genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1817--1859	22	2.0	22	85	0	59	13	13	20	51	1.76
2269--2295	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
4541--4589	22	2.3	21	75	6	53	63	6	4	26	1.36
4943--5000	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
19982--20011	7	4.3	7	100	0	60	13	40	0	46	1.43
20007--20037	15	2.0	16	93	6	55	3	12	0	83	0.75
20852--20902	19	2.7	19	93	0	84	58	0	0	41	0.98
25989--26037	25	2.0	25	87	0	71	55	14	6	24	1.62
27261--27299	18	2.2	18	90	0	60	41	23	7	28	1.82
29552--29622	31	2.4	30	81	11	76	42	32	2	22	1.68
29623--29680	31	1.9	31	86	10	84	41	25	1	31	1.66
29706--29748	15	2.8	15	80	16	52	55	25	0	18	1.42
36103--36153	22	2.5	21	84	12	70	49	0	0	50	1.00
36103--36155	20	2.5	22	80	19	69	49	0	0	50	1.00
52176--52208	18	1.9	17	88	11	50	36	0	6	57	1.23
52223--54821	359	7.3	357	74	9	1114	41	9	8	41	1.66
52188--55073	181	16.1	179	74	8	1893	41	9	8	41	1.67
55037--55100	18	3.5	18	66	19	51	45	4	10	39	1.60
55036--55110	37	2.0	37	92	5	125	45	6	10	37	1.65
55079--55216	68	2.0	68	97	0	258	34	10	9	44	1.72
55202--55840	181	3.5	181	75	9	475	43	8	7	40	1.63
56170--56214	19	2.2	21	84	7	58	31	17	4	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55486--56292	448	1.8	448	85	4	1166	42	9	8	39	1.67
55876--59277	181	19.2	177	71	12	1346	42	9	7	39	1.67
57432--57478	21	2.1	22	88	7	69	38	8	0	53	1.32
57779--58100	164	2.0	164	80	8	361	42	10	8	38	1.70
58306--58667	192	1.9	192	81	5	446	45	9	5	38	1.61
59314--62982	181	20.5	178	76	8	2840	41	10	8	40	1.68
59314--63813	719	6.3	710	75	9	2961	41	10	8	40	1.69
60919--61228	164	1.9	165	83	3	401	42	11	7	39	1.69
63219--63264	17	2.6	17	86	10	58	43	2	2	52	1.25
63411--63814	181	2.2	181	78	6	408	37	11	10	40	1.76
63880--65919	181	11.4	178	76	8	1480	40	9	8	41	1.68
64081--65580	538	2.8	533	79	8	1495	40	10	8	40	1.70
65297--65330	17	1.9	17	88	5	50	47	8	8	35	1.66
63865--65647	720	2.5	719	79	5	1886	40	9	8	41	1.67
63865--65920	363	5.7	363	77	7	1625	40	9	8	41	1.68
66350--67428	181	6.0	182	78	7	877	38	8	10	42	1.70
66352--67450	539	2.0	539	80	6	1235	38	8	10	42	1.70
66469--67428	358	2.7	358	79	6	962	38	8	9	43	1.68
68596--68729	65	2.1	64	90	4	207	35	8	17	38	1.79
68835--68909	17	4.5	17	88	6	109	34	17	6	41	1.76
68835--68909	34	2.2	34	92	2	125	34	17	6	41	1.76
68869--68956	17	5.1	17	70	15	56	32	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68969--69001	17	1.9	17	93	0	57	33	18	15	33	1.92
69182--69243	18	3.5	18	80	4	72	27	9	20	41	1.84
69193--69244	17	3.0	17	83	5	68	25	7	23	44	1.79
69531--69834	43	7.0	43	88	3	439	24	15	17	43	1.87
71569--72901	353	3.7	354	78	7	1202	40	7	10	41	1.67
71569--72901	181	7.4	181	80	5	1137	40	7	10	41	1.67
73287--73343	24	2.4	22	76	23	62	57	1	1	38	1.19
73535--73960	182	2.4	181	78	6	409	38	7	11	43	1.68
74320--75194	182	4.9	172	75	11	486	41	8	9	41	1.66
74683--75541	180	4.8	179	77	7	690	41	7	9	41	1.66
74865--75543	181	3.8	181	77	5	455	41	7	9	41	1.66
74751--75414	181	3.7	180	78	5	473	41	8	9	41	1.67
75461--75627	91	1.9	92	85	7	236	46	8	10	34	1.69
75770--75817	18	2.8	16	81	9	51	47	6	6	39	1.54
75549--80647	181	28.5	180	75	7	3505	39	8	10	41	1.69
75549--80500	538	9.2	534	74	9	1834	39	8	10	41	1.69
77432--77470	20	2.0	20	85	9	55	38	5	2	53	1.37
75549--80647	361	14.3	359	75	7	3620	39	8	10	41	1.69
