genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--4674	7	664.3	7	94	3	7647	41	42	1	14	1.53
6089--6147	21	2.8	21	80	12	68	47	28	13	10	1.75
6836--7033	96	2.1	96	90	0	306	43	12	25	18	1.85
10475--10506	11	3.1	11	82	17	50	75	0	0	25	0.81
11900--11955	28	2.0	28	100	0	112	39	17	21	21	1.93
12193--12232	20	2.1	19	86	13	55	35	2	0	62	1.09
12193--12232	19	2.0	20	85	4	55	35	2	0	62	1.09
13532--13566	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
22829--22913	29	2.9	29	87	0	125	54	8	3	34	1.48
24298--24499	66	3.0	66	95	1	368	42	9	4	43	1.58
24298--24500	67	3.0	67	96	0	372	42	9	4	42	1.58
42282--42333	24	2.2	24	82	0	59	30	48	7	13	1.71
42288--42383	24	4.3	23	72	12	83	36	42	6	14	1.71
42312--42396	42	2.0	42	88	0	125	37	42	7	12	1.71
43341--43443	54	1.9	54	87	0	152	34	14	19	31	1.92
46290--46348	27	2.2	28	78	9	68	49	0	1	49	1.11
46529--46574	24	2.0	24	86	4	67	60	0	8	30	1.26
49402--49452	19	2.5	20	87	12	70	54	5	0	39	1.24
49402--49459	19	3.0	20	82	12	59	53	5	0	41	1.23
53360--53391	4	8.0	4	100	0	64	25	25	0	50	1.50
62023--62061	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
81914--81966	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85353--85381	4	7.2	4	100	0	58	24	24	24	27	2.00
89121--89158	5	7.4	5	96	3	67	0	18	21	60	1.36
107436--107683	69	3.6	69	81	2	257	33	20	22	23	1.97
113687--113713	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
116590--116638	6	8.2	6	97	0	80	28	0	55	16	1.42
116604--116649	18	2.6	18	89	0	56	36	0	50	13	1.41
129229--129285	4	15.8	4	85	14	56	1	24	0	73	0.92
129234--129291	20	3.0	20	78	19	59	3	22	0	74	0.97
134336--134833	246	2.0	250	98	1	959	26	22	13	37	1.91
134848--134896	23	2.1	23	84	0	62	63	0	0	36	0.95
134872--134907	13	2.6	15	87	12	51	61	0	0	38	0.96
150857--150882	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
154151--154297	75	2.0	75	100	0	294	29	6	14	48	1.70
155127--155156	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
166695--166730	17	2.1	17	100	0	72	33	22	5	38	1.77
172414--172438	13	1.9	13	100	0	50	96	4	0	0	0.24
181897--181948	27	1.9	28	84	7	72	34	7	0	57	1.27
199489--199550	25	2.6	25	82	12	69	3	27	3	66	1.23
201745--201807	29	2.1	30	85	8	85	58	9	3	28	1.45
210378--210407	7	4.3	7	100	0	60	13	30	26	30	1.94
215731--215769	17	2.4	17	87	12	55	35	10	2	51	1.50
215798--215822	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217058--217091	10	3.2	10	91	8	50	11	2	0	85	0.71
217052--217091	19	2.0	20	85	9	55	12	2	2	82	0.87
217675--217748	7	9.9	7	72	18	51	32	47	0	20	1.50
217675--217742	15	4.5	15	73	21	52	33	45	0	20	1.52
217697--217732	17	2.1	17	94	0	63	27	52	0	19	1.46
223819--223881	30	2.1	30	90	0	99	58	11	1	28	1.41
234331--234401	28	2.5	29	93	6	119	39	12	0	47	1.42
234408--234438	16	1.9	16	100	0	62	83	16	0	0	0.64
234469--234539	27	2.6	27	93	0	115	28	26	28	16	1.97
234579--234727	20	7.6	19	71	21	112	65	0	34	0	0.93
234583--234665	22	3.6	22	84	9	103	63	0	36	0	0.94
234578--234714	12	10.0	14	72	16	85	66	0	33	0	0.92
234569--234748	79	2.4	80	83	12	229	66	0	33	0	0.92
234569--234747	44	4.3	44	74	19	152	66	0	33	0	0.92
234624--234769	34	4.1	34	78	18	131	68	0	31	0	0.90
234831--234920	37	2.5	35	87	8	112	30	2	6	61	1.34
234842--234923	37	2.2	37	97	0	146	30	2	4	62	1.29
234861--234923	18	3.4	18	75	12	74	30	3	4	61	1.32
