genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  120  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21547065--21547112	14	3.4	14	71	5	51	31	4	37	27	1.76
21549871--21549973	30	3.4	30	78	7	102	42	9	0	47	1.36
21556622--21556651	15	2.0	15	93	0	51	56	0	6	36	1.26
21558238--21558289	22	2.4	22	83	6	61	38	1	5	53	1.36
21558799--21558831	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21559067--21559117	21	2.5	22	87	12	81	50	0	0	49	1.00
21559091--21559151	30	2.1	29	84	3	77	55	1	0	42	1.09
21559103--21559163	14	4.4	14	76	11	54	57	1	0	40	1.08
21560250--21560315	32	2.1	32	97	0	123	33	30	16	19	1.94
21567939--21567980	22	2.0	20	86	9	57	28	7	0	64	1.20
21569476--21569504	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
21575067--21575104	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
21591024--21591071	21	2.4	20	80	13	55	8	31	4	56	1.48
21594599--21594640	1	42.0	1	85	0	57	92	7	0	0	0.37
21597237--21597298	27	2.4	26	81	10	74	9	11	1	77	1.06
21600860--21600902	16	2.5	17	88	11	61	58	0	6	34	1.25
21600850--21600915	24	2.7	24	80	2	69	59	0	4	36	1.18
21600967--21601026	31	1.9	32	86	10	88	55	1	0	43	1.10
21601455--21601491	7	5.6	7	87	6	51	62	0	0	37	0.96
21602515--21603084	145	4.1	143	82	9	624	35	6	3	54	1.43
21604328--21604377	24	2.0	25	84	3	66	56	4	4	36	1.37
21609992--21610113	61	2.0	61	95	0	217	50	13	13	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21613099--21613146	18	2.5	19	80	6	62	39	0	0	60	0.97
21613172--21613230	25	2.4	25	80	5	75	49	1	0	49	1.11
21613640--21613689	24	2.1	24	85	7	66	60	0	0	40	0.97
21614230--21614306	16	5.1	16	78	13	67	57	0	0	42	0.99
21614250--21614309	8	7.8	8	81	5	70	60	0	0	40	0.97
21616575--21616644	35	2.0	35	100	0	140	28	8	17	45	1.77
21620511--21620559	25	2.0	23	88	7	71	48	2	2	46	1.25
21620319--21620628	163	1.9	159	88	7	468	44	8	4	43	1.53
21621996--21622055	26	2.2	28	80	11	72	53	0	13	33	1.40
21637262--21637350	24	3.7	24	72	14	60	48	2	0	49	1.13
21637376--21637444	31	2.3	31	84	2	95	39	5	1	53	1.34
21638516--21638559	14	3.1	14	80	6	52	63	2	2	31	1.19
21639137--21639182	23	2.0	23	86	0	65	32	0	0	67	0.91
21639217--21639264	16	2.8	17	84	9	53	47	0	0	52	1.00
21644239--21644601	193	1.9	195	89	2	570	34	10	10	44	1.73
21647683--21647730	18	2.6	18	78	15	53	35	0	0	64	0.94
21650165--21650222	29	2.0	28	83	3	71	41	5	3	50	1.42
21650451--21650485	16	2.2	16	89	0	52	34	0	2	62	1.10
21652095--21652161	30	2.3	28	85	10	91	41	0	0	58	0.98
21652080--21652161	28	2.9	29	77	20	84	40	0	0	59	0.97
21652173--21652245	30	2.4	30	81	4	85	45	4	15	35	1.65
21659103--21659157	22	2.7	20	80	11	58	54	1	7	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21659704--21659762	27	2.1	28	81	3	66	49	1	1	47	1.21
21660134--21660192	22	2.7	23	82	10	70	54	0	5	40	1.23
21661320--21661370	18	2.9	18	82	8	61	39	0	1	58	1.09
21663860--21663899	17	2.5	16	84	11	55	47	0	0	52	1.00
21664774--21664819	23	2.0	23	82	4	56	60	4	6	28	1.40
21668769--21668811	3	14.7	3	90	4	70	32	2	0	65	1.06
21671544--21671590	21	2.1	24	84	11	64	36	0	2	61	1.08
21672975--21673010	6	6.0	6	100	0	72	33	16	33	16	1.92
21675812--21675836	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21680830--21680865	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
21683499--21683578	37	2.1	38	86	6	110	18	12	12	56	1.67
21683499--21683579	38	2.1	38	86	4	119	18	13	12	55	1.69
21683886--21684055	57	3.0	57	82	1	216	24	29	18	27	1.98
21690084--21690117	2	16.5	2	87	6	50	44	5	0	50	1.26
21690863--21690921	32	1.9	31	86	10	86	74	1	0	23	0.91
21691133--21691169	16	2.4	16	82	17	51	70	2	0	27	1.01
