genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   

This is table  31  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7809449--7809491	19	2.3	18	84	11	52	60	2	4	32	1.30
7809466--7809529	19	3.3	20	72	14	53	65	6	4	23	1.35
7809703--7809767	29	2.3	29	78	7	71	30	0	3	66	1.07
7809790--7809920	44	3.0	43	77	11	115	36	5	3	54	1.42
7809869--7809944	35	2.2	34	81	9	82	36	3	3	55	1.37
7809978--7810035	17	3.2	18	80	11	57	32	0	5	62	1.18
7809991--7810036	18	2.6	18	80	19	60	34	0	6	58	1.24
7810145--7810223	28	3.0	25	77	17	70	40	1	1	56	1.15
7810147--7810200	21	2.7	21	77	11	60	42	1	1	53	1.22
7810183--7810213	15	2.1	15	94	5	55	38	0	0	61	0.96
7812923--7812954	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7836179--7836218	21	2.0	21	85	5	55	10	30	10	50	1.69
7858312--7858353	20	2.1	20	100	0	84	19	30	19	30	1.96
7873495--7873532	18	2.1	18	85	9	51	50	2	36	10	1.51
7881244--7881268	13	1.9	13	100	0	50	40	8	32	20	1.81
7899110--7899147	19	1.9	19	89	5	58	10	15	18	55	1.68
7899243--7899282	21	1.9	21	85	10	55	30	0	12	57	1.36
7903833--7903873	20	2.0	20	90	0	64	53	0	2	43	1.13
7905036--7905071	19	2.0	18	89	10	56	44	0	2	52	1.15
7905051--7905146	31	3.2	31	76	11	99	51	1	1	46	1.14
7906514--7906563	22	2.2	24	85	7	68	46	0	0	54	1.00
7906506--7906567	21	3.0	19	74	21	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7908977--7909020	14	2.9	14	81	15	52	38	2	0	59	1.10
7910479--7910525	25	1.9	25	86	4	69	40	0	4	55	1.19
7911965--7911993	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7920643--7920673	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7921636--7921676	22	1.9	22	85	5	57	29	0	9	60	1.28
7927713--7927746	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
7932278--7932322	21	2.1	21	88	8	65	42	0	2	55	1.12
7936866--7936947	43	1.9	43	92	0	137	23	14	20	41	1.89
7944396--7944474	38	2.1	38	100	0	158	39	7	10	43	1.67
7945145--7945174	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
7947457--7947503	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
7947970--7947999	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
7950680--7950716	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
7954962--7955043	43	1.9	43	92	0	137	23	14	20	41	1.89
7963223--7963252	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
7963513--7963571	19	3.0	20	78	9	59	22	5	0	72	1.03
7965512--7965555	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
7966016--7966065	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
7970766--7971136	191	1.9	192	95	0	672	42	13	15	28	1.85
7990408--7990433	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
7990426--7990478	10	5.6	10	75	16	51	50	1	1	45	1.23
7990417--7990486	36	1.9	37	81	18	85	52	1	1	44	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7993351--7993522	51	3.3	51	70	16	131	26	12	8	53	1.65
7993332--7993531	104	1.9	107	81	9	250	25	13	8	53	1.67
7993332--7993473	52	2.8	49	75	13	124	26	11	8	54	1.64
7993924--7993992	29	2.6	27	80	17	81	73	8	2	14	1.18
7996904--7996931	8	3.5	8	100	0	56	14	0	0	85	0.59
7997600--7997637	16	2.4	16	91	4	60	7	7	5	78	1.07
7997803--7997841	16	2.4	16	95	0	69	12	2	0	84	0.72
8002788--8002826	20	1.9	21	84	5	53	46	7	5	41	1.55
8004068--8004093	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
8004404--8004438	15	2.3	15	90	0	52	22	5	0	71	1.07
8004576--8004621	17	2.8	16	83	9	56	6	8	0	84	0.77
8005066--8005095	13	2.3	13	100	0	60	20	6	0	73	1.05
8007740--8007798	27	2.2	26	82	11	66	18	3	1	76	1.02
8017948--8018043	42	2.3	42	83	5	113	38	5	29	27	1.78
