genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22438996--22439352	101	3.5	103	80	9	394	30	28	17	23	1.97
22448997--22449119	50	2.4	50	87	2	183	33	14	13	38	1.86
22451273--22451328	18	3.0	18	72	15	51	67	0	21	10	1.20
22453330--22453452	50	2.4	50	87	2	183	33	14	13	38	1.86
22454969--22455003	18	1.9	18	88	0	52	25	20	5	48	1.71
22455153--22455219	25	2.6	25	77	17	66	31	22	20	25	1.98
22459359--22459413	27	2.0	27	96	0	101	20	18	20	41	1.90
22459564--22459594	15	2.1	15	93	0	53	19	25	6	48	1.72
22459924--22460155	50	4.6	49	84	2	275	21	30	21	26	1.98
22459865--22460155	100	2.9	100	84	2	343	22	28	21	27	1.99
22467790--22468086	50	5.8	50	79	2	245	23	28	20	27	1.99
22472367--22472392	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
22475483--22475509	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
22478379--22478454	23	3.3	23	86	0	107	23	21	23	31	1.98
22481541--22481600	29	2.1	29	100	0	120	21	20	16	41	1.90
22485691--22485730	21	1.9	21	94	0	71	35	15	17	32	1.91
22489425--22489517	40	2.3	40	81	0	96	18	21	22	37	1.94
22496486--22496515	11	2.8	11	95	5	53	23	16	0	60	1.36
22499124--22499153	12	2.4	12	94	5	51	50	20	0	30	1.49
22501447--22501472	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
22503455--22503688	29	8.0	29	79	2	200	21	29	14	35	1.92
22503455--22503710	87	2.9	86	79	6	257	21	28	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22509572--22509609	20	1.9	20	100	0	76	18	26	15	39	1.91
22509603--22509669	20	3.3	20	76	0	71	20	16	22	40	1.91
22509580--22509717	40	3.5	40	83	6	156	18	18	21	41	1.91
22512428--22512507	40	2.0	40	90	0	124	23	32	13	30	1.93
22514712--22514774	34	1.9	32	81	12	74	39	11	4	44	1.61
22517715--22517838	24	5.2	24	75	7	108	24	20	25	30	1.98
22521919--22522142	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
22522061--22522212	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
22529474--22529696	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
22529616--22529766	71	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
22532594--22532652	29	2.0	29	96	0	109	44	5	10	40	1.60
22534645--22534762	24	4.9	24	75	0	119	24	21	21	33	1.97
22534644--22534779	24	5.7	24	73	6	98	25	19	21	33	1.97
22534645--22534794	48	3.1	48	79	1	158	25	21	20	33	1.97
22537853--22538129	148	1.9	148	88	0	419	31	20	15	31	1.94
22542786--22542829	19	2.2	20	92	8	81	36	25	9	29	1.86
22547648--22547842	50	3.8	50	81	4	201	27	20	28	23	1.99
22548093--22548143	12	4.2	12	78	7	59	52	5	23	17	1.66
22548103--22548141	20	2.0	20	89	0	60	51	5	25	17	1.66
22554123--22554201	39	2.0	39	92	0	131	36	2	18	41	1.65
22555201--22555275	37	2.1	37	92	2	125	29	0	0	70	0.87
22555235--22555264	14	2.1	14	100	0	60	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22555247--22555295	25	2.0	25	87	0	71	34	0	2	63	1.06
22558806--22558882	22	3.5	22	80	8	77	49	3	5	41	1.43
22565252--22565296	23	2.0	23	86	4	65	46	17	2	33	1.61
22565249--22565306	22	2.6	22	84	7	73	43	18	1	36	1.61
22570975--22571026	26	1.9	27	92	7	88	19	11	15	53	1.71
22573283--22573353	26	2.7	26	86	0	97	21	26	23	28	1.99
22577520--22577581	27	2.3	27	88	0	97	46	11	8	33	1.69
22578408--22578500	19	5.1	19	70	17	79	32	10	12	44	1.77
22578389--22578565	54	3.3	54	88	1	257	32	12	14	40	1.83
22579856--22579889	18	1.9	18	88	5	52	5	14	14	64	1.46
22595093--22595135	21	2.0	21	100	0	86	34	13	0	51	1.42
22598627--22598661	18	1.9	18	100	0	70	22	34	14	28	1.93
22602246--22602296	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
22608118--22608150	17	1.9	17	93	0	57	42	0	3	54	1.15
22621332--22621375	22	2.0	22	81	0	52	40	0	2	56	1.11
22629717--22630008	50	5.7	50	80	6	259	27	20	27	24	1.99
22629717--22629956	100	2.3	103	83	5	299	27	21	27	23	1.99
