genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  17  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2475155--2475224	18	4.1	17	74	18	65	75	1	0	22	0.88
2475153--2475249	46	2.0	46	83	16	117	72	2	0	25	0.96
2475158--2475247	14	6.6	14	69	18	57	71	1	0	27	0.94
2475151--2475247	44	2.2	45	80	10	110	72	1	0	26	0.92
2475260--2475294	17	2.1	17	89	10	54	80	2	0	17	0.84
2475630--2475689	26	2.4	26	91	5	97	26	28	20	25	1.99
2476522--2476574	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
2475369--2492188	903	18.6	902	78	9	14909	25	24	24	25	2.00
2479189--2479241	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
2480091--2480143	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
2475369--2486125	902	12.1	886	84	4	12454	25	24	23	25	2.00
2480982--2481031	26	1.9	26	100	0	100	26	28	18	28	1.98
2481887--2481939	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2485405--2485459	26	2.1	27	89	3	85	23	25	18	32	1.97
2486349--2486407	26	2.3	26	96	0	109	6	49	27	16	1.71
2486442--2486494	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2486375--2486697	173	1.9	173	88	0	493	21	30	26	22	1.99
2490114--2490166	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2493421--2493472	26	2.0	26	88	0	77	30	25	17	26	1.97
2493665--2493716	26	2.0	26	92	0	86	34	26	13	25	1.93
2493422--2493907	243	2.0	244	84	2	636	20	23	32	24	1.98
2495303--2495353	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495956--2496034	26	3.0	26	92	0	131	29	25	17	27	1.98
2497757--2497858	26	3.9	26	77	0	105	27	21	17	33	1.96
2498709--2498761	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
2500318--2500370	26	2.0	26	85	0	70	26	22	18	32	1.97
2501216--2501268	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2499443--2503130	890	4.1	897	86	3	4840	25	24	24	25	2.00
2502116--2502166	26	2.0	26	96	0	93	23	23	25	27	2.00
2503006--2503055	26	1.9	26	100	0	100	24	26	22	28	1.99
2503231--2503280	26	1.9	26	100	0	100	30	26	16	28	1.96
2502947--2503447	226	2.2	226	89	1	745	16	30	29	24	1.96
2504114--2504166	26	2.0	26	96	0	97	28	26	20	24	1.99
2504140--2506965	704	3.9	718	87	3	3962	26	23	23	26	2.00
2508075--2508127	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2508969--2509021	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2506288--2512533	904	6.9	897	83	6	7176	25	25	24	25	2.00
2509873--2509925	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
2514139--2515608	710	2.1	699	88	2	2192	26	23	23	26	2.00
2515738--2515790	26	2.0	26	92	7	90	28	26	16	28	1.97
2518407--2518459	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
2519309--2519361	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
2520200--2520249	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
2521986--2522038	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2524673--2524722	26	1.9	26	95	0	91	26	26	18	30	1.98
2514873--2540522	902	28.4	902	80	7	24587	25	24	24	25	2.00
2525577--2525629	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2529110--2529188	26	3.0	26	96	0	140	25	26	21	26	1.99
2530034--2530081	25	1.9	25	95	0	87	22	29	20	27	1.99
2530931--2530983	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
2532880--2532932	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2532613--2533135	173	3.0	172	86	0	670	20	29	27	22	1.99
2536584--2536635	26	2.0	26	92	0	86	26	26	17	28	1.97
2534126--2540522	895	7.1	892	84	5	7637	25	24	23	26	2.00
2540171--2540223	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2540730--2540782	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
2542277--2542329	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
2543170--2543222	26	2.0	26	92	7	90	30	22	18	28	1.98
2543170--2543655	242	2.0	244	81	3	577	20	23	31	24	1.98
2545710--2545788	26	3.0	25	90	7	122	27	24	18	29	1.98
2546639--2548187	808	1.9	804	87	4	2292	27	23	23	26	2.00
2548314--2548364	26	2.0	26	100	0	102	27	25	19	27	1.99
2547619--2550342	864	3.1	866	83	5	3345	25	24	24	25	2.00
2549496--2551052	842	1.9	841	87	2	2324	25	24	23	26	2.00
2550904--2550954	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
2551130--2551179	26	1.9	26	95	0	91	36	26	10	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550828--2551345	226	2.3	226	88	2	747	18	29	26	25	1.98
2553670--2553722	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
2552038--2560703	901	9.7	893	85	5	10570	25	24	23	25	2.00
2557223--2557301	26	3.0	26	98	0	149	27	26	18	26	1.98
2558135--2558187	26	2.0	26	96	0	97	26	28	18	26	1.98
2559016--2559068	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
2559947--2562858	718	4.1	719	89	2	4351	26	23	23	26	2.00
2562969--2563021	26	2.0	26	96	0	97	28	28	16	26	1.97
2562089--2569848	879	8.8	875	84	5	9352	25	24	24	25	2.00
2564740--2564790	26	2.0	26	100	0	102	25	27	19	27	1.99
2568286--2568338	26	2.0	26	96	0	97	24	22	20	32	1.98
2571493--2571545	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
2574130--2574182	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
2577610--2577665	27	2.1	27	82	0	67	30	25	19	25	1.98
2578510--2578560	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
2575032--2581240	897	7.1	894	80	8	6479	25	24	24	25	2.00
2580266--2580318	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
2574247--2581205	897	8.0	860	79	9	6382	25	23	24	26	2.00
2581029--2581061	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
2582865--2582915	26	2.0	26	96	0	93	25	27	17	29	1.98
2584643--2584695	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2586415--2586467	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582242--2588092	879	6.6	869	84	6	6909	25	24	23	25	2.00
2588452--2588511	26	2.4	26	91	5	97	28	26	20	25	1.99
2588095--2593290	896	5.8	898	87	3	6852	25	25	24	24	2.00
2591123--2591175	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
2595062--2595112	26	2.0	26	96	0	93	29	29	13	27	1.94
2595963--2596015	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
2594358--2596325	902	2.2	902	88	1	2924	26	24	23	26	2.00
2597517--2597595	26	3.0	26	94	0	140	27	21	18	31	1.97
2596348--2599142	915	3.1	889	84	6	3615	25	24	24	25	2.00
2599180--2599232	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
2602716--2602768	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
2601840--2607010	902	5.8	903	86	2	6592	26	24	23	25	2.00
2603618--2603668	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
2607372--2607424	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
2609414--2609464	26	2.0	26	96	0	93	29	23	15	31	1.95
2611862--2611895	4	8.5	4	86	0	50	0	67	26	5	1.13
2612075--2612127	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
2612972--2613024	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
2614761--2614813	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2611142--2619720	903	9.6	902	85	3	10909	25	24	23	25	2.00
2615664--2615716	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
2619910--2619962	26	2.0	26	88	0	79	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2620813--2620865	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
2621624--2621675	26	2.0	26	92	7	88	26	23	21	28	1.99
2625030--2625082	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2626859--2627201	59	5.8	58	84	7	406	34	13	8	44	1.73
2626859--2627212	122	3.0	118	84	8	448	33	13	8	44	1.73
2627233--2627292	16	3.9	14	79	10	57	76	1	6	15	1.06
2627228--2627294	31	2.1	33	83	10	86	76	1	5	16	1.06
2627259--2627308	25	2.0	26	84	4	66	72	2	10	16	1.21
2628228--2628268	21	2.0	21	85	0	55	65	0	7	26	1.18
2628232--2628285	18	2.9	19	83	8	58	68	0	3	27	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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