genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16189945--16190043	26	3.7	26	85	5	110	32	22	16	29	1.95
16189965--16190043	26	3.0	26	90	5	124	30	24	15	30	1.95
16189976--16190080	27	3.9	28	83	10	139	32	23	15	28	1.95
16191437--16191509	7	10.4	7	95	0	119	1	30	0	68	0.98
16193201--16193230	15	1.9	16	93	6	53	66	6	6	20	1.38
16194197--16194292	19	4.6	22	76	16	71	41	15	5	37	1.70
16194233--16194324	19	4.8	19	91	0	130	38	17	9	34	1.83
16194210--16194323	57	1.9	59	84	7	151	39	16	8	35	1.80
16194874--16195297	44	9.7	45	71	14	192	26	24	20	28	1.99
16194969--16195253	84	3.3	83	73	12	279	28	24	20	26	1.99
16194882--16195297	173	2.4	173	82	5	500	27	23	20	28	1.99
16195490--16195593	50	2.1	50	83	0	127	25	25	21	26	1.99
16195661--16195780	44	2.7	44	86	10	165	28	25	19	27	1.98
16195780--16196068	88	3.3	88	88	1	377	20	24	26	28	1.99
16197870--16198130	47	5.5	47	93	1	414	28	30	9	31	1.88
16201318--16201558	40	6.1	40	87	1	342	26	28	21	24	1.99
16201611--16201685	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
16204106--16204318	47	4.5	47	91	2	320	28	30	9	31	1.88
16204106--16204318	96	2.3	93	90	2	318	28	30	9	31	1.88
16206950--16207127	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16206971--16207126	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16209862--16210065	88	2.3	88	91	0	318	22	23	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16211397--16211429	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
16212253--16212307	26	2.2	26	83	3	67	60	5	12	21	1.53
16218315--16218347	16	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
16218323--16218347	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16218792--16218887	19	4.6	22	76	16	71	41	15	5	37	1.70
16218805--16218891	19	4.4	19	86	5	111	41	14	6	36	1.73
16219411--16219872	44	10.6	45	73	13	270	26	23	21	29	1.99
16219544--16219828	84	3.3	84	74	12	299	28	24	20	26	1.99
16219457--16219872	173	2.4	173	82	7	520	26	23	21	28	1.99
16220065--16220159	50	1.9	50	84	0	127	23	26	21	29	1.99
16220236--16220357	44	2.8	43	86	5	156	29	23	18	28	1.97
16220371--16220669	88	3.4	87	92	0	499	20	23	28	27	1.99
16220368--16220664	44	6.8	44	62	6	127	20	23	28	27	1.99
16220906--16220956	23	2.3	22	80	6	66	52	7	7	31	1.59
16221485--16221628	38	3.7	38	92	3	225	39	16	8	35	1.79
16221485--16221628	57	2.5	57	89	4	216	39	16	8	35	1.79
16221508--16221628	19	6.4	19	95	0	215	38	16	9	35	1.80
16224582--16224648	26	2.6	26	80	0	80	31	26	14	26	1.95
16239124--16239280	56	2.8	55	87	3	224	43	14	7	35	1.72
16239496--16239532	8	4.6	8	90	9	58	0	10	0	89	0.49
16239485--16239533	25	2.0	25	88	8	73	0	12	0	87	0.54
16239484--16239532	19	2.6	19	84	15	66	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16244581--16244637	29	1.9	29	82	3	69	38	14	14	33	1.85
16244669--16244735	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
16257357--16257407	20	2.5	20	80	3	57	64	1	0	33	1.05
16257832--16257889	29	2.0	29	82	0	71	51	10	15	22	1.73
16258952--16258982	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
16259101--16259125	11	2.3	11	100	0	50	44	12	0	44	1.41
16271412--16271446	17	2.1	17	94	0	61	48	5	0	45	1.26
16272142--16272269	4	31.0	4	75	18	95	67	0	32	0	0.90
16272133--16272287	18	7.9	19	71	19	97	65	0	34	0	0.93
16272141--16272278	5	29.6	5	73	16	70	66	0	33	0	0.92
16272263--16272328	29	2.3	28	80	15	73	69	0	30	0	0.88
16272144--16272305	39	4.2	39	78	20	157	67	0	32	0	0.91
16272165--16272330	80	2.0	81	85	10	223	69	0	30	0	0.88
16278982--16279016	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
16279137--16279176	11	3.7	11	86	6	64	0	30	0	70	0.88
16279139--16279177	21	1.9	20	94	5	69	0	30	0	69	0.89
16279261--16279333	27	2.7	27	84	0	92	12	27	27	32	1.92
