genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  14  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079582--2079634	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
2073628--2084035	892	11.8	868	82	7	11447	25	24	24	25	2.00
2081327--2081379	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2082219--2082270	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
2084504--2084556	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
2088487--2088536	26	1.9	26	87	0	73	30	14	24	32	1.94
2086135--2090647	866	5.1	888	84	5	5329	25	23	24	26	2.00
2090235--2090287	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2091084--2091165	26	3.2	26	94	0	137	28	17	25	29	1.97
2090235--2092914	864	3.0	883	80	10	2252	26	23	24	25	2.00
2092003--2092055	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2092862--2092914	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
2091362--2093259	864	2.2	851	84	5	2387	25	24	23	26	2.00
2094220--2094270	26	2.0	26	96	0	93	27	17	25	29	1.98
2096015--2096093	26	3.0	26	98	0	149	25	20	27	26	1.99
2097706--2097912	108	1.9	108	87	2	299	26	29	26	17	1.98
2097891--2097942	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
2101334--2101386	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
2102221--2102273	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
2103331--2103388	26	2.3	25	82	5	73	24	1	20	53	1.55
2103777--2103829	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
2104835--2104913	26	3.0	26	96	0	140	27	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104650--2105085	211	2.1	212	87	2	626	23	28	28	19	1.99
2102906--2107847	886	5.6	879	78	9	4734	25	24	25	25	2.00
2106362--2106394	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
2108773--2108824	26	2.0	26	92	0	86	32	17	21	28	1.96
2109679--2109726	25	1.9	25	91	8	80	25	16	27	31	1.97
2107898--2110802	901	3.2	896	87	2	4055	25	24	25	24	2.00
2110568--2110620	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
2110594--2110957	159	2.3	159	84	0	460	21	28	29	20	1.98
2110753--2113341	903	2.9	898	86	2	3519	25	23	25	26	2.00
2112533--2112585	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
2114521--2117070	866	2.9	864	88	3	3654	24	24	25	25	2.00
2117954--2118006	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
2117599--2119287	841	2.0	844	87	1	2397	24	24	25	25	2.00
2118795--2118847	26	2.0	26	92	0	88	28	20	26	24	1.99
2119597--2119628	11	2.9	11	95	0	55	15	43	21	18	1.87
2118938--2120556	830	2.0	819	88	3	2433	24	24	24	26	2.00
2123215--2123264	26	1.9	26	95	0	91	30	18	26	26	1.98
2124113--2124164	26	2.0	26	96	0	95	26	17	26	28	1.97
2119732--2126825	898	7.9	898	87	2	9237	25	24	24	26	2.00
2126056--2129742	755	5.1	708	85	5	4462	26	23	23	27	2.00
2129042--2131972	883	3.3	877	85	4	3744	25	23	24	26	2.00
2131449--2131501	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131967--2134988	884	3.4	885	86	3	3782	25	23	24	25	2.00
2134229--2134254	4	6.5	4	100	0	52	0	26	73	0	0.84
2135648--2135700	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
2136535--2136585	26	2.0	26	96	0	93	29	13	29	27	1.94
2137429--2137481	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
2137857--2137903	21	2.2	21	84	0	58	21	8	10	59	1.57
2139221--2139273	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2134930--2143283	903	9.3	902	86	3	11033	25	24	25	25	2.00
2142825--2142877	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
2148357--2148409	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
2148870--2148922	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
2150476--2150528	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
2152114--2152166	26	2.0	26	88	0	79	30	18	26	24	1.98
2153874--2153924	26	2.0	26	96	0	93	29	19	21	29	1.98
