genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   

This is table  34  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666677--8666710	16	2.3	14	90	10	50	14	8	0	76	1.01
8666704--8666734	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
8666682--8666731	6	9.2	5	89	6	55	24	4	0	72	1.02
8666859--8666912	21	2.4	22	84	9	65	20	5	7	66	1.37
8667188--8667238	26	2.0	26	92	0	84	27	3	19	49	1.66
8667809--8667899	5	17.6	5	72	17	62	15	5	3	75	1.11
8667825--8667900	32	2.4	30	82	10	91	14	6	2	76	1.10
8667823--8667900	27	2.8	28	78	7	77	14	6	2	76	1.08
8667914--8668259	58	5.7	58	80	11	392	45	6	12	36	1.67
8668095--8668222	66	2.0	65	85	3	177	47	7	13	32	1.69
8676949--8677000	8	5.8	9	82	17	72	82	0	7	9	0.84
8676947--8677002	19	3.0	20	87	10	75	82	0	7	10	0.85
8678016--8678185	41	4.1	42	85	3	173	26	17	20	35	1.94
8678374--8678492	5	22.6	5	79	13	91	18	3	0	77	0.96
8678374--8678495	6	20.8	6	79	12	96	18	3	0	77	0.96
8678374--8678495	33	3.7	32	78	12	129	18	3	0	77	0.96
8678375--8678492	40	2.8	42	78	15	129	18	3	0	77	0.96
8678600--8678643	21	2.0	22	86	4	63	20	4	4	70	1.23
8679501--8679548	21	2.1	23	82	17	57	29	0	6	64	1.18
8679652--8680098	58	7.7	59	83	6	479	44	7	13	35	1.72
8679978--8680071	31	3.2	30	63	22	72	39	8	13	38	1.76
8679993--8680083	27	3.2	27	63	22	69	40	5	18	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8680009--8680099	27	3.2	27	63	22	69	37	5	18	38	1.74
8680746--8680811	32	2.1	31	83	8	80	48	1	1	48	1.20
8680772--8680826	17	3.4	17	78	12	53	38	0	5	56	1.23
8681696--8681725	5	6.0	5	96	0	51	63	0	16	20	1.31
8682581--8682696	3	38.7	3	80	13	132	60	3	0	36	1.14
8682952--8683088	54	2.6	54	83	1	150	35	16	24	24	1.95
8683100--8683381	60	4.7	59	73	9	223	34	11	29	25	1.91
8683122--8683351	61	3.8	59	77	7	212	33	12	29	25	1.92
8684156--8684280	45	2.8	44	79	3	124	21	17	14	46	1.84
8694711--8694749	16	2.4	17	83	16	55	33	0	10	56	1.33
8695744--8695790	13	3.7	13	80	5	60	53	6	0	40	1.27
8696103--8696141	16	2.3	18	86	8	55	48	2	0	48	1.15
8696199--8696270	23	3.2	22	80	9	74	54	0	0	45	0.99
8696320--8696380	14	4.1	15	79	8	63	45	0	0	54	1.00
8696349--8696399	15	3.3	15	83	5	57	47	1	0	50	1.12
8696360--8696398	16	2.5	16	87	4	53	48	2	0	48	1.15
8696370--8696432	26	2.5	26	84	5	76	46	3	0	50	1.17
8696393--8696425	17	1.9	17	93	0	57	42	6	0	51	1.26
8696979--8697062	29	2.8	29	80	8	89	35	10	7	46	1.66
8699492--8699531	20	2.1	18	90	9	62	7	7	0	85	0.76
8703553--8703602	4	12.2	4	82	4	55	18	4	4	74	1.14
8703559--8703604	21	2.2	21	84	0	56	17	4	4	73	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8713099--8713176	41	1.9	41	97	0	147	34	15	17	32	1.92
8717263--8717288	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8718377--8718415	14	2.9	14	88	3	53	56	0	33	10	1.33
8721162--8721306	62	2.4	60	83	11	174	41	2	13	42	1.58
8721434--8721535	36	2.9	34	79	12	91	44	3	13	38	1.63
8721794--8721825	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8721946--8722016	21	3.4	22	75	9	69	59	0	0	40	0.98
8722399--8722439	22	1.9	21	85	14	57	68	0	0	31	0.90
8722399--8722439	21	1.9	22	85	14	59	68	0	0	31	0.90
8730058--8730082	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8731791--8731831	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
8732419--8732452	16	2.1	16	88	0	50	41	2	0	55	1.15
8733166--8733211	18	2.6	17	83	10	56	0	0	19	80	0.71
8733958--8734165	114	1.8	111	85	3	290	38	13	12	34	1.83
8745048--8745204	77	2.0	77	96	0	287	52	12	10	24	1.70
8745696--8745749	22	2.5	21	77	16	56	40	1	0	57	1.09