235438--235473	11	3.3	11	84	0	54	58	13	0	27	1.36
241077--241129	26	2.0	26	85	7	72	47	7	1	43	1.42
241315--241355	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
241795--241842	10	4.8	10	78	0	51	64	4	0	31	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244882--244911	8	3.8	8	95	0	51	20	0	3	76	0.92
250720--250763	18	2.5	17	81	3	52	29	0	0	70	0.88
260587--260617	12	2.6	12	100	0	62	22	0	6	70	1.09
266563--266708	72	2.0	72	100	0	292	24	6	25	43	1.79
269574--269637	28	2.3	28	84	10	78	40	3	1	54	1.25
269586--269637	26	1.9	27	88	7	79	42	0	1	55	1.10
269600--269659	19	3.0	20	85	9	79	40	0	1	58	1.08
270261--270353	18	5.2	18	84	0	114	30	22	13	33	1.93
277694--277752	24	2.4	25	83	11	77	47	3	6	42	1.46
279555--279867	162	1.9	162	82	10	388	33	19	15	31	1.93
295619--295709	31	3.2	31	65	26	90	41	12	13	32	1.81
295610--295720	55	2.0	55	98	0	213	39	11	14	34	1.82
295673--295783	31	3.7	29	75	8	87	38	12	14	34	1.84
295714--295783	31	2.3	30	85	4	88	37	12	12	37	1.82
295810--295858	7	6.7	7	78	17	55	59	0	0	40	0.98
295810--295858	15	3.3	15	77	13	57	59	0	0	40	0.98
311900--311976	38	2.0	38	97	0	145	46	6	16	29	1.72
312385--312431	4	11.8	4	100	0	94	51	25	0	23	1.49
317714--317747	16	2.1	16	94	0	59	29	0	32	38	1.58
317963--318017	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
317969--318017	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
318116--318166	16	3.0	18	78	18	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318063--318313	136	1.9	135	84	7	343	46	3	3	46	1.37
317870--318183	156	2.1	153	89	4	449	44	2	6	45	1.44
321404--321513	33	3.3	33	80	11	127	31	8	16	43	1.77
321460--321613	51	3.0	51	97	1	283	28	7	17	46	1.76
321692--321868	86	2.1	86	96	0	327	45	8	4	41	1.55
330713--330894	21	8.7	21	77	2	87	21	8	44	24	1.81
330713--330878	42	4.0	42	77	6	147	22	7	44	25	1.79
330881--331011	21	6.2	21	87	0	136	22	11	39	25	1.88
331058--331197	42	3.3	43	87	2	169	25	15	40	18	1.90
331103--331200	21	4.7	21	84	0	124	28	17	38	15	1.90
331120--331224	21	5.0	21	84	0	120	28	15	40	16	1.88
331103--331224	42	2.9	42	87	2	138	27	16	39	16	1.90
340142--340217	29	2.6	29	81	6	73	61	3	5	28	1.35
340966--340990	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
350757--350825	31	2.2	31	89	0	102	44	8	18	27	1.79
350707--350894	89	2.1	90	83	4	229	43	12	18	25	1.85
350914--350963	14	3.6	14	81	8	57	28	4	0	68	1.08
350914--350951	13	2.7	14	88	8	51	26	5	0	68	1.11
351607--351649	18	2.4	18	88	7	61	48	0	0	51	1.00
355424--355449	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
356464--356504	5	8.0	5	86	2	55	75	21	2	0	0.92
362687--362749	13	4.5	13	76	18	56	61	3	3	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364329--364382	26	2.0	26	85	10	72	33	0	1	64	1.04
367621--367685	28	2.4	28	92	2	105	41	7	1	49	1.41
367695--367724	15	1.9	15	93	6	51	66	20	6	6	1.38
367907--367959	18	3.1	18	81	10	67	41	13	0	45	1.43
367913--367962	15	3.1	15	85	8	64	44	14	0	42	1.44
368602--368631	15	1.9	16	93	6	53	6	6	20	66	1.38
368642--368706	27	2.4	28	92	2	114	52	0	7	40	1.30
370507--370560	26	2.1	26	89	0	81	70	5	0	24	1.08
370517--370579	26	2.3	26	89	10	92	73	0	0	26	0.84
372871--372908	18	2.1	18	90	0	58	34	7	23	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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