	5	57	64	5	1	27	1.27
7754420--7754946	214	2.4	218	77	6	541	52	5	9	31	1.58
7755014--7755082	20	3.6	20	81	9	74	59	0	4	36	1.17
7755093--7755135	20	2.2	20	84	12	54	62	4	9	23	1.44
7755257--7756087	215	3.9	214	74	8	695	51	5	10	32	1.58
7754535--7755851	711	1.8	713	79	6	1515	52	5	10	32	1.58
7755247--7756086	431	1.9	432	79	7	929	52	5	10	32	1.58
7758631--7758674	22	2.0	22	90	0	70	43	11	11	34	1.77
7762318--7762402	23	3.6	23	88	3	116	41	18	25	14	1.88
7762550--7762593	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
7762840--7762912	28	2.6	28	73	0	74	42	31	6	19	1.77
7764854--7764886	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
7768818--7768903	3	29.3	3	71	9	52	31	3	6	58	1.42
7769240--7769277	20	1.9	20	84	10	51	23	2	31	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7769686--7769733	22	2.4	19	86	10	60	16	2	4	77	1.03
7769682--7769748	35	1.9	33	82	14	82	16	2	4	76	1.08
7769678--7769761	32	2.6	31	77	17	75	15	3	4	76	1.10
7769890--7769941	24	2.1	26	89	7	81	61	9	0	28	1.27
7770057--7770081	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
7770644--7770702	20	2.9	20	76	11	57	13	13	6	66	1.44
7773597--7773761	77	2.1	77	81	7	183	60	12	14	12	1.59
7774025--7774116	47	1.9	48	84	2	123	78	3	10	7	1.07
7774095--7774126	13	2.4	14	85	15	50	84	0	15	0	0.63
7775591--7775685	32	3.0	32	72	13	81	16	22	13	47	1.82
7775986--7776028	13	3.3	13	80	0	50	39	0	4	55	1.20
7776036--7776091	12	4.5	12	82	14	53	35	0	1	62	1.06
7776049--7776179	3	44.3	3	78	8	99	32	5	3	58	1.39
7776514--7776551	20	1.9	20	88	0	58	28	5	26	39	1.78
7776668--7776753	31	2.7	31	78	1	100	29	3	17	50	1.63
7777188--7777236	24	2.0	26	88	8	75	61	10	0	28	1.29
7779611--7779644	12	2.8	12	90	0	50	55	0	0	44	0.99
7780011--7780050	13	3.0	13	88	3	53	75	20	5	0	0.99
7780011--7780040	14	2.2	14	94	5	53	76	16	6	0	0.99
7780012--7780049	20	1.9	19	89	5	58	73	21	5	0	1.02
7781138--7781224	16	5.2	16	75	9	77	49	34	1	14	1.52
7781142--7781228	32	2.6	35	77	17	103	44	37	1	16	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7781209--7781294	45	1.9	45	85	4	120	41	33	0	24	1.55
7781293--7781336	14	2.9	15	83	16	56	47	38	0	13	1.43
7781295--7781356	30	2.1	29	84	3	79	51	32	0	16	1.44
7782485--7782530	21	2.2	21	84	3	58	28	2	2	67	1.14
7788046--7788678	33	19.5	33	78	8	575	30	19	15	34	1.92
7788046--7788699	65	10.1	65	81	7	616	30	19	15	34	1.92
7788045--7788678	164	3.9	162	79	8	607	30	19	14	34	1.92
7789324--7789690	110	3.3	109	86	3	461	22	18	18	40	1.91
7789543--7789830	133	2.2	133	84	3	366	22	19	18	38	1.93
7789660--7789726	22	3.0	22	88	2	89	25	25	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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