genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  126  of  129  ( 15374 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22125990--22126039	22	2.1	24	82	17	61	50	0	0	50	1.00
22126049--22126085	10	3.6	10	96	3	65	56	0	0	43	0.99
22126437--22126461	12	2.1	12	100	0	50	32	52	8	8	1.60
22128112--22128333	120	1.8	121	88	4	342	39	18	12	30	1.87
22131127--22131158	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
22131979--22132042	32	2.0	32	93	0	110	46	6	15	31	1.71
22137917--22137961	11	4.2	11	83	10	58	46	0	0	53	1.00
22152860--22152899	15	2.6	16	88	4	55	5	22	0	72	1.04
22153794--22154057	145	1.8	146	82	6	349	35	12	10	40	1.78
22155282--22155481	63	3.2	63	83	0	166	31	20	18	30	1.96
22155332--22155522	63	3.0	62	83	4	215	26	19	20	32	1.97
22157810--22157876	34	2.0	34	84	0	89	37	8	17	35	1.82
22158844--22158879	11	3.2	11	88	4	54	72	2	13	11	1.23
22158844--22158887	22	2.0	21	86	4	61	70	2	13	13	1.26
22158964--22159130	60	2.8	59	77	8	167	32	16	11	40	1.84
22159170--22159307	57	2.4	58	83	6	165	31	15	10	42	1.80
22158966--22159379	177	2.3	179	81	7	464	33	15	11	40	1.83
22159228--22159489	123	2.2	119	80	9	282	37	12	12	37	1.81
22159262--22159608	182	1.9	183	83	3	448	36	12	13	36	1.83
22159541--22159675	59	2.2	61	78	15	147	31	14	8	45	1.76
22159687--22159837	60	2.5	60	80	7	173	29	12	17	40	1.87
22159692--22159851	61	2.7	60	80	2	160	31	12	14	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22161203--22161235	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
22162779--22162885	30	3.6	31	77	8	107	51	0	7	40	1.36
22162776--22162910	61	2.3	58	81	11	148	51	1	6	40	1.37
22164047--22164111	31	2.1	32	82	8	80	49	1	4	44	1.32
22165573--22165610	20	2.0	20	85	15	53	31	0	13	55	1.38
22170496--22170534	21	1.9	20	84	5	51	64	0	0	35	0.94
22170493--22170539	20	2.3	20	78	7	51	59	0	0	40	0.97
22171131--22171188	23	2.5	23	100	0	116	37	6	12	43	1.69
22171702--22171815	34	3.4	34	71	16	101	36	6	18	38	1.76
22174822--22174851	12	2.5	12	94	0	51	33	0	20	46	1.51
22185549--22185583	16	2.2	16	89	0	52	60	0	0	40	0.97
22185549--22185593	22	2.0	23	87	8	67	60	0	0	40	0.97
22197844--22198544	244	3.0	237	86	5	967	27	27	21	23	1.99
22199990--22200028	16	2.5	15	88	8	60	20	35	7	35	1.81
22200715--22200747	9	3.6	9	95	4	57	27	0	0	72	0.85
22200842--22200916	27	2.8	26	71	19	66	58	0	0	41	0.98
22200847--22200900	25	2.3	22	84	9	63	62	0	0	37	0.95
22209517--22209556	20	2.0	21	95	5	73	55	2	0	42	1.13
22211015--22211068	19	2.8	20	81	18	53	50	0	0	50	1.00
22211034--22211078	19	2.3	20	81	11	58	48	2	0	48	1.13
22221448--22221490	17	2.7	16	85	7	52	37	2	6	53	1.41
22221848--22221881	18	2.0	17	88	11	52	70	0	2	26	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22222085--22222124	21	2.0	20	85	14	55	45	0	5	50	1.23
22222172--22222239	23	2.7	23	72	23	57	50	2	1	45	1.26
22223464--22223492	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
22227421--22227445	12	2.1	12	100	0	50	24	24	44	8	1.80
22230051--22230125	33	2.3	33	88	4	107	53	8	33	5	1.53
22231701--22231764	31	2.1	31	100	0	128	35	21	18	23	1.95
22233309--22233333	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
22233265--22233418	57	2.7	57	86	8	206	49	3	10	36	1.56
22237212--22237246	14	2.4	14	90	4	52	85	0	11	2	0.69
22238580--22238625	24	1.9	24	81	0	56	34	15	13	36	1.86
22238540--22238655	59	2.0	58	86	5	162	31	17	14	36	1.90
22238614--22238697	34	2.5	34	84	0	123	29	16	11	41	1.84
22238486--22238655	93	1.8	93	84	2	234	31	17	14	35	1.90
22238628--22238688	17	3.6	17	75	0	68	31	11	14	42	1.81
22238677--22238715	18	2.2	18	85	0	51	23	23	7	46	1.78
