genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  110  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21449173--21449243	26	2.8	26	87	4	101	49	0	0	50	1.00
21449179--21449303	19	7.7	16	71	20	66	52	0	0	46	1.06
21449332--21449614	18	18.3	15	70	23	155	42	0	1	54	1.15
21449418--21449609	21	9.1	21	68	22	91	43	0	1	55	1.09
21449405--21449548	52	2.9	48	80	15	134	42	0	1	55	1.13
21449337--21449614	115	2.5	109	80	11	305	42	0	1	54	1.16
21449457--21449614	55	2.7	59	77	17	172	43	0	1	54	1.11
21450179--21450223	2	22.5	2	95	0	81	48	0	48	2	1.13
21457683--21457739	20	2.8	19	76	10	60	31	1	17	49	1.57
21458349--21458411	20	3.2	19	73	8	54	34	3	3	58	1.30
21459484--21459513	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21460536--21460588	22	2.4	22	80	0	61	33	3	1	60	1.26
21461251--21461307	20	2.8	20	86	5	69	40	3	3	52	1.35
21461888--21461934	23	2.0	23	83	0	58	46	6	8	38	1.60
21467681--21467740	6	9.3	6	76	20	59	46	0	1	51	1.10
21470431--21470475	14	3.2	14	87	6	65	48	8	6	35	1.61
21484481--21484523	12	3.5	12	80	3	50	23	2	2	72	1.08
21485240--21485277	20	1.9	20	88	0	58	44	2	7	44	1.47
21485413--21485446	3	12.0	3	87	12	54	32	0	0	67	0.91
21490849--21490876	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
21502332--21502364	10	3.3	10	95	0	57	27	0	0	72	0.85
21502494--21502534	20	2.1	19	90	9	64	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21503406--21503452	22	2.0	25	84	12	64	59	0	2	38	1.09
21508910--21509003	48	2.0	48	89	0	143	47	12	6	32	1.67
21511012--21511039	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21511293--21511381	34	2.6	34	81	13	103	50	6	13	29	1.67
21512680--21512732	2	27.5	2	78	14	58	45	1	0	52	1.11
21514612--21514664	27	2.0	27	84	0	70	81	7	0	11	0.88
21515122--21515146	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21520472--21520503	15	2.1	15	94	0	55	21	0	9	68	1.17
21522106--21522149	18	2.4	19	81	14	56	20	4	2	72	1.13
21524361--21524537	86	2.0	87	94	1	311	43	19	13	23	1.86
21525544--21525573	13	2.3	13	100	0	60	20	0	16	63	1.31
21526447--21526594	33	4.5	33	71	13	99	41	12	16	29	1.85
21526398--21526594	65	3.0	66	77	4	177	42	12	17	27	1.85
21526721--21526840	33	3.6	33	76	6	118	41	15	18	25	1.89
21526721--21526847	66	1.9	66	86	0	182	42	14	18	24	1.87
21527002--21527446	39	11.5	39	69	10	141	37	16	7	37	1.78
21527064--21527536	77	6.2	77	70	13	316	38	17	7	36	1.79
21527064--21527536	154	3.1	154	92	1	790	38	17	7	36	1.79
21527077--21527515	39	11.4	38	69	10	243	37	17	7	37	1.78
21529738--21529771	16	2.1	16	88	0	50	23	2	0	73	0.97
21530481--21530510	14	2.1	14	93	0	51	16	0	6	76	0.99
21535443--21535639	60	3.3	57	80	13	177	37	3	7	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21535443--21535668	59	3.8	58	77	12	201	38	3	7	50	1.49
21536493--21536548	2	28.0	2	92	0	67	48	7	1	42	1.41
21542971--21543248	137	2.0	136	90	4	443	41	10	6	41	1.65
21545070--21545147	34	2.3	34	95	0	138	26	20	23	29	1.99
21545399--21545439	11	3.5	12	78	15	50	29	2	0	68	1.03
21545714--21545748	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
21560823--21560852	9	3.2	9	95	4	51	13	0	0	86	0.57
21561006--21561040	18	1.9	18	88	0	52	62	0	8	28	1.24
21561215--21561266	22	2.3	23	87	9	72	51	3	0	44	1.19
21561737--21561775	20	2.0	20	84	0	51	38	2	0	58	1.12
21562159--21562206	17	2.9	17	84	9	55	52	2	0	45	1.12
21563879--21563904	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21565374--21565421	22	2.2	22	88	7	71	39	0	2	58	1.10
21573661--21573688	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21579558--21579592	13	2.7	13	86	0	52	48	2	0	48	1.16
21584464--21584506	11	3.8	12	75	12	54	58	0	0	41	0.98
