genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12--46	13	2.6	13	90	4	52	80	0	14	5	0.89
344--2043	181	9.3	179	73	11	1190	43	8	7	39	1.65
785--840	18	3.2	18	75	12	62	35	8	7	48	1.62
1253--2043	183	4.4	180	75	10	608	44	9	7	39	1.64
2058--2116	17	3.4	17	71	17	50	54	1	1	42	1.20
2214--2277	24	2.8	24	84	13	73	46	0	0	53	1.00
3631--4160	253	2.1	253	94	0	936	29	14	11	43	1.81
4261--4300	21	1.9	21	94	0	71	47	10	12	30	1.74
4677--4720	17	2.6	17	85	10	63	54	2	0	43	1.12
5783--5834	17	3.1	17	78	13	54	53	1	0	44	1.11
5791--5839	22	2.2	23	82	7	57	53	2	0	44	1.12
5984--6008	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
6539--6568	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
6909--6945	11	3.2	11	92	7	56	54	0	0	45	1.00
6900--6969	30	2.4	29	77	17	81	52	1	0	45	1.09
6925--6964	19	2.2	19	86	4	55	55	2	0	42	1.13
7263--7301	19	2.0	21	85	10	55	48	0	2	48	1.15
10225--10559	180	1.9	181	80	4	399	38	10	10	41	1.73
10408--10705	146	2.0	145	81	5	352	40	8	7	42	1.64
11334--11395	25	2.7	23	76	13	65	56	0	3	40	1.15
11365--11403	13	2.8	14	84	11	53	51	0	2	46	1.14
11378--11449	24	3.2	23	76	18	62	50	5	1	43	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11497--11550	24	2.2	24	78	12	58	55	0	1	42	1.10
11537--11592	23	2.5	22	80	8	58	53	1	3	41	1.29
11926--11980	27	2.0	27	82	6	67	43	3	5	47	1.44
11977--12016	13	3.1	14	82	17	59	47	0	0	52	1.00
11976--12017	20	2.1	20	86	8	59	45	0	0	54	0.99
12219--12258	19	2.0	20	95	4	73	42	5	0	52	1.23
12398--13032	184	3.5	181	74	11	430	44	8	7	39	1.62
12247--13020	359	2.1	357	78	8	782	44	8	7	39	1.63
12351--13146	181	4.4	180	74	9	627	43	8	7	41	1.62
13269--13303	16	2.2	16	89	0	52	54	2	0	42	1.15
13490--13548	15	4.1	15	74	22	54	45	1	0	52	1.10
13468--13518	25	2.1	25	85	3	68	43	0	1	54	1.11
13518--13565	21	2.3	21	85	0	60	47	2	0	50	1.12
13724--14098	177	2.1	177	81	3	443	41	7	8	42	1.63
14606--14951	181	1.9	181	82	4	439	38	5	11	44	1.64
14992--15033	12	3.2	13	76	10	50	33	0	2	64	1.07
14977--15030	19	2.7	20	86	11	67	35	0	3	61	1.14
15805--16040	131	1.8	131	85	1	339	40	9	8	41	1.67
16126--16180	9	6.5	8	82	17	51	45	0	0	54	0.99
16129--16177	14	4.0	13	82	17	61	44	0	0	55	0.99
16126--16177	22	2.4	22	84	15	72	44	0	0	55	0.99
16464--16529	21	3.0	22	80	10	73	53	0	1	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16589--16643	10	5.4	10	72	20	51	50	1	0	47	1.11
16728--16777	23	2.2	22	82	3	55	52	4	0	44	1.20
17003--17048	17	2.7	17	78	18	51	45	0	0	54	0.99
17141--18033	181	5.0	181	75	5	707	43	10	7	38	1.68
17512--17561	18	2.8	18	70	14	50	42	0	8	50	1.32
17148--18303	181	6.4	170	72	10	491	42	10	8	38	1.70
19719--20248	180	2.9	175	73	11	464	43	10	7	39	1.67
20307--20854	181	3.0	179	76	7	511	42	11	7	38	1.68
20926--21485	178	3.1	179	72	10	460	43	10	7	38	1.66
21549--22074	181	2.9	178	76	8	521	42	10	7	40	1.66
21572--22099	179	2.9	177	76	7	517	42	10	7	39	1.67
17822--25686	619	12.7	619	93	0	13149	42	10	8	38	1.70
22783--23307	182	2.9	176	77	8	472	42	10	7	40	1.67
22790--23340	181	3.1	179	75	10	512	43	10	7	39	1.66
23401--23962	181	3.1	181	74	10	405	42	9	7	39	1.67
23436--23958	179	2.9	175	74	10	480	41	10	7	40	1.67
25364--26002	315	2.0	314	92	2	1086	43	10	7	38	1.67
24748--26619	933	2.0	935	93	0	3187	42	11	8	38	1.70
26199--26741	181	3.0	179	76	7	510	42	11	7	38	1.69
