genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  8  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133792--2133831	21	1.9	21	89	0	62	65	2	12	20	1.38
2134770--2134811	18	2.3	18	80	8	50	33	0	0	66	0.92
2136490--2136516	6	4.5	6	100	0	54	0	48	14	37	1.45
2138640--2138771	70	1.9	67	87	4	192	25	16	13	43	1.85
2143121--2143183	24	2.6	25	73	12	60	60	0	3	36	1.13
2148230--2148268	2	19.5	2	83	0	51	48	7	0	43	1.31
2161542--2161582	21	2.0	21	85	4	57	31	2	0	65	1.05
2162034--2162117	32	2.5	33	84	9	109	48	9	5	35	1.60
2164971--2165002	6	5.3	6	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2167150--2167179	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
2172182--2172224	21	2.0	22	86	4	61	58	6	9	25	1.54
2172354--2172388	17	2.1	17	88	0	52	42	5	0	51	1.25
2176627--2176685	17	3.5	17	69	4	57	35	13	8	42	1.75
2177794--2177839	22	2.1	22	100	0	92	28	28	0	43	1.55
2180478--2180535	4	14.2	4	76	20	50	48	1	1	48	1.22
2180500--2180533	10	3.1	11	84	16	52	47	0	0	52	1.00
2180501--2180549	23	2.2	22	88	3	71	51	0	0	48	1.00
2181100--2181179	39	2.1	39	92	0	133	28	23	18	28	1.98
2184328--2184445	61	1.9	61	98	0	227	19	11	17	51	1.75
2184891--2185283	196	2.0	194	92	1	651	30	17	11	40	1.85
2186793--2186837	21	2.1	21	87	0	63	53	13	22	11	1.71
2189161--2189241	24	3.2	24	75	6	81	48	1	3	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192148--2192197	23	2.2	23	88	0	73	30	6	22	42	1.77
2192155--2192198	23	1.9	23	95	0	79	29	4	20	45	1.71
2200998--2201048	12	4.1	13	78	16	54	47	1	0	50	1.12
2200999--2201077	31	2.7	29	73	21	74	49	1	0	49	1.09
2203103--2203171	35	2.0	35	88	5	104	46	14	14	24	1.82
2203618--2203651	17	2.0	17	94	0	59	26	29	14	29	1.95
2213452--2213528	39	2.0	39	94	0	136	32	14	5	48	1.66
2213866--2213899	18	1.9	18	88	5	52	29	0	2	67	1.05
2218394--2218457	21	2.9	23	77	15	64	34	1	0	64	1.03
2236383--2236412	15	1.9	16	93	6	53	66	3	0	30	1.07
2241235--2241289	2	27.5	2	92	7	94	49	1	0	49	1.11
2243318--2243347	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2243803--2243841	20	2.0	20	94	0	69	74	2	0	23	0.94
2262132--2262181	12	4.4	12	82	12	70	34	0	0	66	0.92
2262147--2262189	22	2.0	22	95	0	77	32	0	0	67	0.91
2263449--2263507	27	2.2	27	87	0	82	52	0	0	47	1.00
2263442--2263503	14	4.4	14	71	25	51	53	0	0	46	1.00
2263440--2263507	21	3.3	20	82	10	84	52	0	0	47	1.00
2263442--2263518	21	3.8	21	81	10	65	50	0	0	49	1.00
2263513--2263548	18	1.9	19	88	5	56	25	2	0	72	0.98
2265653--2265692	5	7.8	5	88	5	62	25	17	0	57	1.40
2272425--2272481	24	2.4	24	88	5	89	17	26	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280482--2280509	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2283959--2283992	16	2.1	16	88	0	50	11	5	0	82	0.83
2286474--2286530	8	7.1	8	83	0	78	38	0	1	59	1.08
2286520--2286569	21	2.4	22	90	6	77	50	0	0	50	1.00
2296883--2296915	15	2.3	15	94	5	59	12	9	0	78	0.95
2297013--2297056	15	2.9	15	77	12	54	13	11	0	75	1.06
2297469--2297524	26	2.2	24	82	14	69	35	0	7	57	1.26
2297524--2297622	46	2.2	45	82	14	114	49	0	0	50	1.00
2298879--2298924	18	2.6	18	82	0	56	65	0	0	34	0.93
2306965--2307004	15	2.9	14	85	10	55	50	0	0	50	1.00
2309081--2309141	30	2.0	31	84	9	81	47	0	0	52	1.00
2311707--2311749	20	2.2	20	83	8	52	48	0	0	51	1.00
2314452--2314484	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2347645--2347669	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2347725--2347776	22	2.3	23	86	3	70	44	1	1	51	1.23
2351261--2351295	15	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
2358252--2358277	9	2.9	9	100	0	52	23	11	0	65	1.25
