genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  35  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7789433--7790133	243	3.0	236	81	9	762	22	19	18	40	1.92
7789676--7790137	110	4.2	110	84	4	574	22	19	19	38	1.93
7789324--7790055	353	2.1	351	84	3	952	22	19	18	39	1.92
7790012--7790055	22	2.0	22	86	0	61	27	25	18	29	1.98
7789676--7790137	219	2.1	220	86	2	635	22	19	19	38	1.93
7790034--7790203	88	1.9	88	83	2	216	24	20	15	38	1.92
7790354--7790387	12	2.8	12	90	0	50	55	0	0	44	0.99
7790414--7790454	8	5.1	8	84	0	55	85	4	2	7	0.81
7790414--7790462	24	2.0	24	88	0	71	83	4	6	6	0.90
7790416--7790464	8	6.1	8	82	0	53	83	6	6	4	0.90
7791012--7791060	22	2.2	22	89	7	73	77	12	4	6	1.09
7791015--7791054	13	3.1	13	88	0	53	80	15	2	2	0.93
7791101--7791147	24	2.0	24	83	8	60	21	59	12	6	1.55
7791947--7792004	14	3.9	15	78	10	66	32	43	22	1	1.64
7791944--7792039	30	3.2	30	90	0	138	32	39	23	4	1.74
7794058--7794293	112	2.1	114	83	10	297	33	20	15	30	1.94
7800489--7800513	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
7802724--7802897	95	1.8	95	86	0	249	34	18	15	31	1.92
7810694--7810809	54	2.1	54	83	0	142	34	17	25	23	1.96
7810708--7810841	54	2.5	54	76	4	128	30	17	27	24	1.97
7819308--7819351	22	2.0	22	81	0	52	54	2	0	43	1.12
7821224--7821290	25	2.9	24	80	10	86	40	7	11	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7821251--7821316	14	4.9	14	68	15	50	40	9	15	34	1.78
7821341--7821428	45	1.9	46	86	2	124	34	13	18	34	1.90
7821362--7821431	23	3.1	23	68	2	61	31	12	15	40	1.85
7821829--7822207	87	4.4	86	83	4	424	25	14	16	43	1.85
7821829--7822210	43	8.8	43	84	2	417	25	14	17	43	1.86
7822549--7822605	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
7823342--7823397	24	2.3	24	96	0	103	17	10	33	37	1.85
7823430--7823473	21	2.1	21	83	8	54	27	0	4	68	1.09
7827956--7828001	20	2.3	20	88	0	65	13	0	65	21	1.26
7827975--7828068	39	2.4	39	92	0	152	13	0	62	23	1.31
7828581--7828629	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
7830691--7830724	13	2.5	14	90	4	52	52	0	0	47	1.00
7832399--7832525	18	7.1	18	68	16	93	33	32	4	29	1.78
7832396--7832464	21	3.4	20	73	15	70	31	33	4	30	1.77
7832906--7832933	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
7835405--7835857	81	5.7	80	81	5	436	42	18	14	25	1.87
7835405--7835857	40	11.3	40	77	5	385	42	18	14	25	1.87
7835461--7835857	121	3.3	120	81	6	444	42	18	13	25	1.87
7836035--7836219	40	4.6	39	81	4	190	44	17	12	24	1.84
7835674--7836479	360	2.2	360	87	1	1161	39	17	14	28	1.89
7836035--7836220	81	2.3	81	79	2	223	44	17	12	24	1.84
7836609--7836880	40	7.2	40	71	14	173	41	16	12	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7836751--7836840	39	2.3	40	86	1	119	47	16	7	27	1.74
7836374--7836881	113	4.5	113	77	6	468	43	17	12	26	1.85
7840332--7840362	8	3.8	8	91	8	53	83	0	0	16	0.64
7841549--7841583	10	3.4	10	84	7	52	77	0	0	22	0.78
7841552--7841584	11	3.1	11	82	8	50	75	0	0	24	0.80
7849818--7849867	13	4.1	13	77	10	52	66	6	2	26	1.26
7853848--7853941	48	2.0	48	87	8	138	50	9	11	28	1.70
7854234--7854269	14	2.6	14	86	0	54	44	16	0	38	1.48
7855030--7855141	27	4.1	26	75	14	91	33	3	11	51	1.55
7855046--7855141	27	3.5	27	76	16	106	31	4	11	53	1.56
7856769--7856802	17	2.0	17	88	11	52	58	8	5	26	1.51
7856725--7856854	41	3.0	41	87	5	161	53	10	3	31	1.53
7856876--7856916	18	2.3	18	77	22	50	48	12	7	31	1.68
7856879--7856916	20	2.0	18	90	10	58	47	10	7	34	1.67
7857544--7857573	12	2.5	12	94	0	51	70	13	0	16	1.18
7859356--7859417	15	4.0	15	72	15	54	54	4	0	40	1.22