22646893--22647069	89	2.0	90	92	3	293	27	16	19	36	1.93
22647524--22647572	18	2.8	17	76	14	55	10	2	10	77	1.07
22650374--22650545	50	3.4	50	91	0	281	26	22	30	19	1.98
22657173--22657305	50	2.7	50	96	0	248	26	21	31	20	1.98
22660737--22660773	15	2.5	15	90	0	56	29	16	0	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22666197--22666376	50	3.5	50	79	6	137	22	26	22	28	1.99
22674103--22674160	30	1.9	30	85	0	80	29	22	8	39	1.84
22674790--22674824	17	1.9	18	88	11	54	25	11	5	57	1.56
22676575--22676618	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
22681041--22681079	20	2.0	20	85	10	53	7	33	0	58	1.26
22684907--22684941	16	2.2	16	94	0	61	31	0	31	37	1.58
22698609--22698755	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
22698655--22698835	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
22698652--22698835	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
22706493--22706639	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
22706539--22706719	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
22706536--22706719	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
22711395--22711428	10	3.4	10	91	0	59	32	0	8	58	1.29
22712036--22712075	20	2.0	20	90	9	64	15	22	7	55	1.65
22712330--22712455	50	2.5	50	84	0	153	26	27	18	27	1.98
22712347--22712471	50	2.5	50	84	0	151	23	28	20	28	1.99
22731598--22731668	25	2.8	25	95	0	133	28	22	16	32	1.96
22734322--22734378	22	2.6	22	75	8	55	52	10	8	28	1.65
22738523--22738560	20	1.9	20	84	10	51	5	34	2	57	1.35
22741757--22741883	20	6.3	20	76	4	103	12	28	19	39	1.88
22742017--22742048	7	4.6	7	96	0	55	34	9	15	40	1.80
22745618--22745659	19	2.3	19	80	8	52	26	2	33	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22747409--22747447	20	2.0	19	90	5	60	7	33	20	38	1.81
22751503--22751687	101	1.8	102	87	3	275	23	17	27	31	1.97
22751510--22751687	51	3.5	51	77	3	155	23	17	27	31	1.97
22754335--22754359	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
22758534--22758596	22	2.8	24	82	17	66	36	15	25	22	1.94
22776655--22776689	17	2.1	16	89	5	52	37	14	0	48	1.44
22778825--22778970	77	1.9	77	91	0	238	26	21	9	42	1.83
22781100--22781132	15	2.1	16	94	5	59	60	6	6	27	1.44
22803711--22803766	28	2.0	28	100	0	112	32	21	7	39	1.80
22817436--22817780	43	8.0	43	79	2	316	24	30	20	24	1.99
22818108--22818166	21	2.8	21	92	0	91	11	45	10	32	1.74
22818155--22818300	66	2.2	66	84	4	188	15	23	16	43	1.86
22818192--22818319	66	1.9	66	84	6	170	17	22	15	43	1.87
22823753--22824091	25	13.7	25	68	15	136	33	1	18	45	1.60
22823753--22823871	50	2.4	50	84	7	159	34	2	19	43	1.64
22823748--22824165	9	48.7	9	65	23	97	33	1	19	45	1.60
22823856--22823932	32	2.3	34	78	21	90	42	0	14	42	1.45
22823881--22823923	12	4.0	11	80	14	54	44	0	9	46	1.35
22823983--22824062	16	4.9	16	78	6	61	30	1	21	47	1.59
22824071--22824115	23	1.9	24	90	4	74	40	0	17	42	1.50
22824084--22824277	32	6.2	32	69	22	126	35	0	15	48	1.46
22824111--22824249	21	6.0	21	66	22	66	33	0	16	49	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22824111--22824299	49	3.9	49	79	12	217	33	0	16	49	1.46
22824081--22824303	96	2.3	97	89	6	339	35	0	15	48	1.45
22824158--22824229	36	2.0	36	89	5	110	37	0	12	50	1.41
22824072--22824247	12	15.1	12	70	21	74	35	0	15	48	1.46
22824309--22824370	19	3.2	19	82	11	63	51	1	1	45	1.20
22826391--22826576	45	4.0	45	66	10	122	29	20	17	32	1.96
22826637--22826726	44	2.0	44	80	4	101	27	20	20	32	1.97
22827337--22827663	46	7.1	46	85	0	411	34	25	14	25	1.94
22828122--22828174	24	2.2	24	83	12	65	30	16	15	37	1.90
22829163--22829218	13	4.4	13	86	8	71	1	17	0	80	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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