genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  108  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21080069--21080111	19	2.4	18	80	7	52	39	2	0	58	1.11
21081326--21081370	22	2.0	23	86	4	65	48	2	0	48	1.13
21082024--21082119	31	3.1	31	76	14	92	40	0	2	57	1.10
21082021--21082114	27	3.3	28	76	18	79	42	0	2	55	1.12
21082014--21082145	61	2.1	65	80	12	150	45	0	2	51	1.19
21084889--21084928	16	2.4	16	87	4	53	72	5	0	22	1.04
21084899--21084929	16	1.9	16	100	0	62	70	0	0	29	0.87
21087772--21087871	51	2.0	51	90	2	157	45	2	6	47	1.39
21089646--21089676	12	2.6	12	89	0	53	25	0	0	74	0.82
21091289--21091317	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
21091928--21092016	33	2.7	33	84	5	108	70	1	2	25	1.05
21091945--21092012	8	7.9	8	77	12	55	72	0	2	25	0.99
21091945--21092011	9	6.6	10	77	22	61	71	0	2	25	1.00
21094213--21094295	37	2.2	37	82	0	103	48	4	2	44	1.37
21094645--21094930	33	8.8	32	79	5	252	30	17	15	36	1.91
21094655--21094930	65	4.2	65	81	3	279	29	18	15	36	1.92
21094655--21094930	98	2.8	97	80	4	270	29	18	15	36	1.92
21095175--21095221	22	2.1	22	88	0	67	34	23	12	29	1.92
21095516--21095586	36	2.0	36	86	5	99	16	18	19	45	1.86
21095413--21095919	109	4.7	109	82	2	536	23	19	17	39	1.92
21095588--21095630	22	2.0	22	86	9	61	30	25	13	30	1.94
21095691--21095739	22	2.2	23	85	3	64	28	12	16	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21095843--21095913	36	2.0	36	86	5	99	19	21	16	42	1.89
21095414--21095936	218	2.4	218	81	3	599	23	19	17	39	1.92
21095828--21096095	87	3.1	87	79	6	276	23	19	17	39	1.92
21096404--21096435	15	2.1	15	94	0	55	59	0	0	40	0.97
21096983--21097016	12	2.8	12	86	0	50	14	35	44	5	1.70
21097439--21097493	22	2.5	22	78	3	56	32	3	14	49	1.61
21097560--21097604	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
21097816--21097914	16	6.4	16	72	10	80	48	29	1	21	1.57
21097816--21097915	31	3.2	31	76	8	96	48	30	1	21	1.57
21097825--21097915	15	5.9	15	77	3	92	47	31	1	19	1.57
21099455--21099511	8	6.8	8	78	9	51	73	0	3	22	0.98
21099455--21099521	20	3.2	20	76	19	66	73	0	4	22	1.01
21100952--21101187	115	2.1	115	96	0	436	35	6	12	45	1.67
21101840--21101922	37	2.2	37	82	4	105	49	2	2	45	1.28
21102198--21102226	14	2.0	15	93	6	51	27	10	0	62	1.28
21105586--21105638	26	2.0	26	100	0	106	54	11	11	22	1.67
21106094--21106128	18	1.9	18	94	0	61	25	5	54	14	1.62
21107002--21107031	15	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
21111761--21111798	14	2.8	14	84	4	51	47	7	7	36	1.62
21112462--21112518	26	2.2	26	81	6	62	22	35	24	17	1.95
21112551--21112671	3	41.3	3	70	14	56	23	3	4	68	1.22
21118580--21118641	27	2.3	27	94	2	106	35	11	20	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21121392--21122096	119	5.9	119	79	4	663	19	20	14	45	1.85
21121392--21122089	237	2.9	237	80	5	752	19	21	14	45	1.85
21122407--21122468	26	2.4	25	76	12	63	27	27	22	22	1.99
21122501--21122631	3	44.3	3	76	14	103	27	3	3	65	1.24
21133103--21133145	16	2.6	16	80	20	52	2	2	13	81	0.89
21133103--21133145	23	1.9	23	90	4	70	2	2	13	81	0.89
21139743--21139782	14	2.9	14	81	11	55	37	2	5	55	1.35
21141591--21141620	15	2.0	15	100	0	60	20	33	20	26	1.97
21157188--21157221	15	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
21157936--21157985	22	2.3	21	79	6	55	10	22	6	62	1.48
21159787--21159846	27	2.3	26	80	8	68	56	0	10	33	1.32
21159890--21159930	17	2.4	17	80	19	50	39	2	2	56	1.26
21160670--21160716	12	3.8	13	83	16	55	31	0	0	68	0.90
21160663--21160725	16	3.9	16	73	23	60	33	0	0	66	0.92
21160713--21160760	19	2.5	20	86	10	64	47	0	0	52	1.00
21161256--21161289	6	5.5	6	96	3	59	38	14	29	17	1.90
