genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   

This is table  59  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8846971--8847015	22	2.0	22	95	0	81	37	6	11	44	1.66
8847529--8847588	29	2.0	30	90	3	95	50	0	1	48	1.11
8847693--8847746	29	1.9	27	85	7	72	46	1	0	51	1.11
8847715--8847758	19	2.4	18	81	7	52	47	0	0	52	1.00
8851078--8851165	44	2.0	44	100	0	176	43	6	25	25	1.79
8852898--8852927	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
8853996--8854021	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8857191--8857237	24	1.9	25	82	4	60	51	14	6	27	1.67
8858502--8858581	23	3.6	23	73	19	71	62	6	5	26	1.40
8865429--8865453	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
8866632--8867847	161	7.6	160	77	9	969	32	9	14	42	1.79
8867228--8867698	153	3.0	152	78	7	482	31	9	15	42	1.79
8879995--8880042	17	2.8	17	93	0	87	14	6	37	41	1.71
8882121--8882399	49	5.6	48	75	10	224	39	13	10	36	1.80
8882114--8882228	56	2.1	56	91	3	187	35	12	9	42	1.75
8882180--8882406	98	2.3	97	86	3	305	41	14	11	33	1.81
8882411--8882553	49	2.9	48	86	5	180	38	11	13	37	1.80
8882545--8882602	25	2.3	25	82	8	73	36	5	20	37	1.75
8882545--8882603	26	2.3	26	85	5	77	37	5	20	37	1.75
8890971--8891011	11	3.9	11	78	12	50	36	9	12	41	1.76
8894508--8894570	27	2.3	27	80	5	63	11	12	4	71	1.29
8894519--8894574	27	2.0	28	89	3	87	10	8	1	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8894493--8894574	28	3.0	27	80	7	85	9	10	4	74	1.21
8898111--8898168	29	2.0	30	86	3	82	43	3	0	53	1.17
8903797--8903844	12	4.0	12	78	10	53	75	2	0	22	0.91
8904773--8904808	3	12.7	3	88	11	58	30	0	0	69	0.89
8905341--8905632	46	6.3	46	76	6	202	43	16	9	30	1.79
8905388--8905632	46	5.3	46	77	3	235	44	17	8	29	1.79
8905388--8905632	92	2.7	92	85	2	296	44	17	8	29	1.79
8905328--8905612	138	2.1	139	80	6	319	42	15	10	31	1.80
8906606--8906652	9	5.1	9	80	12	51	8	12	2	76	1.09
8906606--8906649	18	2.4	18	88	3	61	6	11	2	79	1.01
8908983--8909032	20	2.4	21	86	3	75	78	0	20	2	0.86
8909988--8910354	70	5.3	69	79	6	332	29	13	13	43	1.81
8910038--8910342	33	8.8	32	68	14	110	28	13	13	44	1.81
8909995--8910359	137	2.6	139	78	6	391	29	13	12	44	1.81
8910581--8910780	41	4.9	40	81	1	184	28	19	13	39	1.89
8910597--8910780	82	2.2	83	83	3	221	28	19	12	39	1.88
8910792--8911115	42	7.8	42	74	6	241	29	19	13	37	1.90
8911040--8911105	19	3.3	19	66	12	51	28	19	13	37	1.90
8910869--8911117	41	6.1	40	76	8	214	29	18	14	37	1.91
8911154--8911193	21	1.9	21	90	10	64	80	5	10	5	1.02
8913225--8913287	25	2.4	26	78	5	74	47	39	0	12	1.42
8913281--8913324	13	3.4	12	84	12	52	50	29	0	20	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8913264--8913324	26	2.3	27	81	10	65	52	31	0	16	1.44
8913341--8913469	20	6.7	18	71	15	80	46	38	0	14	1.45
8913421--8913465	13	3.5	13	79	11	56	44	44	0	11	1.39
8913337--8913463	64	2.0	63	85	11	170	48	37	0	14	1.44
8913351--8913468	26	4.4	25	71	22	87	46	38	0	14	1.45
8913225--8913469	7	37.4	7	69	19	106	47	36	0	15	1.50
8922251--8922581	167	2.0	167	91	0	536	22	20	15	41	1.89
8924617--8924644	12	2.3	12	100	0	56	0	14	7	78	0.95
8926466--8926680	113	1.9	114	90	2	344	30	12	15	41	1.84
8928361--8928406	21	2.1	22	88	4	67	26	8	6	58	1.52
8932850--8933026	62	2.8	62	76	1	183	40	10	10	39	1.73
8933387--8933996	144	4.2	142	73	10	497	31	11	13	42	1.81
8935475--8935606	20	6.7	19	69	13	70	43	38	1	16	1.58
8935488--8935551	32	2.0	33	81	9	78	43	34	0	21	1.53
8935490--8935565	39	2.0	39	84	7	102	43	31	1	23	1.62
8935575--8935618	20	2.2	20	84	8	54	47	38	2	11	1.52
