genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  106  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20788826--20788878	17	3.1	17	75	20	65	67	0	1	30	1.01
20788827--20788893	34	2.0	33	85	11	91	70	2	2	23	1.15
20788888--20788928	18	2.3	18	91	0	64	80	2	0	17	0.82
20790405--20790445	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
20790626--20790692	22	3.0	22	68	8	64	40	0	1	58	1.07
20791491--20791728	66	3.6	66	78	1	237	21	21	12	44	1.85
20791496--20791738	132	1.9	132	83	1	310	21	21	13	44	1.86
20792367--20792464	13	7.8	12	70	8	54	19	2	1	77	0.93
20792397--20792447	17	3.0	17	83	13	61	27	0	0	72	0.85
20792430--20792491	15	4.0	16	77	12	58	20	1	3	74	1.05
20792414--20792491	41	2.0	40	82	10	97	23	1	2	73	1.03
20792378--20792456	6	12.8	6	77	11	54	21	1	1	75	0.94
20792384--20792474	24	3.9	22	76	13	83	23	1	2	73	1.01
20792663--20792703	6	7.0	6	83	5	57	80	2	2	14	0.92
20792663--20792703	18	2.4	17	88	8	64	80	2	2	14	0.92
20802163--20802201	17	2.3	17	90	0	60	79	2	0	17	0.84
20802144--20802199	24	2.4	23	82	11	62	76	5	1	16	1.05
20803680--20803720	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
20804779--20804949	66	2.6	66	82	0	216	22	22	12	43	1.86
20805661--20805715	18	3.1	17	76	7	56	20	0	1	78	0.85
20805645--20805730	24	3.5	24	75	13	84	16	2	2	79	0.95
20805664--20805710	19	2.5	19	80	10	51	23	0	2	74	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20805696--20805757	15	4.0	16	77	12	58	20	1	3	74	1.05
20805645--20805729	8	10.2	8	72	20	59	15	2	2	80	0.93
20805675--20805740	24	2.8	22	78	13	69	21	1	3	74	1.04
20805816--20805878	27	2.3	27	83	5	72	65	4	6	23	1.36
20805936--20805982	6	7.7	6	85	4	67	80	2	2	14	0.89
20805936--20805982	19	2.6	18	87	12	69	80	2	2	14	0.89
20812868--20812910	8	5.4	8	78	10	52	20	2	2	74	1.04
20812868--20812919	24	2.1	25	82	10	63	21	3	3	71	1.18
20815615--20815667	17	3.1	17	75	20	65	67	0	1	30	1.01
20815616--20815682	34	2.0	33	85	11	91	70	2	2	23	1.15
20815677--20815717	18	2.3	18	91	0	64	80	2	0	17	0.82
20818092--20818215	61	2.1	59	80	8	135	37	2	1	58	1.21
20818287--20818349	31	2.0	31	93	0	108	33	26	19	20	1.96
20823043--20823070	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
20825020--20825085	22	3.0	22	72	16	66	54	4	1	39	1.30
20826897--20826937	16	2.5	17	80	15	50	65	0	29	4	1.13
20827081--20827118	20	1.9	20	84	10	51	78	0	15	5	0.91
20830280--20830328	15	3.1	15	77	11	53	73	2	0	24	0.94
20832080--20832144	2	33.0	2	84	3	87	46	1	3	49	1.27
20832806--20832847	20	2.1	20	86	8	59	47	0	2	50	1.14
20832773--20832840	19	3.6	19	73	21	63	54	1	1	42	1.18
20834726--20834750	13	1.9	13	100	0	50	72	8	20	0	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20837128--20837156	6	4.8	6	100	0	58	0	17	34	48	1.47
20839231--20839261	11	2.8	11	95	0	53	9	0	9	80	0.90
20841235--20841357	18	7.1	17	73	14	85	52	1	1	44	1.20
20841421--20841496	18	4.1	20	68	19	65	43	0	0	56	0.99
20841490--20841553	26	2.5	26	87	5	87	48	1	0	50	1.10
20841433--20841539	15	6.9	15	64	25	53	47	0	0	51	1.07
20848678--20848725	20	2.5	20	76	10	55	39	0	6	54	1.26
20850127--20850176	22	2.4	21	84	12	68	50	0	0	50	1.00
20850171--20850230	12	5.3	12	75	22	51	65	1	0	33	1.03
20850167--20850234	20	3.5	20	75	16	56	64	1	0	33	1.02
20853086--20853116	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
20854785--20854828	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
20857748--20857789	15	2.8	15	81	0	57	73	2	0	23	0.94
20857758--20857806	20	2.4	19	83	12	62	71	6	0	22	1.08
20857748--20857795	15	3.2	15	74	11	53	72	4	0	22	1.01
20859237--20859285	17	2.8	18	72	12	57	48	2	18	30	1.59
20858748--20859416	337	2.0	329	85	5	907	36	9	13	40	1.78
