genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167849.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_12, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22966848

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   

This is table  12  of  129  ( 15374 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1805709--1805761	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
1805972--1806024	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
1806931--1806971	17	2.4	17	95	0	73	14	21	39	24	1.91
1809510--1809562	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
1810410--1810465	26	2.2	26	90	6	87	32	23	16	28	1.96
1811273--1811325	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
1813844--1813893	25	2.0	25	92	0	82	14	42	22	22	1.88
1815524--1815576	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
1817298--1817353	26	2.2	26	100	0	112	28	25	19	26	1.99
1814660--1818958	899	4.9	886	85	4	5622	26	24	23	25	2.00
1818216--1820365	713	3.1	698	88	3	3078	26	23	23	26	2.00
1820479--1820530	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
1821382--1821434	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
1819606--1838228	900	20.8	900	85	4	23500	25	24	24	25	2.00
1822267--1822319	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
1823163--1823215	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
1824070--1824147	26	3.0	26	94	1	131	28	25	19	26	1.99
1826768--1826817	26	1.9	26	91	0	82	30	24	14	32	1.94
1828575--1828627	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
1831251--1831301	26	2.0	26	88	0	75	25	21	21	31	1.98
1832128--1832180	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
1833023--1833075	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1833497--1833555	26	2.2	27	81	6	66	57	10	10	22	1.61
1835848--1835880	17	1.9	17	93	0	57	21	27	39	12	1.88
1839798--1839850	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
1840695--1840747	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1838888--1841412	899	2.8	894	85	3	3328	26	24	23	25	2.00
1841624--1844685	862	3.5	855	82	8	3499	26	23	24	25	2.00
1844043--1844095	26	2.0	26	96	0	97	26	20	20	32	1.98
1844069--1845651	874	1.8	874	90	1	2562	27	22	25	24	2.00
1845678--1845730	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1844942--1846319	760	1.8	762	89	1	2163	28	21	23	25	1.99
1846567--1846619	26	2.0	26	85	0	70	22	22	24	30	1.99
1847464--1847516	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
1848366--1848418	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
1849234--1849286	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
1850997--1851049	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1852763--1852815	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
1853666--1853718	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
1845652--1854918	865	10.5	894	84	5	11155	25	24	24	25	2.00
1855124--1855174	26	2.0	26	100	0	102	27	29	15	27	1.96
1856025--1856077	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
1856909--1856961	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
1854937--1863243	891	9.4	891	84	5	10161	25	25	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1857810--1857862	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1860411--1860459	26	1.9	25	95	4	89	24	26	20	28	1.99
1861306--1861356	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
1859554--1863273	886	4.2	892	84	5	4612	25	25	23	25	2.00
1859554--1863273	902	4.2	893	84	5	4583	25	25	23	25	2.00
1862197--1862249	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1863107--1863159	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
1863348--1863400	26	2.0	26	96	0	97	24	26	20	28	1.99
1864069--1864436	158	2.3	159	86	2	481	19	28	29	22	1.98
1864412--1864462	26	2.0	26	88	0	75	31	23	15	29	1.95
1865302--1865354	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
1867970--1868022	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
1866173--1868651	899	2.7	900	86	4	3292	26	24	24	24	2.00
1868443--1868494	26	2.0	26	84	0	68	51	15	11	21	1.74
1868703--1868755	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
1869302--1869354	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
1869660--1869712	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
1869121--1869781	358	1.8	356	83	2	869	19	28	27	24	1.99
1870557--1870609	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
1871625--1871991	159	2.3	159	86	0	493	20	29	27	22	1.98
1871965--1872017	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
1872864--1872916	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1871783--1874266	900	2.8	897	88	1	3711	24	24	25	25	2.00
1873771--1873820	26	1.9	26	91	0	82	28	22	18	32	1.97
1873427--1875105	841	2.0	841	87	2	2424	24	25	24	25	2.00
1875509--1875561	26	2.0	26	92	0	88	22	28	22	26	1.99
1876406--1876458	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
1877323--1877372	26	1.9	26	87	0	73	26	24	18	32	1.97
1878205--1878257	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
1874268--1881147	888	7.7	896	84	5	8443	25	25	24	25	2.00
1879103--1879155	26	2.0	26	96	0	97	28	20	20	30	1.98
1879080--1880673	867	1.9	855	87	2	2370	26	23	23	26	2.00
1882125--1882177	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
1883021--1883073	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1881260--1883949	906	3.0	892	86	4	3668	25	25	24	25	2.00
1884271--1884619	173	2.0	174	87	1	495	22	30	25	21	1.98
1884551--1884603	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
1885437--1885489	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1884577--1888001	887	3.9	877	83	6	4190	25	24	24	25	2.00
1888524--1888576	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
1889416--1889468	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1888011--1892032	896	4.5	891	85	5	5135	26	25	23	25	2.00
1891247--1891298	26	2.0	26	92	0	86	25	25	21	28	1.99
1893267--1893319	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894254--1894306	26	2.0	26	96	0	97	32	26	15	26	1.95
1895130--1895182	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
1895263--1895291	11	2.6	11	100	0	58	17	41	31	10	1.83
1896045--1896097	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1896937--1896989	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1897839--1897891	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1893615--1920066	862	29.6	872	76	12	18447	25	24	23	25	2.00
1898719--1898771	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1899736--1899788	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1900608--1900660	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
1902410--1902488	26	3.0	26	87	3	97	31	25	15	27	1.95
1903327--1903379	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
1904212--1904264	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1905078--1905130	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
1905973--1906022	26	1.9	26	91	0	82	24	26	22	28	1.99
1907772--1907824	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
1908490--1908913	188	2.2	188	83	5	518	21	29	27	21	1.99
1914106--1914155	26	1.9	26	95	0	91	28	26	20	26	1.99
1921022--1921074	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
1922517--1922566	26	1.9	26	100	0	100	26	26	20	28	1.99
1921783--1924094	898	2.6	890	86	3	3129	26	23	23	26	2.00
1924690--1924746	26	2.2	26	84	6	71	33	22	31	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1926816--1926868	26	2.0	26	100	0	106	26	16	26	30	1.97
1927704--1927759	26	2.2	26	93	6	96	30	19	21	28	1.98
1929482--1929534	26	2.0	26	96	0	97	28	15	26	30	1.96
1930386--1930438	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
1931281--1931359	26	3.0	26	98	0	149	26	17	26	29	1.98
1932190--1932242	26	2.0	26	96	0	97	26	18	28	26	1.98
1933081--1933159	26	3.0	26	88	0	113	29	13	24	32	1.94
1934011--1934063	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
1934910--1934962	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
1935783--1935835	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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