genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  114  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22377176--22377211	19	1.9	18	88	5	54	83	0	2	13	0.76
22379392--22379418	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22383437--22383474	19	2.0	19	89	0	58	52	0	0	47	1.00
22386163--22386187	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
22389828--22389865	16	2.3	17	86	4	51	68	10	18	2	1.30
22389842--22389881	16	2.5	17	84	15	50	72	7	17	2	1.19
22395818--22395874	30	1.9	30	85	0	78	45	0	3	50	1.18
22396773--22396835	18	3.7	17	77	14	67	47	0	3	49	1.17
22396794--22396903	11	10.5	11	70	20	74	52	0	1	44	1.17
22396784--22396902	15	8.1	15	72	20	92	52	0	1	45	1.16
22396773--22396846	33	2.3	30	82	13	78	48	0	2	48	1.15
22396794--22396899	41	2.5	42	85	8	128	51	0	1	45	1.18
22396784--22396911	53	2.4	53	84	4	148	52	0	2	44	1.19
22396836--22396899	31	2.2	27	89	10	92	56	1	0	42	1.09
22396834--22396924	8	12.0	8	67	19	61	58	1	2	38	1.18
22396834--22396924	12	8.5	11	69	26	54	58	1	2	38	1.18
22396997--22397054	25	2.3	24	78	18	73	44	3	0	51	1.18
22397084--22397148	33	2.0	33	81	3	78	55	13	0	30	1.39
22398862--22399126	127	2.1	122	80	10	284	40	4	2	52	1.37
22399069--22399109	21	1.9	21	85	5	55	34	4	0	60	1.18
22399081--22399126	14	3.1	14	82	11	56	28	6	0	65	1.17
22399229--22399268	21	2.0	20	85	5	53	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22399229--22399265	19	1.9	19	94	0	65	35	0	0	64	0.94
22399441--22399635	45	4.5	45	70	20	121	52	2	4	40	1.34
22399881--22400108	118	1.9	118	84	0	303	50	9	9	30	1.65
22400623--22400684	31	2.0	31	81	6	72	48	4	9	37	1.57
22405226--22405271	3	15.3	3	95	0	83	67	2	0	30	1.03
22406178--22406230	19	2.9	19	83	10	58	62	1	20	15	1.42
22406185--22406239	22	2.6	21	83	16	69	65	3	16	14	1.41
22406232--22406266	15	2.3	15	100	0	70	68	22	0	8	1.16
22406262--22406300	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
22406299--22406338	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
22406748--22406795	20	2.3	20	85	3	60	66	2	8	22	1.29
22410646--22410714	32	2.1	32	83	2	84	30	0	17	52	1.45
22410743--22410822	17	4.5	18	73	20	71	55	2	0	42	1.13
22410853--22410925	28	2.6	27	82	6	101	49	8	2	39	1.47
22411251--22411319	25	2.8	26	77	14	74	42	4	2	50	1.37
22411307--22411357	24	2.1	25	82	17	63	50	0	3	45	1.20
22417277--22417430	45	3.5	45	81	7	174	43	10	27	18	1.82
22417331--22417544	114	1.9	114	84	0	284	42	10	30	16	1.82
22417441--22417583	45	3.2	44	78	13	150	39	12	32	16	1.86
22417464--22417597	45	3.0	45	80	6	123	36	13	31	18	1.90
22439972--22440032	30	2.0	30	87	0	86	24	21	14	39	1.91
22447646--22447706	22	2.7	22	75	14	61	45	22	3	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22447703--22447745	15	2.9	15	75	10	52	58	20	0	20	1.40
22458377--22458457	15	5.4	15	78	15	62	19	1	29	49	1.56
22458393--22458457	14	4.4	16	79	9	59	18	1	29	50	1.56
22458455--22458500	16	2.8	16	86	3	56	19	0	30	50	1.48
22460034--22460067	3	11.3	3	93	0	59	38	0	0	61	0.96
22463006--22463299	70	4.3	70	77	8	199	21	23	10	44	1.82
22463103--22463571	35	13.4	34	70	12	143	23	21	9	46	1.79
22463100--22463225	66	1.9	66	90	3	200	23	24	7	45	1.78
22463324--22463530	112	1.8	112	83	4	274	23	19	9	47	1.78
22463847--22463884	18	2.1	18	85	9	51	13	5	2	78	1.02
22464912--22464960	8	6.4	8	79	9	57	51	26	0	22	1.49
22464912--22464960	15	3.2	15	75	13	55	51	26	0	22	1.49
22468388--22468413	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22468449--22468507	23	2.5	24	94	5	111	33	0	15	50	1.44
22468448--22468506	27	2.2	27	90	3	93	33	0	13	52	1.41
22468457--22468498	4	10.8	4	92	5	68	28	0	19	52	1.46