20859462--20859834	63	5.9	63	73	6	261	46	8	6	37	1.62
20859659--20859855	63	3.1	63	73	5	209	45	5	8	41	1.56
20859676--20859884	63	3.3	61	71	6	184	46	5	7	39	1.56
20859452--20859892	126	3.5	127	84	2	494	46	8	7	37	1.63
20860123--20860287	90	1.8	90	90	2	269	38	16	19	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20863675--20863739	30	2.2	29	78	10	71	67	3	3	26	1.20
20873117--20873141	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
20873509--20873553	17	2.7	17	86	3	56	28	0	0	71	0.87
20874657--20874708	13	3.7	14	82	12	54	21	0	3	75	0.97
20875967--20876006	3	13.3	3	84	10	55	27	2	0	70	1.01
20876954--20877372	59	6.9	59	81	8	434	46	3	12	37	1.59
20877097--20877132	18	1.9	19	88	5	56	41	2	8	47	1.48
20876950--20877554	181	3.3	176	81	10	627	48	4	11	36	1.60
20876950--20877554	59	9.9	59	76	14	431	48	4	11	36	1.60
20877324--20877458	72	1.9	72	85	3	191	51	5	8	35	1.54
20877370--20877555	55	3.3	56	75	13	184	51	6	9	32	1.60
20888047--20888089	19	2.2	18	80	15	50	86	0	13	0	0.58
20888047--20888112	26	2.7	25	84	9	84	80	1	15	3	0.91
20889126--20889404	44	6.3	44	83	3	328	21	13	19	44	1.85
20889127--20889404	88	3.2	88	88	2	398	21	14	19	44	1.85
20889123--20889375	132	1.9	132	88	1	382	22	13	19	43	1.86
20889123--20889404	132	2.1	132	86	3	381	22	13	19	44	1.86
20889152--20889437	88	3.3	87	82	8	330	21	14	20	43	1.87
20889127--20889457	88	3.8	87	85	4	285	22	14	18	44	1.86
20889719--20889751	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
20889711--20889796	21	4.1	20	77	14	75	26	3	3	66	1.24
20890686--20891222	59	8.9	58	79	12	509	47	5	12	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20890970--20891124	72	2.2	73	89	2	233	49	5	9	36	1.57
20890849--20891212	192	1.9	186	83	9	459	46	5	13	35	1.65
20891057--20891266	52	3.8	53	79	14	150	47	8	11	32	1.70
20890909--20891170	133	2.0	134	85	3	359	47	4	12	35	1.63
20891057--20891267	55	3.9	50	80	12	183	46	8	11	33	1.70
20891116--20891267	52	2.9	52	86	7	175	46	7	12	32	1.70
20891333--20891365	14	2.4	14	90	5	50	6	9	0	84	0.76
20899215--20899240	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20899413--20899538	63	2.0	63	96	0	234	30	12	16	40	1.86
20902102--20902137	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
20908260--20908288	13	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
20909062--20909189	63	2.0	63	96	0	238	28	14	17	39	1.89
20913172--20913223	21	2.6	18	75	24	50	73	3	3	19	1.15
20916004--20916107	52	2.0	52	81	3	120	31	16	5	46	1.70
20918434--20918468	2	17.5	2	93	0	61	45	2	0	51	1.16
20922501--20922597	2	48.5	2	79	4	61	44	9	5	41	1.59
20923289--20923372	29	2.9	29	85	5	107	51	8	9	30	1.64
20924161--20924246	39	2.3	37	78	9	93	50	1	4	44	1.30
20926143--20926188	17	2.6	17	82	3	56	76	4	2	17	1.06
20926107--20926179	39	1.9	37	83	10	94	71	4	2	21	1.16
20931646--20931695	23	2.2	23	96	0	91	34	6	32	28	1.81
20935338--20935392	18	3.0	18	75	19	60	65	7	7	20	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20936060--20936227	42	4.0	42	85	4	214	44	19	13	23	1.85
20936198--20936467	42	6.5	42	84	4	246	37	20	14	27	1.92
20936222--20936492	84	3.3	81	82	4	308	38	19	13	28	1.90
20937056--20937114	22	2.7	23	84	7	86	33	20	8	37	1.83
20937481--20937608	61	2.1	62	83	2	159	29	27	10	32	1.91
20938259--20938318	21	2.8	22	75	5	61	10	28	0	61	1.28
20947124--20948409	162	8.0	160	77	7	1052	32	8	14	44	1.76
20947197--20949028	323	5.8	320	77	8	1409	32	9	14	44	1.76
20948627--20949015	162	2.4	162	78	7	416	33	9	13	43	1.76
20949158--20949331	87	2.0	87	96	0	321	33	8	18	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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