genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   

This is table  16  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350598--2350653	26	2.2	26	96	0	103	28	19	23	28	1.98
2351499--2351548	26	1.9	26	95	0	91	32	20	24	24	1.98
2352401--2352476	26	2.9	26	100	0	152	30	19	26	23	1.98
2361030--2361082	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2363696--2363748	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
2359302--2364994	899	6.4	895	85	4	7032	25	24	24	25	2.00
2364595--2364647	26	2.0	26	89	7	81	32	20	22	24	1.98
2361931--2364994	900	3.4	897	88	2	4302	25	24	25	24	2.00
2366477--2366529	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
2367379--2367431	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2365999--2372424	865	7.2	890	81	8	6809	26	24	23	25	2.00
2370000--2370052	27	2.0	27	96	0	97	30	26	16	26	1.97
2370920--2370972	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
2375352--2375404	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
2378017--2378069	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2378752--2380880	900	2.4	889	86	5	2882	24	24	24	25	2.00
2381334--2381383	26	1.9	26	91	0	82	26	26	16	32	1.96
2382236--2382288	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2383811--2384236	185	2.3	184	86	2	577	20	29	28	21	1.98
2384155--2384207	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2385741--2386130	158	2.5	156	83	3	478	19	29	30	20	1.97
2387608--2387638	16	1.9	16	93	0	53	0	58	25	16	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389577--2389626	26	1.9	26	91	0	82	28	24	20	28	1.99
2391351--2391401	26	2.0	26	96	0	93	25	27	17	29	1.98
2385899--2397274	872	13.0	874	83	6	12714	25	25	23	25	2.00
2395664--2395715	26	2.0	26	96	0	95	28	25	19	26	1.98
2396564--2396615	25	2.0	26	92	3	88	28	25	19	26	1.98
2398047--2398096	26	1.9	26	100	0	100	26	26	20	28	1.99
2400056--2400112	26	2.2	26	87	0	78	31	22	31	14	1.93
2400366--2401969	867	1.9	867	88	2	2436	26	24	23	25	2.00
2402928--2402980	26	2.0	26	92	0	88	28	20	18	32	1.97
2403833--2403885	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2404620--2404672	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
2403417--2405004	787	2.0	791	88	2	2332	24	25	25	24	2.00
2407003--2407055	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
2407480--2407536	26	2.2	26	83	0	69	59	7	5	28	1.45
2407686--2407885	99	2.0	99	93	0	337	16	31	25	28	1.96
2407843--2407895	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2409694--2409746	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2409927--2409998	34	2.1	34	92	5	119	13	31	15	38	1.87
2409173--2410769	813	2.0	813	86	2	2249	24	25	24	25	2.00
2413501--2413561	26	2.4	26	89	5	99	29	24	19	26	1.99
2414395--2414470	26	3.0	25	90	7	120	27	26	18	27	1.98
2415317--2415367	26	2.0	26	92	0	84	31	25	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416211--2416263	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
2417105--2417156	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
2412632--2421435	899	9.8	893	85	3	11421	25	25	23	25	2.00
2418004--2418054	26	2.0	26	100	0	102	27	23	21	27	1.99
2419775--2419826	26	2.0	25	92	3	86	28	25	19	26	1.98
2420674--2420725	26	2.0	26	88	0	77	26	28	17	26	1.97
2421409--2421461	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2422256--2422306	26	2.0	26	96	0	93	25	29	15	29	1.96
2424020--2424072	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
2424911--2424963	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2427471--2427521	26	2.0	26	100	0	102	27	29	15	27	1.96
2427497--2436241	902	9.9	878	84	5	10606	25	24	24	25	2.00
2431885--2431937	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