8746031--8746059	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8747783--8747830	25	1.9	25	83	8	62	62	6	2	29	1.31
8752379--8752430	21	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
8752379--8752430	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
8752403--8752463	30	2.0	30	83	0	77	54	1	0	44	1.10
8757199--8757238	2	20.0	2	84	0	53	42	0	7	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8759103--8759131	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
8759114--8759243	29	4.2	30	78	14	106	57	2	0	39	1.17
8766556--8766582	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8774461--8774488	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
8776150--8776198	21	2.4	20	86	3	62	18	6	51	24	1.69
8777121--8777162	16	2.5	18	81	14	54	33	19	0	47	1.49
8778782--8778807	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8778888--8778958	38	1.9	36	82	5	88	14	14	0	71	1.14
8781032--8781180	3	51.7	3	82	7	184	34	3	0	61	1.12
8781115--8781197	15	5.5	15	88	5	55	28	4	0	66	1.12
8782047--8782083	17	2.2	17	90	0	56	16	5	2	75	1.10
8794147--8794189	18	2.4	18	80	7	52	20	6	4	67	1.33
8794197--8794232	3	11.7	3	88	5	54	63	0	2	33	1.08
8794197--8794231	13	2.8	13	86	4	54	65	0	2	31	1.07
8794235--8794296	6	10.3	6	83	0	61	20	3	3	72	1.13
8794231--8794293	12	5.2	12	88	0	72	20	4	3	71	1.18
8794247--8794296	15	3.3	15	88	0	73	22	0	4	74	0.99
8794402--8794448	21	2.3	21	88	3	69	14	4	2	78	0.99
8794421--8794498	15	5.1	15	70	13	52	14	5	5	75	1.14
8794407--8794455	21	2.2	22	85	7	64	14	6	4	75	1.14
8794439--8794470	15	2.1	15	94	0	55	12	9	6	71	1.29
8794439--8794479	17	2.5	17	88	7	59	14	7	4	73	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8800695--8800766	28	2.4	31	81	9	87	59	5	4	30	1.39
8800704--8800848	69	2.1	67	85	11	188	56	6	3	33	1.43
8800695--8800888	10	19.7	10	69	13	91	57	6	2	32	1.38
8800735--8800866	20	6.8	20	73	10	112	56	6	2	34	1.39
8801009--8801047	21	2.0	20	85	10	53	38	5	5	51	1.46
8801160--8801268	19	5.7	19	72	15	75	32	0	5	61	1.25
8801173--8801254	21	4.0	21	75	13	66	37	0	6	56	1.24
8801167--8801249	38	2.1	40	82	12	102	36	1	4	57	1.28
8804341--8804371	6	5.2	6	92	0	53	16	19	29	35	1.93
8811263--8811319	27	2.1	27	90	0	87	43	21	12	22	1.85
8814253--8814518	62	4.3	59	74	11	160	33	14	15	37	1.88
8814472--8814600	64	2.1	61	82	7	152	37	18	13	30	1.89
8831494--8831534	21	2.0	21	85	0	55	41	2	7	48	1.44
8834096--8834162	28	2.3	29	75	10	66	59	1	28	10	1.39
8843682--8843791	31	3.6	31	75	11	95	43	3	12	40	1.60
8843697--8843791	31	3.2	30	75	10	104	44	4	11	40	1.60
8847600--8847645	15	3.0	15	96	3	83	6	13	0	80	0.89
8849828--8849907	7	11.4	7	73	20	53	67	1	2	28	1.11
8849828--8849864	15	2.6	15	91	8	60	64	0	5	29	1.15
8849853--8849930	18	4.3	19	75	14	58	73	2	0	24	0.96
8851087--8851138	25	2.1	26	82	7	63	19	25	13	42	1.87
8852946--8852988	2	22.0	2	85	4	61	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8853914--8853941	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8856233--8856277	22	2.0	23	83	12	58	22	28	4	44	1.72
8860346--8860389	17	2.6	17	77	0	52	72	0	6	20	1.07
8862920--8862977	17	3.0	21	73	19	61	32	1	12	53	1.48
8864179--8864209	16	2.0	16	93	6	55	64	9	12	12	1.50
8873861--8874077	119	1.8	119	93	0	380	43	5	7	43	1.55
8880412--8880456	23	2.0	23	86	0	63	28	15	8	46	1.76
8886930--8886957	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8888251--8888344	25	3.6	25	68	13	80	35	13	11	39	1.82
8889692--8889746	23	2.6	22	78	13	53	76	12	5	5	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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