16279383--16279450	27	2.6	25	82	15	84	44	0	10	45	1.38
16281893--16281932	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
16281895--16281946	12	4.1	12	85	14	61	71	0	0	28	0.87
16282155--16282193	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
16282217--16282306	45	2.0	45	95	0	162	21	21	5	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16282436--16282511	21	3.7	21	89	3	111	35	10	10	43	1.74
16282449--16282512	19	3.3	19	84	4	83	35	12	9	42	1.75
16293085--16293180	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
16293719--16293759	19	2.2	19	91	4	66	90	4	4	0	0.56
16293722--16293777	21	2.7	21	82	0	58	82	7	8	1	0.92
16293746--16293792	18	2.6	17	83	9	67	76	8	12	2	1.09
16293764--16293809	22	2.1	21	88	4	65	78	8	10	2	1.05
16293742--16293818	39	2.0	40	87	7	113	74	11	12	1	1.15
16293719--16293759	13	3.2	13	89	6	57	90	4	4	0	0.56
16293804--16293872	23	2.9	23	82	8	75	71	10	17	1	1.21
16293732--16293871	51	2.6	51	78	16	133	75	10	13	1	1.12
16295939--16296034	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
16300642--16300750	41	2.7	41	83	0	128	29	22	20	28	1.98
16304289--16304333	21	2.1	22	87	4	65	62	0	0	37	0.96
16304266--16304342	25	3.3	22	70	24	59	57	1	0	41	1.07
16304623--16304841	41	5.3	41	85	1	269	16	24	25	33	1.96
16304728--16304882	82	1.9	82	80	0	184	15	26	23	34	1.95
16304627--16304902	123	2.2	123	79	6	283	17	25	25	32	1.97
16305423--16305460	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
16305727--16305753	14	1.9	14	100	0	54	37	3	14	44	1.63
16307372--16307518	66	2.2	66	85	4	190	40	17	29	13	1.87
16307489--16307559	21	3.4	21	84	0	79	35	18	42	4	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16307915--16308095	43	4.2	43	75	6	161	24	16	30	27	1.97
16308068--16308333	128	2.1	128	82	0	325	24	27	22	25	2.00
16312841--16312870	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
16314721--16314756	17	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
16315527--16315575	21	2.2	23	82	7	57	44	2	4	48	1.33
16315534--16315575	23	1.9	21	85	9	57	47	0	2	50	1.14
16315813--16315860	21	2.2	22	82	14	64	62	0	2	35	1.07
16315813--16315899	10	8.4	10	71	12	68	60	2	3	33	1.26
16315814--16315899	31	2.8	30	79	12	86	60	2	3	33	1.26
16317910--16317967	26	2.2	26	90	0	89	44	13	15	25	1.83
16327963--16328293	110	3.0	110	96	0	608	35	13	20	30	1.91
16330263--16330442	94	1.9	94	100	0	360	38	22	11	27	1.88
16348076--16348368	51	5.8	51	78	4	297	29	15	25	29	1.96
16348076--16348314	102	2.4	101	93	2	399	29	15	25	29	1.96
16348083--16348401	102	3.2	100	84	5	270	31	14	25	29	1.95
16349657--16349690	17	2.0	17	100	0	68	23	35	5	35	1.79
16353332--16353370	19	2.1	18	90	4	60	28	12	10	48	1.74
16354325--16354371	23	2.0	23	100	0	94	34	25	12	27	1.92
16357312--16357380	30	2.3	30	97	0	129	42	13	18	26	1.87
16361824--16361869	19	2.4	19	85	3	56	13	0	10	76	1.03
16364764--16365238	236	2.0	236	98	0	923	31	12	18	38	1.87
16374922--16374973	19	2.8	18	77	8	59	51	0	3	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16375123--16375191	20	3.5	20	73	11	63	47	1	0	50	1.09
16375130--16375196	19	3.3	20	74	17	59	46	1	1	50	1.19
16376831--16376867	18	2.0	19	89	5	58	37	8	13	40	1.74
16382535--16382564	7	4.3	7	91	0	51	60	16	0	23	1.36
16383808--16383851	21	2.1	21	87	8	63	40	11	9	38	1.73
16384463--16384508	19	2.6	18	83	10	58	50	13	4	32	1.61
16386830--16386905	18	4.6	16	73	14	64	11	23	1	63	1.36
16386807--16386927	33	3.6	33	78	7	111	12	28	4	54	1.58
16386864--16386921	17	3.5	17	77	13	57	10	24	5	60	1.49
16392432--16392477	19	2.6	18	83	10	58	50	13	4	32	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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