genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   

This is table  90  of  170  ( 20315 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28191683--28191748	32	2.1	32	88	5	98	36	19	0	43	1.51
28193313--28193423	40	2.8	40	83	5	152	33	13	28	24	1.93
28197145--28197197	13	4.2	12	90	7	79	69	1	7	20	1.22
28197145--28197197	25	2.1	25	92	0	88	69	1	7	20	1.22
28198264--28198341	18	4.4	17	73	9	66	57	3	26	11	1.51
28205514--28205586	29	2.5	29	97	0	137	45	12	9	32	1.74
28210239--28210311	29	2.5	29	93	0	128	46	10	9	32	1.71
28211427--28211488	20	3.1	20	65	9	54	29	20	30	19	1.97
28211379--28211488	40	2.8	40	87	1	159	34	16	28	20	1.94
28220545--28220583	20	2.0	20	85	10	53	51	25	7	15	1.70
28225642--28225676	12	2.9	12	86	0	52	65	0	22	11	1.24
28226297--28226334	18	2.1	18	100	0	76	26	15	23	34	1.95
28244160--28244194	17	2.1	17	88	0	52	37	2	0	60	1.12
28249228--28249341	40	2.8	40	81	5	124	35	15	21	27	1.94
28249385--28249571	41	4.6	41	77	0	185	20	14	28	36	1.92
28249408--28249559	82	1.9	82	87	0	223	23	15	26	34	1.94
28249546--28249596	26	2.0	26	84	0	66	7	9	39	43	1.67
28249387--28249760	189	2.0	190	82	0	453	20	16	28	35	1.94
28249423--28249718	148	2.0	149	86	2	416	20	15	27	36	1.93
28249592--28249816	41	5.5	41	89	0	288	23	19	25	31	1.98
28249484--28249677	107	1.8	108	88	1	300	20	14	27	37	1.92
28250164--28250198	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28250453--28250499	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
28250453--28250493	15	2.8	15	88	3	57	29	0	31	39	1.57
28250446--28250527	21	3.8	22	68	7	53	26	0	32	40	1.57
28250518--28250558	21	2.0	21	90	0	64	26	2	43	26	1.67
28250875--28250914	21	1.9	21	89	0	62	20	0	37	42	1.52
28259762--28259812	15	3.5	15	78	10	61	3	21	1	72	1.11
28259766--28259808	14	2.9	15	82	6	52	4	23	2	69	1.18
28259772--28259816	14	3.1	14	80	3	54	2	24	2	71	1.09
28261900--28261935	13	2.8	13	87	12	56	16	5	2	75	1.12
28261903--28261940	12	3.1	12	92	3	58	18	7	2	71	1.23
28276502--28276613	50	2.2	50	79	0	125	29	22	26	21	1.99
28280586--28280628	22	2.0	22	90	0	68	25	11	4	58	1.52
28280634--28280681	25	2.0	24	83	4	60	39	0	2	58	1.10
28283958--28283994	18	2.0	19	89	5	58	8	40	0	51	1.32
28286370--28286415	21	2.2	21	100	0	92	47	26	13	13	1.78
28289051--28289098	17	2.8	17	84	12	55	45	4	18	31	1.68
28289062--28289098	17	2.2	16	90	9	56	43	2	18	35	1.65
28291917--28292089	54	3.1	55	90	8	264	44	8	24	22	1.81
28293200--28293418	40	5.6	40	83	7	261	25	21	27	26	1.99
28297872--28297910	20	2.0	19	85	5	51	7	43	0	48	1.31
28300244--28300283	20	2.0	20	100	0	80	45	25	15	15	1.84
28302872--28302919	17	2.8	17	84	12	55	45	4	18	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28302883--28302919	17	2.2	16	90	9	56	43	2	18	35	1.65
28308298--28308340	22	2.0	22	90	0	68	25	11	4	58	1.52
28308346--28308393	25	2.0	24	83	4	60	39	0	2	58	1.10
28311730--28311766	18	2.0	19	89	5	58	8	40	0	51	1.32
28314143--28314188	21	2.2	21	100	0	92	47	26	13	13	1.78
28316824--28316871	17	2.8	17	84	12	55	45	4	18	31	1.68
28316835--28316871	17	2.2	16	90	9	56	43	2	18	35	1.65
28318567--28318636	33	2.1	33	82	10	81	55	2	7	34	1.42
28319833--28319882	26	1.9	26	91	0	82	14	4	38	44	1.63
28320287--28320373	44	2.0	44	83	2	111	22	26	19	31	1.98
28320395--28321241	44	19.6	44	68	12	297	28	26	17	27	1.98
28320255--28320722	217	2.2	213	89	3	706	28	25	18	27	1.98
28320563--28321239	129	5.2	129	73	12	541	29	26	17	25	1.98
28320741--28321026	85	3.3	86	70	11	255	29	25	17	27	1.98
28320817--28321110	89	3.4	88	70	10	244	27	27	19	25	1.98
28320871--28321289	218	1.9	218	93	0	714	28	26	18	25	1.98
28321281--28321722	129	3.4	129	92	0	731	25	24	19	30	1.98
