genome.fa.s556.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168381.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_6, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26551601

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   

This is table  113  of  130  ( 15485 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22187238--22187368	37	3.6	36	71	21	110	29	3	1	65	1.16
22187226--22187368	56	2.6	55	71	19	125	29	2	2	65	1.18
22187300--22187413	30	3.8	33	73	23	85	28	2	2	66	1.18
22187356--22187452	42	2.4	39	81	14	115	20	3	2	74	1.06
22187338--22187427	25	3.6	24	70	18	60	25	2	1	71	1.05
22187373--22187445	21	3.5	20	73	15	69	20	4	2	72	1.14
22187442--22187490	19	2.5	19	86	6	62	12	8	6	73	1.24
22188346--22188383	4	9.5	4	86	11	51	18	0	2	78	0.86
22188404--22188483	36	2.2	36	80	4	90	13	8	2	75	1.15
22188504--22189007	117	4.3	116	89	3	757	44	7	13	34	1.72
22188504--22189007	59	8.7	58	88	4	698	44	7	13	34	1.72
22188639--22188735	32	3.2	31	64	24	80	43	11	12	32	1.78
22189039--22189070	14	2.3	14	100	0	64	12	0	0	87	0.54
22196573--22196679	39	2.7	39	94	4	180	50	15	4	28	1.64
22196985--22197096	32	3.2	32	67	24	91	50	14	7	28	1.69
22196984--22197141	73	2.2	73	100	0	316	51	13	6	27	1.67
22197009--22197386	41	9.5	41	80	9	390	51	14	6	27	1.66
22197079--22197386	20	15.1	20	68	14	166	51	14	6	27	1.66
22197396--22197488	20	4.6	20	83	1	87	51	9	6	32	1.60
22206350--22206385	17	2.1	17	89	0	54	33	19	22	25	1.97
22211040--22211076	18	2.1	18	100	0	74	37	5	16	40	1.71
22217146--22217184	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22217538--22217571	13	2.6	14	90	9	54	41	0	0	58	0.98
22219052--22219094	10	4.1	10	85	14	52	58	0	0	41	0.98
22219053--22219100	19	2.6	18	81	15	53	60	0	0	39	0.97
22223782--22223826	21	2.1	21	100	0	90	28	22	8	40	1.84
22224391--22224453	31	2.1	31	81	3	74	47	6	9	36	1.62
22226812--22226992	60	3.0	58	82	7	229	32	9	6	50	1.61
22226924--22227131	80	2.7	74	85	8	308	32	10	5	50	1.60
22227236--22227302	3	22.0	3	89	8	82	71	0	1	26	0.94
22227240--22227308	24	2.9	23	86	4	93	75	0	1	23	0.89
22227587--22227620	10	3.0	12	83	16	54	0	23	0	76	0.79
22227584--22227622	11	3.5	11	86	13	62	0	28	0	71	0.86
22228039--22228142	3	33.7	3	72	12	77	65	1	3	28	1.21
22228037--22228077	19	2.0	21	90	9	68	70	0	4	24	1.06
22228043--22228107	17	3.9	17	75	18	64	67	0	4	27	1.10
22228044--22228113	33	2.1	34	85	14	103	67	0	4	28	1.10
22228140--22228171	5	6.4	5	100	0	64	62	0	0	37	0.95
22228370--22228516	44	3.3	43	79	11	122	41	17	14	25	1.88
22228408--22228885	44	11.2	44	72	12	302	43	16	13	26	1.85
22228511--22228665	41	3.8	40	75	7	139	41	18	12	26	1.87
22228487--22228686	84	2.4	85	84	4	251	44	18	12	26	1.84
22228713--22228794	40	2.1	38	84	8	103	41	18	10	29	1.84
22228420--22228879	214	2.1	215	82	6	560	42	16	13	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22241032--22241129	3	31.7	3	74	13	83	67	1	3	28	1.12
22241030--22241106	19	4.3	19	75	21	69	68	0	3	27	1.06
22241687--22241737	23	2.3	23	82	3	59	41	1	7	49	1.43
22246364--22246405	22	1.9	22	90	0	66	59	7	0	33	1.25
22246364--22246412	23	2.2	22	81	3	53	61	6	4	28	1.38
22246389--22246443	19	3.0	17	84	10	65	58	0	5	36	1.21
22246388--22246441	27	2.0	27	89	7	74	61	0	5	33	1.19
22246571--22246642	10	7.7	9	72	14	56	40	1	6	51	1.37
22246583--22246642	19	3.2	18	78	17	61	40	1	6	51	1.38
22246607--22246654	19	2.6	19	87	12	66	43	4	2	50	1.33
22250850--22250884	11	3.2	11	87	0	52	40	8	5	45	1.58
22250897--22250926	11	2.7	11	94	0	51	33	6	10	50	1.62
22250927--22250989	11	5.6	12	80	12	80	34	0	15	49	1.45
22254878--22254920	22	2.0	22	81	9	52	23	0	4	72	1.04
22254883--22254919	16	2.2	17	86	13	51	24	0	2	72	0.97
