genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   

This is table  57  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8265846--8265892	6	7.7	6	81	9	51	48	34	0	17	1.47
8265861--8265905	17	2.5	18	85	7	56	44	37	2	15	1.59
8265867--8265981	48	2.4	48	81	5	135	44	37	2	15	1.61
8274547--8274586	19	2.1	19	95	0	71	40	12	10	37	1.77
8278064--8278107	20	2.2	20	87	0	61	25	2	2	70	1.10
8278072--8278126	19	2.8	19	80	2	56	27	1	5	65	1.25
8279166--8279217	16	3.4	14	80	17	52	75	3	13	7	1.17
8279166--8279217	15	3.4	15	82	12	61	75	3	13	7	1.17
8279679--8279711	16	2.0	17	88	5	50	78	0	12	9	0.95
8281608--8281659	22	2.4	22	80	6	61	55	1	13	28	1.49
8281987--8282194	40	5.2	40	77	8	181	34	18	13	33	1.90
8282369--8282440	12	5.9	12	70	20	51	73	16	1	8	1.14
8284639--8284722	7	12.7	7	69	14	54	42	40	2	14	1.58
8284671--8284734	13	5.2	12	79	5	58	43	40	1	14	1.54
8284651--8284734	27	3.3	25	75	9	80	42	41	2	13	1.56
8284715--8284796	42	2.0	42	85	4	112	42	32	3	20	1.70
8285740--8285830	44	2.1	43	83	2	110	34	10	6	48	1.64
8285874--8285911	19	2.1	18	95	5	67	21	0	13	65	1.26
8287764--8287794	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
8287839--8287957	58	2.1	56	82	7	141	53	3	7	35	1.46
8293579--8293651	21	3.3	21	73	17	76	34	8	9	47	1.66
8293536--8293971	45	9.7	45	72	8	273	33	9	13	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8293525--8293826	91	3.3	89	77	6	286	34	8	12	44	1.72
8293574--8293871	136	2.2	134	86	4	395	33	9	13	43	1.75
8293761--8293878	23	5.2	23	75	7	98	30	9	15	44	1.77
8293755--8293969	89	2.4	88	75	8	204	33	10	13	42	1.79
8293904--8293969	21	2.9	22	73	11	53	39	12	9	39	1.74
8294214--8294293	39	2.1	38	83	6	99	22	16	7	53	1.67
8294240--8294293	19	2.8	19	85	0	81	22	16	9	51	1.72
8294229--8294341	19	5.8	18	71	18	75	23	15	8	51	1.72
8294440--8294466	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
8304788--8304939	75	2.0	75	96	2	279	28	11	17	43	1.83
8308373--8308436	12	5.7	11	78	12	60	48	1	1	48	1.20
8309447--8309623	95	1.9	95	90	2	284	46	5	3	43	1.45
8340412--8340545	43	3.1	43	87	3	182	23	14	14	47	1.82
8341795--8341860	18	3.6	18	80	12	71	13	7	3	75	1.13
8341802--8341863	24	2.5	25	84	7	83	16	6	3	74	1.16
8343932--8343971	7	5.7	7	87	0	62	47	35	0	17	1.48
8345239--8345280	16	2.7	15	82	17	50	80	11	0	7	0.88
8348736--8348781	24	1.9	24	81	0	56	52	4	8	34	1.52
8350715--8350904	97	2.0	97	91	0	308	34	11	17	36	1.86
8353393--8353546	57	2.7	57	79	3	168	48	13	13	24	1.78
8354094--8354151	6	9.5	6	87	10	73	15	3	0	81	0.83
8360549--8360573	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8361810--8361845	15	2.4	15	95	0	63	33	22	25	19	1.97
8363739--8363791	16	3.2	17	75	22	58	56	9	11	22	1.63
8371522--8371564	18	2.4	18	92	0	77	9	39	4	46	1.57
8373613--8373690	30	2.6	30	80	11	81	60	1	1	37	1.13
8373708--8373745	20	1.9	20	94	0	67	39	0	7	52	1.31
8376470--8376517	25	1.9	25	95	0	87	31	8	10	50	1.66
8376844--8376882	21	1.9	20	89	5	60	48	7	12	30	1.69
8393037--8393105	25	2.8	26	72	22	76	46	0	0	53	1.00
8403773--8403806	5	7.0	5	96	3	61	58	0	41	0	0.98
8404345--8404401	27	2.2	26	84	9	71	36	5	0	57	1.21
8404649--8404705	23	2.4	24	82	2	71	70	7	1	21	1.20
8405022--8405074	26	2.0	26	82	13	65	3	35	0	60	1.15
8405095--8405158	26	2.7	23	78	9	65	45	4	1	48	1.32
8405413--8405502	3	31.0	3	91	6	150	34	1	0	64	1.01
8409833--8409865	12	2.8	12	86	13	50	0	15	0	84	0.61
8413227--8413348	53	2.3	53	88	4	174	59	9	14	15	1.60