8020189--8020272	34	2.5	35	84	7	102	48	5	5	39	1.52
8020975--8021046	21	3.3	21	72	11	56	37	2	1	58	1.21
8028032--8028063	12	2.6	13	85	14	50	18	0	0	81	0.70
8030056--8030080	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
8030508--8030552	16	2.8	16	83	6	56	60	2	0	37	1.09
8031474--8031501	13	2.2	13	100	0	56	92	0	0	7	0.37
8032874--8032905	10	3.2	10	95	0	55	56	0	0	43	0.99
8036037--8036067	15	2.1	15	93	0	53	6	9	29	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041995--8042027	11	3.1	11	82	8	50	36	24	12	27	1.91
8045473--8045534	23	2.5	25	85	12	76	74	1	3	20	1.05
8045469--8045582	45	2.6	41	79	17	124	72	2	1	22	1.06
8046458--8046524	10	6.5	11	81	14	65	56	2	0	40	1.14
8046465--8046523	5	11.6	5	92	3	91	57	3	0	38	1.15
8046421--8046542	41	2.9	39	84	9	120	54	4	4	37	1.39
8046444--8046547	41	2.4	43	82	12	131	52	4	2	39	1.37
8046559--8046600	15	2.8	15	79	13	50	73	4	0	21	1.01
8046556--8046614	8	6.3	9	73	19	50	71	3	1	23	1.11
8046558--8046614	29	1.9	29	85	3	78	70	3	1	24	1.13
8046981--8047289	55	5.6	55	72	9	200	40	12	22	24	1.89
8046980--8047279	166	1.8	166	82	4	390	41	12	22	23	1.88
8058611--8058700	5	18.0	5	79	13	89	75	3	1	20	1.01
8058586--8058699	15	7.5	15	71	19	78	73	3	2	20	1.10
8058622--8058706	41	2.1	41	84	8	111	76	3	2	17	1.04
8059543--8059633	3	31.3	3	70	14	66	60	4	2	32	1.29
8059692--8059727	18	2.1	18	90	10	58	72	5	0	22	1.05
8073270--8073319	17	2.6	19	75	21	50	30	10	12	48	1.73
8078905--8078949	11	4.2	11	86	13	67	84	2	13	0	0.72
8078905--8078948	10	4.3	10	86	11	54	84	2	13	0	0.73
8080290--8080319	14	2.1	14	100	0	60	33	6	6	53	1.53
8082046--8082441	189	2.1	189	81	3	467	37	15	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082411--8082470	29	2.1	29	100	0	120	23	18	23	35	1.96
8082233--8082656	217	1.9	218	83	1	537	37	16	13	32	1.88
8091853--8091880	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
8095027--8095095	21	3.1	21	68	22	52	56	2	8	31	1.45
8096795--8096869	6	11.7	6	72	27	57	77	0	2	20	0.89
8096800--8096863	5	11.8	5	76	23	51	76	0	3	20	0.92
8096803--8096869	13	5.3	13	74	22	63	77	0	2	19	0.89
8096793--8096855	33	1.9	34	84	9	87	76	0	4	19	0.96
8097714--8097761	19	2.5	19	75	0	51	60	4	6	29	1.40
8097764--8097825	25	2.4	25	81	7	72	50	3	6	40	1.44
8098103--8098299	60	3.3	60	79	7	175	34	14	28	22	1.94
8109107--8109191	37	2.3	37	78	15	88	60	4	12	22	1.51
8109126--8109190	18	3.5	19	72	6	62	60	4	13	21	1.52
8110082--8110161	9	8.2	9	71	17	54	78	1	2	17	0.92
8110067--8110164	43	2.3	43	84	8	119	73	2	3	21	1.07
8110084--8110161	17	4.5	17	72	20	56	78	1	2	17	0.94
8110082--8110164	43	1.9	43	88	9	125	77	1	3	18	0.99
8110092--8110168	17	4.3	17	75	19	68	77	0	3	18	0.91
8110084--8110167	5	15.8	5	72	25	50	77	1	3	17	0.98
8110093--8110168	11	6.9	11	75	20	54	77	0	3	18	0.92
8110092--8110161	6	11.7	6	74	19	58	78	0	2	18	0.87
8111118--8111185	5	13.2	5	75	14	50	52	2	4	39	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8111026--8111185	3	55.3	3	76	11	129	59	2	3	34	1.29
8114867--8115160	79	3.7	79	74	3	216	34	11	23	31	1.90
8115290--8115394	55	1.9	55	82	7	133	29	12	31	26	1.93
8116151--8116193	18	2.4	19	80	11	54	51	4	13	30	1.62
8122701--8122729	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
8124090--8124119	1	30.0	1	100	0	60	0	0	100	0	0.00
8133301--8133398	49	2.0	49	93	0	169	45	17	11	25	1.81
8135070--8135118	3	16.3	3	95	0	89	65	0	2	32	1.04
8138641--8138683	22	2.0	22	95	0	77	32	11	11	44	1.77
8145255--8145287	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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