genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   

This is table  83  of  170  ( 20315 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25501494--25501607	37	3.1	36	89	1	165	21	19	32	26	1.97
25514534--25514636	53	1.9	53	98	0	197	24	21	15	38	1.92
25518184--25518231	25	1.9	26	91	8	82	58	8	18	14	1.61
25528763--25528812	23	2.1	23	85	3	64	48	18	16	18	1.82
25544437--25544470	15	2.3	15	89	0	50	8	0	8	82	0.85
25548218--25548264	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
25551388--25551429	12	3.7	11	82	14	50	76	0	23	0	0.79
25551393--25551434	18	2.3	18	87	0	57	76	0	23	0	0.79
25551386--25551430	11	4.0	11	82	5	63	73	0	26	0	0.84
25553694--25554667	44	21.8	45	72	8	463	31	18	21	27	1.97
25553683--25554202	178	2.9	177	87	0	761	31	18	22	27	1.97
25555335--25555374	11	3.6	11	86	0	53	10	0	12	77	0.99
25555339--25555370	16	2.0	16	93	0	55	6	0	15	78	0.95
25556213--25556247	15	2.3	15	90	0	52	8	0	8	82	0.83
25556223--25556252	15	2.0	15	93	0	51	10	0	3	86	0.67
25556223--25556272	22	2.3	22	86	10	68	12	2	6	80	0.98
25566155--25566195	21	2.0	21	90	0	64	7	26	0	65	1.18
25580693--25580791	27	3.7	27	78	5	110	27	19	13	40	1.88
25583102--25583148	24	2.0	24	83	8	60	53	12	14	19	1.73
25592422--25592472	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
25592285--25592656	104	3.6	105	93	2	624	30	30	20	19	1.97
25592984--25593047	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25592991--25593047	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
25597755--25597975	40	5.7	39	86	8	256	25	21	27	25	2.00
25597755--25597975	75	2.8	79	80	11	240	25	21	27	25	2.00
25604933--25605118	39	4.7	39	86	7	159	25	21	27	25	1.99
25604933--25605155	40	5.7	40	86	7	271	25	21	27	25	1.99
25604940--25605188	79	3.2	78	80	11	267	27	20	26	25	1.99
25622183--25622214	16	2.0	16	100	0	64	18	31	12	37	1.88
25625394--25625422	15	1.9	15	100	0	58	34	27	6	31	1.83
25627553--25627720	27	6.3	27	75	10	114	42	19	17	21	1.89
25641559--25641591	13	2.5	13	95	0	57	69	0	12	18	1.18
25648340--25648379	19	2.0	20	85	4	55	17	32	10	40	1.83
25655253--25655284	5	6.4	5	92	0	55	37	0	3	59	1.13
25655623--25655648	12	2.2	12	100	0	52	30	15	19	34	1.93
25659918--25660156	50	4.7	51	79	6	218	27	21	27	23	1.99
25667509--25667748	50	4.7	50	80	9	186	28	22	26	22	1.99
25674879--25675089	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
25679900--25680085	40	4.7	40	86	6	202	27	26	20	24	1.99
25686339--25686547	40	5.3	40	87	5	221	23	20	27	28	1.99
25686338--25686547	79	2.7	80	80	7	232	23	20	27	28	1.99
25690195--25690248	20	2.6	21	76	5	56	29	9	18	42	1.81
25696445--25696485	22	1.9	21	90	5	64	48	17	2	31	1.60
25701931--25702006	38	2.0	38	97	0	143	26	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25704068--25704161	37	2.5	37	94	0	161	28	28	17	25	1.97
25704288--25704924	47	13.5	47	93	1	1058	29	28	8	33	1.87
25704288--25704924	237	2.7	237	95	0	1116	29	28	8	33	1.87
25709343--25709559	43	5.0	42	91	5	328	33	25	15	25	1.95
25714252--25714357	50	2.1	50	81	6	117	28	20	31	19	1.97
25714647--25714685	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
25714579--25714954	198	1.9	197	93	1	655	42	6	18	32	1.76
25729769--25729866	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
25729797--25729879	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
25729769--25729880	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
25731899--25732057	25	6.4	25	82	4	169	28	22	19	28	1.98
25746404--25746542	49	2.8	49	80	10	147	29	15	23	31	1.95
25746404--25746542	50	2.8	49	82	8	140	29	15	23	31	1.95
25755973--25756241	50	5.3	50	85	2	286	22	27	21	28	1.99
25755952--25756197	100	2.5	100	85	0	321	22	28	21	28	1.99
25758873--25758971	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
