genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  109  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21214760--21214813	23	2.4	23	75	9	58	37	3	1	57	1.27
21215299--21215333	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
21215609--21215634	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21221561--21221605	19	2.3	20	84	3	65	26	0	2	71	0.98
21222517--21222558	14	2.8	15	82	10	50	42	4	0	52	1.22
21227705--21227759	23	2.4	23	88	8	78	63	1	1	32	1.15
21240355--21240399	22	2.0	22	83	8	56	40	11	17	31	1.85
21246462--21246521	22	2.7	22	97	0	111	41	0	35	23	1.55
21246873--21247009	70	2.0	70	91	0	220	29	8	8	53	1.60
21255377--21255414	16	2.4	16	95	0	67	21	5	13	60	1.52
21257584--21257632	22	2.2	22	85	0	71	51	12	8	28	1.68
21257937--21257994	22	2.5	23	74	20	59	10	18	1	68	1.26
21257957--21258000	21	2.0	24	82	13	58	11	18	4	65	1.40
21260458--21260493	18	2.0	18	88	0	54	36	13	25	25	1.93
21260810--21260850	22	1.9	21	85	5	55	48	17	0	34	1.47
21261705--21261988	140	2.0	139	80	6	315	19	16	9	53	1.71
21265819--21265862	8	5.4	8	83	5	61	4	13	0	81	0.83
21265819--21265862	17	2.7	16	82	6	61	4	13	0	81	0.83
21265819--21265864	14	3.5	13	80	13	51	4	15	0	80	0.86
21267655--21267693	20	1.9	20	84	5	51	46	0	2	51	1.14
21269196--21269338	30	4.9	30	73	15	138	18	0	32	48	1.54
21269270--21269326	16	3.7	16	74	9	55	21	0	33	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21269285--21269377	29	3.4	28	78	14	88	17	0	32	50	1.46
21269356--21269667	59	5.3	58	77	7	272	21	0	31	45	1.59
21269284--21269585	16	21.0	14	64	21	83	20	0	32	46	1.57
21269359--21269694	89	3.8	86	75	12	304	21	1	31	45	1.59
21269356--21269684	30	11.1	30	76	11	234	21	1	32	44	1.60
21270157--21270187	12	2.6	12	89	0	53	74	0	0	25	0.82
21272020--21272091	29	2.4	30	81	9	85	41	2	1	54	1.23
21272134--21272269	30	4.6	30	72	12	86	57	2	3	36	1.32
21272221--21272264	23	1.9	23	86	9	63	63	0	0	36	0.95
21272700--21272754	20	2.7	20	94	5	92	50	0	0	49	1.00
21273523--21273573	17	3.1	17	86	5	61	52	1	0	45	1.12
21273539--21273573	8	4.4	8	89	10	54	48	0	0	51	1.00
21273718--21273776	27	2.2	27	81	0	64	45	0	5	49	1.24
21273754--21273798	23	2.0	23	86	0	63	53	0	6	40	1.27
21274039--21274087	16	3.0	16	85	8	55	26	2	0	71	0.97
21284096--21284137	22	2.0	21	85	4	57	57	21	9	11	1.63
21289627--21289714	46	1.9	46	80	0	104	32	17	10	39	1.83
21290332--21290378	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
21291102--21291181	37	2.1	38	86	6	110	41	3	11	43	1.58
21292634--21292722	44	2.0	45	88	2	135	43	7	14	33	1.74
21295806--21295908	51	2.0	52	86	1	145	28	14	10	46	1.78
21299742--21299792	26	2.0	26	81	11	61	47	13	0	39	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21302546--21302649	52	2.0	53	84	1	138	29	10	9	50	1.69
21304940--21305407	239	2.0	239	86	5	660	42	19	6	30	1.77
21305924--21306237	164	1.9	161	86	5	445	42	5	7	45	1.55
21306920--21306961	22	1.9	22	90	9	68	69	2	2	26	1.13
21317343--21317369	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21319555--21319585	13	2.4	13	94	0	53	16	3	0	80	0.83
21319574--21319604	16	1.9	16	100	0	62	19	3	0	77	0.90
21323718--21323759	22	1.9	22	85	0	57	33	4	16	45	1.69
21323782--21323824	22	2.0	22	90	0	68	37	2	18	41	1.63
21323863--21323916	22	2.5	22	93	0	90	37	5	14	42	1.69
21324513--21324790	104	2.6	105	84	4	355	39	6	6	46	1.57
21325901--21325948	24	2.0	25	87	4	71	41	6	12	39	1.68
21332910--21332939	13	2.4	13	94	5	53	80	0	0	20	0.72
21332910--21332939	6	4.8	6	92	8	51	80	0	0	20	0.72
21335044--21335116	38	1.9	38	91	0	119	39	10	9	39	1.73
