genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24626781--24626846	20	3.3	20	68	8	62	13	34	19	31	1.91
24626765--24626946	20	9.1	20	62	5	55	18	31	18	31	1.95
24635291--24635333	22	2.0	22	95	0	77	32	11	18	37	1.87
24636010--24636051	21	2.0	21	85	0	57	33	11	2	52	1.51
24638613--24638845	50	4.7	50	80	4	231	28	20	27	23	1.99
24638605--24638838	100	2.3	100	81	5	267	29	20	27	22	1.99
24675084--24675118	13	2.7	13	90	0	52	34	14	14	37	1.86
24676468--24676558	27	3.4	27	80	3	85	26	17	14	41	1.88
24676514--24676684	27	6.3	27	83	1	182	22	12	18	46	1.82
24676484--24676650	81	2.1	82	78	7	180	23	14	19	42	1.88
24678194--24678246	22	2.4	22	90	0	79	16	47	13	22	1.82
24681412--24681592	40	4.5	40	88	1	256	18	31	18	31	1.95
24681428--24681492	20	3.2	20	68	8	60	13	35	18	32	1.90
24682313--24682342	12	2.5	12	88	0	51	33	40	20	6	1.78
24686877--24686928	22	2.4	22	93	0	86	32	15	19	32	1.93
24687599--24687639	21	2.0	21	90	0	64	36	12	0	51	1.40
24688048--24688102	26	2.1	26	86	10	76	14	32	0	52	1.42
24697614--24697643	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
24697721--24697915	42	4.6	42	79	10	164	34	24	19	21	1.96
24697766--24697919	84	1.8	84	86	5	222	34	23	18	23	1.96
24699633--24699728	40	2.4	41	83	1	131	41	19	23	14	1.89
24708111--24708294	50	3.7	49	83	2	206	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24708114--24708294	100	1.8	100	85	0	254	28	19	30	22	1.98
24739282--24739320	19	2.0	20	90	9	64	33	0	2	64	1.08
24739282--24739331	21	2.5	19	81	12	55	36	0	2	62	1.07
24748013--24748049	19	1.9	19	94	0	65	29	8	0	62	1.24
24750118--24750147	6	5.0	6	100	0	60	16	0	33	50	1.46
24757832--24758056	40	5.7	40	90	5	307	24	21	27	26	1.99
24765927--24766151	40	5.7	40	89	3	296	25	21	26	26	1.99
24765927--24766184	120	2.2	119	81	6	292	26	20	26	26	1.99
24767941--24768066	40	3.2	40	78	3	110	22	22	20	34	1.96
24777778--24777826	24	2.0	24	100	0	98	28	0	20	51	1.48
24783406--24783460	22	2.5	23	80	11	62	12	9	3	74	1.18
24784595--24784649	28	2.0	28	82	7	67	61	1	30	5	1.29
24791099--24791139	16	2.7	16	88	7	59	51	0	7	41	1.30
24797445--24797482	16	2.4	16	86	4	51	47	15	0	36	1.46
24799016--24799213	50	3.8	50	82	4	198	27	21	28	22	1.99
24799027--24799213	100	1.8	104	80	6	229	26	20	29	22	1.99
24816605--24816956	40	8.8	40	88	1	454	25	21	26	25	1.99
24820892--24821164	48	5.6	48	90	0	420	33	6	28	31	1.82
24820892--24821210	96	3.3	96	92	3	493	33	7	28	31	1.84
24820892--24821210	144	2.2	146	85	3	432	33	7	28	31	1.84
24820942--24821250	48	6.5	47	81	9	156	34	8	27	29	1.86
24820898--24821268	144	2.6	142	81	9	380	34	7	28	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24821413--24821564	37	4.1	37	93	0	232	23	19	30	25	1.98
24822838--24823096	40	6.5	40	91	0	412	25	20	27	26	1.99
24822847--24823096	119	2.1	120	95	0	448	25	20	27	26	1.99
24825257--24825376	36	3.3	36	82	5	136	15	9	30	45	1.77
24826316--24826354	8	4.8	8	84	15	53	35	2	10	51	1.50
24831577--24831625	18	2.6	18	83	6	62	48	2	4	44	1.33
24831639--24831686	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
24832044--24832368	161	2.0	161	96	0	605	27	20	24	28	1.99
24833106--24833149	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
24834113--24834144	16	2.0	16	100	0	64	31	12	0	56	1.37
24835280--24835309	14	2.1	14	93	0	51	16	43	0	40	1.48
24836788--24836838	13	3.6	14	76	10	50	43	0	1	54	1.11
24837768--24837910	41	3.5	41	81	1	135	19	21	25	32	1.97
24850136--24850351	106	2.0	106	99	0	423	32	12	25	29	1.92
24876802--24876834	15	2.2	15	94	0	57	45	3	18	33	1.65
24877802--24877848	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
24878334--24878455	53	2.3	54	87	7	169	45	21	14	18	1.85
