genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  42  of  131  ( 15626 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8946715--8946741	12	2.2	12	100	0	54	62	14	0	22	1.31
8947130--8947216	3	29.0	3	82	0	75	56	2	4	36	1.33
8952360--8952421	25	2.5	25	83	0	79	69	6	0	24	1.12
8952389--8952435	18	2.6	18	82	3	58	70	4	0	25	1.05
8952414--8952463	15	3.3	15	88	2	73	62	4	0	34	1.14
8952413--8952463	16	3.2	16	86	5	68	62	3	0	33	1.13
8952491--8952542	7	6.7	7	81	12	50	67	1	1	28	1.12
8952483--8952544	8	7.8	8	78	7	63	66	3	1	29	1.17
8952488--8952565	32	2.5	31	81	10	95	60	2	2	34	1.24
8952499--8952658	8	18.2	9	66	19	54	60	3	2	34	1.26
8954771--8955141	40	9.2	40	74	7	223	43	19	12	24	1.86
8954771--8955143	81	4.6	81	80	4	335	42	20	12	24	1.86
8954955--8955143	39	4.7	40	76	9	134	44	21	11	22	1.84
8954774--8955140	161	2.3	158	79	8	380	43	19	12	24	1.86
8960554--8960587	11	3.0	11	95	4	59	52	2	0	44	1.16
8960554--8960589	12	3.1	12	88	8	56	52	2	0	44	1.15
8966934--8966965	8	4.0	8	91	0	55	12	3	0	84	0.74
8967117--8967164	20	2.5	20	83	12	57	37	2	6	54	1.38
8967250--8967303	28	2.0	27	82	7	65	25	1	9	62	1.35
8967317--8967370	25	2.2	25	96	3	101	25	0	3	70	1.04
8967688--8967806	60	2.0	60	85	3	159	36	3	21	39	1.70
8968474--8968581	55	2.0	55	87	3	155	50	2	11	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8968521--8968761	128	1.9	129	82	5	310	49	3	9	36	1.53
8970959--8970985	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
8975682--8975936	135	1.9	135	91	1	422	24	27	15	33	1.95
8977250--8977434	92	2.0	93	94	1	327	51	9	15	23	1.73
8981730--8981759	14	2.1	14	93	0	51	50	3	0	46	1.18
8981830--8981867	17	2.1	19	85	9	53	42	2	2	52	1.29
8981907--8981946	15	2.6	15	84	4	53	50	0	2	47	1.14
8981871--8981943	26	2.9	25	82	8	94	47	0	1	50	1.09
8981907--8981984	16	4.6	16	72	15	59	51	0	1	47	1.09
8982033--8982166	15	8.5	15	74	12	117	41	0	0	57	1.04
8982034--8982183	23	6.7	23	76	17	147	42	0	1	56	1.07
8982042--8982174	31	4.4	30	73	18	125	42	0	0	56	1.04
8985801--8985837	18	2.1	18	94	0	65	54	5	0	40	1.24
8985877--8986003	41	3.1	40	71	11	105	50	1	2	45	1.24
8985892--8986065	21	8.4	21	83	1	210	47	1	2	48	1.24
8986165--8986202	12	3.1	13	81	11	53	60	0	2	36	1.11
8992529--8992562	14	2.5	13	90	9	50	47	2	8	41	1.50
8999602--8999639	19	2.0	20	89	5	60	28	5	10	55	1.56
9004435--9004473	15	2.5	16	83	4	53	35	0	0	64	0.94
9012011--9012059	18	2.8	17	74	17	55	26	8	22	42	1.81
9014392--9014452	26	2.2	28	83	13	83	44	0	3	52	1.17
9014481--9014542	27	2.2	28	91	2	99	40	3	0	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9014804--9014830	5	5.4	5	100	0	54	55	44	0	0	0.99
9015789--9015815	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9024683--9024750	30	2.3	29	80	7	73	50	11	1	36	1.48
9024700--9024780	30	2.7	31	81	11	96	45	8	2	43	1.48
9031109--9031494	192	2.0	192	98	0	754	33	11	13	41	1.80
9034971--9035004	17	1.9	17	88	5	50	76	0	8	14	1.01
9036395--9036440	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
9044445--9044736	34	8.5	35	73	9	172	22	24	10	42	1.85
9044466--9044734	69	3.9	68	80	4	274	23	23	10	42	1.84
9044486--9044770	138	2.1	139	80	7	321	22	23	11	42	1.86
9044648--9044748	34	2.9	33	71	5	76	24	24	10	39	1.87
9044745--9044865	36	3.4	36	77	5	111	20	23	10	44	1.83
9046528--9046559	15	2.1	16	94	5	57	21	0	6	71	1.07
9046652--9046702	20	2.6	20	87	3	68	62	5	1	29	1.29
9046786--9046821	3	12.3	3	91	5	56	63	0	0	36	0.94