22470570--22470599	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
22470750--22470788	19	2.1	19	95	0	69	35	23	15	25	1.94
22473813--22473872	16	3.8	16	68	16	52	48	33	1	16	1.56
22473906--22473966	16	3.9	16	78	4	61	54	27	1	16	1.52
22473937--22474113	15	10.9	15	70	16	79	48	25	1	24	1.60
22474013--22474115	23	4.3	23	72	14	84	49	26	0	24	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22474014--22474308	8	37.5	8	66	16	73	49	24	2	23	1.60
22474203--22474293	45	2.0	46	87	6	132	54	21	3	19	1.58
22474009--22474293	16	18.2	16	71	13	105	50	24	1	22	1.59
22483677--22483739	24	2.5	24	82	5	72	33	3	0	63	1.10
22484324--22484356	13	2.5	13	95	0	57	60	3	3	33	1.27
22484719--22484775	29	2.0	29	82	6	71	28	3	5	63	1.33
22486327--22486372	22	2.1	22	83	0	56	52	19	10	17	1.74
22490160--22490197	19	2.1	18	90	9	60	60	0	5	34	1.19
22492377--22492412	16	2.2	16	90	0	54	66	0	0	33	0.92
22492888--22492968	30	2.7	30	77	9	85	40	7	1	50	1.38
22494688--22494718	15	2.1	15	93	0	53	22	3	25	48	1.66
22496170--22496229	27	2.3	25	83	13	68	26	1	1	70	1.07
22496193--22496270	3	27.7	3	84	10	94	29	0	2	67	1.03
22497206--22497255	25	2.0	25	92	0	82	46	16	8	30	1.75
22498866--22499406	69	7.8	67	84	9	565	35	8	5	50	1.56
22498866--22499405	136	3.9	136	86	6	653	35	8	5	50	1.56
22498942--22499405	206	2.3	203	89	4	682	35	8	5	50	1.56
22499445--22499487	22	2.0	22	85	0	59	58	6	0	34	1.25
22500625--22501190	160	3.5	159	76	6	467	45	14	18	21	1.85
22500909--22501404	86	5.8	86	73	11	324	45	13	17	22	1.84
22500912--22501390	258	1.9	257	81	6	585	46	13	17	22	1.83
22505799--22505837	19	2.0	20	85	5	53	66	0	17	15	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22512849--22513360	69	7.7	66	76	13	416	35	9	3	50	1.53
22512905--22513292	192	2.0	190	82	6	471	36	9	3	51	1.51
22513041--22513157	57	2.1	57	85	4	157	36	9	2	51	1.48
22513093--22513440	69	5.1	69	83	5	411	37	9	5	47	1.59
22513411--22513464	24	2.2	25	96	3	101	40	3	9	46	1.54
22513418--22513467	12	4.3	11	80	12	55	36	4	6	54	1.44
22515467--22515507	15	2.7	15	88	7	57	85	0	4	9	0.73
22515476--22515516	20	2.0	20	90	4	64	80	0	7	12	0.90
22515467--22515540	35	2.1	35	85	5	96	78	0	9	12	0.97
22515467--22515504	8	4.8	8	83	9	51	84	0	5	10	0.77
22515482--22515523	20	2.1	20	95	0	75	78	0	11	9	0.96
22516247--22516366	63	1.9	63	81	3	143	36	9	23	30	1.86
22516793--22516854	21	3.0	20	86	6	79	38	6	17	37	1.76
22517368--22517589	122	1.8	120	83	7	295	24	13	14	47	1.80
22517324--22517656	41	8.1	41	79	6	275	24	13	16	45	1.83
22518100--22518145	22	2.0	23	95	4	85	50	0	0	50	1.00
22518116--22518181	30	2.3	30	81	5	82	54	1	0	43	1.09
22518673--22518728	11	5.5	10	77	14	53	14	0	8	76	1.00
22518671--22518729	20	2.9	21	75	25	63	16	0	8	74	1.05
22518666--22518729	30	2.0	32	85	8	87	17	1	7	73	1.14
22518672--22518727	19	2.8	20	74	17	53	14	0	8	76	1.00
22518742--22518774	14	2.4	14	90	10	50	84	0	3	12	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22522169--22522199	16	1.9	16	93	0	53	16	16	25	41	1.88
22522174--22522231	16	3.7	15	75	6	53	25	13	18	41	1.88
22523363--22523395	6	5.7	6	96	3	59	0	12	0	87	0.53
22524685--22524760	28	2.7	26	73	11	71	51	2	1	44	1.23
22524771--22524843	29	2.6	27	85	10	85	49	1	0	49	1.09
22524762--22524850	27	3.2	29	81	13	91	47	1	0	51	1.08
22524791--22524850	29	2.1	29	87	6	88	48	1	0	50	1.11
22525614--22525664	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
22541228--22541293	30	2.1	31	81	10	73	34	3	7	54	1.44
22546508--22546544	15	2.4	15	90	4	56	83	0	5	10	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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