genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  24162007

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   

This is table  36  of  131  ( 15626 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7928194--7928266	19	3.9	18	78	7	74	80	0	15	4	0.85
7928192--7928248	29	1.9	30	89	3	89	82	0	15	1	0.75
7928180--7928256	41	1.9	40	86	7	111	79	0	15	5	0.91
7928200--7928268	29	2.4	30	88	9	99	78	0	17	4	0.91
7928178--7928266	41	2.2	40	82	11	110	79	0	14	5	0.90
7928913--7928946	12	2.8	12	90	0	59	32	0	17	50	1.47
7929486--7930153	40	16.9	40	74	19	431	23	16	20	39	1.92
7929504--7930153	43	16.5	42	74	19	384	23	16	21	38	1.92
7929618--7929721	51	2.1	50	92	5	174	23	14	17	45	1.85
7929591--7929762	94	1.8	92	85	9	242	22	15	19	42	1.89
7929668--7929918	39	6.2	39	73	20	180	23	17	18	41	1.90
7929679--7930149	39	12.5	38	68	22	143	23	16	20	39	1.92
7929684--7929920	77	2.9	77	77	18	234	23	17	18	40	1.91
7930063--7930126	35	1.9	35	87	9	98	31	17	14	37	1.89
7930160--7930254	15	6.7	14	91	6	122	92	4	0	3	0.45
7930161--7930255	5	18.0	6	85	11	56	92	3	0	4	0.45
7930161--7930242	1	82.0	1	92	0	137	96	2	0	1	0.26
7931043--7931099	30	1.9	30	85	0	78	26	22	22	28	1.99
7931159--7931196	20	1.9	20	94	0	67	31	26	18	23	1.97
7931500--7931559	12	5.4	11	80	9	59	13	0	3	83	0.77
7931501--7931539	20	2.0	20	84	0	51	10	0	5	84	0.76
7931590--7931646	29	2.0	29	86	3	80	12	7	0	80	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7931672--7931888	58	3.7	58	90	3	348	43	9	13	33	1.76
7931672--7931888	115	1.9	115	94	3	382	43	9	13	33	1.76
7933458--7933619	62	2.6	64	82	8	199	39	11	11	38	1.76
7933472--7934468	501	2.0	502	94	0	1737	30	17	7	43	1.78
7935013--7935097	42	2.0	42	95	0	152	37	7	11	43	1.69
7935876--7938782	964	3.0	963	82	3	3554	26	19	13	41	1.87
7940014--7940064	14	3.4	16	76	13	54	62	3	9	23	1.42
7941442--7941519	20	3.7	22	78	14	94	46	28	5	20	1.72
7941811--7941854	3	15.0	3	85	4	63	63	4	0	31	1.14
7942799--7942847	19	2.6	19	81	15	57	24	10	6	59	1.53
7943139--7943173	17	2.0	18	88	5	54	42	0	5	51	1.25
7946225--7946280	28	2.0	28	85	0	76	50	12	7	30	1.67
7948154--7948192	20	2.0	20	89	0	60	15	23	23	38	1.92
7949674--7949705	15	2.1	15	100	0	64	40	12	0	46	1.42
7953782--7953840	31	1.9	30	83	10	75	27	3	5	64	1.30
7955726--7955805	32	2.5	32	78	13	78	55	2	0	42	1.13
7955871--7955910	21	1.9	21	89	0	62	47	0	0	52	1.00
7955741--7955914	44	3.8	45	72	13	142	47	2	0	48	1.20
7955865--7955916	21	2.5	20	81	9	59	46	0	0	53	1.00
7956063--7956125	29	2.2	30	80	8	76	47	1	1	49	1.20
7956222--7956258	19	2.1	17	90	10	56	51	0	0	48	1.00
7956581--7956635	18	2.8	20	79	17	64	45	5	1	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958397--7958468	36	2.0	36	91	0	117	29	18	11	41	1.84
7968373--7968958	97	5.9	98	87	6	833	28	12	26	32	1.92
7968373--7968958	49	11.8	49	90	4	815	28	12	26	32	1.92
7968373--7968958	146	3.9	147	89	4	815	28	12	26	32	1.92
7969122--7969170	22	2.2	22	89	7	73	77	12	4	6	1.09
7969125--7969164	13	3.1	13	88	0	53	80	15	2	2	0.93
7969207--7969257	12	4.3	12	75	2	50	21	58	13	5	1.56
7969207--7969257	24	2.2	23	82	10	59	21	58	13	5	1.56
7970034--7970129	30	3.2	30	83	0	111	33	37	22	6	1.80
7972323--7972366	15	2.9	15	79	3	52	45	36	0	18	1.49
7972227--7972363	16	8.6	16	73	10	93	46	32	0	20	1.51
7972373--7972435	14	4.3	15	75	15	60	50	31	0	17	1.46
7972373--7972435	30	2.1	29	85	2	81	50	31	0	17	1.46
7976065--7976123	20	3.0	20	87	0	91	38	10	16	33	1.83
7983566--7983601	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
