genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8127189--8127616	128	3.3	127	91	2	669	32	21	19	25	1.97
8127372--8127555	44	4.3	44	66	16	116	33	23	19	22	1.97
8127155--8127487	44	7.8	43	66	10	137	32	22	19	24	1.97
8127617--8127742	44	2.9	44	80	5	148	28	17	24	29	1.97
8132599--8132660	30	2.1	30	100	0	124	43	27	6	22	1.77
8140499--8140524	13	2.0	13	100	0	52	23	30	38	7	1.83
8142002--8142044	3	14.3	3	85	0	59	2	39	0	58	1.11
8144058--8144215	39	4.1	39	81	4	194	36	29	18	16	1.93
8146438--8146488	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
8152501--8152540	12	3.8	11	81	18	50	45	17	0	37	1.49
8153772--8153929	39	4.1	39	91	0	244	34	31	20	14	1.92
8155171--8155325	39	4.0	39	84	0	202	35	30	18	15	1.92
8163510--8163551	21	2.0	21	85	0	57	33	26	19	21	1.97
8175114--8175141	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8178796--8178897	48	2.1	48	96	0	186	28	26	6	38	1.82
8179122--8179350	25	9.2	25	71	11	114	33	19	27	19	1.96
8179156--8179254	52	2.0	49	82	9	119	33	21	26	19	1.97
8179285--8179361	24	3.2	24	81	1	73	35	15	31	18	1.92
8187234--8187273	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
8194572--8194659	26	3.3	26	82	7	124	36	19	7	36	1.81
8199870--8199921	26	2.0	26	84	0	68	50	1	3	44	1.31
8199902--8199941	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8199930--8200072	68	2.1	67	93	2	252	41	4	9	44	1.57
8200014--8200041	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
8201821--8201868	3	16.0	3	100	0	96	66	0	33	0	0.92
8207380--8207468	9	9.7	9	69	13	56	68	0	2	29	1.02
8207392--8207468	9	7.9	10	71	15	63	66	0	2	31	1.05
8206839--8207418	288	2.0	288	96	1	1076	39	16	9	34	1.81
8207380--8207466	19	4.8	19	77	12	69	68	0	2	28	1.01
8207380--8207448	29	2.6	25	76	17	68	68	0	1	30	0.99
8207776--8207908	19	6.8	19	72	19	105	36	1	0	61	1.10
8207777--8207896	10	12.2	10	73	11	61	36	1	0	61	1.06
8207830--8207922	26	3.7	26	68	25	72	34	0	1	64	1.01
8207776--8207897	20	6.3	19	74	11	88	37	1	0	60	1.07
8208081--8208249	92	1.8	92	80	2	205	38	7	13	40	1.73
8210289--8210335	24	2.0	24	86	0	67	25	14	10	48	1.76
8214656--8214711	24	2.3	24	87	0	85	14	16	25	44	1.84
8221572--8221621	24	2.1	24	85	7	66	22	6	0	72	1.07
8231397--8231847	225	2.0	226	93	1	771	40	6	10	42	1.66
8231784--8232166	199	1.9	199	97	2	734	40	6	10	42	1.64
8258620--8259552	44	21.2	44	63	17	222	25	26	19	29	1.99
8258596--8258930	132	2.5	132	92	0	553	24	27	19	28	1.98
8258822--8259018	88	2.2	88	94	0	349	22	26	22	28	1.99
8258704--8259150	220	2.0	220	95	0	795	24	25	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8258913--8259553	132	4.9	132	94	0	1102	25	25	19	28	1.99
8258596--8259282	352	2.0	352	93	0	1176	24	26	19	29	1.99
8260661--8260722	29	2.1	29	90	0	97	12	19	27	40	1.88
8272237--8272354	58	2.0	58	96	0	218	16	42	29	11	1.83
8280508--8280585	5	15.6	5	100	0	156	60	0	0	39	0.97
8286164--8286193	6	5.0	6	100	0	60	66	0	33	0	0.92
8288734--8288767	13	2.4	14	90	9	52	29	8	0	61	1.26
8291223--8291273	21	2.5	21	87	3	68	35	11	29	23	1.90
8293128--8293170	3	14.3	3	95	0	77	30	0	0	69	0.88
8297592--8297677	24	3.9	22	69	30	60	46	2	3	47	1.32
8297511--8297712	103	2.0	103	88	2	298	43	3	5	48	1.43
8297592--8297688	42	2.3	42	85	1	124	45	3	4	47	1.37
8298770--8298844	38	2.0	37	87	7	107	36	26	6	30	1.82
8303318--8303378	24	2.5	25	91	2	97	42	14	8	34	1.76
8305079--8305108	14	2.1	14	100	0	60	43	36	0	20	1.52
8313940--8314097	59	2.8	56	82	11	180	53	3	1	41	1.27
8314083--8314125	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