21691132--21691189	23	2.5	23	77	20	59	74	1	1	22	1.01
21691134--21691185	15	3.3	16	78	10	54	73	1	1	23	1.04
21696776--21696818	22	2.0	22	90	0	68	44	4	11	39	1.62
21700489--21700542	24	2.2	25	90	3	83	38	18	22	20	1.93
21700489--21700544	25	2.3	24	90	3	85	37	17	25	19	1.94
21700807--21700850	22	2.0	22	90	0	70	45	11	11	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21705298--21705777	240	2.0	240	98	0	933	29	26	20	23	1.99
21706801--21706839	20	2.0	20	100	0	78	10	23	5	61	1.48
21711546--21711580	18	1.9	18	88	0	52	40	17	2	40	1.64
21717342--21717374	17	2.0	16	94	5	57	12	12	9	66	1.44
21726310--21726347	18	2.1	18	90	0	58	39	21	13	26	1.89
21730441--21730491	24	2.1	25	85	3	68	54	0	1	43	1.11
21732444--21732503	30	2.0	30	90	0	93	51	0	8	40	1.32
21732536--21732587	19	2.6	21	78	9	63	51	0	0	48	1.00
21734464--21734518	18	3.1	18	89	0	83	43	18	14	23	1.87
21740252--21740282	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21740482--21740541	30	2.0	30	87	6	86	53	1	6	38	1.37
21749021--21749083	32	2.0	32	96	0	117	47	17	14	20	1.82
21755787--21756053	57	4.7	55	72	15	177	34	11	7	46	1.68
21755829--21756053	60	3.8	59	77	9	226	34	10	7	48	1.65
21755835--21756053	118	1.9	115	83	6	280	35	10	7	47	1.66
21755835--21756068	116	2.0	116	81	8	278	35	9	6	47	1.63
21756857--21757000	63	2.3	63	88	0	216	38	13	16	31	1.87
21757393--21757469	35	2.2	35	84	9	95	40	12	12	33	1.82
21757417--21757469	17	3.1	16	80	15	61	37	13	13	35	1.83
21757422--21757477	18	3.2	17	80	14	60	35	10	14	39	1.81
21757445--21757487	18	2.4	18	84	3	52	39	6	16	37	1.75
21757783--21757827	23	2.1	21	88	12	65	53	6	4	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21757824--21757895	23	3.2	23	65	11	58	50	18	1	30	1.55
21757867--21757930	23	2.9	22	65	11	58	40	18	7	32	1.80
21759914--21760196	142	2.0	142	92	0	467	30	19	15	33	1.93
21763903--21763947	23	2.0	21	91	8	72	53	11	4	31	1.56
21763984--21764041	21	2.9	21	79	5	66	51	8	1	37	1.43
21764113--21764175	3	21.7	3	96	3	112	68	0	0	31	0.90
21764567--21764595	14	2.0	15	93	6	51	55	13	3	27	1.55
21764567--21764596	15	2.0	15	93	0	51	56	13	3	26	1.52
21765942--21765971	11	2.6	11	94	5	51	3	6	0	90	0.56
21766096--21766142	9	4.9	9	80	14	58	80	0	4	14	0.85
21787582--21787607	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
21787606--21787646	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
21789166--21789211	20	2.4	20	85	7	60	36	0	0	63	0.95
21792899--21793189	112	2.5	113	74	15	278	36	9	8	45	1.68
21793972--21794115	63	2.3	63	87	0	207	38	13	17	30	1.89
21794320--21794442	62	2.0	62	80	6	142	42	12	11	34	1.78
21794508--21794567	18	3.4	17	80	13	68	43	15	10	31	1.79
21794508--21794584	35	2.2	35	86	9	104	41	12	11	33	1.80
21794537--21794592	18	3.2	17	80	14	60	35	12	14	37	1.84
21795087--21795112	9	2.9	9	100	0	52	34	0	30	34	1.58
21795291--21795358	24	2.8	24	93	0	109	39	26	16	17	1.90
21797085--21797359	142	1.9	142	93	2	473	29	21	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21800126--21800152	13	2.1	13	100	0	54	77	7	0	14	0.97
21801005--21801049	23	2.0	21	91	8	72	53	11	4	31	1.56
21801086--21801129	21	2.1	21	86	0	61	52	6	2	38	1.41
21801215--21801264	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
21802441--21802466	13	2.0	13	100	0	52	76	15	7	0	0.99
21803044--21803084	18	2.3	18	86	0	55	12	4	2	80	0.97
21803053--21803108	14	4.2	13	75	8	58	12	3	1	82	0.88
21803045--21803123	38	2.1	38	81	11	92	12	5	2	79	0.99
21803037--21803123	37	2.4	37	78	7	97	14	5	3	75	1.12
21816913--21816937	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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