24878334--24878459	27	4.7	26	79	4	135	44	21	15	19	1.86
24880129--24880660	50	10.7	50	74	8	413	31	26	17	24	1.97
24880136--24880684	149	3.7	149	96	0	1001	30	27	17	24	1.97
24882749--24882827	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
24882945--24883102	49	3.2	49	96	2	284	30	30	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24883373--24883430	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
24884740--24884781	20	2.2	19	86	4	57	33	14	35	16	1.89
24887089--24887236	69	2.2	67	87	4	208	23	29	21	25	1.99
24889221--24889260	17	2.4	17	86	0	53	20	0	27	52	1.46
24891447--24891481	17	2.1	17	100	0	70	28	40	5	25	1.78
24904865--24904921	25	2.2	28	78	15	68	3	15	3	77	1.05
24907032--24907075	17	2.5	18	79	17	56	27	4	0	68	1.09
24909020--24909102	42	2.0	42	85	0	112	45	2	21	30	1.65
24921393--24921446	25	2.1	26	83	10	67	31	5	1	61	1.30
24929459--24929497	18	2.2	18	85	0	51	28	10	15	46	1.78
24938243--24938289	20	2.3	20	88	0	76	44	23	0	31	1.54
24947313--24947338	12	2.2	12	100	0	52	23	19	7	50	1.73
24947746--24947816	30	2.3	30	92	4	115	26	9	16	46	1.79
24965979--24966031	18	2.7	20	80	14	65	69	1	16	11	1.26
24965978--24966031	19	2.7	21	80	13	69	70	1	16	11	1.25
24971764--24971850	38	2.3	38	84	6	104	51	6	4	36	1.49
24977948--24978187	50	4.7	50	78	9	184	28	22	26	22	1.99
24985866--24985933	27	2.5	27	82	0	73	23	22	27	26	1.99
25009606--25009830	27	8.5	26	76	12	144	23	20	20	36	1.95
25009605--25009816	80	2.7	81	87	2	286	24	20	20	35	1.96
25009635--25009829	53	3.7	52	86	1	246	24	20	20	35	1.96
25012044--25012131	44	2.0	44	90	0	140	36	15	21	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25023349--25023524	56	3.1	56	97	0	325	44	8	23	22	1.80
25024652--25024876	40	5.7	40	84	5	269	25	21	27	25	2.00
25040112--25040154	20	2.2	19	83	4	50	46	23	6	23	1.76
25041756--25041795	20	2.1	19	85	4	53	27	5	5	62	1.37
25055657--25055693	18	2.0	20	84	10	51	45	21	0	32	1.52
25058848--25059019	28	6.1	28	75	6	159	37	21	16	25	1.93
25058870--25058924	27	2.0	27	89	0	83	34	29	14	21	1.93
25058847--25059112	28	9.2	29	71	14	131	34	21	15	27	1.94
25060284--25060325	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25060393--25060444	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25060513--25060564	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25060278--25060689	120	3.4	120	96	1	747	49	5	1	42	1.37
25060730--25060790	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
25060737--25060880	47	3.1	46	66	23	113	48	4	2	45	1.33
25060705--25060912	91	2.3	90	89	4	317	46	4	3	46	1.39
25060730--25060872	44	3.2	44	68	20	114	47	3	2	46	1.31
25060755--25060893	47	3.0	47	69	17	137	48	4	2	44	1.34
25062319--25062345	11	2.5	11	100	0	54	51	25	0	22	1.48
25075896--25076129	124	1.9	123	93	0	405	26	21	24	27	1.99
25077308--25077372	25	2.7	24	69	4	58	32	15	29	23	1.95
25083019--25083074	21	2.8	19	79	12	51	53	0	5	41	1.24
25087748--25087793	22	2.1	22	95	0	83	36	6	19	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25099268--25099314	19	2.5	19	82	6	51	53	4	2	40	1.32
25102183--25102212	2	15.5	2	93	6	53	0	46	0	53	1.00
25113457--25113645	38	5.0	38	86	0	234	38	26	17	16	1.92
25126585--25126621	9	4.1	9	85	0	56	48	10	8	32	1.67
25127001--25127040	20	2.0	21	85	9	57	22	30	0	47	1.52
25131199--25131402	29	7.0	28	77	7	185	35	14	26	23	1.93
25131178--25131334	58	2.7	58	85	1	181	36	14	25	23	1.92
25131262--25131402	57	2.4	57	83	8	178	34	14	27	23	1.94
25131294--25131434	30	4.8	30	81	6	139	34	12	29	24	1.91
25135030--25135106	29	2.6	28	93	4	127	40	14	27	18	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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