genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1737246--1737271	6	4.3	6	100	0	52	69	15	0	15	1.20
1740217--1740293	41	1.9	40	83	2	100	31	5	10	53	1.57
1743868--1743913	20	2.3	20	96	0	83	15	4	26	54	1.59
1746583--1746643	31	2.0	31	86	0	86	42	6	11	39	1.67
1749491--1749557	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
1752713--1752956	42	5.8	42	85	0	247	32	21	20	25	1.98
1752718--1753081	84	4.3	83	84	1	293	28	22	21	27	1.99
1752801--1753081	126	2.2	126	85	0	364	25	23	21	29	1.99
1752843--1753081	42	5.7	42	91	0	388	24	23	21	31	1.98
1756939--1757369	227	1.9	227	81	7	518	29	23	20	27	1.99
1756939--1757395	114	4.0	113	75	8	392	29	23	19	27	1.98
1766077--1766136	30	2.0	30	100	0	120	26	26	26	20	1.99
1766897--1766945	16	3.1	16	72	21	57	40	4	26	28	1.74
1766881--1766954	32	2.3	32	90	0	121	45	2	24	27	1.66
1766964--1767052	39	2.3	38	90	5	135	39	15	14	30	1.88
1771349--1771407	19	3.1	19	85	2	73	30	8	3	57	1.45
1775376--1775415	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
1783470--1784066	100	6.0	100	91	1	928	29	21	24	23	1.99
1783520--1784080	50	11.2	50	68	6	319	29	21	24	24	1.99
1785760--1785818	19	3.1	19	85	2	73	30	8	3	57	1.45
1788200--1788245	16	2.9	16	73	23	51	41	4	28	26	1.74
1788184--1788257	32	2.3	32	88	0	112	45	2	25	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1788267--1788354	38	2.3	38	92	3	142	36	15	15	31	1.90
1793819--1793850	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1793964--1794227	45	5.9	45	94	0	411	39	15	19	25	1.91
1794848--1794972	64	2.0	63	92	7	209	45	16	21	16	1.85
1794847--1794976	61	2.1	59	87	9	197	47	15	20	16	1.82
1795982--1796038	18	3.0	18	76	7	51	71	1	17	8	1.19
1797859--1797890	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
1798004--1798222	45	4.9	45	90	0	321	39	15	19	26	1.91
1798004--1798222	90	2.4	90	91	0	366	39	15	19	26	1.91
1800395--1800446	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
1810820--1810875	24	2.4	22	78	18	60	55	7	5	32	1.50
1810817--1810876	25	2.6	23	75	12	59	53	6	5	35	1.49
1813184--1813273	45	2.0	45	97	0	171	41	20	13	25	1.88
1815548--1815590	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
1819575--1819619	22	2.0	22	95	0	81	42	8	6	42	1.62
1820027--1820251	74	3.0	74	96	1	405	30	12	12	44	1.80
1820839--1820878	18	2.4	16	87	8	53	25	0	2	72	0.97
1829014--1829063	23	2.1	23	82	10	57	62	0	4	34	1.14
1831354--1831404	22	2.3	22	79	0	57	5	13	21	58	1.56
1839195--1839275	41	2.0	42	87	2	119	44	6	1	48	1.35
1843595--1843635	22	1.9	21	85	5	55	19	4	4	70	1.24
1847555--1847614	25	2.4	24	81	8	75	40	43	1	15	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1852661--1852703	22	1.9	23	85	4	61	39	0	2	58	1.11
1857263--1857355	46	2.0	46	97	0	177	45	22	10	21	1.83
1860047--1860088	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
1864033--1864102	23	3.0	23	80	2	86	28	11	17	42	1.83
1864062--1864121	23	2.6	23	76	5	68	33	10	16	40	1.82
1864363--1864402	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
1886981--1887013	17	1.9	17	93	0	57	45	6	24	24	1.75
1888677--1888718	12	3.7	11	81	12	50	76	7	4	11	1.15
1888670--1888739	24	3.2	22	76	11	72	78	4	4	12	1.04
1893252--1893309	27	2.1	27	83	0	71	44	12	6	36	1.68
1894175--1894199	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
1898658--1898719	4	15.5	4	100	0	124	25	0	24	50	1.50
1899832--1899975	71	2.0	71	97	0	270	28	14	23	33	1.94
1900541--1900621	42	1.9	42	92	0	135	43	9	24	22	1.83
1905533--1905569	18	2.1	18	90	5	58	29	5	8	56	1.51
1907166--1907264	43	2.3	43	91	0	153	30	29	18	22	1.97
1908285--1908376	46	2.0	46	84	2	121	40	10	19	29	1.86
