genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  124  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21423423--21423458	18	2.0	18	94	0	63	63	0	0	36	0.94
21423653--21423699	22	2.2	22	85	7	62	48	8	2	40	1.45
21432036--21432114	32	2.5	33	80	15	87	31	5	0	63	1.16
21432067--21432124	24	2.6	23	78	13	66	31	3	0	65	1.09
21432093--21432132	20	2.0	21	90	5	64	25	0	0	75	0.81
21432092--21432186	28	3.3	28	78	10	102	33	0	0	66	0.92
21432092--21432186	29	3.3	28	75	10	75	33	0	0	66	0.92
21432065--21432182	50	2.3	51	81	7	132	36	1	0	61	1.06
21455355--21455386	16	2.0	16	93	0	55	28	37	21	12	1.90
21468445--21468489	23	2.0	23	90	0	72	55	0	4	40	1.20
21468481--21468526	13	3.5	13	75	19	51	54	4	0	41	1.20
21468512--21468557	23	1.9	25	83	16	62	50	6	0	43	1.28
21473503--21473569	24	2.8	23	90	4	89	52	0	0	47	1.00
21479244--21479273	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
21479246--21479275	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
21481065--21481101	19	1.9	19	89	10	58	56	5	24	13	1.58
21485839--21485887	22	2.1	24	92	7	84	53	4	0	42	1.20
21488754--21488792	20	2.0	19	90	5	60	58	0	5	35	1.20
21488763--21488809	11	4.1	11	83	8	58	65	0	2	31	1.04
21488763--21488831	24	3.0	22	85	10	77	63	0	1	34	1.03
21488775--21488831	16	3.8	16	80	19	68	64	0	0	35	0.93
21488764--21488829	29	2.3	30	84	10	84	63	0	1	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21488755--21488852	24	4.4	23	79	14	75	59	0	1	39	1.04
21490458--21490520	27	2.4	26	89	2	90	34	3	0	61	1.12
21500057--21500331	134	2.1	134	90	2	437	33	17	17	30	1.94
21502082--21502116	2	17.5	2	93	0	61	2	45	0	51	1.16
21502781--21502828	15	3.2	14	80	11	51	45	0	2	52	1.12
21502949--21502992	12	3.5	12	82	11	52	43	2	0	54	1.12
21511408--21511448	19	2.0	22	86	13	61	39	0	0	60	0.96
21517670--21517724	24	2.3	24	84	6	67	29	3	29	38	1.74
21533148--21533182	17	2.1	17	94	0	61	45	11	28	14	1.79
21533837--21533868	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
21542260--21542332	21	3.3	20	74	23	67	61	1	2	34	1.19
21543906--21543940	17	2.1	17	88	0	52	40	0	0	60	0.97
21549441--21549496	16	3.6	16	78	11	62	0	33	0	66	0.92
21550738--21550774	19	1.9	19	89	10	58	35	8	24	32	1.85
21552147--21552214	20	3.2	22	76	19	65	50	1	0	48	1.10
21552172--21552213	23	1.9	21	90	9	66	52	0	0	47	1.00
21552147--21552258	57	1.9	59	81	3	138	46	0	0	51	1.13
21561703--21562027	163	2.0	164	94	1	573	35	14	12	37	1.84
21564849--21564907	29	2.0	29	87	6	84	23	18	8	49	1.75
21568586--21568655	36	1.9	37	85	8	99	52	1	0	45	1.09
21568614--21568655	21	2.0	21	81	9	50	52	2	0	45	1.13
21569137--21569194	23	2.6	22	75	20	57	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21569140--21569196	25	2.3	26	79	14	66	47	0	0	52	1.00
21569690--21569727	19	2.1	18	90	9	60	34	0	5	60	1.19
21569904--21569975	24	2.9	26	82	11	80	44	0	0	55	0.99
21569938--21570002	24	2.5	28	85	9	84	46	0	3	50	1.17
21569940--21570002	28	2.5	24	84	10	72	46	0	3	50	1.17
21576877--21576925	21	2.4	20	80	12	55	51	4	0	44	1.20
21577209--21577260	19	2.8	19	81	18	65	46	0	0	53	1.00
21577209--21577267	20	3.1	20	75	18	63	45	0	0	54	0.99
21577147--21577751	233	2.6	230	83	8	706	42	8	3	45	1.50
21578218--21578246	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
21579160--21579197	19	2.0	18	90	10	58	78	0	2	18	0.86
21579534--21579572	18	2.0	20	90	9	64	48	0	7	43	1.31
21579534--21579572	19	2.1	19	85	9	53	48	0	7	43	1.31
21579957--21579993	15	2.7	15	88	12	53	75	0	0	24	0.80
21585109--21585138	11	2.7	11	94	0	51	16	0	30	53	1.44
21585163--21585319	52	3.0	52	87	3	210	40	8	24	26	1.84
