genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2737596--2737810	79	2.7	77	81	12	242	65	0	34	0	0.93
2737872--2737909	14	2.8	13	88	7	58	23	5	5	65	1.34
2744159--2744189	12	2.6	12	94	0	53	61	19	0	19	1.35
2744372--2744427	3	18.7	3	100	0	112	67	32	0	0	0.91
2744426--2744478	3	17.3	3	92	3	88	64	3	0	32	1.12
2744525--2744563	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
2744695--2744788	27	3.5	26	85	5	116	17	26	28	27	1.97
2744713--2744797	27	3.1	27	87	0	125	15	30	28	25	1.96
2744852--2744901	25	2.0	25	88	0	73	36	0	6	58	1.23
2752141--2752202	25	2.5	25	79	7	74	20	24	25	29	1.99
2753994--2754027	17	2.1	15	89	10	50	32	0	8	58	1.29
2761181--2761205	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2761315--2761395	31	2.6	31	82	5	94	50	14	6	28	1.67
2765244--2765280	16	2.3	17	81	13	51	54	0	2	43	1.14
2766768--2766830	4	15.8	4	80	6	56	22	0	4	73	1.02
2775484--2775550	32	2.0	35	83	13	88	47	5	2	43	1.43
2782989--2783102	60	1.9	60	82	8	142	44	11	6	37	1.65
2789976--2790035	32	1.9	32	96	3	113	35	3	13	48	1.59
2795403--2795437	8	4.4	8	88	0	52	25	11	22	40	1.88
2795404--2795437	12	2.8	12	86	0	50	26	11	23	38	1.89
2799961--2800010	18	2.6	19	78	15	59	44	0	0	56	0.99
2806398--2806447	21	2.3	21	80	10	57	38	4	0	58	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809660--2809703	22	2.0	22	86	0	61	9	11	13	65	1.46
2813438--2813968	265	2.0	265	99	0	1044	24	13	16	45	1.83
2815116--2815142	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
2824189--2824235	22	2.1	22	84	7	60	36	2	4	57	1.30
2824284--2824464	93	2.0	93	94	1	319	48	7	4	40	1.51
2824494--2824534	16	2.6	16	88	0	64	43	4	4	46	1.46
2824508--2824569	22	2.7	23	87	5	81	46	1	3	48	1.28
2824683--2824723	20	2.0	20	100	0	82	39	24	0	36	1.56
2824883--2824925	23	1.9	22	86	13	61	39	4	4	51	1.44
2836006--2836050	22	2.0	22	95	0	81	40	0	8	51	1.33
2835972--2836113	63	2.3	61	81	11	162	42	3	13	40	1.61
2836320--2836354	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2845805--2845869	31	2.1	31	88	0	94	23	40	21	15	1.91
2853313--2853379	29	2.3	30	86	2	100	52	13	2	31	1.55
2857148--2857192	23	2.0	23	86	8	65	46	6	6	40	1.56
2859200--2859344	41	3.3	41	68	20	121	41	5	3	49	1.43
2859216--2859363	42	3.1	51	63	25	140	39	6	3	50	1.46
2859171--2859364	92	2.1	92	100	0	388	39	7	4	48	1.50
2859361--2859708	9	40.9	9	67	15	134	45	20	4	30	1.70
2859171--2859420	92	2.7	90	88	7	272	41	9	4	45	1.56
2859527--2859648	16	8.0	16	68	20	82	45	18	5	29	1.73
2859547--2859678	25	5.3	25	71	5	70	43	20	5	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865189--2865297	21	5.2	21	86	0	74	34	18	42	4	1.71
2865209--2865297	42	2.1	42	85	0	115	33	17	43	4	1.70
2865651--2866006	43	8.3	42	71	10	184	23	18	30	28	1.97
2865675--2866006	86	3.9	85	79	7	328	23	18	30	27	1.98
2865651--2866006	130	2.8	129	75	6	290	23	18	30	28	1.97
2866386--2866433	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2868133--2868188	21	2.9	21	75	21	59	3	37	23	35	1.72
2869976--2870045	9	7.8	9	93	0	104	22	10	27	40	1.86
2870205--2870229	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
2871208--2871255	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
2873930--2873972	18	2.4	18	84	3	52	6	18	32	41	1.77
2874034--2874197	72	2.3	72	88	4	242	24	5	13	56	1.58
2875853--2875908	24	2.3	24	78	0	67	53	5	7	33	1.51
2875937--2875971	18	1.9	18	94	0	61	54	2	5	37	1.39
2876408--2876439	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
2877767--2877853	44	2.0	42	82	4	102	27	22	16	33	1.95
2877760--2878582	132	6.2	132	93	0	1308	27	22	18	31	1.97