1911471--1911613	40	3.6	40	84	4	164	30	18	18	32	1.96
1911863--1911931	27	2.5	27	77	11	68	46	13	1	39	1.52
1912102--1912138	14	2.6	15	83	12	51	37	37	0	24	1.56
1912319--1912352	15	2.3	15	100	0	68	29	29	5	35	1.81
1912388--1912427	21	1.9	21	84	0	53	35	37	2	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1912811--1913079	41	6.6	41	79	5	258	32	25	18	23	1.97
1912811--1913094	83	3.5	80	77	9	272	32	25	18	23	1.97
1912810--1913079	124	2.2	122	79	3	290	32	25	18	24	1.97
1918706--1918751	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
1919085--1919135	20	2.6	19	77	19	59	17	1	5	74	1.11
1920041--1920088	15	3.3	15	86	11	64	14	20	4	60	1.51
1931861--1931894	17	2.0	17	100	0	68	29	11	23	35	1.90
1935252--1935301	23	2.2	23	100	0	100	40	4	12	44	1.60
1939444--1939589	42	3.5	42	87	2	177	25	16	28	29	1.97
1944119--1944323	42	4.9	43	78	12	185	26	14	26	32	1.95
1944117--1944323	84	2.5	85	76	11	212	27	14	26	32	1.95
1944719--1944923	42	4.9	43	79	12	194	26	15	26	31	1.95
1944717--1944923	84	2.5	85	76	11	221	27	14	26	31	1.95
1944030--1945176	600	1.9	600	98	0	2213	32	11	23	31	1.91
1947643--1947846	42	4.9	42	79	12	181	26	14	26	31	1.95
1947650--1947787	42	3.3	42	88	5	183	26	16	26	30	1.97
1948242--1948446	42	4.9	43	79	12	194	26	15	26	31	1.95
1948240--1948446	84	2.5	85	76	11	221	27	14	26	31	1.95
1947554--1948699	600	1.9	599	99	0	2265	31	11	24	31	1.91
1949887--1949925	19	2.0	21	85	10	55	58	2	0	38	1.12
1951161--1951365	42	4.9	43	79	12	194	26	15	26	31	1.95
1951159--1951365	84	2.5	85	76	11	221	27	14	26	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1951761--1951965	42	4.9	43	79	12	194	26	15	26	31	1.95
1951759--1951965	84	2.5	85	76	11	221	27	14	26	31	1.95
1951072--1952218	600	1.9	600	99	0	2267	31	11	24	31	1.91
1953406--1953444	19	2.0	21	85	10	55	58	2	0	38	1.12
1954737--1954793	28	2.0	28	96	0	105	21	15	35	28	1.94
1959349--1959554	42	4.9	42	79	9	197	25	16	28	30	1.97
1966994--1967178	101	1.8	102	89	5	295	24	18	26	30	1.98
1966986--1967184	51	3.9	52	80	8	223	24	19	27	29	1.98
1969268--1969330	31	2.0	31	90	0	99	49	0	15	34	1.45
1974478--1974514	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1974727--1974786	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
1979340--1979367	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1983197--1983222	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
1987402--1987427	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
1989223--1989344	28	4.4	28	83	1	147	31	21	24	22	1.98
1989732--1990281	27	20.6	27	79	8	238	21	16	21	40	1.91
1989759--1990284	54	9.9	53	80	8	322	20	16	22	40	1.91
1989761--1990298	81	6.7	80	79	7	443	21	16	21	40	1.91
1990114--1990153	20	2.0	20	90	9	64	20	10	30	40	1.85
1996344--1996397	20	2.7	20	85	5	74	42	20	9	27	1.82
2008853--2008918	18	3.5	17	71	25	53	40	0	3	56	1.15
2008887--2008916	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013135--2013214	39	2.1	39	90	0	124	25	10	22	42	1.84
2018416--2018754	35	9.3	36	80	8	357	24	22	15	38	1.92
2018418--2018754	73	4.7	72	84	5	362	24	22	15	37	1.92
2018416--2018734	108	2.9	109	86	5	387	24	22	15	37	1.93
2018416--2018754	146	2.3	146	83	6	406	24	22	15	38	1.92
2018423--2018754	181	1.8	183	84	3	465	24	21	15	38	1.92
2018877--2018901	12	2.1	12	100	0	50	36	16	40	8	1.77
2020817--2020933	59	2.0	59	96	0	216	24	8	12	53	1.66
2021590--2021823	36	5.6	45	75	19	238	35	13	22	29	1.92
2021590--2021823	82	2.9	82	92	1	384	35	13	22	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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