genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  111  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21705132--21705170	20	2.0	19	85	5	51	69	2	25	2	1.14
21707596--21707635	18	2.2	19	86	4	55	15	10	0	75	1.05
21707610--21707689	27	3.3	23	72	14	72	18	7	2	71	1.21
21707601--21707722	50	2.4	50	81	10	140	19	8	1	70	1.21
21708658--21708691	16	2.0	17	88	11	52	50	5	0	44	1.26
21710549--21710636	9	11.0	8	72	17	67	59	0	0	40	0.98
21710549--21710636	17	5.5	17	70	17	80	59	0	0	40	0.98
21710542--21710634	23	3.9	24	71	8	64	56	0	0	43	0.99
21710560--21710628	33	2.0	34	86	11	95	60	0	0	39	0.97
21710560--21710640	37	2.1	38	81	9	92	62	0	0	37	0.95
21710727--21710787	32	2.0	30	90	6	95	32	3	3	60	1.29
21710899--21710941	12	3.9	12	77	22	58	46	0	0	53	1.00
21712773--21712848	36	2.1	36	97	0	143	47	27	5	19	1.71
21725967--21726051	41	2.1	41	84	0	107	50	10	9	29	1.68
21726553--21726608	27	2.2	24	84	9	67	57	0	3	39	1.16
21730395--21730428	5	7.0	5	90	6	52	85	14	0	0	0.60
21730620--21730680	24	2.6	24	86	2	79	77	1	6	14	1.05
21730636--21730675	17	2.3	18	82	4	55	75	2	7	15	1.14
21736451--21736506	26	2.2	25	81	12	62	73	1	16	8	1.17
21737228--21737265	19	2.0	19	94	0	67	15	13	31	39	1.86
21737368--21737429	24	2.4	26	77	17	51	27	6	0	66	1.16
21737826--21737875	21	2.4	21	90	6	75	38	2	30	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21738270--21738311	8	5.2	8	91	0	66	9	4	0	85	0.72
21738406--21738508	24	4.0	24	76	16	91	58	7	0	33	1.33
21748823--21748950	50	2.5	50	79	12	127	54	13	14	17	1.71
21749504--21749685	41	4.4	41	79	3	195	33	10	20	35	1.87
21749514--21749685	84	2.1	83	83	5	215	34	9	19	36	1.85
21749875--21750403	119	4.4	118	78	3	481	21	20	12	45	1.84
21749872--21750456	238	2.5	235	78	5	550	21	20	12	45	1.83
21750115--21750475	119	3.0	119	73	10	324	21	20	12	45	1.84
21761285--21761315	14	2.2	14	94	0	53	51	0	41	6	1.27
21763780--21763849	35	2.0	35	86	5	97	38	5	0	55	1.24
21764054--21764098	23	1.9	24	82	13	58	35	2	4	57	1.31
21764133--21764446	157	2.0	157	85	3	425	46	7	5	40	1.56
21764478--21764559	30	2.8	29	87	5	119	41	1	1	56	1.15
21764480--21764580	30	3.4	30	83	8	91	42	0	1	54	1.18
21764478--21764598	60	1.9	60	83	12	154	42	0	1	54	1.16
21765818--21765846	8	3.8	8	95	4	51	37	0	0	62	0.96
21768933--21768965	10	3.3	10	84	16	50	30	0	0	69	0.88
21768933--21768973	20	2.0	20	90	0	64	34	0	0	65	0.93
21769002--21769048	22	2.1	23	84	11	62	61	2	0	36	1.08
21779029--21779053	13	1.9	13	100	0	50	0	0	4	96	0.24
21779028--21779054	14	1.9	14	100	0	54	0	0	3	96	0.23
21781392--21781425	9	3.8	9	88	0	50	38	8	5	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21781882--21781955	29	2.5	31	74	12	75	33	8	6	51	1.58
21783236--21783319	6	14.5	6	70	17	54	61	1	0	36	1.04
21783218--21783266	19	2.4	21	90	10	75	48	0	0	51	1.00
21783257--21783300	10	4.1	10	78	16	52	61	2	0	36	1.09
21783257--21783329	33	2.1	35	87	5	105	64	1	0	34	1.02
21783257--21783332	17	4.5	17	73	16	68	64	1	0	34	1.02
21783723--21783758	17	2.2	17	90	5	56	33	0	0	66	0.92
21785302--21785357	27	2.2	26	80	6	60	53	3	0	42	1.18
21786849--21786890	17	2.4	18	80	4	50	50	0	0	50	1.00
21790623--21791573	473	2.0	475	88	2	1412	31	16	19	32	1.94
21793507--21793548	19	2.2	20	82	4	50	47	28	11	11	1.76
21794882--21794917	15	2.4	15	95	0	63	50	2	0	47	1.15
21796653--21796693	20	2.0	20	95	0	73	39	12	0	48	1.41
21797614--21797655	19	2.3	17	88	12	57	52	0	0	47	1.00
21797942--21798002	16	3.3	18	78	13	54	36	3	0	60	1.13
21798708--21798734	14	1.9	14	100	0	54	22	7	29	40	1.81
21805777--21805806	13	2.3	13	94	0	51	83	6	0	10	0.81
