genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22829164--22829228	18	3.5	17	75	21	60	1	13	1	83	0.80
22831511--22831544	12	2.8	12	81	0	50	8	23	23	44	1.81
22831686--22831732	19	2.5	20	86	6	62	42	10	21	25	1.85
22835005--22835126	61	2.0	60	95	1	217	13	15	5	64	1.46
22837186--22837225	19	2.0	20	86	13	57	47	0	5	47	1.24
22837174--22837240	20	3.2	21	75	10	57	50	0	5	43	1.26
22838292--22838324	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
22838723--22839047	41	8.0	41	78	4	316	31	24	21	22	1.98
22839146--22839258	40	2.8	39	76	8	109	20	20	21	38	1.94
22839406--22839440	17	2.1	17	94	0	61	14	5	2	77	1.07
22841439--22841477	19	2.1	19	85	9	53	46	5	0	48	1.24
22841677--22841718	21	2.0	22	90	4	68	11	23	0	64	1.27
22841674--22841725	21	2.3	23	77	12	63	11	23	0	65	1.25
22842990--22843101	55	2.0	55	100	0	224	34	1	20	42	1.63
22843218--22843262	22	2.0	22	100	0	90	37	0	13	48	1.42
22843549--22843618	20	3.5	20	84	0	95	12	24	18	44	1.85
22847850--22847886	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22848246--22848276	16	1.9	16	93	0	53	25	29	0	45	1.54
22848532--22848606	37	2.0	39	81	5	91	44	2	0	53	1.14
22856073--22856159	21	4.2	21	73	1	77	28	35	14	20	1.93
22868529--22868586	30	1.9	30	82	6	73	41	5	25	27	1.76
22868925--22869246	102	3.1	103	88	2	470	18	19	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22876457--22876865	103	4.0	103	88	1	633	20	18	28	33	1.96
22876470--22876865	204	1.9	206	92	1	670	20	18	27	33	1.96
22876781--22876991	33	6.0	33	67	24	128	19	19	27	32	1.97
22876665--22877000	178	1.9	178	92	0	566	19	19	28	32	1.96
22876781--22876940	76	2.1	75	92	1	266	20	20	26	32	1.97
22876793--22876965	76	2.4	73	87	6	228	20	19	28	32	1.96
22880760--22880820	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
22906283--22906336	23	2.4	22	84	9	72	48	22	7	22	1.75
22910956--22910997	18	2.3	18	87	0	57	42	7	26	23	1.80
22911143--22911224	41	2.0	41	100	0	164	31	21	21	24	1.98
22914977--22915074	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
22915005--22915087	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
22914977--22915088	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
22920678--22920855	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
22920678--22920855	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
22920699--22920854	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
22928758--22928935	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
22928758--22928935	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
22928779--22928934	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
22934741--22934965	40	5.6	40	89	4	269	26	26	21	25	1.99
22938926--22939034	52	2.1	52	91	3	175	37	16	12	33	1.87
22945682--22945780	49	2.0	49	100	0	198	32	10	14	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22953928--22954019	38	2.4	39	90	3	150	45	9	8	35	1.68
22960141--22960229	46	2.0	43	82	12	108	35	3	22	38	1.71
22961520--22961546	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22965473--22965512	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
22965496--22965535	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
22965481--22965547	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
22971372--22971471	50	2.0	50	100	0	200	30	14	26	30	1.94
22971525--22971596	25	2.9	25	80	12	85	40	16	22	20	1.91
22971511--22971599	25	3.6	24	76	13	83	37	16	23	22	1.94
22977528--22977685	85	1.9	85	84	10	216	25	22	22	29	1.99
22977577--22977955	129	2.9	129	88	1	519	25	19	22	32	1.97
22977751--22977943	44	4.5	44	71	8	153	27	17	20	33	1.95
22992143--22992183	20	2.1	19	90	4	64	46	0	17	36	1.48
22993058--22993176	50	2.4	50	95	0	211	22	15	22	39	1.91