80644--83949	180	18.4	180	75	7	2354	40	8	9	42	1.67
80644--83910	361	9.1	357	75	8	2059	40	8	9	42	1.67
81615--86168	542	8.3	541	72	11	1534	40	8	9	42	1.67
83898--83992	43	2.2	43	96	0	172	37	8	9	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83982--86168	181	12.1	181	74	8	1533	39	8	9	42	1.68
83982--86168	361	6.1	353	73	9	1295	39	8	9	42	1.68
85914--86468	300	1.9	298	81	7	687	41	7	8	43	1.62
86303--86335	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
86199--94696	181	47.2	181	73	8	5223	40	8	10	41	1.69
86202--98082	358	33.1	355	72	11	5478	40	8	9	41	1.69
87624--92945	180	29.7	182	71	13	1406	39	8	10	41	1.69
89610--89648	18	2.1	17	86	13	51	35	10	2	51	1.50
92929--93002	33	2.2	34	88	7	107	43	5	13	37	1.67
92747--93157	213	1.9	213	82	3	515	41	8	9	39	1.69
92962--98068	544	9.5	535	73	12	2429	40	8	9	41	1.68
93647--94428	370	2.2	363	78	7	784	40	8	10	41	1.68
94684--94728	23	2.0	23	83	12	58	55	2	13	28	1.50
94832--95160	171	1.9	171	81	7	400	41	9	10	38	1.73
95003--96107	181	6.1	180	79	5	1068	41	7	9	41	1.65
86199--98082	539	22.1	540	74	10	5680	40	8	9	41	1.69
96146--97683	181	8.6	180	75	5	745	40	8	9	42	1.66
96310--98077	725	2.5	723	79	6	1738	40	8	9	41	1.68
98170--98238	6	11.5	6	83	9	79	20	1	1	76	0.94
98160--98291	48	2.8	47	76	8	124	19	6	1	72	1.13
98169--98238	11	5.9	11	82	14	86	21	1	1	75	0.96
98202--98285	17	5.2	17	72	21	65	21	3	1	73	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98315--98355	21	1.9	22	90	5	66	24	7	4	63	1.40
99215--99272	6	10.0	6	75	7	57	13	6	1	77	1.05
99215--99251	17	2.2	17	90	0	56	16	2	2	78	0.98
99294--99571	59	4.7	60	88	4	406	46	7	12	33	1.71
106221--106302	9	8.9	9	82	15	80	74	0	14	10	1.07
106223--106302	21	4.3	18	75	19	74	76	0	13	10	1.02
106237--106261	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
106221--106302	28	2.9	28	82	14	105	74	0	14	10	1.07
106222--106301	27	2.9	27	81	10	90	75	0	15	10	1.05
107400--107452	20	2.7	20	91	5	81	88	7	1	1	0.65
107400--107452	9	5.4	9	80	14	61	88	7	1	1	0.65
107400--107452	1	53.0	1	76	0	52	88	7	1	1	0.65
107601--107634	16	2.1	16	88	0	50	0	17	0	82	0.67
107637--107694	6	9.5	6	79	7	64	20	1	1	75	0.97
108719--108784	10	6.2	10	70	19	53	22	1	4	71	1.13
108698--108742	4	11.8	4	81	9	58	20	0	2	77	0.87
108801--109138	117	2.8	119	91	5	542	44	7	13	34	1.72
108800--109138	59	5.7	58	91	3	502	44	7	12	34	1.72
110168--115575	181	30.1	181	76	7	4002	39	8	10	42	1.68
110004--132991	539	42.3	536	68	14	6148	39	8	10	41	1.69
115601--116556	179	5.4	181	78	5	820	41	7	10	40	1.68
115657--116556	357	2.5	355	79	6	919	40	8	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116593--117968	181	7.7	178	73	8	904	40	8	9	41	1.68
117921--118003	35	2.4	35	91	0	130	43	9	9	37	1.70
117948--118002	18	3.1	18	71	12	51	43	10	9	36	1.72
117749--118185	214	2.0	214	80	5	497	40	8	8	42	1.65
118957--119037	40	2.0	40	97	0	153	34	11	9	44	1.73
119001--123124	181	23.0	180	76	6	2962	39	8	10	41	1.69
119791--119842	18	2.9	19	69	16	56	46	7	9	36	1.66
119001--132991	362	38.8	361	70	12	5157	39	8	10	41	1.69
119001--133010	719	19.7	714	72	11	6243	39	8	10	41	1.69
123912--133011	181	51.1	180	73	9	5064	40	8	9	41	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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