genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  33  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7591491--7591515	12	2.1	12	100	0	50	8	8	8	76	1.18
7594566--7594735	23	8.0	22	69	20	103	48	1	1	48	1.22
7594527--7594647	48	2.8	44	82	14	130	52	0	0	46	1.12
7594519--7594666	18	7.7	19	72	16	101	51	2	0	45	1.17
7594551--7594640	23	3.8	24	78	14	98	48	1	1	48	1.15
7594527--7594652	15	8.5	15	69	19	68	52	0	0	46	1.11
7594515--7594665	41	3.4	43	75	15	121	51	1	0	45	1.17
7595766--7595799	13	2.6	13	90	0	59	35	8	0	55	1.31
7597878--7597920	5	9.6	5	90	10	51	65	0	34	0	0.93
7597879--7597911	16	2.0	17	88	5	50	63	0	36	0	0.95
7598237--7598281	2	22.5	2	88	0	54	55	2	2	40	1.24
7600708--7600752	2	22.5	2	95	0	81	51	0	0	48	1.00
7603489--7603550	21	3.0	21	80	0	79	38	0	3	58	1.15
7603531--7603591	21	2.9	22	70	22	58	34	4	6	54	1.48
7603541--7603583	20	2.2	20	84	16	54	34	6	6	51	1.56
7603479--7603591	42	2.7	41	74	9	97	37	3	5	53	1.41
7603566--7603605	21	1.9	21	85	10	55	30	7	7	55	1.56
7603559--7603665	20	5.3	21	69	15	57	34	7	11	46	1.68
7603911--7603968	10	6.1	10	82	9	52	29	0	5	65	1.14
7603916--7604040	16	7.9	16	68	23	79	31	0	4	64	1.15
7603913--7604040	3	41.3	3	71	20	70	31	0	4	64	1.14
7603915--7604041	48	2.6	49	75	15	129	30	0	4	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7604477--7604530	25	2.2	25	83	6	65	38	5	18	37	1.74
7605023--7605062	4	9.8	4	83	5	53	17	0	5	77	0.94
7605089--7605170	10	7.4	11	70	20	55	15	6	1	76	1.04
7605088--7605160	30	2.4	30	80	13	87	15	5	1	78	1.00
7605088--7605132	6	7.5	6	80	9	56	13	2	2	82	0.86
7605253--7605545	61	4.9	59	89	5	407	46	7	13	32	1.71
7605584--7605608	13	1.9	13	100	0	50	16	0	12	72	1.13
7613888--7613948	21	2.7	23	80	7	81	42	14	11	31	1.81
7614067--7614109	18	2.4	18	88	3	61	44	11	4	39	1.62
7614475--7614574	46	2.2	46	85	5	130	38	17	5	40	1.71
7614552--7614612	21	2.9	21	80	7	61	42	14	6	36	1.72
7615825--7615864	7	5.7	7	88	8	55	12	10	0	77	0.99
7616743--7616799	23	2.7	21	80	17	64	52	10	5	31	1.58
7626113--7626487	59	6.3	59	74	15	297	33	9	6	50	1.62
7626543--7626576	4	8.5	4	87	12	52	76	0	0	23	0.79
7626546--7626572	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
7626543--7626582	17	2.4	16	91	8	62	75	2	0	22	0.93
7627664--7627723	23	2.6	22	78	19	61	76	1	1	20	0.96
7628871--7628906	18	1.9	19	88	5	56	44	0	8	47	1.33
7632247--7632287	19	2.3	19	87	8	59	19	2	0	78	0.87
7632260--7632304	15	2.9	15	80	6	54	26	2	2	68	1.12
7634123--7634179	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7634339--7634372	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
7634371--7634407	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
7634477--7634511	18	1.9	18	88	0	52	60	5	8	25	1.49
7636681--7636732	10	5.4	9	78	17	52	5	0	11	82	0.82
7636766--7636944	46	3.9	47	75	10	154	42	12	8	35	1.75
7636753--7636960	46	4.5	45	73	8	134	44	12	8	34	1.73
7637010--7637109	34	2.9	35	80	5	116	44	18	16	22	1.87
7637343--7637798	31	14.4	31	76	8	267	32	18	16	32	1.94
7637652--7637798	67	2.3	66	85	5	194	35	22	12	29	1.91
7640975--7641045	19	3.7	19	74	18	67	0	16	4	78	0.90
7640990--7641052	25	2.6	23	79	16	65	0	17	3	79	0.86
7640981--7641047	30	2.3	29	74	7	73	0	16	4	79	0.90
7651817--7651982	84	2.0	84	80	2	190	29	13	17	39	1.88
7653485--7653776	145	2.0	145	96	0	539	43	8	10	37	1.71
7654681--7654711	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7660472--7660695	21	10.7	21	70	12	72	37	9	8	44	1.69
7660556--7660651	41	2.3	41	89	1	138	36	7	10	45	1.66
