genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  123  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22240050--22240079	7	4.1	7	95	4	51	33	0	0	66	0.92
22240073--22240111	13	3.0	13	80	0	51	41	0	0	58	0.98
22240065--22240145	33	2.5	32	75	15	85	41	0	1	56	1.07
22240148--22240190	19	2.3	19	87	0	59	67	2	0	30	1.03
22240986--22241015	12	2.4	12	94	5	51	33	3	0	63	1.11
22241222--22241264	22	2.0	22	85	0	59	44	0	0	55	0.99
22241257--22241291	15	2.3	15	95	0	61	60	0	0	40	0.97
22242618--22242666	20	2.4	22	77	19	61	38	0	0	61	0.96
22245059--22245088	15	2.0	15	93	0	51	30	20	20	30	1.97
22247811--22247854	22	2.0	22	95	0	79	34	6	13	45	1.70
22248113--22248175	25	2.5	25	84	5	83	19	22	17	41	1.90
22250335--22250421	25	3.5	25	93	3	140	49	11	26	12	1.75
22251949--22251992	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
22252547--22252590	22	2.0	22	90	0	70	38	9	9	43	1.68
22251806--22253002	599	2.0	598	91	0	1939	30	13	13	42	1.83
22260893--22261016	51	2.5	50	86	1	167	33	7	14	45	1.72
22260893--22261049	50	3.1	50	80	2	127	32	7	14	45	1.73
22266293--22266322	11	2.8	11	95	5	53	80	13	0	6	0.91
22276486--22276526	22	1.9	22	85	5	57	53	0	0	46	1.00
22276640--22276676	19	1.9	19	100	0	74	27	5	16	51	1.66
22280944--22280971	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22282098--22282138	16	2.5	17	88	7	59	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22283542--22283583	18	2.4	17	84	4	57	35	0	0	64	0.94
22283668--22283715	25	2.0	24	87	4	69	8	8	2	81	0.96
22284666--22284714	15	3.3	15	72	21	50	38	0	0	61	0.96
22285461--22285523	12	5.0	12	75	23	51	34	0	1	63	1.04
22285461--22285526	25	2.6	27	86	11	86	34	0	1	63	1.04
22285494--22285528	18	1.9	18	88	11	54	34	0	2	62	1.10
22285750--22285812	12	5.0	12	75	23	51	34	0	1	63	1.04
22285750--22285815	25	2.6	27	86	11	86	34	0	1	63	1.04
22285783--22285817	18	1.9	18	88	11	54	34	0	2	62	1.10
22285423--22286013	289	2.0	289	99	0	1155	40	6	7	45	1.57
22285995--22286055	27	2.3	26	85	2	77	55	0	6	37	1.26
22286568--22286611	19	2.2	19	84	8	52	54	0	0	45	0.99
22288492--22288534	14	3.1	13	75	18	50	30	4	13	51	1.62
22288662--22288705	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
22292705--22292747	22	2.0	22	95	0	77	41	13	11	32	1.81
22297627--22297845	110	2.0	108	87	6	316	27	21	14	36	1.92
22301440--22301467	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22311610--22311844	121	2.0	120	87	4	339	47	17	11	22	1.81
22330998--22331073	38	2.0	38	94	0	134	28	21	15	34	1.94
22331229--22331289	22	2.8	22	92	0	95	29	22	13	34	1.92
22336003--22336048	24	1.9	24	86	0	65	41	0	2	56	1.11
22336534--22336574	7	6.1	7	80	11	50	65	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22337808--22337844	8	5.0	7	93	6	56	67	0	0	32	0.91
22353973--22354034	26	2.4	26	83	0	88	53	4	1	40	1.32
22354008--22354147	10	13.5	10	71	18	56	63	4	2	30	1.25
22353973--22354050	26	3.1	25	81	5	79	56	3	2	37	1.31
22354038--22354066	15	2.0	15	93	6	51	62	3	0	34	1.12
22354515--22354598	30	2.8	30	83	5	91	54	2	5	36	1.38
22358127--22358169	15	2.9	15	82	6	52	27	0	2	69	1.00
22358253--22358296	20	2.2	20	87	0	61	38	6	0	54	1.27
22358295--22358341	23	2.0	23	83	0	58	44	4	0	51	1.21
22358606--22358654	21	2.4	21	83	10	57	63	0	6	30	1.19
22358628--22358668	7	5.9	7	88	0	55	60	0	7	31	1.24
22358621--22358668	14	3.4	14	79	0	60	64	0	6	29	1.18
22358621--22358668	21	2.3	21	88	0	69	64	0	6	29	1.18
22359456--22359590	63	2.1	63	82	5	166	31	28	15	24	1.96
22359665--22359863	108	1.8	108	88	4	303	27	31	16	24	1.96
22361780--22361907	58	2.2	58	87	0	175	29	22	12	35	1.91
