genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  121  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24041677--24041726	22	2.3	22	86	3	66	36	4	6	54	1.44
24042166--24042208	21	2.1	20	82	4	50	20	2	37	39	1.66
24043499--24043525	11	2.5	11	100	0	54	14	0	51	33	1.43
24047363--24047406	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
24057129--24057174	18	2.5	18	82	3	56	43	2	2	52	1.25
24076371--24076420	22	2.2	23	85	7	75	40	6	0	54	1.25
24076818--24076860	20	2.2	20	86	0	59	37	0	2	60	1.10
24082516--24082676	88	1.8	88	80	5	191	42	22	9	26	1.83
24083259--24083946	356	1.9	356	86	2	988	37	11	13	38	1.80
24083871--24084100	125	1.8	124	79	5	266	37	9	13	39	1.78
24085834--24086472	324	2.0	325	87	2	935	35	9	17	38	1.82
24092742--24092807	31	2.1	32	88	2	98	33	10	13	42	1.79
24093033--24093102	15	4.4	15	71	10	59	44	0	0	55	0.99
24094915--24095162	131	2.0	126	83	7	315	30	20	17	31	1.96
24097407--24097630	111	2.0	111	86	1	315	31	19	29	20	1.97
24100475--24100515	13	3.2	13	82	0	55	39	0	0	60	0.96
24100468--24100549	33	2.5	32	76	7	85	42	0	1	56	1.07
24102596--24102631	7	4.9	7	87	12	54	86	0	0	13	0.58
24102596--24102631	16	2.4	14	90	9	54	86	0	0	13	0.58
24110651--24110691	16	2.6	16	88	7	57	39	0	0	60	0.96
24110662--24110730	21	3.3	22	76	15	65	46	0	0	53	1.00
24111431--24111471	20	2.0	20	90	0	64	43	2	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24111890--24111925	18	2.0	18	89	10	56	22	0	0	77	0.76
24114100--24114126	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24124989--24125023	11	3.5	10	88	11	54	0	5	2	91	0.50
24124990--24125025	17	2.1	18	89	5	56	0	8	2	88	0.59
24128076--24128117	22	1.9	22	85	0	57	33	9	9	47	1.68
24128369--24128400	16	2.0	16	100	0	64	12	25	18	43	1.85
24132045--24132087	22	2.0	22	90	0	68	37	11	6	44	1.68
24147143--24147207	2	32.5	2	93	0	112	1	47	0	50	1.10
24150149--24150185	20	1.9	18	89	10	56	29	5	10	54	1.57
24150191--24150358	20	7.6	20	73	20	113	32	2	8	55	1.46
24150210--24150365	24	6.8	24	75	14	127	33	3	8	55	1.46
24150340--24150465	53	2.4	53	78	7	132	30	7	8	53	1.60
24150529--24150563	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
24150559--24150597	19	2.1	19	85	0	51	30	5	10	53	1.56
24150572--24150627	24	2.3	24	85	8	78	33	3	8	53	1.49
24156794--24156876	12	7.3	11	71	15	53	83	1	6	9	0.87
24156803--24156876	6	11.5	6	77	18	51	82	1	6	9	0.90
24156795--24156876	33	2.5	32	84	5	94	82	1	6	9	0.88
24156816--24156876	19	3.3	17	78	17	59	85	1	6	6	0.81
24158311--24158637	42	7.9	43	79	13	303	30	11	16	41	1.84
24158311--24158663	81	4.2	85	76	12	322	31	11	16	41	1.83
24158313--24158637	162	2.0	171	86	7	465	30	11	16	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24158312--24158876	42	13.4	42	73	15	284	31	11	16	40	1.84
24158610--24158719	56	1.9	57	81	5	134	34	9	12	43	1.74
24158567--24158762	98	2.0	98	95	2	358	34	9	13	42	1.77
24158526--24158803	140	2.0	140	80	4	319	31	11	16	40	1.84
24159775--24159936	24	7.1	23	75	10	120	33	1	9	54	1.44
24159775--24159921	47	3.2	46	79	9	140	33	1	10	55	1.42
24159952--24160006	19	2.7	21	81	16	62	27	3	12	56	1.53
24160658--24160690	2	17.0	2	87	6	50	54	0	0	45	0.99
24161745--24161795	19	2.6	20	78	12	61	68	0	1	29	1.00
24162236--24162277	21	2.0	21	86	4	59	80	4	2	11	0.95
24162342--24162403	30	2.1	30	100	0	124	12	22	40	24	1.89
24162759--24162801	23	1.9	22	90	4	68	76	9	4	9	1.14
24173793--24174383	100	5.8	100	81	9	433	29	11	22	36	1.90
24173793--24174382	49	11.7	50	79	6	534	29	11	22	36	1.90
24174049--24174212	55	3.1	54	74	13	160	32	9	19	37	1.85
24174611--24174659	4	13.5	4	81	16	54	0	26	0	73	0.83
24174612--24174659	7	7.3	7	73	21	50	0	27	0	72	0.84