7864580--7864645	28	2.3	29	82	10	82	56	0	3	40	1.15
7864586--7864644	27	2.3	26	78	16	68	54	0	3	42	1.17
7865199--7865248	18	2.6	19	84	15	68	62	0	0	38	0.96
7867702--7867727	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
7867690--7867751	33	1.9	32	83	9	81	51	0	1	46	1.10
7871235--7871282	19	2.3	20	79	13	53	52	2	6	39	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7873191--7873221	11	2.8	11	95	0	53	0	9	0	90	0.46
7873191--7873222	12	2.5	13	95	5	57	0	9	0	90	0.45
7874718--7874778	20	3.0	20	80	2	68	52	1	0	45	1.10
7874725--7874827	43	2.3	44	81	9	120	51	2	2	42	1.31
7874871--7874934	15	4.3	15	75	11	51	40	1	4	53	1.31
7879596--7879674	40	2.0	40	90	2	124	44	5	7	43	1.54
7880430--7880477	23	2.1	23	88	0	69	39	20	12	27	1.89
7887693--7887749	25	2.3	24	77	14	62	21	0	5	73	1.02
7887709--7887742	8	4.1	8	85	7	50	26	0	0	73	0.83
7889983--7890035	21	2.5	21	75	6	54	30	3	18	47	1.67
7890076--7890156	33	2.4	33	85	6	101	40	14	6	38	1.71
7890076--7890136	16	3.7	17	75	20	67	42	14	4	37	1.68
7890077--7890219	16	8.6	17	71	13	66	37	11	12	38	1.79
7892454--7892499	21	2.2	21	84	3	58	28	2	2	67	1.14
7898006--7898644	33	19.5	33	75	9	465	31	19	14	34	1.92
7898007--7898644	131	4.9	131	80	7	508	31	19	14	34	1.92
7898007--7898644	98	6.5	97	78	6	531	31	19	14	34	1.92
7898007--7898644	65	9.7	66	80	6	550	31	19	14	34	1.92
7899292--7899659	110	3.3	110	83	1	425	23	18	17	39	1.92
7899628--7899694	22	3.0	22	86	2	80	23	20	20	34	1.97
7899511--7899798	133	2.2	133	84	1	364	22	19	18	39	1.92
7899401--7899891	243	2.0	243	85	0	669	22	18	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7899644--7900094	110	4.1	109	82	2	537	21	19	18	39	1.92
7899292--7900010	353	2.0	351	85	2	958	22	19	18	39	1.92
7899980--7900022	22	2.0	22	85	0	59	27	23	18	30	1.98
7899644--7900094	219	2.1	220	84	2	575	21	19	18	39	1.92
7900002--7900167	88	1.9	88	83	0	215	23	19	16	40	1.91
7900324--7900357	12	2.8	12	90	0	50	55	0	0	44	0.99
7901425--7901460	12	3.0	12	83	0	54	22	0	2	75	0.94
7901872--7901973	33	3.1	33	84	6	127	45	32	0	21	1.59
7901876--7901930	17	3.3	17	68	14	51	50	23	0	25	1.49
7901872--7901990	33	3.6	34	81	13	122	45	33	0	20	1.57
7902007--7902050	15	2.9	15	79	3	52	45	36	0	18	1.49
7901895--7902047	16	9.6	16	72	11	91	46	33	0	19	1.55
7902000--7902062	14	4.3	14	76	7	54	47	31	0	20	1.51
7905741--7905799	20	3.0	20	94	0	109	37	8	18	35	1.81
7918801--7918944	61	2.3	65	84	7	181	38	9	16	34	1.82
7919184--7919255	35	2.1	35	94	0	126	38	11	16	33	1.84
7922422--7922520	25	4.0	25	87	0	135	48	26	3	22	1.65
7922420--7922548	50	2.5	50	83	6	152	48	25	3	21	1.67
7922418--7922483	13	5.2	13	70	14	57	46	27	4	21	1.70
7922435--7922518	13	6.8	12	72	22	75	48	27	2	21	1.62
7922509--7922590	28	2.9	28	81	5	103	48	21	3	25	1.66
7922790--7922831	15	2.9	14	86	10	50	28	2	2	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7922804--7922833	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
7923396--7923455	31	1.9	31	86	0	84	28	18	23	30	1.98
7923847--7923872	5	5.2	5	100	0	52	19	38	42	0	1.51
7924020--7924053	17	2.0	18	88	11	54	11	5	0	82	0.83
7923995--7924048	22	2.3	25	84	12	78	11	5	3	79	1.02
7924079--7924352	57	4.7	57	87	5	399	43	8	14	33	1.76
7927819--7927854	10	3.5	10	96	3	63	88	0	2	8	0.59
7928174--7928198	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
7928190--7928256	11	5.5	11	76	15	53	80	0	16	2	0.83
7928192--7928256	10	6.4	10	77	10	69	81	0	15	3	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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