genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18898391--18898615	114	2.0	114	97	0	423	44	10	6	39	1.64
18899296--18899343	18	2.7	17	78	9	60	39	16	2	41	1.60
18904088--18904118	12	2.6	12	100	0	62	32	0	6	61	1.21
18909448--18909863	44	9.5	44	74	9	334	29	20	21	27	1.98
18909619--18909863	133	1.8	133	88	1	375	28	20	22	27	1.99
18911756--18911808	18	2.9	18	80	0	70	37	16	1	43	1.60
18912449--18912888	219	2.0	217	95	0	799	34	22	15	27	1.94
18916292--18916339	23	2.1	22	88	3	69	54	6	27	12	1.61
18924905--18925096	43	4.5	42	80	7	183	32	23	14	29	1.94
18924928--18925148	44	5.1	43	73	13	170	33	23	14	28	1.93
18924900--18925096	85	2.3	86	80	9	215	32	24	14	28	1.94
18924933--18925115	43	4.2	44	80	8	189	33	22	14	28	1.94
18927817--18927875	27	2.2	27	87	0	82	32	6	20	40	1.78
18931523--18931561	20	1.9	21	85	15	55	28	20	5	46	1.72
18942147--18942239	42	2.2	42	92	3	152	29	17	26	26	1.97
18943161--18943188	13	2.2	13	100	0	56	14	14	21	50	1.78
18948403--18948499	28	3.4	27	78	2	86	43	21	15	19	1.88
18948451--18948636	98	1.9	98	87	0	273	37	23	18	21	1.94
18965786--18965953	73	2.3	73	82	7	189	33	21	15	29	1.94
18965786--18965990	39	5.5	38	78	10	192	34	20	14	29	1.93
18969713--18969751	20	2.0	20	89	0	60	46	0	20	33	1.51
18971407--18971444	14	2.7	15	88	8	53	23	23	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18971719--18971759	18	2.2	19	91	4	66	39	0	0	60	0.96
18971716--18971760	19	2.3	20	85	11	67	37	0	0	62	0.96
18983226--18983377	33	4.5	33	83	3	180	40	33	8	17	1.80
18990140--18990261	23	5.3	23	69	11	79	33	21	18	26	1.96
18990147--18990254	46	2.3	46	88	0	153	32	21	21	25	1.98
18990708--18990767	30	2.0	29	83	6	75	31	21	5	41	1.75
19000966--19001108	33	4.4	33	84	5	175	41	30	10	16	1.82
19000976--19001108	65	2.0	66	84	7	173	41	30	11	17	1.84
19004572--19004884	73	4.2	74	78	5	285	33	19	15	31	1.92
19004572--19004862	109	2.6	109	84	2	357	34	19	15	30	1.93
19004572--19004875	36	8.2	36	78	6	245	33	19	15	31	1.93
19009553--19009582	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
19021945--19022118	85	2.0	85	98	0	339	43	6	17	31	1.76
19023733--19023761	15	1.9	15	100	0	58	13	34	27	24	1.93
19024497--19024566	27	2.6	27	79	0	86	25	27	12	34	1.92
19027463--19027506	16	2.9	15	77	9	54	38	0	2	59	1.10
19038936--19039052	44	2.6	44	82	1	126	29	22	21	27	1.99
19039999--19040091	48	1.9	48	85	8	127	39	25	13	20	1.90
19042514--19042607	48	2.0	48	83	8	120	39	26	13	20	1.90
19045885--19045935	15	3.4	15	75	20	61	19	19	35	25	1.95
19045890--19045938	13	3.5	13	75	20	53	18	18	36	26	1.94
19045878--19045938	30	2.0	30	100	0	122	16	19	37	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19045882--19045946	30	2.2	30	94	0	112	16	16	35	30	1.92
19049431--19049553	50	2.5	50	78	0	120	21	29	22	26	1.99
19065531--19065714	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
19065532--19065714	40	4.6	40	83	8	214	24	22	27	25	2.00
19065583--19065747	79	2.1	78	83	5	208	26	20	27	26	1.99
19072117--19072292	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
19073456--19073676	79	2.8	79	84	5	261	26	20	27	25	1.99
19073421--19073641	40	5.6	40	85	5	279	24	21	28	25	1.99
19078553--19078800	137	1.8	138	87	0	372	44	6	7	41	1.58
19099488--19099788	27	11.2	27	83	0	352	43	21	15	19	1.88
19108761--19108802	15	2.7	16	77	7	50	57	2	0	40	1.12
19109620--19109777	50	3.2	50	93	0	271	20	32	20	25	1.97
19111670--19111842	86	2.0	86	100	0	346	31	18	6	43	1.76
19112683--19112750	30	2.2	31	84	2	84	25	19	7	48	1.74
19123829--19123911	43	1.9	43	85	0	112	28	27	20	22	1.99
19130764--19130955	100	1.9	100	88	2	287	21	30	20	27	1.98
