genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  30  of  130  ( 15485 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7641309--7641355	21	2.2	22	85	11	62	17	6	0	76	0.98
7647427--7647452	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
7654752--7654799	19	2.7	18	75	9	53	35	16	4	43	1.67
7654752--7654829	39	2.1	37	90	7	122	38	15	5	41	1.69
7654753--7654809	17	3.2	17	76	9	69	36	15	5	42	1.70
7658324--7658387	30	2.0	31	82	14	78	20	9	3	67	1.33
7659335--7659369	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
7666976--7667084	53	2.1	53	89	0	164	24	12	18	44	1.85
7667322--7667355	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
7672045--7672079	18	1.9	18	88	0	52	14	51	5	28	1.65
7680933--7680961	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
7681718--7681764	20	2.2	22	77	11	53	44	0	2	53	1.12
7683214--7683264	21	2.4	21	90	0	75	37	1	1	58	1.20
7683168--7683266	24	4.1	24	69	18	64	38	1	2	58	1.16
7687997--7688023	13	2.1	13	100	0	54	33	29	0	37	1.58
7688810--7688843	17	1.9	18	88	5	52	23	11	5	58	1.55
7692145--7692169	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
7692538--7692609	21	3.5	21	77	7	67	48	0	4	47	1.21
7696543--7696571	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7698246--7698280	17	2.1	17	88	0	52	37	8	2	51	1.47
7702268--7702320	27	2.0	27	84	0	70	49	3	13	33	1.60
7702413--7702453	20	2.0	21	90	4	66	39	4	0	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7707733--7707774	17	2.5	17	76	0	57	42	4	0	52	1.22
7707799--7707877	32	2.6	30	82	9	97	49	2	3	44	1.34
7709547--7710026	233	2.1	232	94	0	834	40	13	20	25	1.89
7713944--7713986	21	2.0	21	90	0	68	39	23	6	30	1.81
7720243--7720286	22	2.0	23	81	4	54	50	2	0	47	1.13
7720283--7720342	30	2.0	30	87	6	86	53	3	6	36	1.44
7721010--7724035	387	7.8	386	79	6	2215	39	9	11	39	1.74
7720971--7724009	774	3.9	767	79	6	2655	39	9	11	39	1.74
7724746--7724782	13	2.9	13	81	18	51	37	0	0	62	0.96
7725831--7725903	30	2.5	29	84	2	92	41	1	5	52	1.33
7725838--7725903	29	2.2	30	81	2	80	40	1	6	51	1.36
7725909--7725937	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
7725701--7726002	149	2.0	148	78	4	313	44	6	5	42	1.55
7732437--7732478	21	2.1	20	86	8	59	33	0	2	64	1.07
7732496--7732550	20	2.5	21	85	11	67	58	0	0	41	0.98
7732495--7732552	10	5.1	12	76	14	52	56	0	0	43	0.99
7734023--7734076	23	2.3	23	100	0	108	20	5	7	66	1.37
7736160--7736215	24	2.3	24	100	0	112	35	7	0	57	1.26
7738176--7738222	22	2.2	21	82	17	53	10	14	2	72	1.21
7738749--7739290	145	3.7	144	82	4	590	43	10	12	33	1.77
7739397--7739435	20	1.9	21	89	5	62	23	7	12	56	1.62
7739765--7739848	37	2.3	37	85	0	114	36	19	14	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7739835--7740387	105	5.3	102	79	8	479	33	14	16	35	1.89
7739943--7740387	105	4.2	105	82	6	524	33	14	16	34	1.90
7739943--7740387	211	2.1	210	86	3	608	33	14	16	34	1.90
7740853--7740931	41	1.9	41	81	0	95	35	8	16	39	1.80
7740893--7740956	32	2.0	32	87	0	92	35	10	14	39	1.81
7740977--7741059	43	1.9	43	92	0	139	30	10	16	42	1.83
7740989--7741087	43	2.3	44	76	16	107	29	10	18	42	1.82
7740909--7741219	171	1.8	173	83	1	419	32	10	15	40	1.82
7741141--7741245	44	2.4	44	100	0	210	33	7	15	43	1.75
7741215--7741296	37	2.2	38	88	2	121	32	9	14	42	1.79
7741290--7741625	127	2.7	127	79	6	306	35	9	17	37	1.83
7741386--7741619	127	1.9	125	86	3	335	36	9	18	35	1.84
7741378--7741641	127	2.1	124	80	4	314	34	10	18	37	1.85
7741732--7742010	68	4.1	69	75	9	221	29	13	19	37	1.90
7741740--7741898	69	2.3	68	84	5	196	28	14	21	35	1.93