22998112--22998149	20	1.9	20	84	10	51	26	10	2	60	1.43
22998183--22998599	107	3.9	108	86	4	580	29	15	18	36	1.91
23006116--23006305	45	4.2	45	87	0	245	32	16	23	28	1.96
23006318--23006759	85	5.2	84	76	10	401	29	22	22	25	1.99
23006318--23006766	44	10.5	43	74	10	348	29	22	22	25	1.99
23006396--23006773	129	2.9	129	91	1	605	29	22	22	25	1.99
23008726--23009153	107	4.0	107	89	1	626	30	15	17	36	1.91
23013740--23013777	20	1.9	20	100	0	76	47	5	26	21	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23015680--23015742	29	2.2	29	91	0	99	23	25	12	38	1.90
23016962--23017000	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
23024337--23024375	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
23024626--23024816	50	3.7	50	82	4	202	24	26	21	27	1.99
23031602--23031777	27	6.5	26	84	5	199	19	16	18	45	1.86
23031600--23031777	54	3.3	54	83	0	221	20	16	17	44	1.86
23031601--23031777	81	2.2	81	89	2	275	20	16	18	45	1.86
23033677--23033994	146	2.2	146	81	3	343	26	14	20	38	1.91
23034138--23034182	19	2.4	19	88	0	63	35	44	2	17	1.62
23036424--23036475	13	4.0	13	82	5	61	44	7	1	46	1.43
23036447--23036565	63	1.9	63	96	0	220	42	8	6	42	1.61
23036583--23036675	37	2.5	37	92	1	150	44	12	0	43	1.43
23036656--23037138	9	53.6	9	73	15	369	44	19	1	34	1.58
23036757--23036839	12	6.6	12	70	24	55	45	21	2	30	1.65
23036730--23036859	64	2.0	66	93	6	228	45	20	2	31	1.64
23036865--23036931	28	2.4	28	97	0	125	46	14	2	35	1.61
23042663--23042711	21	2.3	21	82	0	62	40	14	34	10	1.79
23042702--23042726	12	2.1	12	100	0	50	44	16	40	0	1.47
23043170--23043465	85	3.5	83	85	6	323	27	22	19	30	1.98
23043254--23043465	42	5.0	42	88	3	309	26	23	19	30	1.98
23043171--23043463	127	2.3	126	83	5	342	27	22	19	30	1.98
23043256--23043482	84	2.7	86	90	3	352	27	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23052165--23052277	41	2.8	41	95	0	208	25	21	27	25	1.99
23059901--23060013	41	2.8	41	95	0	208	25	21	27	25	1.99
23060708--23060833	63	2.0	63	98	0	243	23	16	28	30	1.96
23065523--23065800	147	1.9	147	82	4	355	44	10	4	40	1.59
23066175--23066207	15	2.3	14	94	5	57	84	0	15	0	0.61
23074738--23074949	40	5.3	40	86	3	268	23	20	27	28	1.99
23078865--23079089	51	4.4	52	77	7	205	29	25	17	27	1.97
23086417--23086447	4	7.8	4	92	0	53	48	3	0	48	1.17
23092930--23093129	27	7.4	27	78	10	180	43	20	18	18	1.89
23092930--23093129	54	3.7	54	82	5	244	43	20	18	18	1.89
23092927--23093129	81	2.5	81	85	4	259	43	19	18	18	1.88
23095505--23095572	31	2.2	31	84	7	84	22	17	23	36	1.94
23095528--23095572	15	2.9	15	76	3	54	20	17	24	37	1.93
23100108--23100144	20	1.9	18	89	10	56	54	5	0	40	1.24
23101009--23101063	27	2.0	27	82	6	67	43	3	1	50	1.30
23113549--23113798	124	2.0	122	86	6	351	42	13	16	28	1.85
23120625--23120661	17	2.2	17	90	0	56	29	18	21	29	1.97
23120808--23120961	78	2.0	78	89	2	238	30	12	20	37	1.89
23123421--23123569	75	2.0	75	87	0	217	40	16	14	28	1.88
23123421--23123599	75	2.4	75	83	1	207	39	18	13	28	1.89
23129329--23129356	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
23134399--23134424	10	2.6	10	100	0	52	15	0	15	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23134832--23134864	17	1.9	17	88	11	50	42	0	3	54	1.15
23147192--23147902	44	16.4	43	67	16	292	28	19	23	28	1.98
23147172--23147982	217	3.7	217	94	0	1415	28	19	22	28	1.98
23148293--23148355	33	1.9	33	90	3	101	47	30	7	14	1.72
23151248--23151307	30	2.0	30	84	9	79	33	5	8	53	1.53
23152528--23152575	15	3.4	14	83	11	62	10	0	41	47	1.37
23152528--23152578	7	7.3	7	86	8	68	9	0	41	49	1.36
23153177--23153213	18	2.0	19	94	5	67	13	0	37	48	1.43
23153038--23153702	225	3.0	222	90	5	1001	35	2	18	43	1.65
23155058--23155094	18	2.1	18	89	0	56	40	10	27	21	1.86

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