25765962--25766060	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
25772455--25772591	52	2.6	53	79	6	136	22	29	21	27	1.99
25776215--25776764	47	11.4	49	79	14	580	29	28	9	32	1.88
25776256--25776764	142	3.5	139	80	15	567	30	28	8	32	1.87
25776248--25776764	189	2.7	189	81	14	575	30	28	9	32	1.88
25776312--25776791	93	4.9	96	70	24	227	31	27	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25780441--25780619	40	4.5	40	85	0	214	25	26	21	26	2.00
25782076--25782713	47	13.6	47	91	3	1011	29	28	8	33	1.86
25784203--25784227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25785886--25785925	16	2.5	16	100	0	80	50	0	5	45	1.23
25794442--25794508	33	1.9	33	82	8	80	46	10	31	11	1.75
25809651--25809687	12	3.1	12	92	7	58	37	24	13	24	1.91
25818901--25819120	39	5.6	39	84	6	229	25	22	27	25	2.00
25818940--25819143	78	2.6	77	81	8	202	27	21	25	25	1.99
25821720--25821770	25	2.0	25	88	7	77	33	23	11	31	1.91
25821736--25821783	25	1.9	25	86	0	69	41	20	8	29	1.81
25834849--25834994	37	3.9	37	95	0	238	26	30	19	24	1.98
25835205--25835687	47	10.1	47	88	4	680	26	29	12	31	1.93
25835205--25835687	147	3.3	144	91	2	740	26	29	12	31	1.93
25835536--25835610	22	3.3	22	65	17	62	26	32	12	29	1.92
25835511--25835588	25	3.2	25	63	17	65	30	32	8	28	1.88
25837872--25838050	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
25841098--25841219	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
25841070--25841670	47	12.6	47	93	1	825	28	29	9	33	1.88
25843126--25843245	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
25843825--25843933	57	1.9	58	88	1	166	28	28	19	23	1.98
25844145--25844535	40	9.8	40	92	0	631	25	29	21	23	1.99
25845802--25845945	37	3.9	37	95	0	234	26	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25846155--25846638	47	10.1	47	87	5	664	26	29	12	31	1.93
25846155--25846616	147	3.2	146	91	5	717	26	29	12	31	1.93
25846490--25846564	23	3.2	23	63	22	57	25	32	13	29	1.93
25846186--25846667	243	2.0	239	88	5	647	28	28	12	31	1.92
25848824--25848996	85	2.0	85	98	0	337	27	26	8	38	1.84
25863561--25863608	21	2.3	21	82	7	53	33	4	16	45	1.67
25868349--25868536	51	3.7	51	83	3	211	30	27	17	24	1.97
25875871--25875916	22	2.1	22	84	15	60	41	4	0	54	1.20
25875882--25875914	16	2.1	16	88	11	50	42	3	0	54	1.15
25885265--25885299	16	2.2	16	90	5	54	22	20	11	45	1.82
25892374--25892437	30	2.2	29	81	10	76	17	23	0	59	1.37
25893441--25893495	12	4.6	12	95	0	92	12	0	5	81	0.84
25897393--25897549	30	5.3	30	77	6	140	40	13	22	23	1.89
25897413--25897607	30	6.6	30	74	7	148	42	14	22	21	1.88
25897531--25897607	29	2.6	29	82	12	102	45	14	24	15	1.83
25897393--25897639	119	2.1	119	85	0	332	39	14	24	21	1.90
25909830--25909888	22	2.7	22	91	0	91	22	33	16	27	1.95
25912295--25912332	20	1.9	20	88	0	58	31	15	5	47	1.68
25915471--25915661	50	3.7	50	77	6	161	27	20	26	24	1.99
25921641--25921785	50	2.9	50	89	0	209	25	24	31	18	1.97
25921648--25921882	50	4.7	50	77	9	178	27	22	28	21	1.99
25921654--25921833	100	1.8	100	80	4	220	27	22	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25921754--25921882	49	2.6	47	79	6	132	29	20	26	23	1.99
25932038--25932074	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
25939398--25939520	49	2.5	49	80	6	133	29	21	26	22	1.99
25939342--25939526	50	3.7	49	76	7	144	27	22	25	24	2.00
25939736--25939774	20	2.0	20	89	0	60	58	5	17	17	1.56
25955983--25956043	18	3.3	18	68	4	59	26	4	8	60	1.45
25955983--25956053	22	3.5	22	71	25	84	26	5	7	60	1.45
25955980--25956053	37	2.0	37	97	0	139	25	5	6	62	1.42
25957120--25957298	96	1.9	95	81	3	216	32	30	19	17	1.95
25958703--25958740	20	1.9	19	85	15	51	13	18	28	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170