2432786--2432838	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2433689--2433741	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
2437070--2437120	26	2.0	26	100	0	102	23	27	19	29	1.98
2438000--2438057	26	2.2	26	93	3	98	27	24	20	27	1.99
2439761--2439813	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2441496--2441574	26	3.0	26	92	0	131	26	26	21	25	1.99
2443281--2443332	26	2.0	26	92	3	88	26	21	23	28	1.99
2442407--2444954	902	2.8	896	88	2	3626	25	24	24	25	2.00
2446361--2446413	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447104--2447455	183	1.9	184	84	0	472	18	26	32	23	1.97
2445483--2449074	901	4.0	901	89	2	5114	24	24	25	25	2.00
2449762--2449814	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2448908--2461582	902	14.0	905	78	9	11226	25	25	24	25	2.00
2451574--2451626	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
2452367--2452700	179	1.9	179	89	3	521	21	28	26	22	1.99
2452654--2452706	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
2457101--2457153	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2458012--2458064	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2458919--2458971	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
2460697--2460749	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2462086--2464609	873	2.9	864	84	6	3198	25	25	24	25	2.00
2463835--2463887	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2465660--2466113	117	3.9	116	86	7	630	34	12	8	44	1.72
2465660--2466119	57	7.8	58	86	6	604	34	12	8	44	1.73
2465869--2466106	123	1.9	123	88	5	365	34	13	8	44	1.73
2466153--2466213	16	3.8	16	82	4	70	78	1	6	13	1.01
2466155--2466231	6	12.8	6	74	15	52	76	1	7	14	1.06
2466135--2466217	27	3.1	25	80	16	87	75	1	7	15	1.07
2466140--2466297	11	13.8	11	67	22	60	74	3	4	17	1.14
2466177--2466230	27	2.0	28	89	10	85	77	1	7	12	1.05
2466629--2466666	20	1.9	20	88	0	58	21	15	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467111--2467283	32	5.4	33	70	18	93	68	1	3	26	1.15
2467116--2467284	30	5.6	30	70	19	95	69	1	3	26	1.12
2467175--2467328	75	2.1	75	80	7	170	70	3	1	25	1.10
2467299--2467333	17	2.1	17	89	10	54	80	2	0	17	0.84
2467299--2467335	6	6.3	6	90	9	51	78	2	0	18	0.87
2467588--2467631	18	2.4	18	88	0	61	2	9	4	84	0.85
2467589--2467632	9	4.8	9	81	13	54	2	6	4	86	0.77
2467615--2467835	99	2.2	99	89	4	327	28	13	13	43	1.82
2467812--2467837	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
2467844--2468038	42	4.7	41	91	2	309	33	23	18	24	1.96
2467844--2468038	83	2.3	83	92	0	327	33	23	18	24	1.96
2468013--2468066	28	1.9	28	88	0	81	31	33	12	22	1.92
2468041--2468125	41	2.0	42	93	2	145	34	24	17	23	1.96
2467971--2468107	69	2.0	70	91	1	222	34	27	15	22	1.94
2468325--2468461	43	3.2	42	76	13	136	34	16	13	36	1.87
2468645--2468703	22	2.7	22	84	7	75	33	18	8	38	1.81
2469775--2469842	19	3.4	19	80	13	75	7	17	0	75	1.03
2469775--2469846	21	3.5	21	74	22	55	8	18	0	73	1.07
2473757--2474116	59	6.0	59	80	9	390	33	12	8	45	1.72
2473757--2473966	117	1.8	117	91	5	345	35	12	8	43	1.73
2473852--2474091	126	1.9	126	87	4	351	33	12	8	45	1.73
2474135--2474184	15	3.3	15	83	8	66	76	0	8	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474138--2474213	6	12.8	6	72	18	52	77	0	7	14	0.98
2474138--2474212	11	6.9	11	77	7	73	77	0	8	14	0.98
2474123--2474226	31	3.6	27	77	19	86	75	0	6	17	1.00
2474123--2474207	32	2.7	31	83	7	100	76	0	8	15	1.01
2474246--2474283	12	2.9	13	84	11	51	78	5	0	15	0.91
2474151--2474289	11	11.7	11	68	15	64	75	3	2	17	1.07
2474238--2474289	13	4.2	12	83	9	50	80	3	0	15	0.85
2475155--2475296	6	22.0	6	71	18	58	71	2	1	24	1.08
2475157--2475223	22	3.0	23	78	8	84	74	1	0	23	0.90
2475096--2475247	28	5.5	28	71	19	90	69	0	3	25	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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