25683--27600	618	3.1	619	93	1	3369	43	11	7	37	1.69
33136--33171	18	2.0	18	88	0	54	11	22	27	38	1.88
33810--33856	24	2.0	24	91	0	76	25	27	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45177--45295	45	2.6	45	86	0	157	26	28	18	26	1.98
45915--45981	33	2.0	33	94	0	116	17	17	13	50	1.77
60819--60906	45	2.0	45	86	0	122	21	30	17	30	1.96
60826--60920	45	2.1	45	80	0	100	21	31	18	28	1.97
61966--62042	23	3.3	23	92	0	118	23	25	27	23	2.00
83085--83250	83	2.0	83	95	0	296	24	25	21	27	1.99
85072--85171	33	3.0	33	97	0	182	48	18	20	14	1.82
87164--87382	108	2.0	108	97	0	411	28	21	25	25	1.99
91440--92570	434	2.6	428	78	5	965	24	26	18	30	1.98
108506--108534	7	4.1	7	100	0	58	13	13	44	27	1.82
120179--120267	45	2.0	45	84	0	115	24	12	32	30	1.92
120295--120369	23	3.2	23	88	3	123	22	24	22	30	1.99
120298--120368	24	3.0	24	89	2	117	22	23	21	32	1.98
124986--125705	130	5.6	129	76	5	578	37	16	7	37	1.78
124986--125565	259	2.3	259	79	7	601	37	17	7	37	1.79
125793--128054	130	17.4	128	74	8	1241	38	16	8	36	1.79
125793--127874	391	5.3	389	74	9	1080	38	16	8	36	1.79
125802--128054	260	8.7	259	75	7	1520	38	16	8	36	1.79
128056--128664	129	4.7	129	76	7	500	37	18	8	35	1.81
127752--128395	346	1.9	340	78	7	703	36	17	8	37	1.81
128126--128633	260	2.0	259	82	2	626	38	18	7	36	1.79
128843--129250	181	2.3	179	83	5	491	43	7	7	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129284--130180	180	5.1	178	74	10	628	42	10	7	39	1.68
129451--130201	180	4.2	180	75	10	629	42	10	6	40	1.66
129801--130118	168	1.9	168	85	6	439	43	11	5	39	1.63
130054--130321	142	1.9	143	82	3	335	42	11	7	38	1.70
130326--130990	353	1.9	346	79	5	755	42	9	7	41	1.64
130298--131079	174	4.4	171	73	12	448	41	9	6	42	1.64
131014--131048	18	1.9	18	88	0	52	28	2	5	62	1.32
131345--131377	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
130198--131745	180	8.7	181	73	8	735	42	9	7	40	1.66
131736--132093	181	2.0	180	83	6	447	40	8	8	43	1.64
131924--132243	164	2.0	163	82	7	389	42	7	6	43	1.60
132422--138312	181	33.0	178	73	9	3319	42	9	7	40	1.66
132856--133168	169	1.9	167	83	4	405	41	7	7	43	1.62
133920--138312	357	12.3	358	73	10	1832	42	9	7	41	1.65
135371--135410	21	2.0	19	85	9	53	32	17	10	40	1.83
132422--138312	538	11.0	533	76	9	3484	42	9	7	40	1.66
137524--137848	167	1.9	167	81	4	388	42	7	8	41	1.63
153696--154295	159	3.7	160	77	9	513	39	13	17	30	1.87
155275--157602	158	14.4	159	70	12	973	39	12	17	31	1.86
155293--156489	466	2.5	473	79	7	1251	39	12	15	31	1.85
156491--157602	315	3.5	314	82	5	1208	38	11	18	31	1.87
157526--157676	79	1.9	80	86	2	216	40	11	19	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157652--160435	159	17.5	157	69	13	943	39	12	17	30	1.86
157086--158151	549	1.9	552	80	4	1249	39	12	17	30	1.86
158227--158525	150	2.0	149	79	5	316	41	13	16	29	1.86
158739--158792	20	2.9	18	76	10	63	40	7	16	35	1.77
158783--160432	159	10.4	159	78	4	1465	39	12	17	30	1.87
162883--162987	45	2.3	45	85	0	138	25	29	18	26	1.98
162982--163015	13	2.6	13	100	0	68	29	17	38	14	1.90
208719--208746	13	2.2	13	100	0	56	14	14	39	32	1.86
214831--214880	25	2.0	25	100	0	100	32	8	28	32	1.86
217614--217647	16	2.1	16	100	0	68	11	41	14	32	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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