genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  58  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8535412--8535588	59	3.0	56	78	13	162	69	1	5	23	1.19
8536249--8536299	23	2.2	23	89	6	77	49	3	13	33	1.61
8541493--8541526	11	2.9	12	86	8	52	61	0	0	38	0.96
8541490--8541534	11	4.3	11	86	10	51	64	0	0	35	0.94
8548500--8548590	32	2.7	32	73	25	80	35	1	1	62	1.10
8548503--8548564	29	2.1	30	82	8	74	33	1	1	62	1.14
8548531--8548582	23	2.2	23	86	6	68	34	0	0	65	0.93
8548541--8548590	15	3.3	14	86	13	64	36	0	0	64	0.94
8549336--8549458	63	2.0	63	80	3	140	46	10	10	32	1.73
8550354--8550397	23	1.9	23	95	0	79	47	4	6	40	1.50
8551254--8551295	22	1.9	22	85	9	59	35	2	0	61	1.09
8569121--8569261	63	2.2	63	84	2	194	38	7	14	39	1.75
8569186--8569947	238	3.2	238	84	1	992	34	11	13	40	1.81
8569809--8569916	51	2.1	51	82	3	128	37	7	10	44	1.66
8569190--8570090	476	1.9	470	81	5	1063	34	11	13	41	1.80
8573922--8573990	35	2.0	35	85	0	93	34	20	13	31	1.91
8574092--8574347	126	2.0	126	81	7	297	33	16	13	36	1.88
8582918--8582955	18	2.1	18	90	9	60	68	5	5	21	1.29
8584300--8584341	19	2.2	20	95	4	77	47	0	4	47	1.23
8584885--8584913	13	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
8594633--8594667	16	2.1	17	89	5	54	34	5	0	60	1.21
8594630--8594670	17	2.4	18	84	12	59	36	4	0	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8595629--8595657	2	14.5	2	100	0	58	0	0	51	48	1.00
8595657--8595687	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
8602901--8603126	75	3.0	75	97	0	416	50	16	7	26	1.70
8607248--8607381	20	6.7	19	80	6	133	43	38	0	17	1.54
8607316--8607392	14	5.8	12	72	24	57	40	40	1	18	1.59
8607768--8607845	12	6.7	12	77	12	74	43	30	5	20	1.73
8607768--8607845	24	3.3	24	89	3	115	43	30	5	20	1.73
8610041--8610086	18	2.5	19	82	13	60	58	0	8	32	1.28
8610109--8610144	3	11.7	3	94	5	63	66	2	0	30	1.06
8610743--8610832	9	9.3	9	72	12	63	75	1	17	5	1.05
8610749--8610832	19	4.4	18	72	18	64	76	1	16	5	1.05
8614867--8615048	91	2.0	91	98	0	355	36	20	9	33	1.86
8617727--8618042	157	2.0	157	99	0	623	25	22	16	35	1.95
8620588--8620615	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
8624072--8624111	18	2.2	19	86	4	55	65	10	7	17	1.46
8626323--8626367	20	2.2	21	84	7	58	66	13	4	15	1.39
8631661--8631727	33	2.0	33	91	0	107	41	13	19	25	1.88
8641194--8644445	541	6.0	542	94	0	5564	28	16	19	35	1.93
8646550--8646775	27	8.4	27	73	11	162	24	2	19	53	1.57
8646551--8646785	40	5.9	40	73	6	199	24	2	18	53	1.58
8646550--8646770	80	2.8	77	82	8	273	23	2	19	53	1.58
8646551--8646782	13	17.4	12	71	15	104	24	2	18	54	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8648565--8648634	24	2.8	25	85	10	83	27	0	0	72	0.84
8648568--8648633	15	4.5	15	81	12	68	27	0	0	72	0.85
8648565--8648646	25	3.3	23	80	14	83	28	0	1	70	0.95
8648573--8648631	15	3.8	16	79	18	70	27	0	0	72	0.84
8648571--8648634	9	6.9	9	78	16	51	26	0	0	73	0.84
8648590--8648648	9	6.7	9	76	21	54	30	0	1	67	1.00
8649419--8649497	35	2.3	35	81	0	95	48	11	21	18	1.80
8650608--8650686	21	4.0	19	72	8	61	7	13	0	78	0.95
8650612--8650683	31	2.4	29	81	6	81	8	15	0	76	1.01
8650622--8650689	35	2.0	34	85	8	93	8	16	0	75	1.05
8659927--8659983	19	2.9	19	71	5	60	19	21	17	42	1.90
8669750--8669801	20	2.7	19	82	5	68	11	17	25	46	1.81
8671009--8671049	20	2.0	20	85	0	55	12	26	4	56	1.56
8675956--8676002	20	2.3	20	86	10	69	48	10	8	31	1.68
8682960--8683001	18	2.3	18	91	0	66	73	2	16	7	1.15
8682959--8683035	24	3.2	24	66	3	57	74	1	18	6	1.11