7985159--7985210	5	10.4	5	81	8	61	3	19	0	76	0.93
7986253--7986297	18	2.4	19	81	3	56	24	17	11	46	1.81
7986248--7986295	18	2.6	19	76	6	53	20	18	8	52	1.71
7987112--7987163	25	2.2	23	86	13	70	38	0	11	50	1.39
7987046--7987326	140	2.0	140	100	0	562	32	5	14	47	1.68
7987252--7987303	25	2.2	23	86	13	70	38	0	11	50	1.39
7990545--7990577	14	2.3	15	89	5	50	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7992009--7992077	35	2.0	35	91	0	111	36	13	15	34	1.87
7992815--7992866	20	2.4	21	76	20	54	67	3	5	23	1.29
7995241--7995339	25	4.0	25	83	0	108	46	23	5	25	1.72
7995245--7995344	12	8.1	12	67	14	60	46	23	6	25	1.75
7995239--7995367	50	2.5	50	80	8	127	47	24	5	23	1.72
7995239--7995300	13	4.9	13	72	7	56	46	22	6	24	1.75
7995332--7995400	28	2.4	29	78	7	88	47	21	5	24	1.72
7996619--7997618	504	2.0	504	92	2	1672	30	18	8	43	1.79
7998987--8001889	962	3.0	960	82	4	3534	26	19	12	41	1.88
8004075--8004155	15	5.4	15	85	7	78	65	0	6	28	1.16
8004109--8004152	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
8004559--8004651	42	2.3	42	88	7	138	49	29	2	19	1.60
8009373--8009428	28	2.0	28	85	0	76	50	12	7	30	1.67
8011973--8012031	15	4.0	14	71	25	50	11	3	5	79	1.01
8016910--8016970	32	1.9	31	83	9	79	26	3	4	65	1.28
8019714--8019768	18	2.8	20	79	17	64	45	5	1	47	1.36
8021527--8021598	36	2.0	36	91	0	117	29	18	11	41	1.84
8035157--8035207	21	2.5	21	96	3	95	49	0	0	50	1.00
8035197--8035237	8	5.1	8	84	0	55	53	0	0	46	1.00
8035176--8035237	16	4.1	16	75	10	58	51	0	0	48	1.00
8036254--8036283	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8050824--8050849	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053540--8053568	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8056192--8056225	12	2.8	12	95	0	59	14	26	0	58	1.36
8056876--8056925	21	2.3	22	82	6	57	32	4	0	64	1.12
8056892--8056936	23	2.0	23	86	8	65	26	4	2	66	1.22
8056837--8056996	82	1.9	83	87	3	234	33	3	4	58	1.36
8056832--8057020	82	2.3	83	80	7	231	35	3	4	56	1.36
8057581--8057644	31	2.1	31	85	5	85	51	4	6	37	1.48
8059866--8059997	57	2.3	58	93	4	221	33	31	18	15	1.93
8075370--8075417	10	4.6	11	78	19	50	50	0	0	50	1.00
8075400--8075444	16	2.6	17	82	10	56	48	2	0	48	1.13
8076532--8076576	24	1.9	23	82	13	56	44	4	6	44	1.50
8087244--8088223	492	2.0	488	91	2	1601	43	6	8	41	1.62
8092696--8092723	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
8094633--8094669	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
8097033--8097104	26	2.8	26	97	0	135	56	22	4	16	1.57
8097800--8098037	117	2.0	117	98	0	458	41	18	13	26	1.88
8100402--8100445	22	2.0	22	90	0	70	34	11	13	40	1.81
8101870--8101902	11	2.9	12	82	17	52	33	18	18	30	1.94
8122406--8122453	16	3.1	16	77	14	55	66	0	22	10	1.22
8128355--8128414	29	2.1	29	100	0	120	16	25	5	53	1.63
8131117--8131149	16	2.0	17	88	5	50	18	6	9	66	1.40
8139044--8139078	17	2.2	15	90	10	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8142489--8142537	12	4.2	12	76	10	57	51	4	12	32	1.58
8148887--8148924	20	1.9	20	89	10	60	63	10	0	26	1.27
8148882--8148931	21	2.5	20	81	12	59	66	8	0	26	1.19
8149016--8149058	20	2.2	20	84	12	54	58	6	2	32	1.38
8149165--8149218	16	3.3	16	81	2	63	35	0	0	64	0.94
8149456--8149484	10	2.7	11	89	10	51	34	0	0	65	0.93
8149515--8149588	21	3.6	21	74	3	69	39	1	2	56	1.22
8151380--8151432	21	2.5	21	81	3	61	47	3	0	49	1.19
8151921--8151971	25	1.9	26	84	11	68	27	0	9	62	1.26
8151921--8151977	28	2.2	25	81	9	60	28	1	8	61	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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