8413336--8413362	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
8414190--8414310	56	2.2	56	78	3	136	20	18	15	45	1.85
8414253--8414572	117	2.7	117	82	4	329	19	19	13	47	1.82
8415121--8415205	26	3.3	26	73	12	84	22	23	21	32	1.98
8416303--8416358	20	2.6	22	83	8	62	55	7	1	35	1.38
8416303--8416350	21	2.4	19	83	10	60	60	8	2	29	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8416878--8416913	19	1.9	19	94	5	65	27	2	0	69	1.02
8420745--8420807	21	3.1	21	76	14	62	42	0	0	57	0.99
8422119--8422228	55	2.1	51	88	8	159	49	23	7	20	1.74
8423887--8423943	29	2.0	29	83	13	73	36	8	5	49	1.57
8423926--8424034	3	34.7	3	71	23	57	37	4	1	55	1.31
8423900--8423991	41	2.3	39	83	10	121	36	6	3	53	1.43
8425797--8425881	37	2.3	37	82	8	93	17	12	7	62	1.52
8425812--8425887	37	2.1	37	85	5	100	15	11	9	63	1.52
8435588--8435867	56	5.2	53	72	16	213	58	12	15	13	1.63
8436527--8436953	114	3.7	114	81	1	383	23	25	16	34	1.95
8436523--8437040	114	4.5	114	78	4	294	23	25	16	34	1.95
8436526--8437117	114	5.2	113	74	8	245	23	25	16	34	1.95
8437343--8437557	3	68.3	3	71	21	113	35	3	3	56	1.35
8437355--8437537	7	26.3	7	74	15	132	37	3	3	55	1.32
8437374--8437522	44	3.3	44	87	8	212	37	3	2	56	1.30
8438401--8438439	19	2.1	18	85	4	51	12	2	5	79	1.00
8444097--8444232	73	1.9	73	82	3	175	31	17	19	31	1.95
8453600--8453651	18	2.8	18	74	11	52	63	0	0	36	0.95
8454505--8454585	37	2.2	38	84	8	105	44	1	4	49	1.32
8454644--8455073	72	5.9	71	78	6	337	38	10	6	44	1.65
8454670--8455073	217	1.9	217	82	6	514	38	9	6	44	1.65
8456733--8457194	149	3.2	143	76	10	416	32	12	12	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8458758--8458820	18	3.4	18	80	10	65	42	36	1	19	1.61
8458758--8458832	37	2.1	37	84	2	98	42	37	1	18	1.59
8458776--8458832	18	3.1	18	85	5	78	43	36	0	19	1.51
8471626--8471660	10	3.5	10	92	0	52	34	0	25	40	1.56
8472348--8472587	132	1.8	133	79	2	286	30	12	10	45	1.77
8478109--8479281	357	3.3	355	88	3	1600	35	12	15	36	1.86
8487656--8487899	131	1.9	132	82	7	309	31	14	11	43	1.81
8488261--8488300	20	1.9	20	90	10	62	75	10	10	5	1.19
8491126--8491160	17	2.1	17	88	0	52	34	0	11	54	1.37
8495093--8495138	24	2.0	22	83	12	56	84	2	8	4	0.83
8495068--8495143	22	3.5	20	75	21	73	81	1	11	5	0.91
8495068--8495142	30	2.5	31	85	8	93	82	1	10	5	0.88
8498325--8498353	10	2.7	11	89	10	51	44	0	0	55	0.99
8499693--8499759	29	2.3	29	80	12	75	49	1	5	43	1.36
8504874--8504922	21	2.2	21	85	7	62	57	2	4	36	1.30
8504874--8504928	22	2.5	21	85	8	65	58	1	3	36	1.26
8505452--8505492	6	6.7	6	88	5	55	29	31	4	34	1.79
8511355--8511394	14	2.9	14	82	14	55	7	15	0	77	0.98
8512075--8512108	18	1.9	18	88	5	52	5	5	14	73	1.21
8512918--8512976	29	2.0	29	100	0	118	23	23	10	42	1.85
8521629--8521683	11	5.0	11	75	20	53	81	0	3	14	0.82
8521630--8521684	23	2.5	22	84	3	74	83	0	3	12	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8521629--8521684	5	10.0	6	78	16	50	82	0	3	14	0.81
8522514--8522570	20	2.8	21	76	15	57	75	3	17	3	1.09
8522518--8522570	21	2.6	21	82	8	65	75	3	16	3	1.10
8522578--8522690	3	38.0	3	80	7	106	66	4	2	26	1.24
8522709--8522792	26	3.2	26	77	8	64	32	15	23	28	1.95
8522785--8522841	26	2.2	26	83	0	69	31	17	22	28	1.97
8534543--8534599	23	2.5	22	78	13	62	78	1	3	15	0.96
8534545--8534598	20	2.8	19	81	15	58	79	1	3	14	0.95
8534849--8534893	19	2.4	19	85	3	56	35	22	17	24	1.95
8535430--8535590	3	55.3	3	77	10	140	67	1	4	25	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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