8688545--8688596	11	4.7	11	100	0	104	73	0	0	26	0.84
8711296--8711400	52	2.0	52	88	0	156	26	19	8	45	1.78
8711675--8711757	32	2.6	32	79	5	89	28	20	15	34	1.94
8712253--8712357	52	2.0	52	88	3	158	27	20	7	44	1.78
8712479--8712532	28	1.9	28	85	7	74	53	7	14	24	1.66
8719074--8719135	21	2.9	22	79	11	67	80	1	11	6	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8719079--8719135	10	5.6	10	75	8	53	82	1	10	5	0.90
8720124--8720221	44	2.2	44	80	14	112	35	8	14	41	1.75
8720268--8720303	17	2.1	17	94	0	63	36	19	11	33	1.87
8720366--8720468	17	5.9	17	77	4	71	37	17	5	38	1.74
8720361--8720484	53	2.3	53	82	8	153	35	16	7	40	1.77
8720364--8720525	71	2.3	70	79	5	175	35	16	8	39	1.79
8720405--8720576	71	2.4	72	77	2	168	31	15	12	40	1.84
8720572--8720805	86	2.7	86	79	0	270	33	20	11	33	1.90
8721946--8721986	16	2.6	16	88	0	55	9	2	7	80	0.99
8723545--8723615	21	3.3	21	64	14	54	47	5	19	26	1.71
8737268--8737304	17	2.2	17	100	0	74	40	24	5	29	1.77
8738934--8738969	16	2.3	16	95	4	65	16	0	36	47	1.47
8739045--8739091	22	2.1	22	100	0	94	44	21	12	21	1.85
8740671--8740912	52	4.8	51	81	10	266	38	13	10	37	1.79
8740883--8740940	28	2.0	29	96	3	109	27	17	10	44	1.81
8740928--8741113	49	3.8	49	87	1	264	38	16	10	34	1.83
8740788--8741039	130	2.0	121	83	9	310	37	14	10	36	1.81
8740918--8741113	50	3.9	48	86	7	250	38	15	11	35	1.83
8740918--8741108	99	1.9	100	88	3	287	38	15	11	34	1.83
8741079--8741147	33	2.1	33	97	0	129	39	20	11	28	1.87
8740980--8741390	132	3.0	132	80	9	468	39	16	10	33	1.84
8741112--8741472	49	7.6	49	78	10	374	40	16	11	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8740707--8741487	231	3.4	225	79	14	661	39	15	10	34	1.82
8741161--8741486	140	2.3	136	82	8	388	41	15	10	32	1.81
8741379--8741464	43	2.0	41	86	4	118	41	16	10	31	1.82
8751526--8751598	17	4.6	15	76	21	69	19	5	1	73	1.09
8752098--8752138	18	2.2	19	86	8	57	63	4	2	29	1.28
8752294--8752333	21	2.0	21	85	14	57	55	10	10	25	1.64
8753087--8753125	21	1.9	21	89	5	62	56	7	10	25	1.59
8753178--8753269	7	12.4	7	76	11	85	18	1	32	47	1.56
8753178--8753265	15	5.9	14	75	10	77	19	1	32	46	1.57
8753149--8753269	22	5.6	21	76	7	102	19	0	31	47	1.55
8756683--8756826	77	1.9	77	83	0	189	27	23	15	32	1.95
8760622--8760986	189	1.9	189	83	4	468	28	23	15	32	1.95
8768174--8768200	13	2.1	13	100	0	54	70	7	14	7	1.32
8775496--8775684	88	2.1	88	85	3	247	46	8	2	42	1.49
8792756--8792781	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
8797592--8797704	56	2.0	56	89	3	174	32	12	25	29	1.92
8810012--8810315	50	6.1	48	67	12	134	39	20	10	29	1.86
8814131--8814164	15	2.3	15	100	0	68	14	14	11	58	1.63
8817143--8817684	145	3.7	142	77	5	419	40	12	14	32	1.83
8818114--8818150	1	37.0	1	88	0	56	0	0	5	94	0.30
8818208--8818250	22	2.0	22	100	0	86	32	13	25	27	1.94
8818230--8818390	67	2.4	67	95	0	286	37	17	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8818492--8818553	22	2.8	22	83	11	74	35	12	17	33	1.88
8818650--8818958	104	3.0	104	86	1	442	35	16	15	33	1.90
8819443--8819482	18	2.2	18	90	0	62	50	7	17	25	1.72
8819574--8819691	41	2.9	41	89	5	168	36	14	17	31	1.90
8822124--8822154	7	4.6	7	96	4	55	0	0	9	90	0.46
8825513--8825779	87	3.1	87	91	1	403	25	20	10	43	1.84
8826314--8826414	30	3.4	30	91	2	150	26	12	27	32	1.93
8826375--8826495	35	3.4	35	73	6	91	28	9	24	37	1.86
8838913--8838990	21	3.7	21	70	10	61	24	21	17	35	1.95
8845021--8845074	26	2.1	26	82	6	65	14	11	24	50	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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