22238643--22238744	52	2.0	52	82	7	127	28	18	11	41	1.86
22238948--22239106	85	1.9	85	86	2	230	22	16	15	44	1.86
22238946--22239142	85	2.3	83	80	6	223	21	18	14	45	1.85
22244887--22244935	21	2.5	19	83	9	64	42	0	0	57	0.99
22244892--22244933	23	1.9	21	85	9	57	40	0	0	59	0.97
22244919--22244964	24	1.9	25	83	16	62	47	2	0	50	1.13
22246078--22246132	14	3.6	15	75	18	51	50	7	0	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22252596--22252681	31	2.8	31	85	0	118	46	19	3	30	1.67
22258083--22258115	14	2.3	15	89	5	50	36	12	6	45	1.66
22270629--22270659	14	2.1	15	94	5	55	41	0	0	58	0.98
22274205--22274347	71	2.0	71	100	0	286	29	11	25	34	1.90
22274365--22274391	9	3.0	9	100	0	54	11	0	55	33	1.35
22277252--22277433	94	1.9	94	85	4	251	34	13	13	38	1.84
22277914--22278078	84	2.0	84	83	0	213	32	21	15	30	1.94
22278086--22278163	41	1.9	41	89	0	120	28	28	8	34	1.87
22282538--22282571	2	18.0	2	88	11	54	0	50	0	50	1.00
22284591--22284654	8	8.1	8	77	19	55	34	1	1	62	1.14
22284591--22284648	3	20.0	3	76	13	59	34	1	0	63	1.04
22287783--22287814	15	2.1	15	94	0	55	59	6	0	34	1.23
22296361--22296559	60	3.2	60	87	6	258	40	8	8	42	1.66
22296738--22296764	14	1.9	14	100	0	54	22	0	18	59	1.38
22301969--22302036	32	2.2	32	81	7	77	32	0	2	64	1.08
22304105--22304194	19	5.0	19	78	16	70	47	7	1	43	1.39
22304130--22304207	16	4.7	16	78	12	61	44	7	1	46	1.40
22304130--22304269	68	2.1	68	83	15	175	42	7	3	47	1.48
22304130--22304278	34	4.4	32	76	19	117	42	6	4	46	1.49
22304150--22304281	15	8.0	15	71	24	72	42	6	3	47	1.46
22305332--22305370	19	2.1	19	85	0	51	61	17	0	20	1.34
22316291--22316336	8	6.0	8	80	10	51	39	0	60	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22334204--22334251	24	2.0	24	92	8	80	33	0	6	60	1.22
22336123--22336148	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22349341--22349380	21	1.9	21	84	0	53	47	0	5	47	1.24
22349401--22349470	33	2.2	32	80	7	79	52	4	0	42	1.20
22352218--22352244	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
22358364--22358431	30	2.2	32	87	7	97	48	1	8	41	1.43
22367660--22367746	39	2.2	40	82	10	99	45	4	1	48	1.30
22373871--22373940	36	1.9	36	83	13	90	55	1	0	42	1.08
22373842--22373952	42	2.6	41	81	13	111	53	0	0	45	1.06
22377678--22377768	30	3.1	31	76	12	109	41	17	14	26	1.88
22387800--22387835	18	2.0	18	100	0	72	33	27	22	16	1.95
22387844--22387885	21	2.0	21	100	0	84	23	9	23	42	1.83
22389502--22389658	52	3.0	52	87	5	219	42	9	22	24	1.83
22391817--22391855	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
22393569--22393620	2	26.0	2	82	0	59	53	1	1	42	1.23
22393569--22393620	16	3.2	16	83	0	68	53	1	1	42	1.23
22393844--22393874	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
22394076--22394106	3	10.0	3	93	6	53	64	3	32	0	1.09
22395080--22395165	42	2.0	43	84	2	111	40	15	9	34	1.79
22395192--22395308	61	1.9	61	81	6	139	39	13	16	30	1.87
22395755--22395868	33	3.5	33	75	0	102	29	15	16	37	1.90
22399001--22399056	27	2.1	26	83	9	69	14	0	8	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22400878--22400906	12	2.3	13	94	5	51	17	3	20	58	1.53
22401748--22401883	62	2.2	61	78	8	150	34	13	12	39	1.82
22402646--22402715	34	2.1	34	84	10	90	24	17	14	44	1.85
22409955--22410013	29	2.0	29	83	6	75	49	1	3	45	1.28
22411222--22411250	11	2.7	11	94	5	51	58	0	0	41	0.98
22411260--22411297	20	1.9	19	89	5	58	31	0	0	68	0.90
22414975--22415097	16	7.9	15	75	12	88	20	2	31	45	1.64
22414977--22415055	15	5.1	15	82	10	97	16	2	34	46	1.60
22414977--22415143	30	5.2	33	76	13	116	21	2	28	47	1.63
22416615--22416658	20	2.1	21	83	8	54	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129