genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   

This is table  39  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8404727--8404839	50	2.3	50	79	3	120	35	13	13	38	1.83
8405211--8405266	25	2.2	25	90	0	94	12	16	12	58	1.62
8405236--8405349	34	3.4	34	80	4	124	14	17	13	55	1.70
8405443--8405552	35	3.1	35	80	7	116	20	19	10	50	1.75
8405706--8405801	8	11.6	8	76	13	61	82	10	0	7	0.85
8405701--8405791	17	5.2	17	74	21	82	82	9	0	7	0.84
8405701--8405799	6	16.7	6	77	15	73	81	10	0	8	0.86
8413814--8413861	19	2.3	20	79	13	53	52	2	6	39	1.39
8415765--8415799	13	2.7	13	86	0	52	0	11	0	88	0.51
8417295--8417365	21	3.3	22	80	11	76	52	1	0	46	1.09
8417302--8417398	44	2.2	46	80	10	112	52	2	3	42	1.28
8417455--8417489	13	2.6	14	90	4	54	42	0	2	54	1.15
8417440--8417505	30	2.1	32	83	5	82	40	1	6	51	1.36
8418495--8418521	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8420041--8420072	7	4.4	7	96	4	55	84	3	0	12	0.74
8422144--8422225	41	2.0	41	90	0	128	46	4	7	41	1.53
8422980--8423027	23	2.1	23	88	0	69	39	20	12	27	1.89
8430075--8430109	11	3.2	11	91	0	52	5	14	0	80	0.89
8430078--8430116	17	2.2	18	90	4	62	7	10	0	82	0.86
8432424--8432476	21	2.5	21	75	6	54	30	3	18	47	1.67
8432517--8432597	33	2.4	33	85	6	101	40	14	6	38	1.71
8432517--8432577	16	3.7	17	75	20	67	42	14	4	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8432518--8432660	16	8.6	17	71	13	66	37	11	12	38	1.79
8435933--8436091	57	2.9	55	73	15	148	26	10	10	53	1.66
8439303--8439441	69	2.0	69	98	0	269	43	15	10	31	1.79
8440341--8440423	38	2.2	38	97	0	157	15	25	4	54	1.61
8444442--8444500	18	3.2	18	80	2	64	20	16	22	40	1.91
8444600--8444677	34	2.3	35	82	8	97	33	15	16	34	1.90
8444660--8444700	10	4.3	10	78	12	50	39	29	4	26	1.77
8444697--8444741	18	2.5	18	81	0	63	33	22	8	35	1.85
8444683--8444816	64	2.1	64	83	2	162	34	20	10	35	1.87
8444761--8444816	18	3.1	18	87	5	69	37	16	12	33	1.86
8445184--8445222	17	2.3	17	81	0	51	20	0	10	69	1.17
8446303--8446367	18	3.7	18	89	2	96	20	0	13	66	1.25
8446581--8446661	38	2.2	36	80	8	92	39	9	11	39	1.74
8449930--8449954	10	2.5	10	100	0	50	16	20	24	40	1.91
8462646--8462708	28	2.2	28	77	8	65	49	1	3	46	1.27
8463014--8463055	15	2.8	15	85	0	57	80	0	2	16	0.81
8463162--8463202	21	1.9	22	90	5	66	78	2	12	7	1.06
8463153--8463220	31	2.2	31	82	10	77	80	1	10	7	0.95
8463160--8463211	21	2.5	20	78	12	59	80	1	11	5	0.96
8464022--8464076	17	3.3	17	77	7	60	80	0	9	10	0.92
8464303--8464348	14	3.4	14	82	14	60	84	2	13	0	0.71
8464303--8464348	19	2.3	19	88	11	65	84	2	13	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8468647--8468837	86	2.2	86	86	7	255	36	4	14	43	1.67
8469225--8469290	25	2.6	25	80	4	69	37	3	12	46	1.56
8469060--8469264	112	1.8	110	81	10	256	36	6	15	40	1.74
8469433--8469490	26	2.2	27	81	3	64	36	3	20	39	1.70
8470330--8470356	14	1.9	14	100	0	54	74	22	0	3	0.98
8471508--8471818	167	1.9	167	84	0	424	30	9	16	43	1.79
8475858--8475900	10	4.3	10	80	8	52	37	0	0	62	0.95
8475867--8475908	21	2.0	21	90	0	66	38	2	0	59	1.10
8476891--8476928	17	2.2	18	85	4	51	68	2	2	26	1.16
8478241--8478304	12	5.5	11	73	12	56	10	6	3	79	1.02
8478234--8478286	28	2.0	28	88	7	83	9	11	1	77	1.07
8478234--8478308	28	2.8	26	81	13	82	12	8	2	77	1.08
8480312--8480386	34	2.2	33	90	2	114	42	2	18	36	1.65
8481043--8481073	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
8481160--8481218	29	2.0	29	93	0	100	45	8	8	37	1.65
8481352--8481389	19	2.0	19	89	0	58	28	10	21	39	1.86