21164458--21164494	18	2.1	18	100	0	74	40	5	16	37	1.71
21166209--21166282	36	2.0	38	89	5	116	40	17	0	41	1.49
21166285--21166322	19	2.1	19	90	5	60	52	0	0	47	1.00
21166247--21166519	143	1.9	141	93	1	465	45	9	6	38	1.63
21167435--21167462	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
21167587--21167645	16	3.5	16	77	9	64	57	1	1	38	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21169030--21169056	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21171294--21171342	16	2.7	19	78	15	59	32	0	6	61	1.21
21172504--21172786	59	4.7	59	86	10	396	44	7	14	33	1.74
21172496--21172786	121	2.4	116	88	7	415	44	8	14	33	1.74
21177883--21177922	21	1.9	21	89	0	62	50	0	2	47	1.14
21178350--21178389	18	2.2	18	86	8	55	60	0	2	37	1.11
21180201--21180269	36	2.0	33	86	8	93	18	2	26	52	1.60
21182735--21182759	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
21185423--21185475	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
21185599--21185633	14	2.6	13	82	8	52	57	0	0	42	0.99
21185619--21185653	17	2.1	17	89	10	54	57	2	0	40	1.14
21186014--21186082	33	2.0	35	83	5	88	33	7	0	59	1.25
21186878--21186992	56	2.1	55	90	1	176	51	6	8	33	1.60
21189252--21189297	24	1.9	24	86	8	67	43	6	2	47	1.41
21189746--21190204	226	2.0	226	96	0	846	38	11	9	40	1.74
21192080--21192111	15	2.0	17	88	11	50	43	15	0	40	1.47
21192176--21192224	20	2.4	21	83	6	66	53	12	8	26	1.66
21194208--21194309	30	3.4	30	77	14	86	40	1	2	54	1.26
21194226--21194319	29	3.3	28	79	10	93	36	3	3	57	1.31
21197207--21197243	7	5.6	7	84	9	51	21	0	2	75	0.92
21197263--21197293	15	2.1	15	93	0	53	25	0	3	70	1.02
21197328--21197408	42	1.9	42	89	0	126	33	3	3	59	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21197361--21197425	18	3.5	19	82	14	73	33	4	1	60	1.27
21197341--21197487	42	3.5	42	79	9	122	30	6	2	60	1.35
21197380--21197495	20	5.6	20	76	7	106	28	6	1	63	1.28
21197380--21197495	42	2.8	40	84	5	124	28	6	1	63	1.28
21198361--21198399	3	13.0	3	94	0	69	33	0	2	64	1.08
21198422--21198454	12	2.9	12	86	13	52	12	6	0	81	0.85
21198417--21198448	17	1.9	16	93	6	55	15	3	0	81	0.82
21198449--21198682	59	4.0	59	86	6	298	46	5	9	38	1.61
21198615--21198749	66	2.0	66	87	2	191	45	7	12	34	1.70
21200284--21200333	26	1.9	26	83	0	64	48	4	8	40	1.51
21201061--21201102	15	2.8	15	85	10	59	21	0	23	54	1.44
21201059--21201110	22	2.3	23	81	12	65	25	0	23	51	1.48
21201059--21201109	15	3.5	14	70	19	50	23	0	23	52	1.47
21201127--21201161	14	2.4	14	90	4	52	14	0	31	54	1.40
21201200--21201324	29	4.3	28	72	12	92	20	0	28	50	1.54
21201200--21201324	58	2.2	57	80	8	128	20	0	28	50	1.54
21201450--21201501	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
21202991--21203034	20	2.2	20	84	8	54	38	4	0	56	1.20
21203003--21203048	20	2.3	20	84	0	56	36	4	2	56	1.31
21203233--21203329	36	2.7	37	71	7	101	46	14	20	18	1.84
21203393--21203565	88	2.0	86	84	6	222	42	18	19	20	1.90
21203819--21203861	22	2.0	22	90	0	68	32	16	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21203832--21203883	22	2.4	22	86	0	68	30	13	23	32	1.93
21203948--21203997	21	2.3	21	83	12	66	32	10	20	38	1.85
21203483--21204072	263	2.2	263	81	4	663	40	15	18	24	1.90
21203467--21204077	132	4.6	132	78	5	563	40	15	18	24	1.90
21204031--21204110	37	2.2	37	86	0	106	53	16	11	18	1.71
21206290--21206327	20	1.9	20	84	10	51	5	7	7	78	1.07
21212971--21213000	13	2.2	14	94	5	53	10	0	40	50	1.36
21213082--21213141	22	2.7	23	72	15	63	20	1	30	48	1.59
21213020--21213144	29	4.3	30	72	10	84	21	1	28	48	1.59
21213859--21213898	20	2.0	20	85	0	53	12	15	10	62	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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