genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   

This is table  86  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13751673--13752187	118	4.4	117	91	2	800	35	13	6	44	1.70
13751673--13752189	237	2.2	237	92	2	869	35	13	7	44	1.71
13752213--13752293	15	5.2	16	71	16	64	76	2	7	13	1.10
13752198--13752283	41	2.1	41	80	8	95	74	3	8	13	1.18
13752228--13752283	10	5.5	10	77	14	53	76	1	7	14	1.07
13752313--13752357	4	10.8	4	81	9	54	77	2	0	20	0.87
13752313--13752357	13	3.5	13	88	8	58	77	2	0	20	0.87
13752313--13752357	17	2.7	17	89	3	74	77	2	0	20	0.87
13752225--13752357	21	5.8	22	71	20	78	73	3	3	19	1.11
13753281--13753413	10	13.4	10	65	23	50	66	3	2	27	1.21
13753361--13753415	16	3.2	17	75	14	60	70	1	1	25	1.06
13753278--13753437	77	2.1	77	79	11	179	67	4	3	25	1.24
13756098--13756431	58	5.7	57	84	5	434	35	12	6	45	1.68
13756098--13756432	178	1.9	177	86	3	476	35	12	6	45	1.68
13756454--13756521	11	5.7	11	75	13	55	79	2	4	13	1.00
13756465--13756521	17	3.2	17	83	11	62	80	1	5	12	0.95
13757415--13757497	23	3.6	22	76	12	78	67	3	6	22	1.29
13757466--13757631	23	7.1	22	67	16	70	69	2	4	23	1.17
13757505--13757632	18	6.9	17	69	17	69	70	1	3	24	1.13
13757568--13757625	25	2.3	26	81	3	73	68	3	5	22	1.24
13765840--13765909	18	4.1	17	80	9	61	62	0	4	32	1.14
13765840--13765905	16	3.9	16	78	9	60	62	0	4	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13772663--13772716	25	2.2	25	86	0	72	37	1	12	48	1.53
13775511--13775565	26	2.1	26	86	6	76	45	3	14	36	1.63
13782717--13782756	21	2.0	21	85	5	55	62	0	0	37	0.95
13783678--13783731	25	2.2	25	86	0	72	37	1	12	48	1.53
13783633--13783804	86	2.0	86	82	6	206	43	2	11	43	1.55
13785988--13786114	27	4.6	27	67	22	61	34	2	12	50	1.53
13786519--13786573	26	2.1	26	83	6	67	49	1	14	34	1.54
13786857--13786895	19	2.0	20	90	5	62	74	0	0	25	0.82
13793883--13793933	16	3.0	16	71	23	50	62	0	5	31	1.19
13794041--13794066	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
13795122--13795189	34	2.0	34	83	11	86	41	0	13	45	1.43
13795928--13795954	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
13801503--13801826	60	5.5	61	77	10	293	46	5	12	35	1.63
13811422--13811523	40	2.6	38	87	6	141	13	2	59	23	1.48
13815464--13815519	6	9.3	6	98	0	94	19	0	46	33	1.50
13815862--13815986	18	6.9	18	71	15	89	32	29	6	31	1.83
13819797--13819870	9	8.5	8	78	15	60	41	4	9	44	1.55
13831205--13831254	26	2.0	26	84	4	66	42	10	2	46	1.49
13836851--13836876	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13837044--13837099	22	2.6	21	75	25	55	51	0	12	35	1.40
13837385--13837420	11	3.1	11	85	14	54	69	11	0	19	1.18
13838578--13838646	34	2.0	35	91	2	113	36	4	4	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13839699--13839738	21	1.9	21	89	0	62	52	2	2	42	1.28
13839893--13840009	56	2.1	57	87	4	166	60	3	4	31	1.32
13845562--13845590	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
13849335--13849370	17	2.2	17	90	9	58	88	2	8	0	0.59
13852362--13852566	45	4.4	45	81	5	207	40	19	13	26	1.89
13852362--13852609	45	5.3	47	79	5	159	39	19	13	26	1.89
13852362--13852566	94	2.2	91	82	10	240	40	19	13	26	1.89
13852757--13852916	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
13853370--13853529	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
13853676--13853835	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
13853981--13854140	49	3.3	46	76	10	117	38	21	13	26	1.90
13854288--13854447	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
13852450--13857048	307	15.0	307	99	0	9086	37	21	11	29	1.89
13852450--13857048	919	5.0	921	99	0	9086	37	21	11	29	1.89
13854595--13854754	49	3.3	46	76	10	117	38	21	13	26	1.90