21585810--21585919	31	3.5	31	91	2	159	28	19	27	25	1.98
21585923--21586038	25	4.7	26	74	10	75	33	8	34	23	1.85
21586249--21586278	11	2.7	11	94	0	51	16	0	30	53	1.44
21586303--21586459	52	3.0	52	87	5	203	40	8	24	26	1.84
21587496--21587565	31	2.3	31	76	16	74	40	1	5	52	1.34
21587650--21587702	25	2.2	23	83	6	61	56	1	5	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21587696--21587734	14	2.7	14	85	14	53	66	2	2	28	1.18
21588517--21588563	18	2.8	16	78	21	51	40	4	2	53	1.32
21589564--21589660	11	8.9	11	70	18	60	58	0	2	39	1.10
21589617--21589758	71	2.0	73	81	10	168	52	0	0	47	1.05
21589592--21589709	48	2.4	48	78	14	118	56	0	0	41	1.11
21589688--21589740	12	4.2	12	76	9	52	58	0	0	41	0.98
21589677--21589750	32	2.3	32	86	9	98	51	1	0	47	1.09
21589683--21589759	39	2.0	39	85	10	104	53	1	0	45	1.08
21589689--21589750	14	4.1	14	72	22	54	54	0	0	45	0.99
21591980--21592043	11	5.7	11	70	17	51	35	0	0	64	0.94
21592626--21592653	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
21592664--21592703	22	1.9	21	85	10	55	52	0	2	45	1.14
21600628--21600682	18	3.2	17	82	12	60	54	0	0	45	0.99
21600640--21600675	18	1.9	18	94	5	63	55	0	0	44	0.99
21600639--21600682	8	5.2	8	82	17	54	54	0	0	45	0.99
21604924--21604975	18	2.9	18	80	8	61	19	34	1	44	1.62
21613016--21613153	71	1.9	71	80	11	158	42	0	2	54	1.17
21617336--21617401	20	3.4	19	71	21	64	53	4	7	34	1.50
21617326--21617408	40	2.1	39	93	2	139	50	7	8	33	1.60
21620054--21620089	18	2.0	18	94	0	63	50	13	13	22	1.77
21624950--21625003	27	2.0	27	85	7	74	25	27	16	29	1.97
21631057--21631090	17	2.0	17	100	0	68	58	17	0	23	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21634381--21634425	23	2.0	23	82	8	56	53	0	0	46	1.00
21647741--21647814	22	3.5	22	94	3	125	50	1	0	48	1.09
21655399--21655494	47	2.0	47	93	0	165	32	7	22	37	1.82
21655946--21655990	2	22.5	2	90	0	72	51	0	4	44	1.21
21665556--21665651	35	2.6	38	81	6	108	55	1	1	42	1.13
21665556--21665649	13	7.7	12	73	10	57	54	1	1	43	1.14
21666425--21666472	3	16.0	3	86	0	69	33	0	31	35	1.58
21667253--21667287	17	2.1	17	89	10	54	28	2	0	68	1.04
21667419--21667553	25	5.2	26	71	16	75	52	0	0	46	1.05
21667481--21667542	20	3.2	19	74	14	56	53	0	0	46	1.00
21668638--21668776	3	46.3	3	73	5	102	30	33	5	30	1.79
21672054--21672078	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21673895--21673952	14	3.9	15	75	22	59	53	0	0	46	1.00
21677964--21678044	34	2.4	34	82	12	103	48	4	2	44	1.37
21693555--21693595	20	2.2	20	82	8	50	48	2	0	48	1.14
21702909--21702984	16	4.8	16	82	6	75	55	5	1	38	1.31
21702925--21702985	32	1.9	32	86	6	88	57	6	0	36	1.25
21704616--21704649	15	2.2	16	89	5	52	58	0	0	41	0.98
21704633--21704679	6	8.0	6	81	11	53	48	0	0	51	1.00
21705464--21705553	38	2.4	37	78	16	94	40	1	2	56	1.19
21707550--21708734	401	2.9	400	85	3	1576	29	8	13	48	1.72
21710809--21711118	155	2.0	155	95	2	561	22	15	12	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21720248--21720306	18	3.4	18	70	21	54	38	0	10	50	1.36
21729110--21729170	19	2.9	19	78	21	61	44	1	0	54	1.10
21730691--21730724	16	2.1	17	88	5	52	47	2	0	50	1.16
21731003--21731050	14	3.4	14	77	8	53	56	0	0	43	0.99
21731033--21731090	6	9.7	6	78	14	66	67	0	0	32	0.91
21731032--21731096	18	3.3	18	70	29	60	66	0	0	33	0.92
21732356--21732422	35	1.9	35	93	0	116	49	1	1	47	1.19
21732355--21732417	19	3.5	19	72	12	60	46	1	1	50	1.20
21733157--21733194	16	2.5	15	87	12	51	13	2	5	78	1.02
21733194--21733250	28	2.0	28	86	6	80	49	5	0	45	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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