genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  122  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24257332--24257451	30	4.0	30	80	5	95	50	2	7	40	1.44
24257528--24257624	49	2.0	49	87	4	142	29	15	13	41	1.85
24258083--24258126	23	2.0	24	86	13	67	11	15	6	65	1.44
24262504--24262533	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
24262691--24262726	17	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
24268795--24268819	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
24269616--24269647	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24277679--24277752	20	3.6	21	73	10	64	55	0	1	43	1.08
24279404--24279452	25	2.0	25	88	8	73	22	2	12	63	1.39
24281839--24282195	61	6.0	58	80	9	398	34	12	6	46	1.68
24281841--24282176	57	5.7	57	79	13	367	34	13	6	46	1.68
24282210--24282274	10	6.6	10	74	19	57	83	0	1	15	0.73
24282198--24282274	12	6.0	13	77	11	70	80	0	3	15	0.85
24282203--24282281	24	3.4	24	79	11	92	81	0	3	15	0.84
24282215--24282282	31	2.2	32	87	12	97	82	0	2	14	0.79
24282210--24282270	7	9.0	7	79	13	74	83	0	1	14	0.72
24282213--24282296	34	2.5	34	81	9	93	79	0	3	16	0.86
24283175--24283291	33	3.6	33	76	10	100	68	2	6	22	1.26
24283273--24283329	23	2.3	24	80	16	64	77	1	0	21	0.86
24283273--24283331	18	3.3	17	86	11	66	76	1	0	22	0.88
24283259--24283354	17	5.4	17	76	13	70	67	2	1	29	1.08
24283343--24283432	36	2.6	33	76	11	90	60	6	1	32	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24283471--24283521	20	2.6	20	93	3	86	23	29	25	21	1.99
24285352--24285454	30	3.5	31	79	11	101	52	2	6	37	1.43
24285334--24285454	30	4.0	30	76	8	95	49	2	7	40	1.44
24285509--24285539	14	2.2	14	94	0	53	9	16	22	51	1.73
24285814--24285857	23	2.0	24	86	13	67	11	15	6	65	1.44
24286520--24286633	54	2.1	54	98	0	219	24	15	18	41	1.89
24290460--24290495	17	2.1	18	89	5	56	33	0	0	66	0.92
24299031--24299151	60	2.0	60	90	3	190	38	19	19	23	1.93
24303961--24303995	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
24313031--24313058	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24321038--24321106	27	2.6	27	90	0	111	18	7	37	36	1.79
24323281--24323322	12	3.3	12	81	12	57	33	0	0	66	0.92
24323319--24323362	20	2.2	20	96	4	81	47	0	0	52	1.00
24333777--24333818	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
24342804--24342850	17	2.7	17	80	3	58	23	6	2	68	1.24
24343384--24343419	3	11.7	3	88	5	54	38	30	30	0	1.58
24343914--24343940	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24345244--24345288	10	4.5	10	80	8	56	75	0	2	22	0.91
24345237--24345290	20	2.8	19	76	18	58	70	0	5	24	1.08
24345252--24345290	20	2.0	20	90	5	62	74	0	2	23	0.94
24345699--24345738	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
24352261--24352292	16	2.0	16	100	0	64	43	31	6	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24357439--24357484	22	2.0	24	87	8	69	43	0	4	52	1.21
24357458--24357504	19	2.6	18	80	12	51	46	0	2	51	1.13
24357627--24357665	21	1.9	21	89	5	62	51	15	7	25	1.70
24357950--24358001	18	2.8	20	74	14	56	57	1	1	38	1.21
24364638--24364872	116	2.0	116	95	0	425	31	14	13	41	1.84
24369881--24370074	94	2.1	94	94	0	334	42	11	11	34	1.77
24370963--24371023	23	2.6	22	77	12	59	47	1	1	49	1.21
24383249--24383282	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
24384656--24384727	28	2.5	28	77	6	83	45	0	2	51	1.15
24385414--24385531	3	38.3	3	69	9	51	58	1	33	5	1.32
24390683--24390716	4	8.5	4	86	0	50	23	0	23	52	1.47
24394853--24394881	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24396368--24396395	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24408353--24408380	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