13854902--13855033	48	2.8	46	75	10	124	40	19	12	27	1.88
13855208--13855366	49	3.3	46	76	10	115	38	21	13	26	1.91
13855514--13855673	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
13855821--13855980	49	3.3	46	76	10	117	38	21	13	26	1.90
13856128--13856287	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
13856435--13856594	49	3.3	46	76	10	117	38	20	13	26	1.90
13856742--13856901	49	3.3	47	76	7	126	39	20	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13857762--13857789	11	2.5	11	100	0	56	7	7	0	85	0.73
13862550--13862793	123	2.0	124	81	3	285	34	14	15	35	1.89
13870323--13870364	21	2.0	21	82	13	52	19	7	16	57	1.62
13870890--13871241	182	1.9	186	81	10	429	49	5	6	37	1.53
13875543--13875582	20	2.0	20	90	5	62	80	0	7	12	0.91
13875515--13875567	9	5.9	9	75	6	54	77	0	15	7	0.98
13876932--13877025	44	2.1	47	82	9	115	26	10	18	44	1.82
13877040--13877123	44	1.9	44	82	4	107	25	13	20	41	1.88
13877037--13877133	44	2.2	44	77	3	106	23	12	21	42	1.87
13877161--13877191	11	2.7	11	95	5	53	90	6	0	3	0.55
13878191--13878239	25	2.0	26	88	8	75	46	0	6	46	1.27
13878165--13878515	184	1.9	184	82	8	439	44	7	9	39	1.64
13878897--13879145	123	2.0	123	98	0	480	42	11	8	37	1.72
13886975--13887255	153	1.8	153	93	0	490	37	9	16	36	1.82
13893308--13893343	18	1.9	19	88	5	56	30	22	22	25	1.99
13894417--13894700	30	8.8	30	72	18	187	13	13	35	37	1.84
13894432--13894569	69	1.9	72	78	8	149	11	12	37	38	1.79
13894493--13894550	27	2.1	27	96	0	107	3	10	43	43	1.55
13894597--13894668	21	3.4	21	69	14	67	12	12	34	40	1.81
13894591--13894671	42	1.9	43	94	2	146	11	12	35	40	1.78
13894561--13895722	72	15.2	72	74	18	742	9	13	36	40	1.77
13894663--13895722	42	24.4	42	73	19	751	9	13	36	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13894691--13894809	21	5.7	21	69	15	93	5	11	38	43	1.66
13894591--13895661	114	9.7	111	76	17	728	9	13	36	40	1.77
13894711--13894824	21	5.4	20	68	15	70	8	12	35	42	1.73
13894825--13894903	21	3.8	20	68	22	56	7	11	36	44	1.69
13894789--13894856	30	2.3	30	94	2	120	10	11	35	42	1.76
13894846--13894923	21	3.7	21	72	6	77	5	11	39	43	1.63
13894903--13894970	30	2.3	30	89	2	102	11	13	36	38	1.81
13894975--13895042	30	2.3	30	84	2	84	11	13	35	39	1.81
13895062--13895133	21	3.4	21	71	7	74	9	12	36	41	1.76
13895098--13895288	30	6.3	30	76	8	190	10	13	36	39	1.78
13895185--13895241	21	2.7	21	94	0	96	1	10	42	45	1.49
13895257--13895370	21	5.4	21	68	8	79	8	12	35	42	1.73
13895335--13895402	30	2.3	30	94	2	120	10	11	35	42	1.76
13895371--13895449	21	3.8	19	68	22	52	7	11	36	44	1.69
13895392--13895490	21	4.7	21	80	5	119	4	11	40	44	1.59
13895589--13895665	21	3.7	21	66	13	59	12	14	36	36	1.84
13895455--13895722	80	3.4	79	90	6	411	9	13	37	39	1.77
13895456--13895722	122	2.2	114	83	11	331	9	13	37	39	1.78
13895610--13895725	21	5.5	21	66	16	78	7	12	38	41	1.71
13897573--13897860	145	2.0	146	95	2	524	28	18	7	45	1.76
13900048--13900089	2	21.0	2	90	0	66	47	47	2	2	1.28
13908187--13908222	14	2.7	13	91	4	54	86	0	13	0	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13914399--13914686	61	4.7	60	82	10	336	33	13	6	46	1.70
13914399--13914703	123	2.5	121	88	6	420	33	13	6	46	1.70
13914509--13914738	121	1.9	118	79	11	250	39	10	6	43	1.66
13914711--13914800	34	2.6	35	81	10	96	76	1	7	14	1.06
13914751--13914795	6	7.5	6	80	9	56	82	2	2	13	0.86
13914724--13914795	30	2.4	30	84	11	85	79	1	5	13	0.98
13914712--13914794	11	7.8	11	71	15	59	78	1	6	14	1.00
13914818--13914857	4	9.8	4	83	5	53	75	5	0	20	0.99
13914818--13914857	12	3.2	12	92	3	62	75	5	0	20	0.99
13915219--13915280	31	2.0	31	84	6	81	27	19	22	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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