8319176--8319206	13	2.4	13	94	0	53	22	6	12	58	1.58
8331281--8331454	41	4.2	41	92	0	276	29	24	20	24	1.99
8333077--8333128	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
8336608--8336654	23	2.0	23	84	8	60	34	4	8	53	1.51
8337931--8337992	28	2.2	29	80	13	83	35	4	0	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8337938--8337994	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
8338186--8338214	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
8345114--8345168	28	2.0	28	89	7	85	38	5	0	56	1.23
8345318--8345346	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
8353568--8353654	44	2.0	44	86	0	120	48	3	10	37	1.54
8354085--8354124	18	2.1	18	86	9	53	2	15	0	82	0.77
8363058--8364468	618	2.3	617	92	1	2355	30	19	9	41	1.82
8365884--8366094	24	8.6	25	69	12	109	18	26	21	34	1.96
8365909--8366085	72	2.4	71	75	11	171	19	25	21	33	1.97
8367685--8367811	28	4.5	28	81	6	139	27	13	2	56	1.49
8367671--8367812	57	2.5	57	82	6	155	26	14	3	55	1.55
8367671--8367843	29	6.0	29	79	8	131	27	12	4	56	1.54
8369677--8369824	48	3.2	48	63	25	120	52	4	15	28	1.61
8369639--8369824	90	2.1	90	97	0	354	51	5	15	27	1.65
8371124--8371172	23	2.1	24	88	3	73	20	24	10	44	1.82
8376384--8376419	18	1.9	19	88	5	56	47	0	2	50	1.15
8376991--8377052	29	2.1	29	93	0	106	20	6	29	43	1.77
8378241--8378296	26	2.2	26	100	0	112	39	21	23	16	1.92
8378447--8378509	30	2.1	30	96	0	117	58	6	11	23	1.55
8381285--8381316	11	2.9	11	90	0	55	40	0	31	28	1.57
8381275--8381316	22	1.9	22	90	0	66	42	2	28	26	1.67
8381285--8381332	19	2.3	22	86	10	66	47	0	29	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8383785--8383820	17	2.1	17	90	10	56	38	16	11	33	1.84
8400042--8400089	20	2.4	20	86	6	62	4	25	10	60	1.47
8400927--8400975	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
8411830--8412005	12	14.8	12	67	15	55	67	1	5	25	1.19
8411938--8411998	29	2.1	30	81	3	70	72	1	1	24	1.03
8412668--8412692	13	1.9	13	100	0	50	8	20	40	32	1.81
8415906--8415942	19	1.9	19	88	0	56	72	2	0	24	0.97
8422418--8422490	22	3.3	22	100	0	146	46	13	17	21	1.83
8422568--8422619	18	3.1	18	67	30	51	46	9	15	28	1.77
8422813--8422859	24	2.0	24	91	0	76	48	19	8	23	1.75
8422847--8422895	24	2.0	24	88	0	71	42	18	8	30	1.79
8422936--8423294	27	13.3	27	76	8	218	22	18	18	39	1.93
8422936--8423294	54	6.7	53	76	6	262	22	18	18	39	1.93
8422916--8423294	81	4.7	82	77	10	273	22	19	18	39	1.93
8422939--8423191	134	1.9	135	80	4	305	22	20	18	39	1.93
8423203--8423315	54	2.1	54	80	3	120	24	18	19	37	1.94
8424357--8424403	24	2.0	23	84	12	60	19	36	2	42	1.63
8426303--8426337	18	2.0	17	88	5	52	0	22	0	77	0.78
8428586--8428702	57	2.1	56	87	4	164	28	20	6	44	1.77
8431685--8431755	31	2.3	32	85	4	101	32	23	12	30	1.92
8437756--8437808	18	2.9	17	75	10	52	56	32	1	9	1.42
8439399--8439437	18	2.2	17	90	4	60	12	5	7	74	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8439547--8440021	111	4.4	110	91	4	768	32	14	18	34	1.91
8441488--8441530	19	2.3	18	84	15	52	20	23	13	41	1.88
8443901--8443937	18	2.1	18	94	0	65	75	0	24	0	0.80
8445202--8446480	44	29.1	44	63	14	333	27	24	23	24	2.00
8445159--8445445	44	6.5	43	65	12	127	28	25	21	24	1.99
8446491--8446628	44	3.1	44	64	19	106	21	22	27	28	1.99
8445158--8446673	88	17.2	88	88	0	2037	27	24	23	24	2.00
8446672--8446962	132	2.2	132	86	1	404	32	18	21	26	1.97
8447011--8447457	50	9.0	50	72	4	321	32	25	21	20	1.97
8446962--8447457	99	5.0	99	86	2	590	32	25	20	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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