7660556--7660651	21	4.7	20	77	5	93	36	7	10	45	1.66
7660488--7660636	62	2.4	62	81	2	174	37	10	9	42	1.72
7660895--7661034	21	6.6	21	69	11	81	32	5	15	47	1.67
7660921--7661054	42	3.2	41	73	12	119	32	5	14	47	1.68
7661044--7661214	27	6.3	27	93	4	258	32	2	9	54	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7661056--7661191	10	14.7	10	64	32	56	33	3	8	54	1.49
7661065--7661144	17	4.5	17	65	20	56	32	2	11	53	1.50
7661036--7661214	81	2.2	81	91	2	288	33	3	8	54	1.48
7661190--7661300	21	5.4	21	76	12	104	32	6	12	48	1.66
7661522--7661611	42	2.1	42	81	4	101	38	4	8	47	1.55
7661522--7661611	21	4.3	20	78	13	83	38	4	8	47	1.55
7662137--7662374	21	11.4	21	72	7	126	36	6	9	47	1.63
7662148--7662328	84	2.2	84	80	4	195	37	6	9	46	1.62
7662364--7662422	27	2.2	27	87	0	91	32	5	8	54	1.53
7662536--7662606	21	3.4	21	77	11	65	26	5	15	52	1.65
7662651--7662705	11	5.2	11	80	8	51	34	1	5	58	1.32
7662638--7662706	10	6.7	10	70	16	52	37	4	4	53	1.41
7662678--7662731	27	2.0	27	88	0	81	38	3	5	51	1.43
7662620--7663026	21	19.1	21	69	10	101	36	7	9	46	1.63
7662843--7663026	42	4.4	40	76	8	145	34	3	11	50	1.55
7662843--7663026	63	2.9	62	72	5	163	34	3	11	50	1.55
7663008--7663079	27	2.7	26	82	8	74	33	4	5	56	1.41
7663055--7663141	21	4.2	21	85	2	113	36	3	4	55	1.38
7663777--7663886	30	3.8	30	75	9	93	37	12	5	44	1.66
7663801--7663891	29	3.1	29	78	7	103	35	13	5	46	1.66
7663791--7663895	30	3.5	29	79	5	111	38	12	5	43	1.66
7663926--7663997	29	2.5	29	76	13	76	62	5	2	29	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7665380--7665412	17	1.9	17	93	0	57	39	3	9	48	1.50
7666763--7666796	12	2.8	12	87	12	52	58	26	2	11	1.47
7667376--7667417	22	2.0	21	85	4	57	69	2	0	28	1.01
7670960--7670992	9	3.6	9	95	4	57	57	0	0	42	0.98
7673445--7673487	19	2.3	19	87	0	59	44	34	4	16	1.68
7673521--7673615	7	14.7	7	66	16	53	46	37	1	14	1.52
7673517--7673593	31	2.5	31	82	4	102	48	40	0	11	1.40
7673497--7673575	19	4.2	20	73	23	66	44	39	1	15	1.54
7673519--7673582	19	3.4	19	80	8	60	45	42	0	12	1.42
7673539--7673632	12	7.5	13	72	18	58	46	39	1	12	1.49
7674042--7674109	32	2.4	28	75	20	68	50	7	7	35	1.58
7675467--7675503	13	2.7	14	91	8	67	70	0	0	29	0.88
7675452--7675521	27	2.6	28	77	6	72	62	2	0	34	1.10
7676299--7676332	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
7678458--7678494	19	1.9	19	94	0	65	51	29	0	18	1.47
7679127--7679152	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
7679479--7679538	20	3.1	19	77	15	61	73	3	3	20	1.12
7679496--7679552	21	2.9	19	78	17	55	75	3	3	17	1.09
7681124--7681148	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7682377--7682406	16	1.9	15	93	6	51	20	0	3	76	0.92
7682418--7682469	24	2.2	24	86	6	70	76	9	9	3	1.12
7683404--7683443	10	3.9	10	93	3	62	22	0	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7683409--7683446	19	2.1	18	90	5	58	23	0	0	76	0.79
7683557--7683603	20	2.3	21	92	3	78	68	4	0	27	1.08
7683588--7683615	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
7695767--7696042	49	5.8	49	73	11	232	30	11	17	40	1.85
7695848--7696024	89	2.0	89	85	2	239	27	11	19	41	1.85
7697524--7697548	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7698648--7698685	18	2.2	17	90	9	60	13	2	5	78	1.02
7700224--7700256	7	4.9	7	92	7	59	24	0	0	75	0.80
7700224--7700256	13	2.4	14	95	5	59	24	0	0	75	0.80
7709877--7709947	33	2.2	33	84	5	90	40	18	8	32	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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