22270780--22270955	9	19.3	9	69	13	92	63	4	3	28	1.31
22270822--22270888	34	2.0	33	91	2	107	67	4	2	25	1.24
22270926--22270996	18	3.9	18	74	3	54	59	1	2	36	1.21
22271197--22271281	36	2.4	35	88	2	116	37	4	3	54	1.39
22271319--22271362	18	2.5	18	92	3	72	38	0	4	56	1.20
22271320--22271386	18	3.7	18	81	15	59	32	0	7	59	1.25
22271403--22271467	27	2.4	28	85	10	89	43	6	3	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22271434--22271513	9	8.9	9	71	4	54	43	1	3	51	1.27
22274830--22274862	13	2.4	14	90	5	50	42	12	0	45	1.41
22274830--22274862	7	4.9	7	85	7	50	42	12	0	45	1.41
22285908--22285940	15	2.2	15	89	10	50	75	9	0	15	1.03
22301924--22301996	32	2.3	32	87	0	110	53	6	5	34	1.51
22304048--22304073	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22310039--22310077	1	39.0	1	86	0	51	0	2	5	92	0.46
22311871--22311926	27	2.0	27	86	3	76	62	3	5	28	1.34
22315277--22315305	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22315557--22315678	49	2.5	46	73	16	104	42	3	4	49	1.40
22315624--22315671	19	2.6	19	90	3	71	43	2	0	54	1.12
22315624--22315674	18	2.7	19	85	11	70	45	1	0	52	1.12
22315984--22316086	22	4.3	23	74	20	88	54	1	2	40	1.26
22315950--22316068	47	2.4	48	85	10	145	49	5	2	42	1.38
22324449--22324670	100	2.3	95	83	9	261	43	4	11	40	1.61
22328666--22328752	44	2.0	45	90	2	140	51	2	1	44	1.21
22328670--22328746	15	5.1	15	73	21	63	51	2	1	44	1.23
22329091--22329128	20	1.9	20	89	10	60	50	2	0	47	1.15
22335365--22335410	24	1.9	24	86	0	65	71	2	13	13	1.23
22336565--22336621	22	2.6	22	78	13	64	40	1	17	40	1.60
22336611--22336747	37	3.7	37	85	2	168	38	9	13	38	1.77
22336741--22336789	18	2.7	18	84	6	55	38	18	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22336839--22336913	18	4.2	18	77	3	80	37	6	12	44	1.68
22336910--22336998	17	5.1	17	78	5	88	41	13	7	37	1.74
22336910--22336998	35	2.5	35	74	3	90	41	13	7	37	1.74
22337300--22337402	42	2.4	44	80	9	122	32	10	12	44	1.77
22337426--22337465	18	2.4	17	87	8	55	37	12	5	45	1.64
22337437--22337651	18	11.9	18	71	9	109	29	9	12	49	1.71
22337587--22337636	17	2.8	18	79	8	59	30	8	12	50	1.68
22337563--22337636	35	2.1	36	82	7	89	28	8	10	52	1.64
22337412--22337649	126	1.9	126	81	6	295	31	10	11	47	1.73
22337711--22337786	22	3.6	21	70	24	61	36	10	14	38	1.81
22348002--22348044	17	2.6	17	85	10	54	53	2	2	41	1.26
22348005--22348060	17	3.6	16	81	9	53	53	3	3	39	1.36
22348103--22348154	26	2.0	27	88	3	79	50	3	7	38	1.50
22348103--22348166	26	2.4	26	84	5	74	53	3	9	34	1.49
22348846--22348895	22	2.3	20	83	10	55	38	2	0	60	1.09
22349865--22349926	19	3.2	20	84	6	67	45	0	19	35	1.51
22349881--22349926	19	2.4	19	96	0	83	43	0	17	39	1.49
22349881--22349935	19	2.9	18	89	7	67	47	0	18	34	1.49
22350462--22350493	16	2.0	16	93	0	55	0	21	0	78	0.76
22350692--22350784	34	2.7	34	80	9	118	39	11	5	43	1.64
22354827--22354859	14	2.4	14	94	0	57	51	0	0	48	1.00
22355010--22355078	20	3.4	20	74	4	66	49	7	2	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22355308--22355408	31	3.2	31	78	15	86	36	4	3	54	1.41
22355326--22355415	31	2.8	32	79	12	89	37	5	2	54	1.36
22355642--22355686	22	2.1	21	83	4	54	33	0	4	62	1.15
22369191--22369269	41	1.9	41	82	12	99	26	5	5	63	1.36
22369264--22369314	25	2.0	25	88	7	75	52	1	0	45	1.12
22372608--22372675	30	2.3	29	80	16	79	69	11	1	17	1.26
22372653--22372693	12	3.3	12	87	12	57	75	7	2	14	1.12
22373007--22373033	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22377175--22377208	15	2.3	15	90	5	52	82	0	2	14	0.79
22377175--22377212	15	2.7	14	84	11	51	81	0	5	13	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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