2374350--2374424	37	2.1	36	89	2	114	46	2	2	48	1.30
2374459--2374484	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2374863--2374920	30	1.9	30	82	3	71	55	3	0	41	1.17
2374879--2374934	25	2.3	23	76	11	58	55	1	0	42	1.10
2382614--2382647	16	2.1	16	88	0	50	29	0	2	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383314--2383354	21	2.0	20	85	4	55	51	0	0	48	1.00
2395980--2396005	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2398058--2398102	17	2.6	17	92	0	72	68	8	15	6	1.36
2401340--2401372	8	4.1	8	92	0	57	15	24	33	27	1.95
2401091--2401615	286	1.8	288	90	2	849	35	10	11	42	1.76
2417588--2417631	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
2422541--2423168	312	2.0	312	94	0	1112	35	8	13	43	1.74
2427279--2427311	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
2433274--2433317	15	3.2	15	69	24	51	27	0	9	63	1.24
2433532--2433582	20	2.7	18	80	11	57	80	11	3	3	0.98
2434387--2434459	38	1.9	38	82	0	92	30	26	17	26	1.98
2449636--2449694	23	2.7	21	75	10	64	54	0	0	45	0.99
2450029--2450107	19	4.1	20	75	17	69	37	0	1	60	1.05
2451766--2451792	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2459642--2459669	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
2467002--2467031	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2467178--2467222	16	2.8	16	76	10	56	51	0	2	46	1.13
2469443--2469493	18	2.8	18	79	5	59	45	1	0	52	1.12
2469302--2469465	30	5.5	30	72	12	115	40	4	2	52	1.34
2469441--2469507	17	4.0	16	77	11	62	47	2	0	49	1.16
2469486--2469547	27	2.2	26	81	18	72	67	4	0	27	1.10
2469486--2469565	29	2.9	27	80	9	74	66	3	0	30	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474474--2474536	33	1.9	33	93	0	108	36	7	11	44	1.69
2474063--2475481	487	2.9	487	93	4	2431	41	10	10	36	1.74
2475569--2475605	2	18.5	2	88	0	56	45	2	0	51	1.15
2475471--2475690	119	1.8	120	91	4	361	41	10	15	32	1.80
2482108--2482154	24	2.0	24	100	0	94	42	4	8	44	1.54
2483963--2484426	117	4.0	116	82	7	555	47	6	10	35	1.63
2483963--2484426	58	7.9	58	82	7	492	47	6	10	35	1.63
2484295--2484329	19	1.9	18	88	11	54	45	11	0	42	1.40
2493811--2493853	21	2.0	21	81	0	50	30	2	0	67	1.03
2493829--2493864	18	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
2494011--2494059	22	2.1	25	85	11	68	32	8	0	59	1.27
2495101--2495199	4	25.0	4	68	24	50	72	2	3	22	1.08
2495117--2495158	17	2.5	17	85	11	52	73	0	4	21	1.01
2495133--2495195	30	2.1	31	84	3	83	76	1	3	19	1.01
2495138--2495206	12	5.6	12	76	11	61	76	2	1	18	0.98
2497725--2497826	49	2.1	49	92	0	168	45	7	8	38	1.65
2498661--2498696	18	2.0	18	88	0	54	25	2	11	61	1.43
2515440--2515600	86	1.9	87	85	6	229	28	10	15	45	1.79
2515917--2515945	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2516265--2516307	12	3.4	12	87	6	50	60	0	2	37	1.10
2516853--2516887	15	2.2	16	95	5	63	40	0	2	57	1.14
2516863--2516901	18	2.0	20	90	9	64	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2516897--2516930	17	2.0	17	88	0	50	67	2	0	29	1.05
2517906--2517962	17	3.4	16	75	17	62	22	0	3	73	0.98
2518314--2518405	16	5.9	16	69	13	66	46	25	1	27	1.59
2518315--2518399	32	2.7	32	77	15	95	44	27	1	27	1.62
2519957--2519982	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2528979--2529048	23	3.0	24	81	12	99	27	15	20	37	1.93
2528896--2529345	133	3.4	131	84	3	578	23	19	18	38	1.93
2529119--2529184	22	3.0	22	82	6	71	28	18	19	33	1.95
2528896--2529404	268	1.9	267	82	4	641	23	18	18	39	1.92
2529616--2529667	22	2.3	23	80	6	70	25	23	19	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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