21343352--21343376	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21345801--21345845	3	14.7	3	95	4	81	31	0	0	68	0.89
21347627--21347659	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
21350131--21350162	16	2.0	16	93	0	55	50	9	0	40	1.35
21352558--21352613	25	2.3	25	87	3	78	71	12	14	1	1.23
21354074--21354133	13	4.6	13	80	0	66	53	21	5	20	1.64
21356921--21357023	43	2.4	43	88	0	143	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21356920--21357042	43	2.8	43	83	3	131	34	10	13	41	1.78
21357158--21357226	35	2.0	34	83	11	86	33	7	14	44	1.73
21357908--21358009	31	3.3	31	78	8	102	42	30	0	26	1.62
21357972--21358026	24	2.2	25	83	3	67	43	29	0	27	1.55
21357972--21358034	24	2.6	25	78	14	62	44	28	0	26	1.55
21358491--21358570	42	1.9	42	87	5	117	27	12	12	47	1.77
21359658--21359687	8	3.6	8	95	4	51	86	0	0	13	0.57
21359704--21360153	170	2.7	170	88	1	652	41	8	11	38	1.73
21360278--21360302	10	2.5	10	100	0	50	60	0	8	32	1.26
21360189--21360417	123	1.9	124	85	4	320	55	7	9	27	1.59
21360185--21360449	123	2.2	122	79	9	297	56	7	9	27	1.57
21361066--21361118	20	2.7	21	80	11	58	41	1	1	54	1.22
21361252--21361286	14	2.4	14	90	4	52	51	0	0	48	1.00
21362559--21362599	20	2.0	21	90	4	66	31	14	9	43	1.78
21363715--21363772	30	1.9	30	92	0	98	43	5	1	50	1.35
21363888--21363948	30	2.0	30	93	0	104	45	6	0	47	1.28
21363688--21364013	173	1.9	172	90	3	521	39	12	9	38	1.75
21364724--21364827	22	4.4	24	73	17	76	53	0	0	44	1.13
21364730--21364821	13	6.4	14	69	24	59	54	1	1	43	1.14
21364741--21364849	44	2.4	46	83	6	123	52	2	1	43	1.26
21367061--21367086	7	3.7	7	100	0	52	23	0	30	46	1.53
21368610--21368652	22	2.0	23	90	9	72	41	11	23	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21371382--21371727	178	1.9	178	92	1	586	18	17	26	37	1.93
21378942--21378967	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21380883--21380915	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
21380956--21380997	13	3.2	13	80	6	50	52	0	0	47	1.00
21380954--21381006	26	2.1	25	83	13	65	50	0	0	49	1.00
21380944--21381034	42	2.1	42	82	13	105	54	1	0	43	1.07
21387364--21387402	21	1.9	19	90	10	60	71	5	23	0	1.05
21387640--21387723	25	3.3	23	76	18	69	76	0	15	8	1.01
21387640--21387680	18	2.3	18	86	0	55	78	0	17	4	0.93
21393092--21393121	10	2.8	11	90	10	53	80	0	0	20	0.72
21394225--21394253	8	3.8	8	95	4	51	65	0	0	34	0.93
21394437--21394479	17	2.5	17	88	3	59	72	0	2	25	0.97
21394574--21394621	14	3.4	14	83	11	53	64	2	2	31	1.16
21394623--21394670	19	2.6	17	79	20	53	58	6	2	33	1.35
21394781--21394830	25	2.0	24	85	14	66	52	0	0	48	1.00
21395853--21395894	22	1.9	22	85	0	57	35	7	7	50	1.57
21397110--21397180	25	2.8	25	74	16	67	52	1	1	45	1.18
21402981--21403027	12	3.9	11	82	17	58	44	19	8	27	1.79
21402971--21403033	25	2.5	24	82	7	81	42	22	7	26	1.81
21402979--21403033	12	4.5	12	75	4	56	43	21	7	27	1.79
21403804--21404720	187	4.9	185	84	5	1113	42	10	10	37	1.73
21403823--21404617	62	12.9	62	63	15	173	42	10	10	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21403802--21404697	365	2.4	368	85	5	1168	42	10	10	37	1.73
21422858--21422901	21	2.1	21	95	0	79	61	4	6	27	1.41
21423853--21423939	16	5.6	16	75	4	79	32	4	16	47	1.67
21427141--21427191	2	26.0	2	92	4	86	0	47	1	50	1.12
21429908--21430028	62	2.0	62	94	0	215	30	17	19	32	1.95
21446483--21446530	25	2.0	25	84	8	64	47	0	0	52	1.00
21447893--21447951	25	2.4	23	75	10	64	59	8	1	30	1.37
21447901--21447947	24	2.0	24	83	8	60	57	8	2	31	1.41
21448292--21448338	24	2.0	24	86	0	67	29	8	6	55	1.55
21449173--21449243	9	8.2	9	72	18	53	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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