genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  56  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8060377--8060418	22	1.9	22	100	0	84	35	7	9	47	1.64
8061349--8061387	18	2.2	18	100	0	78	15	15	7	61	1.55
8062485--8062630	73	2.0	73	89	5	224	51	18	8	21	1.73
8064245--8064286	19	2.2	19	95	0	75	28	9	14	47	1.75
8064920--8064996	22	3.2	22	68	25	57	42	9	2	45	1.49
8064923--8065022	50	1.9	51	88	6	148	41	9	2	48	1.46
8064956--8065029	31	2.4	30	82	8	96	43	6	0	50	1.29
8069659--8069683	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
8070520--8070569	20	2.5	20	76	3	55	50	8	16	26	1.72
8070758--8071234	142	3.3	143	78	4	415	33	11	13	41	1.80
8070684--8071188	145	3.5	144	77	4	387	34	12	12	40	1.81
8073782--8073853	6	11.8	6	75	19	51	73	2	1	22	1.04
8073795--8073922	3	43.3	3	77	9	77	63	2	7	27	1.33
8073907--8073987	5	15.0	5	76	13	72	53	4	3	38	1.41
8073915--8073953	12	3.2	12	85	0	51	48	7	2	41	1.45
8074349--8074476	65	2.0	65	82	0	157	39	13	29	17	1.87
8075041--8075189	60	2.5	60	79	0	163	38	12	28	20	1.88
8075350--8075640	86	3.4	86	80	2	255	35	12	20	31	1.90
8081296--8081378	19	4.4	18	75	17	71	72	3	4	19	1.18
8081306--8081378	19	4.0	17	81	18	85	72	2	5	19	1.16
8082225--8082278	9	6.0	9	86	0	54	77	3	0	18	0.91
8082219--8082278	15	3.9	15	78	12	50	76	3	1	18	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082326--8082405	5	15.0	5	77	12	70	55	5	1	38	1.30
8083240--8083308	19	3.6	19	76	0	66	43	34	5	15	1.71
8083375--8083562	12	15.8	12	68	24	57	48	36	0	13	1.47
8083430--8083483	25	2.1	26	86	3	74	51	31	1	14	1.53
8083375--8083546	31	5.5	31	74	17	133	48	36	0	14	1.48
8083378--8083515	56	2.5	56	75	7	136	47	36	0	14	1.50
8083378--8083535	19	8.4	19	75	9	137	47	36	0	15	1.50
8088357--8088392	18	1.9	19	88	5	56	16	5	0	77	0.94
8088296--8088438	72	2.0	70	80	8	155	36	10	4	48	1.57
8088862--8088958	20	4.4	20	72	22	79	18	2	35	44	1.62
8088862--8088958	7	14.3	7	69	11	51	18	2	35	44	1.62
8088879--8088931	27	2.0	27	84	0	70	20	1	35	41	1.64
8090111--8090148	10	3.5	11	82	10	51	63	0	18	18	1.32
8090217--8090266	24	2.1	23	85	3	64	4	10	6	80	1.02
8091769--8091918	31	4.9	31	77	4	142	23	21	20	34	1.97
8102853--8102898	20	2.2	20	80	3	56	10	2	10	76	1.12
8103443--8103501	25	2.4	26	83	11	88	52	8	15	23	1.70
8103532--8103581	9	5.9	8	77	13	55	10	16	2	72	1.21
8104731--8104788	27	2.2	27	84	3	73	13	3	41	41	1.62
8116427--8116689	64	4.1	62	75	8	217	38	12	15	33	1.85
8116427--8116786	128	2.8	128	76	8	295	35	14	15	34	1.88
8120177--8120320	73	2.0	73	98	0	279	36	11	14	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8121203--8122011	293	2.8	291	82	5	1013	36	14	14	34	1.87
8121868--8122012	63	2.3	63	82	5	170	36	15	13	34	1.87
8121868--8122048	63	2.9	63	79	4	152	39	16	11	32	1.85
8129705--8129751	24	2.0	24	84	16	62	51	0	6	42	1.27
8129844--8130088	55	4.5	55	68	15	145	43	14	12	29	1.82
8129937--8130126	105	1.8	103	84	8	260	44	13	16	24	1.84
8130021--8130129	56	2.0	54	82	8	130	43	15	16	24	1.87
8130569--8130627	26	2.3	26	96	0	109	18	28	23	28	1.98
8131875--8131910	6	5.8	6	87	6	54	19	2	0	77	0.88
8131875--8131916	18	2.3	18	88	8	59	21	2	0	76	0.90
8131878--8131919	12	3.6	12	75	18	52	21	2	0	76	0.90
8131878--8131925	18	2.7	18	80	6	53	22	2	0	75	0.91
8132368--8132409	13	3.3	12	81	18	50	21	2	0	76	0.90
8133978--8134011	17	2.0	17	88	11	52	17	8	0	73	1.08
8135022--8135072	24	2.2	22	79	6	57	21	7	0	70	1.12
8139685--8139843	83	1.9	82	89	1	246	28	21	15	34	1.94
8149790--8149844	25	2.5	20	72	25	56	41	1	27	29	1.66