8481399--8481436	2	19.0	2	94	0	67	47	2	0	50	1.15
8500832--8500883	11	4.6	11	77	11	52	78	3	1	15	0.98
8502154--8502248	4	23.8	4	71	0	55	43	8	5	43	1.57
8502154--8502248	6	15.8	6	71	0	55	43	8	5	43	1.57
8502662--8502686	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8505325--8505351	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8507065--8507121	24	2.4	24	96	0	105	28	17	5	49	1.68
8507247--8507285	17	2.2	17	86	4	51	69	5	12	12	1.35
8508893--8508950	21	2.8	21	78	0	53	51	1	8	37	1.43
8513832--8513860	15	1.9	15	100	0	58	89	0	10	0	0.48
8513831--8513869	21	1.9	20	89	5	60	84	0	15	0	0.62
8513831--8513864	16	2.1	16	88	5	50	88	0	11	0	0.52
8519243--8519267	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
8519539--8519563	13	1.9	13	100	0	50	80	4	16	0	0.87
8520398--8520589	87	2.2	87	80	4	208	39	15	14	31	1.86
8520391--8520589	88	2.3	87	79	4	213	39	15	13	31	1.86
8520872--8520909	15	2.4	16	86	8	51	84	0	13	2	0.73
8520872--8520909	19	2.1	19	90	9	62	84	0	13	2	0.73
8521025--8521065	21	2.0	21	85	0	55	70	2	4	21	1.18
8521051--8521110	14	3.9	14	73	26	59	85	5	8	1	0.81
8521211--8521405	100	2.0	100	87	2	284	53	6	18	21	1.67
8521450--8521498	22	2.2	22	82	7	55	34	18	14	32	1.91
8521591--8521658	22	3.1	21	74	16	66	35	19	10	35	1.85
8521516--8521793	148	1.9	148	81	3	335	34	13	14	37	1.85
8521746--8521815	22	3.2	22	83	2	70	37	17	12	32	1.87
8523472--8523524	27	2.0	27	88	0	79	30	45	5	18	1.73
8523632--8523665	15	2.3	15	84	0	50	70	29	0	0	0.87
8524471--8524523	28	1.9	27	81	11	63	39	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8527707--8527748	21	2.0	21	100	0	84	38	0	9	52	1.34
8532520--8532554	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
8537799--8537888	19	4.9	18	71	16	69	54	1	2	42	1.20
8545156--8545210	29	1.9	28	96	3	101	43	7	5	43	1.55
8545736--8545797	27	2.3	27	80	5	72	61	6	16	16	1.54
8546572--8546621	22	2.3	22	83	13	59	50	2	2	46	1.24
8547655--8547704	18	2.7	20	78	15	61	50	0	0	50	1.00
8547671--8547772	38	2.7	38	72	4	98	48	0	1	49	1.19
8549591--8550122	159	3.4	157	80	4	525	40	19	6	33	1.78
8553244--8553305	17	3.6	17	70	10	54	66	3	0	30	1.08
8555386--8555443	27	2.1	27	90	0	89	37	22	3	36	1.71
8555575--8555600	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8555903--8555958	23	2.3	24	84	9	78	17	17	21	42	1.89
8561621--8561721	51	2.0	51	88	0	148	39	8	11	39	1.73
8562946--8562994	20	2.5	19	90	3	71	30	22	10	36	1.87
8563879--8563906	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
8566179--8566443	46	5.8	46	77	9	222	35	10	13	40	1.79
8566214--8566340	22	5.7	22	69	9	69	33	10	14	41	1.79
8566123--8566477	46	7.8	47	74	6	171	36	9	14	40	1.78
8566470--8566534	23	2.9	23	84	4	71	30	3	12	53	1.53
8566480--8566534	22	2.5	22	82	11	67	30	3	9	56	1.48
8566552--8566632	36	2.2	36	84	6	110	37	2	13	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8566621--8566680	21	2.9	21	78	9	59	26	8	16	48	1.75
8566830--8566867	16	2.3	17	90	4	60	34	15	13	36	1.87
8566775--8566891	33	3.5	33	71	1	108	32	17	13	36	1.89
8567360--8567390	16	1.9	16	100	0	62	19	3	6	70	1.22
8567962--8568300	99	3.4	99	79	10	345	43	8	9	38	1.68
8568371--8568414	21	2.1	21	86	0	61	27	4	11	56	1.53
8568441--8568615	3	60.0	3	73	14	116	35	5	2	57	1.34
8569392--8569464	23	2.9	25	73	21	71	13	4	2	79	0.99
8580846--8581053	60	3.5	60	78	3	195	22	25	13	37	1.91
8580856--8581100	60	4.1	60	77	3	188	23	26	13	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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