genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  19  of  129  ( 15374 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723938--2723972	11	3.1	12	88	12	56	80	0	0	20	0.72
2723940--2723974	6	5.8	6	90	10	54	80	0	0	20	0.72
2724135--2724165	9	3.4	9	90	0	53	0	0	6	93	0.35
2724362--2724398	1	37.0	1	88	0	56	0	0	5	94	0.30
2724362--2724398	10	3.8	10	96	3	67	0	0	5	94	0.30
2724363--2724398	18	1.9	18	94	5	63	0	0	5	94	0.31
2724135--2724505	116	3.2	114	86	8	478	26	13	12	47	1.78
2724479--2724504	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
2724510--2724739	42	5.5	41	92	2	379	35	23	18	21	1.95
2724510--2724860	42	8.1	42	78	12	354	34	24	18	22	1.96
2724510--2724860	83	4.1	83	80	11	427	34	24	18	22	1.96
2724510--2724739	125	1.8	124	95	0	415	35	23	18	21	1.95
2724713--2724793	26	3.0	26	89	3	108	33	30	14	20	1.93
2724721--2724800	28	2.9	27	87	3	99	31	32	15	21	1.94
2724775--2724860	41	2.1	42	95	2	156	32	24	18	24	1.97
2725058--2725194	43	3.2	42	76	13	136	34	16	13	36	1.87
2725378--2725436	22	2.7	22	84	7	75	33	18	8	38	1.81
2726506--2726563	19	3.1	19	90	5	73	6	13	0	79	0.93
2726508--2726558	8	5.8	9	80	11	61	5	13	0	80	0.89
2726530--2726580	19	2.6	19	84	3	57	5	17	0	76	0.98
2730496--2730779	59	4.7	59	84	8	360	33	13	8	44	1.73
2730496--2730778	124	2.4	124	85	8	383	33	13	8	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2730803--2730901	22	4.5	21	77	10	92	76	1	7	15	1.04
2730810--2730901	6	15.3	6	75	16	66	77	1	6	15	1.03
2730802--2730856	28	1.9	29	89	10	87	76	0	7	16	1.00
2730813--2730901	16	5.5	16	76	10	83	77	1	6	14	1.03
2730819--2730900	27	3.0	28	80	10	89	76	1	7	14	1.05
2731854--2731952	8	11.5	8	68	25	51	74	2	1	22	0.98
2731803--2731896	28	3.3	27	78	11	73	69	1	5	24	1.16
2731888--2732007	6	19.7	6	70	20	63	73	2	2	21	1.07
2731789--2731952	29	5.7	27	68	21	93	71	1	3	23	1.12
2731861--2731958	27	3.7	28	71	20	61	73	2	1	23	1.00
2731971--2732005	11	3.1	12	88	12	56	80	0	0	20	0.72
2731884--2732007	12	10.4	11	72	24	76	73	2	2	21	1.07
2732340--2732392	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2732363--2733732	706	1.9	711	88	2	2092	27	23	22	25	2.00
2735666--2737173	705	2.1	713	89	3	2245	27	23	23	25	2.00
2737279--2737331	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2737305--2738756	720	2.0	701	87	4	2063	26	23	23	26	2.00
2738887--2738939	26	2.0	26	88	0	79	32	24	16	26	1.97
2740495--2740547	26	2.0	26	92	0	88	26	26	16	30	1.97
2741372--2741424	26	2.0	26	96	0	97	32	24	16	26	1.97
2743143--2743220	26	3.0	26	92	1	122	24	25	21	28	1.99
2743543--2743717	86	2.0	86	89	0	269	29	19	17	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744153--2744202	26	1.9	26	95	0	91	24	30	18	28	1.97
2745030--2745082	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2743629--2746707	877	3.5	876	84	7	3650	26	24	23	25	2.00
2745056--2746707	879	1.9	870	89	1	2457	26	23	24	25	2.00
2747597--2747664	26	2.6	25	90	4	100	26	30	17	25	1.97
2746812--2748567	925	1.9	927	89	1	2732	26	24	23	25	2.00
2748515--2748567	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
2748420--2748944	173	3.0	173	87	2	750	21	30	26	21	1.98
2748688--2748740	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2748861--2748913	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2749767--2749819	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2750670--2750722	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2748887--2756681	878	8.9	868	81	7	7712	26	24	24	25	2.00
2755050--2755102	26	2.0	26	92	0	88	28	26	15	30	1.96
2756655--2756705	26	2.0	26	88	0	75	27	23	17	31	1.97
2757020--2758845	905	2.0	900	89	2	2817	26	24	24	24	2.00
2759674--2759726	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2760564--2760616	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2761855--2761904	26	1.9	26	100	0	100	22	30	20	28	1.98