21810472--21810508	13	2.8	13	87	0	56	18	16	27	37	1.92
21814230--21814270	22	1.9	21	85	5	55	41	0	0	58	0.98
21815393--21815440	24	2.0	24	88	4	71	58	10	2	29	1.43
21815751--21815859	55	2.0	55	82	7	132	55	10	5	29	1.56
21815817--21815883	33	2.0	33	85	0	89	58	10	5	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21815954--21815982	15	1.9	15	100	0	58	55	13	6	24	1.63
21815965--21816024	20	2.8	22	76	16	63	60	11	3	25	1.47
21815985--21816017	15	2.3	15	89	5	50	60	9	0	30	1.27
21815968--21816131	74	2.2	74	93	0	283	54	13	4	27	1.57
21816023--21816098	23	3.4	23	76	10	86	55	13	5	26	1.59
21816066--21816129	31	2.1	31	87	0	92	51	14	4	29	1.62
21816023--21816115	23	4.2	21	75	15	64	53	13	4	27	1.59
21818461--21818517	20	2.8	20	83	5	78	3	7	3	85	0.80
21818460--21818507	1	48.0	1	80	0	51	4	4	2	89	0.64
21819770--21819826	12	4.7	12	75	10	53	36	0	1	61	1.07
21819784--21819851	30	2.3	30	80	7	77	39	0	1	58	1.07
21819796--21819856	8	8.0	8	75	10	56	40	0	0	59	0.98
21819796--21819848	15	3.5	16	82	10	67	43	0	0	56	0.99
21819820--21819871	22	2.5	21	87	6	79	44	0	0	55	0.99
21822361--21822429	23	3.1	21	72	24	70	59	7	10	23	1.54
21823774--21823883	34	3.2	32	77	7	103	38	14	12	34	1.84
21823788--21823898	34	3.3	34	75	5	109	33	14	17	35	1.90
21831826--21832979	186	6.2	186	84	3	1290	35	12	10	40	1.79
21831826--21832985	558	2.1	556	84	3	1467	35	12	10	40	1.79
21833588--21833612	13	1.9	13	100	0	50	16	4	32	48	1.64
21836825--21836860	17	2.2	17	95	5	65	36	11	13	38	1.81
21838501--21838578	19	3.5	23	73	18	74	55	10	3	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21838497--21838558	24	2.6	24	82	5	72	54	11	3	30	1.51
21838561--21838589	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
21838645--21838791	32	4.8	32	77	18	134	52	10	6	30	1.61
21838646--21838770	56	2.3	53	84	6	162	51	11	7	30	1.64
21838723--21838802	32	2.5	32	91	4	126	58	10	3	27	1.47
21838750--21838875	53	2.3	53	86	9	166	57	10	3	27	1.49
21838667--21838855	85	2.2	87	85	7	269	54	11	5	29	1.57
21838834--21838916	42	2.0	42	92	4	141	56	10	4	27	1.54
21838836--21838916	23	3.7	23	82	14	116	55	11	4	28	1.55
21838884--21838947	31	2.1	31	82	11	78	53	14	6	26	1.64
21839524--21839553	12	2.5	12	94	0	51	70	13	0	16	1.18
21840326--21840375	18	2.8	18	85	8	59	60	0	0	40	0.97
21841650--21841692	11	4.2	10	82	14	52	76	2	4	16	1.05
21842774--21842826	27	2.0	27	96	0	97	30	11	11	47	1.74
21850038--21850073	18	2.0	18	94	0	63	30	0	0	69	0.89
21850242--21850293	21	2.4	22	80	3	61	63	0	3	32	1.12
21850258--21850299	22	1.9	22	85	9	59	61	0	2	35	1.09
21850296--21850325	5	5.8	5	96	4	51	23	0	0	76	0.78
21852344--21852418	36	2.1	36	94	0	132	40	24	6	29	1.80
21853208--21853237	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
21856990--21857055	34	1.9	34	87	6	98	74	6	6	13	1.20
21860209--21860266	30	1.9	30	86	6	82	44	0	8	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21862283--21862325	22	2.0	22	81	9	52	51	9	2	37	1.47
21862917--21862982	32	2.1	32	91	2	107	18	18	13	50	1.79
21864092--21864207	41	2.8	40	77	5	117	36	14	10	38	1.81
21867802--21867853	26	2.1	23	82	10	59	40	11	5	42	1.65
21868142--21868174	16	2.0	17	88	5	50	24	18	9	48	1.76
21872650--21872717	26	3.0	22	70	24	52	55	0	0	44	0.99
21872658--21872717	16	3.9	16	72	14	63	53	0	0	46	1.00
21875429--21875472	3	14.7	3	85	0	52	38	38	0	22	1.55
21875435--21875472	15	2.5	15	100	0	76	39	39	0	21	1.53
21876502--21876535	14	2.4	14	90	0	50	17	2	2	76	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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