8149798--8149846	25	2.0	25	100	0	98	40	2	28	28	1.68
8152699--8153205	249	2.0	248	94	1	906	36	14	21	27	1.93
8153623--8153672	21	2.3	22	86	3	66	22	18	0	60	1.37
8158834--8158882	20	2.3	20	89	6	71	53	12	2	32	1.50
8164803--8164934	59	2.3	58	81	6	151	46	6	9	37	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169906--8169941	18	1.9	19	94	5	65	72	0	22	5	1.05
8171047--8171110	25	2.6	25	97	0	119	40	10	10	37	1.76
8171129--8171156	14	2.0	14	100	0	56	21	7	14	57	1.61
8171081--8171289	60	3.5	60	86	0	292	33	11	13	41	1.80
8171187--8171214	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
8171247--8171276	14	2.1	14	93	0	51	23	16	10	50	1.75
8171337--8171389	20	2.6	21	84	3	63	39	13	13	33	1.83
8171278--8171592	79	4.0	79	88	0	459	35	13	18	32	1.89
8171337--8171390	21	2.7	20	85	2	63	38	12	12	35	1.82
8171278--8171566	158	1.8	159	93	0	508	37	13	16	32	1.88
8171495--8171547	21	2.6	21	84	3	63	39	11	11	37	1.77
8171655--8171744	42	2.1	44	83	4	112	32	13	18	35	1.90
8172034--8172175	44	3.2	44	76	9	162	23	11	20	44	1.84
8172034--8172227	45	4.3	46	72	10	143	26	13	19	40	1.89
8172022--8172226	89	2.3	89	89	0	311	26	14	20	38	1.91
8172499--8172559	29	2.1	28	82	8	70	21	8	1	68	1.24
8174114--8174407	58	5.0	57	83	8	317	46	8	11	33	1.71
8182073--8182102	16	1.9	15	93	6	51	73	0	0	26	0.84
8182494--8182544	24	2.2	23	79	6	59	47	7	11	33	1.69
8182640--8182684	21	2.0	23	87	8	67	42	8	11	37	1.72
8182536--8182786	66	3.8	66	74	4	195	41	11	9	37	1.75
8182726--8182853	65	2.0	65	82	3	159	44	13	3	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182920--8183019	21	4.6	21	71	8	76	43	10	7	40	1.65
8182941--8183092	43	3.4	44	79	3	144	46	9	7	36	1.65
8187202--8187231	15	2.0	15	93	0	51	33	3	16	46	1.64
8190615--8190641	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
8200372--8200491	37	3.3	37	72	2	116	35	12	21	30	1.90
8202574--8202693	48	2.6	47	80	9	138	17	2	34	45	1.62
8202654--8202688	17	2.0	18	88	5	54	11	2	40	45	1.55
8207078--8207161	36	2.3	36	93	0	141	39	21	8	30	1.83
8216549--8216715	45	3.7	45	80	0	183	38	14	11	35	1.83
8216557--8216735	90	2.0	90	82	2	216	40	12	12	34	1.81
8217392--8217548	50	3.2	49	74	5	120	36	8	15	38	1.79
8217656--8217793	50	2.8	48	75	10	145	24	5	16	52	1.65
8217899--8218020	50	2.5	51	79	11	128	30	4	21	43	1.73
8221981--8222064	41	2.0	41	100	0	168	38	16	16	28	1.91
8222643--8222813	85	2.0	85	93	0	288	42	12	20	25	1.87
8224361--8224424	18	3.6	18	78	19	64	78	0	17	4	0.92
8225384--8225499	35	3.3	35	79	0	97	18	24	9	48	1.77
8225555--8226173	35	17.7	34	74	9	288	18	22	10	48	1.78
8225616--8226179	140	4.0	140	76	5	336	18	22	10	48	1.77
8225443--8225921	176	2.7	175	77	7	472	17	23	10	48	1.78
8225342--8226177	105	8.0	105	73	10	443	18	22	10	48	1.78
8227799--8227858	3	20.0	3	96	0	111	65	0	1	33	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8228196--8228245	13	3.8	13	81	5	55	40	30	12	18	1.86
8239935--8239994	10	6.0	10	73	13	52	28	10	13	48	1.74
8241288--8241324	15	2.5	15	91	4	58	18	8	2	70	1.25
8243528--8243566	15	2.6	15	95	0	69	46	12	28	12	1.79
8245180--8245535	143	2.5	143	77	9	355	33	13	12	40	1.83
8250566--8250688	50	2.5	50	80	5	133	45	20	4	30	1.69
8250818--8250935	49	2.4	49	81	6	134	52	16	5	25	1.64
8251863--8252031	45	3.8	45	79	0	167	34	12	14	39	1.83
8265846--8265900	19	3.0	19	84	5	60	47	34	0	18	1.49
8265861--8265885	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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