genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430748--2430989	109	2.3	107	86	4	328	31	14	12	41	1.82
2431719--2431768	25	2.0	25	84	0	64	54	12	2	32	1.49
2436004--2436058	25	2.2	26	86	3	76	47	0	3	49	1.19
2436038--2436079	16	2.6	16	96	0	75	50	0	4	45	1.23
2436152--2436179	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
2436072--2436211	68	2.1	66	93	2	244	41	5	8	45	1.56
2436276--2436319	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
2436393--2436463	31	2.2	33	82	10	83	22	32	14	30	1.93
2437371--2437404	15	2.2	16	90	10	54	79	0	8	11	0.94
2444610--2444720	60	1.9	57	83	5	141	22	15	10	51	1.74
2445187--2445245	31	1.9	30	86	3	82	42	5	20	32	1.74
2445974--2446008	17	2.1	17	88	0	52	45	0	5	48	1.26
2447588--2447680	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
2449072--2449175	45	2.3	44	86	8	138	0	26	8	64	1.22
2455277--2455343	31	2.1	30	84	13	82	38	10	10	40	1.74
2456145--2456171	5	5.4	5	100	0	54	18	59	22	0	1.38
2459343--2459549	94	2.3	90	80	8	215	36	12	9	41	1.75
2459567--2459604	20	1.9	20	94	0	67	36	18	13	31	1.89
2459666--2459764	10	10.4	10	67	20	52	67	3	2	27	1.16
2459667--2459764	9	10.4	9	71	10	63	67	3	2	27	1.17
2459667--2459776	19	5.8	19	72	17	79	66	3	2	27	1.22
2459997--2460044	19	2.5	20	75	21	57	35	6	4	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460064--2460104	20	2.0	21	90	4	66	46	0	0	53	1.00
2460204--2460454	89	2.8	87	80	11	253	33	10	19	36	1.86
2461324--2461408	32	2.8	30	77	10	93	37	8	5	48	1.58
2462179--2462284	21	5.0	21	73	18	69	72	3	17	5	1.19
2462209--2462284	4	18.0	4	76	15	57	72	2	23	1	1.05
2463160--2463291	40	3.3	40	73	13	130	25	15	25	33	1.95
2463160--2463261	37	2.6	38	77	11	109	26	16	24	32	1.96
2470779--2470934	75	2.1	73	86	4	215	35	5	26	31	1.80
2471802--2471877	18	4.3	18	71	21	63	51	6	38	3	1.47
2471812--2471862	24	2.1	24	88	0	75	50	5	41	1	1.37
2471812--2471884	12	6.1	12	77	0	65	49	5	42	2	1.40
2473612--2473662	25	2.0	25	100	0	102	37	11	11	39	1.79
2480852--2480888	4	9.2	4	87	0	56	24	2	21	51	1.61
2480836--2480886	12	4.2	12	79	0	57	27	7	17	47	1.75
2483580--2483627	21	2.1	24	81	11	57	54	0	4	41	1.20
2488266--2488291	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2495684--2495750	27	2.5	27	80	0	89	25	20	28	25	1.99
2498498--2498572	27	2.7	27	76	12	71	32	24	12	32	1.91
2498676--2498775	50	2.0	50	86	0	137	27	23	14	36	1.93
2500254--2500282	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
2509471--2509789	105	3.0	105	98	0	620	28	18	24	28	1.98
2515101--2515187	15	6.0	15	78	6	81	65	2	2	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515110--2515187	3	25.7	3	75	7	68	64	1	2	32	1.15
2515123--2515201	13	5.7	13	77	16	52	62	1	3	32	1.21
2516354--2516448	45	2.1	46	92	2	156	12	9	36	41	1.76
2522898--2523094	104	1.9	106	87	8	294	30	17	21	30	1.96
2522898--2523127	104	2.2	100	82	11	261	29	16	19	34	1.94
2524720--2524922	104	1.9	106	86	2	293	31	19	18	31	1.95
2527459--2527508	17	2.9	17	75	21	59	36	2	6	56	1.36
2533863--2533910	23	2.1	22	81	11	53	10	14	2	72	1.19
2536097--2536127	13	2.4	13	94	0	53	19	38	25	16	1.92
2541729--2541784	27	2.1	27	100	0	112	32	42	7	17	1.77
2542631--2542658	5	5.6	5	100	0	56	0	21	39	39	1.54
2543664--2543737	18	4.0	19	73	13	57	51	0	5	43	1.24
2553655--2553691	11	3.5	11	96	3	67	40	0	0	59	0.97
2553644--2553689	9	4.7	10	79	12	51	39	0	0	60	0.97
2554478--2554658	61	3.0	61	92	0	299	20	19	14	44	1.86
2562623--2562652	13	2.3	13	94	0	51	43	33	10	13	1.77
2566655--2566688	16	2.1	16	88	5	50	61	0	11	26	1.30