22362651--22362929	112	2.5	112	82	1	317	30	20	10	38	1.87
22362989--22363132	74	1.9	74	85	0	198	31	15	13	38	1.86
22364376--22364533	62	2.5	64	80	7	189	30	18	10	39	1.85
22368230--22368320	46	2.0	46	91	0	146	28	18	6	46	1.74
22375116--22375159	22	2.0	22	90	0	70	38	6	6	47	1.57
22379511--22379559	25	2.0	25	87	0	71	36	26	26	10	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22385756--22385797	20	2.1	20	86	8	59	28	4	0	66	1.12
22385919--22385967	10	4.8	10	90	9	73	59	0	0	40	0.98
22385919--22385967	21	2.4	20	90	10	73	59	0	0	40	0.98
22386334--22386362	13	2.1	14	93	6	51	0	0	31	68	0.89
22390892--22390928	18	2.1	18	100	0	74	21	0	37	40	1.54
22393532--22393565	16	2.1	16	94	0	59	52	2	8	35	1.47
22393406--22393675	141	1.9	140	89	1	416	38	8	11	41	1.72
22394278--22394310	16	2.1	16	88	5	50	24	3	0	72	0.98
22403393--22403435	23	1.9	22	90	4	68	25	4	2	67	1.22
22403388--22403448	23	2.8	22	78	11	63	22	3	1	72	1.09
22403587--22403637	21	2.5	20	75	15	50	70	0	0	29	0.87
22408517--22408554	19	2.0	19	100	0	76	52	5	21	21	1.66
22410802--22410858	20	3.0	20	80	12	57	52	0	0	47	1.00
22411772--22411805	14	2.5	13	86	13	50	50	2	0	47	1.16
22411794--22411832	15	2.7	15	80	4	53	41	0	0	58	0.98
22411812--22411865	19	2.8	19	83	5	65	42	0	0	57	0.98
22412053--22412091	20	2.0	20	85	10	53	38	0	0	61	0.96
22412729--22412771	10	4.5	10	81	18	56	67	2	0	30	1.03
22412928--22412979	13	4.1	12	73	11	50	44	0	1	53	1.11
22412898--22412979	39	2.2	37	82	8	94	43	0	2	53	1.13
22412936--22412984	26	2.0	25	88	8	73	48	2	2	46	1.25
22413918--22413981	22	2.8	23	68	15	60	48	1	0	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22414755--22414849	32	2.8	32	70	25	79	55	1	0	43	1.06
22414889--22414927	17	2.4	17	86	4	53	30	5	0	64	1.15
22416243--22416287	21	2.1	21	88	8	65	46	0	2	51	1.13
22416323--22416372	22	2.2	24	82	7	59	44	0	2	54	1.11
22416715--22416764	26	2.0	25	88	4	73	44	4	4	48	1.40
22417158--22417203	17	2.8	17	83	9	60	43	0	0	56	0.99
22417329--22417394	12	5.6	12	78	7	64	54	9	0	36	1.32
22417334--22417385	19	2.9	18	78	15	54	55	7	0	36	1.29
22418559--22418634	2	38.0	2	97	0	62	36	0	13	50	1.42
22423890--22423933	11	3.8	11	80	11	52	25	0	2	72	0.96
22423883--22423928	24	1.9	24	90	0	74	28	0	0	71	0.86
22438949--22439039	42	2.2	40	81	13	96	42	3	1	52	1.24
22438976--22439094	43	2.7	46	73	19	112	48	1	1	47	1.21
22439932--22439963	13	2.5	13	94	0	55	43	0	3	53	1.16
22442163--22442313	62	2.4	61	79	6	160	39	13	11	35	1.81
22444016--22444066	18	2.8	18	77	16	52	56	0	1	41	1.10
22445400--22445441	18	2.3	18	95	0	75	26	11	35	26	1.91
22450007--22450051	16	2.6	18	83	16	60	57	0	0	42	0.98
22455594--22455628	17	1.9	17	88	11	52	62	0	2	34	1.10
22456102--22456150	24	2.0	24	88	7	73	34	0	0	65	0.93
22460996--22461052	12	4.7	12	77	18	64	35	0	0	64	0.93
22461002--22461050	10	4.7	10	78	9	53	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22461004--22461050	22	2.0	22	92	8	76	38	0	0	61	0.96
22461718--22461746	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
22470809--22470836	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
22475574--22475608	17	2.0	18	88	5	54	8	2	22	65	1.34
22487339--22487374	18	1.9	18	88	5	54	47	2	0	50	1.15
22492701--22492736	16	2.3	16	90	4	56	69	0	5	25	1.10
22493617--22493641	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22503120--22503447	161	2.0	161	95	1	595	29	24	10	35	1.89
22515332--22515394	32	2.0	32	100	0	126	41	9	14	34	1.78
22520245--22520294	21	2.4	21	77	12	50	44	0	4	52	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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