24408358--24408382	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24417260--24417420	80	2.0	80	90	4	256	19	11	16	52	1.74
24422878--24422911	16	2.1	17	94	5	61	47	0	5	47	1.26
24429437--24429471	12	2.9	12	100	0	70	60	8	25	5	1.49
24435791--24435820	13	2.2	14	94	5	53	63	13	0	23	1.29
24439714--24439758	20	2.3	19	84	7	54	55	0	0	44	0.99
24446417--24446467	17	2.9	18	76	5	59	74	9	1	13	1.15
24452617--24453004	58	6.5	59	83	8	405	37	8	5	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24452789--24452829	16	2.4	18	80	19	52	46	0	4	48	1.23
24452618--24453004	119	3.2	117	81	10	414	37	8	5	48	1.58
24453085--24453110	10	2.6	10	100	0	52	88	0	0	11	0.52
24453388--24453425	20	1.9	20	94	0	67	50	13	15	21	1.78
24453959--24454163	43	4.9	43	81	7	208	44	19	11	25	1.83
24453959--24454163	85	2.4	86	83	4	247	44	19	11	25	1.83
24465658--24466105	60	7.3	58	78	13	388	35	8	4	50	1.55
24465888--24465931	14	3.2	14	93	3	72	40	0	6	52	1.28
24466182--24466222	3	13.7	3	89	0	64	63	0	2	34	1.08
24466164--24466246	21	4.1	20	73	18	55	67	0	4	27	1.11
24470679--24470715	5	7.4	5	88	11	58	78	0	18	2	0.87
24471550--24471660	50	2.2	50	82	4	136	36	10	13	38	1.80
24472788--24472817	12	2.4	13	94	5	53	86	6	0	6	0.70
24477637--24477673	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
24481036--24481061	13	2.0	13	100	0	52	15	15	30	38	1.88
24481525--24481600	34	2.2	34	86	4	100	35	10	13	40	1.79
24481584--24481649	34	1.9	34	84	0	87	31	9	16	42	1.80
24487023--24487514	187	2.6	187	81	4	578	35	10	11	42	1.76
24488010--24488351	179	1.9	176	87	7	501	33	12	8	46	1.71
24488010--24488381	122	3.1	123	89	6	555	33	11	8	47	1.69
24488794--24488831	19	2.0	19	89	0	58	31	21	21	26	1.98
24488964--24489011	25	1.9	25	83	8	62	43	18	6	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24489742--24489803	7	8.9	7	79	13	65	8	0	8	83	0.80
24489811--24490057	42	5.9	42	90	3	358	37	21	17	23	1.94
24489811--24490057	83	3.0	83	89	3	372	37	21	17	23	1.94
24491294--24491369	8	9.6	8	83	15	79	6	14	0	78	0.93
24495160--24495522	60	5.9	60	87	7	468	31	11	8	47	1.70
24495147--24495515	122	3.0	120	86	8	516	31	11	8	47	1.71
24495952--24495996	19	2.4	19	92	0	72	26	22	28	22	1.99
24496051--24496109	31	1.9	31	86	6	84	32	16	23	27	1.96
24496128--24496175	25	1.9	25	87	8	71	45	18	4	31	1.68
24496828--24497837	187	5.4	182	80	7	983	36	11	11	41	1.76
24496828--24497824	373	2.7	370	84	4	1272	36	11	10	41	1.76
24501991--24502710	305	2.4	303	79	7	735	37	13	12	36	1.82
24507457--24507481	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
24507757--24507833	34	2.3	34	83	0	91	28	9	16	45	1.78
24509335--24509593	140	1.9	140	80	8	312	43	15	8	32	1.77
24513512--24514662	187	6.2	184	77	8	978	36	11	11	40	1.77
24513512--24514662	557	2.1	556	81	6	1314	36	11	11	40	1.77
24513512--24514650	370	3.1	367	81	5	1199	36	11	11	40	1.77
24518568--24519213	303	2.1	303	79	6	657	37	14	12	35	1.84
24522010--24522056	21	2.2	20	82	10	67	80	0	14	4	0.85
24522000--24522057	29	1.9	31	86	10	84	75	0	18	5	0.98
24524423--24524451	15	1.9	15	100	0	58	89	6	0	3	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24526203--24526228	10	2.6	10	100	0	52	38	0	0	61	0.96
24529719--24529784	25	2.9	23	69	22	57	53	0	4	42	1.21
24532074--24532099	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24538238--24538315	38	2.1	38	90	0	120	28	8	32	30	1.88
24540636--24540836	62	3.2	62	71	12	176	33	17	9	38	1.83
24541516--24541551	18	2.0	18	94	0	63	25	5	13	55	1.60
24541559--24541648	12	7.3	12	76	14	58	18	8	27	44	1.80
24541592--24541657	25	2.6	25	85	4	89	21	9	27	42	1.83
24551669--24552071	221	1.8	221	83	3	524	36	13	15	33	1.87
24559306--24559351	21	2.2	20	81	7	56	41	10	26	21	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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