2154774--2154826	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
2155673--2155723	26	2.0	26	92	0	84	33	19	15	31	1.93
2150502--2157831	898	8.2	897	85	3	9606	25	24	24	25	2.00
2156576--2156628	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
2157474--2157525	25	2.0	26	88	3	79	26	19	23	30	1.98
2158932--2158984	26	2.0	26	92	0	88	32	20	18	28	1.97
2159830--2159880	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
2160733--2160784	26	2.0	26	88	0	77	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162539--2162590	26	2.0	26	88	3	79	26	21	25	26	1.99
2163287--2163317	11	2.8	11	100	0	62	19	35	29	16	1.93
2163398--2163450	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2158674--2166861	898	9.2	901	86	3	10714	25	24	24	25	2.00
2166082--2166132	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
2166985--2167136	12	12.5	12	69	21	68	27	1	3	67	1.17
2166998--2167122	21	5.8	21	69	27	68	29	2	3	64	1.21
2167068--2167124	17	3.2	17	82	12	53	31	1	1	64	1.13
2166997--2167135	18	7.6	19	68	26	79	28	2	2	66	1.17
2167106--2167154	12	3.8	12	84	10	53	20	2	2	75	1.00
2168159--2168197	16	2.4	16	84	12	53	23	5	0	71	1.05
2168200--2168239	14	2.8	14	88	3	53	12	10	0	77	0.99
2168205--2168244	14	2.5	17	73	23	50	15	10	0	75	1.05
2168247--2168481	58	4.0	59	86	5	343	44	8	12	34	1.73
2168250--2168481	118	2.0	118	91	3	378	44	8	12	34	1.74
2172215--2172257	18	2.2	20	88	8	63	74	0	18	6	1.04
2172215--2172308	17	5.6	18	72	21	62	74	0	20	5	1.01
2172240--2172303	21	2.7	24	76	18	71	78	0	17	4	0.92
2172217--2172299	17	4.9	17	75	18	66	74	0	19	6	1.02
2173552--2173633	41	2.0	42	92	2	139	23	18	21	36	1.95
2173567--2173760	67	3.0	67	86	8	269	21	19	24	35	1.96
2173691--2173726	18	2.0	18	100	0	72	16	22	33	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173649--2173767	59	2.0	60	95	1	213	21	18	26	33	1.96
2173709--2173850	40	3.4	41	93	3	232	22	16	24	36	1.94
2173857--2173911	7	7.9	7	82	11	60	87	9	0	3	0.66
2173857--2173911	9	5.6	10	80	6	60	87	9	0	3	0.66
2174132--2174268	20	7.7	18	70	19	67	29	2	2	65	1.16
2174221--2174268	7	7.3	6	78	17	51	33	0	0	66	0.92
2174201--2174267	10	6.7	10	78	11	57	34	1	0	64	1.03
2174221--2174268	3	14.7	3	83	12	51	33	0	0	66	0.92
2174110--2174283	92	1.9	92	82	15	218	28	2	3	65	1.21
2174113--2174268	16	9.9	16	71	16	73	29	1	3	65	1.19
2175209--2175248	17	2.4	16	84	8	53	22	5	0	72	1.04
2175300--2175593	58	5.0	59	87	5	409	44	7	13	34	1.72
2175300--2175593	117	2.5	117	87	4	423	44	7	13	34	1.72
2176191--2176243	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
2177086--2177138	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
2178884--2178936	26	2.0	26	96	0	97	26	22	24	26	2.00
2176090--2185331	895	10.2	904	85	4	11568	25	24	24	25	2.00
2180228--2180284	26	2.3	26	84	6	73	21	5	21	52	1.66
2180685--2180737	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
2182510--2182562	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2183413--2183465	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
2185040--2185639	312	1.9	312	83	6	775	23	31	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186433--2186485	26	2.0	26	96	0	97	26	22	26	24	2.00
2185355--2188459	903	3.4	903	87	2	4331	25	25	24	24	2.00
2187336--2187388	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
2187834--2189072	613	2.0	615	85	4	1683	25	26	24	23	2.00
2189739--2189790	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
2188456--2190665	886	2.5	885	86	5	2914	25	23	24	25	2.00
2193132--2193184	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
2194044--2194099	26	2.2	26	90	0	85	28	19	23	28	1.98
2190610--2195769	911	5.7	900	84	5	6263	25	23	25	25	2.00
2194957--2195010	26	2.1	26	96	0	99	29	18	24	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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