9047108--9047151	21	2.0	21	86	4	61	45	31	0	22	1.53
9047097--9047172	29	2.6	29	80	2	80	48	31	2	17	1.60
9048741--9048822	38	2.2	38	86	2	112	40	3	4	51	1.41
9049559--9049627	19	3.6	18	71	22	59	78	4	11	5	1.07
9049553--9049628	30	2.6	28	78	12	71	76	3	11	7	1.14
9050589--9050625	16	2.4	16	86	13	51	72	0	5	21	1.04
9050804--9050842	10	4.0	9	84	15	51	74	2	0	23	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9054541--9054624	42	2.1	39	80	10	91	16	23	7	52	1.68
9056323--9056358	13	2.8	13	91	0	54	25	0	30	44	1.54
9057766--9057807	12	3.6	11	90	6	57	4	2	4	88	0.71
9057802--9057848	23	2.1	22	84	4	58	38	0	0	61	0.96
9057834--9057878	3	15.3	3	81	4	56	42	0	0	57	0.98
9058198--9058248	22	2.3	23	80	13	61	35	15	19	29	1.93
9059037--9059466	33	13.5	32	76	8	387	35	14	20	29	1.93
9059037--9059468	65	6.8	65	78	10	376	35	14	20	29	1.93
9059256--9059304	24	2.0	24	92	0	80	38	12	26	22	1.89
9059037--9059467	154	2.7	158	81	9	493	35	14	20	29	1.93
9059195--9059468	89	3.0	89	75	18	247	35	14	21	28	1.93
9059063--9059466	219	1.8	219	86	3	580	35	15	21	28	1.93
9061439--9061468	12	2.6	12	94	5	53	0	6	3	90	0.56
9068668--9068709	8	5.4	8	81	16	52	11	2	2	83	0.84
9068739--9068783	3	15.0	3	85	0	63	40	0	0	60	0.97
9068698--9068748	24	2.2	24	82	6	61	41	0	0	58	0.98
9070587--9070622	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
9079595--9079891	121	2.4	125	84	8	380	55	1	0	42	1.13
9079742--9079891	3	50.0	3	66	19	55	58	0	0	40	1.08
9079755--9079835	27	3.2	24	71	19	67	56	1	0	41	1.07
9079510--9079880	15	26.8	15	70	23	162	54	1	0	42	1.15
9079929--9080003	16	4.6	16	74	15	64	49	1	0	49	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9079968--9080038	25	2.8	24	82	16	81	49	2	0	47	1.16
9079975--9080038	26	2.5	26	87	5	87	50	3	0	46	1.17
9082013--9082069	26	2.2	26	84	6	71	56	5	0	38	1.22
9083427--9083476	22	2.2	23	82	3	57	18	8	2	72	1.19
9083597--9083624	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
9083697--9083730	3	11.3	3	93	0	59	70	0	0	29	0.87
9083880--9083971	15	6.3	15	73	13	84	52	21	1	25	1.54
9085169--9085218	26	1.9	26	83	0	64	26	4	8	62	1.41
9087411--9087472	24	2.6	24	94	0	115	22	25	6	45	1.76
9087404--9087472	24	2.6	27	80	17	90	21	24	8	44	1.80
9087407--9087454	4	12.0	4	81	0	60	22	25	4	47	1.69
9091268--9091350	33	2.5	33	98	0	157	28	18	15	37	1.91
9091669--9091721	26	2.2	22	74	22	61	26	26	16	30	1.97
9091696--9091973	33	8.5	32	74	5	157	31	19	15	33	1.93
9091701--9091883	97	1.9	97	82	4	235	30	20	16	32	1.95
9092223--9092455	110	2.1	110	83	3	281	24	18	17	39	1.91
9092572--9092618	22	2.1	22	88	0	67	25	19	21	34	1.96
9092520--9092718	110	1.8	110	84	3	276	23	19	17	39	1.92
9092162--9092816	241	2.7	240	80	3	706	24	19	16	39	1.92
9092771--9092903	37	3.6	37	83	2	142	15	25	15	44	1.85
9094739--9094839	44	2.3	43	81	11	114	49	27	0	22	1.50
9094740--9094839	15	6.7	15	76	8	89	50	28	0	22	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9094751--9094847	29	3.2	30	78	7	99	47	31	0	20	1.51
9094842--9094884	22	2.0	22	86	4	61	51	25	0	23	1.49
9098399--9098434	18	2.1	18	89	5	56	30	5	2	61	1.33
9099835--9099880	21	2.2	21	96	0	83	47	0	0	52	1.00
9101029--9101081	25	2.0	26	82	7	63	56	0	1	41	1.10
9101486--9101521	18	1.9	19	94	5	65	63	0	0	36	0.94
9101482--9101529	19	2.5	19	86	6	71	62	0	2	35	1.07
9101916--9101985	29	2.4	29	85	2	86	37	4	2	55	1.34
9102075--9102102	14	2.0	14	100	0	56	78	0	7	14	0.95
9103066--9103090	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131