2878188--2878519	44	7.5	44	66	14	173	26	23	18	30	1.98
2878555--2878857	46	6.6	46	88	2	423	30	27	15	27	1.96
2878572--2878980	138	3.1	135	83	10	536	30	26	15	27	1.96
2878825--2878890	33	2.0	33	93	0	114	37	18	19	24	1.93
2878858--2878978	46	2.6	46	90	0	188	32	23	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880040--2880086	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
2883315--2883443	66	2.0	66	98	0	249	17	17	36	27	1.93
2884044--2884097	6	8.3	6	80	15	63	0	20	0	79	0.73
2884048--2884092	13	3.1	15	78	21	60	0	20	0	80	0.72
2884047--2884098	21	2.6	21	87	6	81	0	21	0	78	0.74
2884102--2884145	13	3.4	13	84	15	56	15	2	9	72	1.19
2888512--2888588	13	5.9	13	74	6	75	35	25	6	32	1.82
2891469--2891553	42	2.0	42	95	0	152	34	21	21	23	1.97
2891530--2891576	23	2.0	23	100	0	94	23	17	25	34	1.96
2891488--2891610	65	1.9	65	98	0	237	29	20	23	26	1.99
2891549--2891880	42	7.9	42	80	6	300	31	20	20	27	1.98
2891549--2891884	84	4.0	84	79	5	331	31	20	20	27	1.97
2892192--2892262	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
2895335--2895410	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
2900285--2900817	7	62.0	9	62	33	98	32	0	20	46	1.53
2900330--2900827	26	20.1	26	85	11	613	32	0	20	47	1.52
2900320--2900825	169	3.0	169	92	4	797	32	0	20	47	1.53
2900330--2900827	52	10.0	51	86	9	685	32	0	20	47	1.52
2900864--2901013	73	2.1	73	100	0	300	41	6	1	50	1.37
2900895--2901007	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
2901159--2901229	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
2901158--2901229	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2901201--2901344	40	3.5	40	87	7	216	46	2	9	40	1.51
2901318--2901515	17	10.6	17	71	23	132	41	1	12	44	1.51
2901274--2901398	57	2.1	57	88	5	178	42	1	12	44	1.51
2901335--2901441	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
2901234--2901495	97	2.6	99	95	3	458	43	1	11	43	1.51
2901375--2901524	57	2.6	57	95	2	266	42	1	11	44	1.48
2902859--2902898	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
2903882--2904082	84	2.4	83	93	2	330	29	17	19	32	1.95
2904467--2904492	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
2905103--2905803	112	6.3	112	94	1	1174	26	28	19	25	1.98
2905103--2905803	223	3.1	223	94	0	1188	26	28	19	25	1.98
2905103--2905804	335	2.1	335	93	1	1210	26	28	19	25	1.98
2905751--2905867	40	2.9	40	93	0	189	20	30	15	33	1.94
2907093--2907126	18	2.0	16	88	11	50	52	5	0	41	1.25
2915054--2915177	51	2.4	51	91	0	203	26	25	14	33	1.94
2935645--2935683	18	2.1	19	85	4	53	28	2	7	61	1.37
2935654--2935689	18	2.0	17	89	10	54	27	0	8	63	1.23
2935678--2935702	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2936072--2936096	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2940577--2940750	63	2.8	63	83	1	224	28	23	17	30	1.97
2941322--2941359	12	2.9	13	88	11	60	78	0	21	0	0.74
2942562--2942619	28	2.1	28	100	0	116	32	13	18	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2948688--2949057	122	3.0	125	83	7	458	30	14	20	33	1.93
2956980--2957010	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
2957019--2957060	20	2.1	20	86	0	57	28	16	14	40	1.88
2962231--2962285	19	2.9	19	81	10	60	16	3	3	76	1.07
2962232--2962284	27	2.0	27	84	0	70	16	1	3	77	1.01
2963872--2963949	5	15.0	5	72	17	52	16	1	6	75	1.07
2971275--2971317	19	2.2	20	88	12	63	55	6	0	37	1.27
2972368--2972469	30	3.4	31	79	5	111	29	21	3	45	1.70
2972735--2972784	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
2972738--2972780	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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