8935797--8935834	20	1.9	20	94	0	67	44	39	2	13	1.57
8935719--8935773	20	2.7	21	80	5	76	41	36	1	20	1.63
8935887--8935927	20	2.0	21	85	4	57	46	46	2	4	1.37
8936509--8936583	30	2.5	31	80	8	82	42	8	9	40	1.66
8938329--8938355	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8938698--8938752	22	2.5	22	78	0	56	63	1	1	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8946694--8946726	16	2.1	16	94	0	57	36	0	21	42	1.53
8946700--8946733	16	2.1	16	88	0	50	35	2	20	41	1.68
8952059--8952101	18	2.2	20	92	8	72	13	2	4	79	1.00
8952519--8952543	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
8955020--8955106	44	2.0	44	97	0	165	36	9	26	27	1.87
8960697--8960805	30	3.6	30	79	4	121	40	4	15	39	1.68
8961531--8961728	103	1.9	104	88	3	301	38	12	11	37	1.78
8969322--8969362	19	2.0	20	86	9	57	34	4	0	60	1.18
8970124--8970167	16	2.8	16	86	3	54	50	15	6	27	1.70
8970278--8970316	17	2.4	17	86	4	53	82	7	0	10	0.86
8970835--8970879	20	2.2	20	84	7	56	11	8	15	64	1.49
8972986--8973012	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8973243--8973302	19	3.0	20	83	9	70	50	0	1	48	1.11
8979481--8979620	40	3.3	40	72	18	120	15	0	61	22	1.38
8979536--8979620	39	2.2	40	91	6	138	16	0	60	23	1.36
8979485--8979587	50	2.0	51	90	1	163	12	0	62	24	1.36
8979536--8979630	39	2.4	39	87	6	113	15	0	61	23	1.34
8980114--8980162	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
8980445--8980502	27	2.3	24	78	18	64	32	0	10	56	1.33
8983556--8983592	6	6.2	6	90	0	56	21	0	48	29	1.50
8983555--8983590	18	2.0	18	94	0	63	25	0	47	27	1.52
8983936--8984060	18	6.9	18	72	13	105	32	35	4	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8983940--8983982	21	2.0	21	95	0	77	25	44	2	27	1.66
8986130--8986175	2	23.0	2	90	0	74	50	45	0	4	1.21
8989378--8989436	4	14.8	4	75	10	50	27	22	5	45	1.73
8995892--8995935	19	2.3	19	84	4	52	59	15	4	20	1.54
8996407--8996468	30	2.0	33	87	9	94	45	19	19	16	1.86
8997678--8997707	16	1.9	16	93	6	53	40	20	0	40	1.52
9005059--9005111	3	18.7	3	88	7	76	69	0	1	28	0.99
9008342--9008393	21	2.5	21	93	6	88	50	0	0	50	1.00
9008379--9008419	8	5.2	8	85	2	57	58	0	0	41	0.98
9009684--9009770	35	2.5	35	86	5	113	8	20	1	70	1.20
9017760--9017817	28	2.0	31	80	12	70	24	12	10	53	1.68
9019977--9020046	36	1.9	36	83	11	90	24	27	12	35	1.92
9019977--9020047	18	4.0	17	73	14	63	23	28	12	35	1.92
9020397--9020629	41	5.6	41	78	8	229	31	15	18	35	1.91
9020397--9020629	83	2.8	83	80	9	267	31	15	18	35	1.91
9021857--9021902	24	1.9	24	81	0	56	10	6	4	78	1.08
9021887--9021976	7	12.0	7	74	13	56	16	6	1	75	1.07
9021909--9021966	22	2.8	22	85	12	79	18	3	1	75	1.03
9021906--9021976	25	3.0	23	80	17	74	18	2	1	77	0.97
9022165--9022235	16	4.6	16	73	16	60	25	5	14	54	1.61
9022241--9022297	25	2.2	25	84	9	71	28	7	10	54	1.60
9022228--9022297	26	2.7	25	77	14	79	28	7	10	54	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9022885--9022914	16	1.9	15	93	6	51	43	3	0	53	1.17
9027021--9027070	25	2.0	25	84	7	66	44	0	2	54	1.11
9027712--9027777	29	2.3	29	81	0	78	30	10	10	48	1.71
9027738--9027794	29	2.0	29	86	6	80	29	10	8	50	1.67
9030431--9030482	27	1.9	27	92	0	86	55	11	5	26	1.58
9031734--9031763	10	3.0	10	95	0	51	10	3	0	86	0.67
9033084--9033127	17	2.5	18	81	7	54	25	9	4	61	1.45
9033969--9033993	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
9041482--9041660	97	1.8	96	81	9	220	55	3	6	34	1.41
9041804--9041842	13	3.0	13	80	0	51	30	0	5	64	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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