2574420--2574467	22	2.3	20	82	10	53	14	6	6	72	1.24
2584219--2584256	3	12.7	3	88	0	58	34	34	5	26	1.79
2586031--2586059	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
2587916--2587964	22	2.2	22	100	0	98	57	4	4	34	1.37
2591181--2591213	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593047--2593098	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2595014--2595065	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2596657--2596693	16	2.3	16	90	0	56	51	0	0	48	1.00
2599660--2599909	50	4.9	50	84	4	277	20	29	23	26	1.99
2599659--2599910	100	2.4	104	87	6	352	21	29	23	25	1.99
2603428--2603506	31	2.6	30	75	15	81	43	11	3	41	1.59
2611134--2611199	31	2.1	31	83	5	80	46	12	15	25	1.80
2611416--2611532	51	2.3	51	83	7	148	35	15	6	42	1.73
2618100--2618456	118	3.1	114	78	8	319	26	22	23	27	1.99
2618748--2618790	19	2.3	19	100	0	86	37	23	0	39	1.55
2623035--2623335	122	2.5	122	86	2	417	38	10	12	38	1.78
2629655--2629753	49	2.0	49	100	0	198	41	22	8	28	1.82
2630119--2630193	30	2.5	30	74	8	71	53	8	2	36	1.45
2631567--2631620	23	2.3	23	78	12	58	57	12	1	27	1.46
2635881--2635931	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
2651811--2651839	14	2.1	14	93	6	51	48	10	0	41	1.37
2657915--2657990	40	1.9	40	83	5	100	53	14	5	26	1.61
2662037--2662071	18	1.9	18	88	0	52	37	22	11	28	1.89
2662556--2662595	14	2.8	14	88	3	53	67	0	0	32	0.91
2674319--2674381	29	2.1	31	85	5	85	30	0	1	68	0.99
2676481--2676559	30	2.7	28	81	9	86	25	5	10	59	1.50
2683052--2683109	28	2.1	29	83	6	75	56	1	1	39	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683379--2683416	17	2.3	17	86	13	53	31	2	0	65	1.06
2686137--2686174	16	2.2	18	86	9	53	68	5	2	23	1.23
2696098--2696132	17	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
2702052--2702097	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
2706353--2706493	47	3.0	47	84	3	185	33	27	14	24	1.95
2719484--2719526	20	2.2	20	86	0	59	60	0	0	39	0.97
2719484--2719527	21	2.2	20	83	4	52	61	0	0	38	0.96
2721679--2721717	20	2.0	20	85	10	53	30	0	2	66	1.05
2727691--2727749	31	1.9	31	85	0	82	47	8	6	37	1.61
2728372--2728413	14	2.9	14	82	10	50	64	0	35	0	0.94
2728381--2728422	20	2.2	20	86	4	59	69	0	30	0	0.89
2728585--2728918	22	15.1	21	72	17	191	32	0	12	54	1.43
2728578--2728769	19	9.4	19	70	19	95	34	0	11	53	1.38
2728585--2728769	41	4.5	40	72	18	130	33	0	11	54	1.37
2728718--2728935	49	4.5	49	86	1	303	32	1	12	53	1.47
2728722--2728935	97	2.2	98	94	0	367	31	1	12	54	1.47
2728718--2728942	27	9.1	25	74	19	179	32	1	12	53	1.47
2729284--2729325	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
2731131--2731167	18	2.2	18	85	9	51	0	32	2	64	1.07
2731131--2731182	22	2.8	18	75	25	54	0	34	1	63	1.06
2731239--2731341	27	3.8	27	88	5	147	23	35	21	19	1.96
2731852--2731895	20	2.2	20	91	0	70	36	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733004--2733037	9	3.7	9	88	4	50	67	0	0	32	0.91
2737255--2737317	29	2.1	29	85	8	83	36	23	17	22	1.95
2737385--2737454	25	2.7	26	95	4	124	42	10	0	47	1.37
2737605--2737751	4	36.0	4	73	16	97	66	0	33	0	0.92
2737611--2737746	38	3.7	37	75	16	122	66	0	33	0	0.92
2737666--2737776	26	4.2	27	72	17	99	69	0	30	0	0.89
2737650--2737741	37	2.7	33	81	17	93	69	0	30	0	0.89
2737701--2737793	3	33.3	3	71	21	53	68	0	31	0	0.90
2737657--2737788	16	8.5	15	66	20	58	68	0	31	0	0.89
2737605--2737794	34	5.8	33	71	21	98	66	0	33	0	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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