19130764--19130955	50	3.8	50	85	2	251	21	30	20	27	1.98
19136086--19136115	13	2.3	13	94	0	51	36	10	3	50	1.53
19136265--19136428	87	1.9	90	82	8	212	46	2	4	46	1.37
19136937--19137240	72	4.2	71	80	2	295	47	13	5	33	1.66
19136937--19137240	143	2.1	144	79	5	337	47	13	5	33	1.66
19139324--19139372	22	2.3	23	82	13	68	63	12	2	22	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19139509--19139606	25	3.8	25	82	2	115	24	10	44	20	1.82
19139504--19139606	50	2.0	52	84	3	138	23	9	46	20	1.80
19139619--19139708	35	2.6	34	82	10	94	35	1	34	28	1.65
19139648--19139737	35	2.6	35	76	11	87	38	2	31	27	1.69
19139779--19139873	40	2.3	41	85	1	129	14	20	18	46	1.84
19141113--19141177	30	2.2	30	83	5	80	30	7	24	36	1.84
19141469--19141659	41	4.6	42	79	5	147	26	15	24	33	1.95
19141515--19141707	44	4.6	42	77	9	178	22	18	25	33	1.96
19141514--19141703	84	2.2	84	83	6	233	22	17	26	34	1.96
19151308--19151362	26	2.1	26	86	10	76	52	0	32	14	1.42
19152485--19152536	22	2.4	22	96	0	95	32	21	15	30	1.94
19153712--19153754	12	3.5	12	77	3	50	65	0	25	9	1.22
19160829--19161011	40	4.6	40	85	1	235	33	18	30	18	1.94
19167384--19167593	104	2.0	104	98	0	402	27	22	12	36	1.91
19169998--19170083	20	4.3	20	71	0	55	38	16	22	23	1.93
19169998--19170116	60	2.0	60	83	0	148	38	17	22	21	1.93
19171965--19172309	51	6.8	49	79	5	339	30	24	14	29	1.95
19171970--19172309	102	3.4	101	85	3	407	30	25	14	29	1.95
19171965--19172315	153	2.3	150	81	3	400	30	25	14	30	1.95
19172782--19172843	30	2.1	30	84	6	81	27	24	6	41	1.79
19174406--19174462	20	2.8	20	89	0	87	26	28	1	43	1.65
19179011--19179154	40	3.6	40	78	9	125	23	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19185812--19185836	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
19186843--19186972	39	3.3	38	74	13	106	23	20	27	28	1.99
19190177--19190472	27	11.0	27	79	6	273	43	20	18	17	1.88
19195109--19195555	27	16.6	27	83	3	463	43	20	18	17	1.88
19195737--19195807	26	2.7	26	86	0	97	15	23	22	38	1.93
19197042--19197082	18	2.3	18	82	0	55	60	2	4	31	1.30
19197454--19197540	27	3.1	27	75	15	70	58	2	2	36	1.23
19199513--19199608	42	2.3	42	87	1	131	27	20	25	27	1.99
19220229--19220404	32	5.5	32	71	15	123	40	22	17	19	1.91
19220229--19220353	64	2.0	63	84	4	162	41	22	16	20	1.90
19220222--19220435	32	6.7	32	71	14	93	38	20	18	22	1.93
19226070--19226106	18	2.2	18	85	9	51	37	8	16	37	1.78
19246033--19246072	12	3.3	12	82	0	53	15	22	2	60	1.47
19246098--19246190	33	2.8	32	75	12	89	17	21	0	61	1.35
19246144--19246226	21	4.0	21	78	4	80	8	22	0	68	1.16
19247072--19247102	12	2.7	12	95	5	55	0	12	0	87	0.55
19247109--19247148	19	2.0	20	85	4	55	60	5	5	30	1.40
19247144--19247181	13	2.8	14	88	8	60	21	5	2	71	1.19
19250406--19250463	29	2.0	29	86	0	80	43	1	5	50	1.35
19250412--19250472	29	2.1	28	84	3	77	42	1	3	52	1.27
19251270--19251341	18	3.8	20	72	20	64	50	0	11	38	1.38
19251299--19251341	20	2.1	21	87	12	63	48	0	9	41	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19252571--19252695	35	3.6	34	76	11	112	37	14	25	22	1.92
19253090--19253125	18	2.0	18	88	0	54	27	5	0	66	1.13
19259770--19259832	24	2.6	25	80	9	60	31	33	12	22	1.91
19263166--19263212	23	2.0	23	100	0	94	48	4	4	42	1.42
19275224--19275275	26	2.0	26	85	7	70	36	17	5	40	1.73
19275417--19275544	50	2.6	50	81	8	156	33	20	22	23	1.97
19275417--19275556	25	5.7	24	71	12	79	35	20	22	22	1.96
19278652--19278737	40	2.2	40	86	0	118	30	30	8	31	1.86
19286212--19286474	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
19286251--19286509	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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