24175830--24175880	19	2.6	20	78	12	61	68	0	1	29	1.00
24176032--24176074	16	2.8	16	85	3	61	72	0	0	27	0.85
24176047--24176076	12	2.4	12	94	5	51	66	0	0	33	0.92
24176319--24176360	21	2.0	21	86	4	59	80	4	2	11	0.95
24185905--24185929	13	1.9	13	100	0	50	8	8	36	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24189506--24189535	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24192533--24192774	125	1.9	125	88	1	369	42	12	19	25	1.86
24201319--24201647	163	2.0	163	96	1	606	44	13	17	24	1.85
24202681--24202715	15	2.2	16	90	5	54	42	5	2	48	1.41
24206794--24206833	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
24213998--24214057	29	2.1	29	87	0	84	50	0	3	46	1.18
24213998--24214066	29	2.4	28	79	11	77	50	0	2	46	1.16
24216150--24216198	16	2.9	18	82	8	59	8	0	14	77	0.98
24216626--24216668	23	1.9	22	90	4	68	9	4	9	76	1.14
24217613--24217648	19	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
24217456--24217855	204	2.0	205	80	8	458	36	11	6	45	1.66
24219391--24219445	19	2.6	22	80	11	62	56	12	3	27	1.53
24219341--24219474	54	2.5	52	83	10	164	52	11	4	32	1.57
24219391--24219445	23	2.7	21	81	16	62	56	12	3	27	1.53
24219463--24219622	24	7.0	24	70	19	119	55	10	1	33	1.44
24219400--24219522	48	2.4	52	81	10	139	54	10	2	32	1.48
24219461--24219622	71	2.4	66	82	8	184	54	9	1	33	1.44
24219463--24219603	47	3.0	45	79	13	135	54	9	1	34	1.42
24220521--24220600	38	2.1	38	83	2	99	40	16	11	32	1.84
24220573--24220724	42	3.7	41	80	3	144	39	16	12	31	1.86
24220737--24221078	42	8.3	41	79	11	186	41	16	11	30	1.83
24220629--24220822	98	2.0	98	93	4	338	42	13	9	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24220737--24221079	81	4.1	85	74	13	263	41	16	11	30	1.83
24222513--24222593	32	2.5	32	88	4	110	8	6	1	83	0.84
24222513--24222591	6	12.8	6	76	19	56	8	6	1	83	0.86
24228762--24228823	24	2.6	24	85	7	81	53	9	3	33	1.50
24228826--24228893	3	22.7	3	100	0	136	67	0	0	32	0.91
24229072--24229231	24	7.0	24	73	19	144	55	9	3	32	1.48
24229003--24229231	73	3.3	73	74	17	168	54	9	4	31	1.54
24229130--24229231	20	4.9	19	77	16	73	56	8	1	32	1.41
24229108--24229231	45	2.7	46	81	7	135	55	8	2	33	1.44
24229150--24229231	21	3.8	20	75	17	67	57	9	1	31	1.39
24229237--24229273	20	1.9	18	89	10	56	54	10	5	29	1.57
24229880--24229909	12	2.5	12	94	0	51	70	13	0	16	1.18
24232192--24232240	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
24241993--24242020	3	9.3	3	100	0	56	35	32	0	32	1.58
24242436--24242501	33	2.0	33	81	0	78	33	33	6	27	1.81
24242820--24242855	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24250130--24250197	20	3.6	20	75	15	72	33	0	0	66	0.92
24250139--24250200	6	10.7	6	73	16	51	35	0	0	64	0.94
24250153--24250217	24	2.8	24	81	6	71	43	0	0	56	0.99
24250132--24250200	18	3.8	19	78	21	69	34	0	0	65	0.93
24250789--24250813	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24251876--24251926	21	2.3	22	80	10	59	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251876--24251934	22	2.7	21	84	5	64	49	0	0	50	1.00
24253619--24253676	25	2.4	24	78	16	66	24	0	8	67	1.18
24253611--24253639	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
24253611--24253664	12	4.4	12	79	4	54	27	0	5	66	1.13
24253629--24253677	25	2.0	25	88	8	73	22	0	12	65	1.26
24253680--24253710	16	1.9	16	93	0	53	77	3	6	12	1.08
24255939--24255968	10	3.0	10	95	0	51	20	33	0	46	1.51
24257235--24257302	30	2.3	31	79	7	77	35	4	4	55	1.40
24257243--24257307	29	2.2	30	83	2	78	30	6	4	58	1.43
24257349--24257451	30	3.5	31	79	11	101	52	2	6	37	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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