2762510--2762562	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2764284--2764385	26	3.9	26	88	0	150	26	24	19	29	1.98
2765236--2765286	26	2.0	26	100	0	102	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766122--2766174	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
2767028--2767080	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2762230--2772826	906	11.8	900	84	5	12620	25	24	24	25	2.00
2767922--2767972	26	2.0	26	92	0	84	27	25	17	29	1.98
2770540--2770593	26	2.1	26	100	0	108	25	27	20	25	1.99
2771445--2771495	26	2.0	26	88	0	75	35	27	9	27	1.88
2770176--2772813	904	2.9	899	86	2	3656	25	24	24	25	2.00
2772487--2773199	357	2.0	355	87	3	1013	28	21	22	27	1.99
2773607--2773659	26	2.0	26	96	0	97	26	26	18	28	1.98
2774506--2774558	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2774532--2777425	716	4.0	717	89	2	4230	26	23	23	26	2.00
2779674--2779726	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2782175--2782227	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2782973--2784449	744	2.0	743	92	1	2494	26	23	23	25	2.00
2784696--2784748	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
2785583--2785635	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2783820--2786577	887	3.1	886	86	3	3782	24	24	24	25	2.00
2786878--2786930	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2786912--2789538	874	3.0	870	86	3	3618	24	25	24	25	2.00
2789896--2789948	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
2789227--2790387	384	3.0	391	87	3	1638	21	31	25	21	1.98
2790288--2790340	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2789991--2791955	892	2.2	891	87	1	2882	25	26	23	24	2.00
2792903--2795461	892	2.9	880	84	5	3317	25	24	24	25	2.00
2796234--2796286	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2797117--2797172	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
2798017--2798072	26	2.2	26	93	0	94	32	21	17	28	1.96
2795459--2804806	899	10.5	899	84	5	11573	25	24	24	25	2.00
2798918--2798970	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2801538--2801588	26	2.0	26	92	0	84	19	23	27	29	1.98
2802439--2802491	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
2804236--2804288	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2804873--2804925	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
2805777--2805829	26	2.1	26	92	3	90	28	22	20	28	1.99
2805839--2807256	715	2.0	717	88	1	2087	26	24	23	25	2.00
2807392--2807444	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2808297--2808347	26	2.0	26	96	0	93	29	25	17	27	1.98
2809201--2809250	26	1.9	26	91	0	82	24	24	20	32	1.98
2809039--2809464	185	2.3	185	84	0	546	21	27	27	23	1.99
2809383--2809435	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
2811189--2811241	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
2813829--2813881	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2814728--2814780	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2812956--2818105	899	5.8	899	85	3	6736	25	24	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2817383--2817435	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
2815614--2818107	904	2.8	899	86	3	3397	26	24	23	25	2.00
2817516--2817548	11	3.0	11	100	0	66	36	36	18	9	1.82
2817822--2818393	288	2.0	289	92	1	959	34	24	17	23	1.96
2818593--2818645	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2818109--2827572	901	10.4	901	78	8	8816	25	25	23	25	2.00
2820396--2820448	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2821063--2821389	170	1.9	166	83	2	420	19	29	27	23	1.98
2821102--2821423	170	1.9	170	83	1	412	19	30	27	22	1.98
2822362--2822414	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129