7741892--7742345	102	4.4	101	74	9	375	34	12	18	35	1.88
7741960--7742472	68	7.6	68	69	14	229	32	13	19	34	1.90
7741915--7742311	203	2.0	204	81	7	468	34	13	18	34	1.89
7741959--7742418	34	13.6	34	70	12	194	32	13	19	35	1.90
7742156--7742445	136	2.1	136	86	1	393	32	13	19	34	1.91
7742401--7742472	34	2.1	34	84	5	92	33	16	15	34	1.90
7742643--7742721	22	3.6	22	77	16	92	25	20	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7742756--7742832	31	2.5	31	73	2	73	35	22	15	27	1.94
7751894--7751937	19	2.3	19	84	4	52	27	4	0	68	1.09
7755909--7756116	63	3.4	62	75	10	196	40	9	8	41	1.68
7756158--7756506	190	1.8	188	84	3	477	39	9	8	42	1.68
7759656--7759750	31	3.1	29	78	11	93	41	4	2	52	1.32
7759628--7759750	30	4.1	31	75	12	103	40	4	1	53	1.29
7770311--7770468	79	2.0	79	100	0	316	46	16	3	32	1.65
7770565--7770616	25	2.1	25	100	0	104	75	0	3	21	0.97
7771427--7771479	22	2.3	23	80	3	54	35	5	1	56	1.34
7773321--7773377	22	2.6	22	83	8	64	35	7	5	52	1.51
7773704--7773732	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
7782297--7782330	2	17.0	2	93	0	59	50	47	0	2	1.16
7784224--7784270	14	3.4	14	85	5	60	76	4	19	0	0.95
7785351--7785411	27	2.2	28	88	2	88	31	6	1	60	1.32
7785527--7785580	6	9.5	6	80	11	69	16	0	1	81	0.78
7785527--7785580	11	4.8	12	82	11	69	16	0	1	81	0.78
7785524--7785580	28	2.1	27	87	9	80	17	0	1	80	0.79
7785537--7785581	21	2.1	21	88	8	65	15	0	2	82	0.77
7785541--7785587	21	2.2	22	84	3	60	17	0	6	76	0.98
7787711--7787759	24	2.0	24	96	0	89	38	12	8	40	1.72
7789859--7790019	82	2.0	81	95	3	290	24	16	9	48	1.77
7793104--7793136	12	2.6	13	90	4	50	33	0	15	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7794497--7794530	2	17.5	2	87	6	52	47	0	0	52	1.00
7794950--7795010	28	2.1	29	85	8	81	70	3	0	26	1.02
7798173--7798205	15	2.1	16	88	11	50	57	18	0	24	1.40
7798154--7798205	21	2.9	17	83	16	54	55	17	0	26	1.42
7800375--7800419	21	2.1	22	80	12	58	40	2	2	55	1.24
7800639--7800708	30	2.3	31	87	2	97	30	11	24	34	1.90
7801954--7802145	43	4.5	42	77	2	159	42	12	13	32	1.81
7803098--7803128	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
7803098--7803150	11	4.5	13	80	19	55	1	15	0	83	0.74
7806535--7806598	27	2.4	27	81	2	76	45	0	3	51	1.17
7807776--7807972	9	20.4	10	71	14	103	60	6	0	32	1.25
7807777--7807942	19	8.8	18	72	11	118	60	5	0	33	1.24
7807747--7807886	49	2.9	48	80	9	137	62	6	1	29	1.28
7807771--7807962	57	3.4	55	75	11	138	60	6	0	32	1.27
7807771--7807952	9	19.2	9	72	11	123	60	6	0	32	1.27
7807917--7807961	19	2.3	19	88	3	63	62	11	0	26	1.29
7808042--7808154	26	4.2	26	79	12	77	62	6	0	30	1.25
7808057--7808125	18	3.8	17	83	12	68	60	5	0	33	1.20
7808055--7808153	19	5.3	19	82	9	87	61	6	1	31	1.27
7808064--7808135	9	8.0	8	78	17	63	59	5	1	33	1.29
7808084--7808153	28	2.4	29	80	15	83	64	7	1	27	1.28
7808055--7808145	10	9.8	9	75	13	69	60	6	1	31	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7808261--7808310	21	2.4	21	80	12	59	56	6	0	38	1.24
7808241--7808303	29	2.2	29	80	5	74	60	6	1	31	1.31
7808386--7808410	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7808499--7808805	9	32.0	9	69	21	119	34	0	7	56	1.35
7808503--7808557	10	5.6	10	81	10	60	38	0	7	54	1.28
7808604--7808728	29	4.2	32	75	16	94	35	1	7	56	1.37
7808604--7808718	51	2.3	47	80	12	124	34	1	6	56	1.36
7808663--7808808	29	5.0	28	75	12	118	32	0	7	58	1.31
7808501--7808805	20	15.9	18	71	19	149	34	0	7	57	1.34
7809387--7809491	9	11.8	9	67	17	58	60	1	3	34	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130