28322977--28323033	8	7.5	8	84	13	68	17	12	0	70	1.17
28322984--28323032	22	2.2	22	89	7	73	18	12	0	69	1.19
28322976--28323033	16	3.9	15	82	14	75	17	12	0	70	1.16
28323887--28323911	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
28334991--28335095	55	1.9	56	80	9	126	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28339563--28339749	50	3.8	50	89	0	259	18	33	20	27	1.96
28339770--28339864	44	2.2	44	94	0	163	24	21	12	42	1.87
28347703--28348221	260	2.0	259	90	4	821	36	10	15	37	1.82
28351143--28351190	11	4.4	11	94	0	78	22	8	39	29	1.83
28356595--28356834	41	5.7	41	80	6	225	22	17	26	33	1.96
28360739--28361392	41	15.6	40	73	11	276	22	16	25	36	1.94
28360779--28361349	84	6.8	84	91	0	901	22	15	25	37	1.93
28360784--28361397	42	14.6	42	74	9	511	21	16	25	36	1.94
28369648--28369707	31	1.9	32	86	6	88	11	18	30	40	1.86
28373399--28373434	13	2.8	13	95	0	63	22	5	11	61	1.50
28377268--28377410	66	2.2	66	82	2	171	13	21	16	47	1.82
28377267--28377416	33	4.5	33	70	0	120	14	22	16	46	1.83
28380082--28380186	20	5.3	19	71	11	86	14	36	20	29	1.92
28380047--28380460	79	5.2	79	88	1	605	18	30	17	33	1.94
28380277--28380453	20	8.9	19	69	15	65	17	31	17	33	1.93
28380047--28380487	40	11.1	40	80	4	473	18	30	17	33	1.94
28385262--28385456	50	3.9	50	76	2	160	23	29	21	26	1.99
28390881--28391121	50	4.7	50	80	5	250	26	21	28	22	1.99
28404810--28404864	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
28405960--28405984	12	2.1	12	100	0	50	16	36	8	40	1.77
28416303--28416348	20	2.3	20	88	0	74	36	15	23	23	1.93
28416312--28416368	20	2.9	19	84	5	60	36	17	26	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28417954--28418001	24	2.0	24	91	0	78	31	35	6	27	1.82
28419666--28419709	22	1.9	24	86	9	65	50	13	13	22	1.77
28426392--28426430	18	2.2	18	90	9	62	71	0	20	7	1.10
28426420--28426487	33	2.1	33	100	0	136	58	2	26	11	1.47
28428229--28428300	33	2.1	34	92	2	119	38	6	13	40	1.72
28435388--28435428	20	2.0	20	85	0	55	78	2	12	7	1.06
28445430--28445477	25	1.9	25	91	8	80	43	12	22	20	1.86
28448279--28448318	17	2.3	18	87	8	57	62	0	25	12	1.30
28452257--28452305	6	8.0	6	82	13	64	2	18	0	79	0.83
28452480--28452518	16	2.3	16	86	8	51	20	15	25	38	1.92
28453939--28453987	20	2.5	20	82	0	71	26	32	14	26	1.94
28454054--28454111	23	2.4	25	75	18	61	29	0	12	58	1.34
28457074--28457539	233	2.0	233	98	0	896	38	20	15	25	1.92
28459551--28459594	22	1.9	24	81	9	56	29	13	13	43	1.83
28473329--28473429	23	4.3	23	68	13	71	8	22	1	66	1.30
28484167--28484429	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
28484206--28484464	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
28488693--28488901	27	7.8	27	85	5	271	30	24	11	33	1.91
28488691--28488901	81	2.6	80	88	5	300	30	24	12	33	1.92
28500395--28500437	18	2.4	18	88	7	61	51	4	6	37	1.50
28500405--28500441	18	2.1	18	100	0	74	51	5	5	37	1.48
28501367--28501512	73	2.0	73	98	0	283	39	25	16	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508643--28508774	66	2.0	66	92	0	219	40	9	22	27	1.84
28510948--28511014	16	4.2	16	76	0	62	47	4	19	28	1.68
28510995--28511084	46	2.0	44	83	12	112	32	5	22	40	1.77
28511174--28511310	61	2.3	58	87	7	186	52	2	0	43	1.21
28511174--28511348	61	2.9	58	83	8	183	52	2	0	45	1.18
28517815--28517844	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
28518020--28518061	17	2.5	17	96	0	75	26	38	14	21	1.91
28521459--28521486	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
28521936--28521973	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
28525572--28525622	25	2.0	25	88	0	75	47	17	15	19	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170