21584479--21584565	38	2.3	39	81	15	103	48	2	0	49	1.13
21587245--21587278	18	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
21588240--21588275	17	2.1	18	94	5	65	19	5	11	63	1.46
21588420--21588459	18	2.2	18	90	0	62	57	2	0	40	1.12
21588516--21588545	13	2.3	13	94	0	51	33	0	0	66	0.92
21588805--21588843	15	2.4	17	83	12	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21596208--21596256	21	2.5	19	81	15	55	38	4	0	57	1.18
21596211--21596268	20	2.8	21	72	15	57	44	3	0	51	1.18
21602676--21602706	5	6.2	5	92	0	53	83	0	16	0	0.64
21604816--21604859	22	2.0	22	90	0	70	45	13	9	31	1.75
21612726--21612794	28	2.4	28	83	9	77	47	1	4	46	1.31
21626940--21626988	24	2.1	24	88	3	73	14	0	20	65	1.27
21628868--21628913	18	2.6	17	83	6	56	26	2	2	69	1.11
21629683--21629725	4	10.8	4	80	9	52	25	2	0	72	0.97
21634243--21634281	18	2.2	18	85	0	51	82	0	7	10	0.86
21634573--21634608	14	2.6	14	91	4	56	83	5	11	0	0.80
21635985--21636086	17	6.0	17	81	2	107	33	17	11	37	1.86
21635987--21636086	51	2.0	51	86	4	139	33	17	12	38	1.86
21635985--21636070	34	2.5	34	84	0	118	31	18	11	38	1.87
21636012--21636096	17	5.0	17	77	8	59	35	16	11	36	1.85
21636059--21636141	17	4.9	17	81	0	76	32	10	19	37	1.86
21636473--21636532	17	3.5	17	73	13	59	40	10	8	41	1.69
21636810--21637051	43	5.6	43	80	5	256	29	11	11	46	1.76
21636810--21637051	88	2.8	87	80	8	269	29	11	11	46	1.76
21636984--21637100	43	2.7	43	80	6	105	26	11	14	47	1.79
21637865--21637903	15	2.7	15	84	7	55	38	20	12	28	1.89
21639097--21639187	44	2.1	44	91	0	146	51	9	1	37	1.42
21639231--21639283	26	2.1	25	82	3	61	50	11	1	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21639469--21639522	26	2.1	25	89	3	81	55	1	1	40	1.21
21642180--21642344	6	27.8	6	67	19	62	47	0	1	50	1.08
21642175--21642343	24	7.1	23	68	17	87	47	0	1	50	1.08
21642169--21642295	52	2.6	47	79	10	132	49	0	0	49	1.06
21642186--21642260	10	7.4	10	73	21	50	48	0	0	52	1.00
21642356--21642385	10	3.1	10	90	9	53	60	0	0	40	0.97
21642336--21642394	26	2.3	25	83	11	75	57	1	0	40	1.09
21642355--21642399	19	2.3	20	81	11	58	62	0	0	37	0.96
21651702--21651732	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
21655203--21655259	26	2.1	27	87	3	80	57	7	3	31	1.42
21662182--21662233	12	4.5	12	72	18	56	42	9	11	36	1.74
21663793--21663819	6	4.5	6	100	0	54	18	18	48	14	1.82
21672678--21672816	49	2.9	48	79	7	147	47	4	10	37	1.58
21672660--21672816	24	6.5	24	77	2	136	48	5	11	35	1.61
21673030--21673102	36	2.0	36	91	0	119	31	8	20	39	1.82
21673888--21673937	25	2.0	26	88	4	75	48	2	6	44	1.39
21675307--21675393	42	2.1	41	89	2	129	45	11	13	28	1.79
21676115--21676475	55	6.5	55	76	5	282	35	11	8	44	1.72
21676132--21676448	110	2.9	110	77	5	316	35	11	8	44	1.72
21678438--21678482	23	1.9	24	86	13	67	57	8	2	31	1.41
21678726--21679407	230	3.0	227	85	4	872	44	3	9	41	1.55
21679817--21679887	28	2.4	31	88	9	112	45	0	1	53	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21680062--21680099	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21680527--21680568	22	1.9	22	90	0	66	52	0	0	47	1.00
21680527--21680574	22	2.2	22	85	3	62	54	0	0	45	0.99
21681439--21681487	21	2.3	21	82	0	62	57	0	4	38	1.18
21682398--21682467	26	2.7	26	75	2	70	25	8	11	54	1.64
21695629--21695677	15	3.4	14	86	8	62	2	26	0	71	0.97
21697113--21697152	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21697518--21697542	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
21699072--21699222	30	5.2	30	76	13	131	42	6	0	50	1.33
21699093--21699245	30	5.3	29	73	12	111	40	5	0	52	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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