genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29137849--29137927	37	2.1	35	82	13	88	54	10	7	27	1.61
29138010--29138208	60	3.3	61	81	12	184	25	15	15	43	1.85
29144092--29144122	14	2.1	15	94	5	55	6	0	12	80	0.89
29144600--29144871	44	6.3	44	71	10	152	29	19	19	31	1.96
29144600--29144994	212	1.9	213	88	3	600	29	20	18	31	1.96
29144982--29145672	128	5.4	128	91	1	1055	24	22	19	32	1.98
29146955--29146999	7	6.4	7	82	14	58	15	15	0	68	1.21
29146955--29146999	13	3.2	15	84	12	60	15	15	0	68	1.21
29147816--29147898	6	13.2	6	74	17	62	4	16	2	75	1.08
29149240--29149276	14	2.6	15	79	16	51	75	2	18	2	1.04
29149773--29149850	22	3.7	23	78	18	80	37	7	2	52	1.44
29149773--29149852	40	1.9	42	82	7	101	37	7	2	52	1.43
29150064--29150104	13	3.0	14	79	13	50	41	0	0	58	0.98
29150043--29150118	28	2.7	28	74	10	82	39	2	5	52	1.38
29154862--29154901	20	2.1	19	90	4	62	75	12	7	5	1.18
29155285--29155334	7	7.0	7	78	17	50	68	0	18	14	1.22
29155279--29155325	21	2.2	21	81	7	60	74	0	14	10	1.07
29155418--29155510	42	2.2	42	92	3	152	32	11	25	30	1.92
29156778--29157251	44	10.8	44	67	13	224	29	17	24	28	1.97
29156714--29157419	132	5.5	132	90	3	1059	28	18	24	28	1.98
29157204--29157419	117	1.8	117	91	0	360	27	20	23	28	1.99
29159100--29159269	61	2.7	64	80	13	201	32	6	8	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29159360--29159434	26	2.7	28	74	16	75	41	2	5	50	1.39
29170255--29170303	21	2.2	22	82	17	66	34	2	0	63	1.06
29171072--29171726	45	14.5	45	93	3	1093	28	21	16	33	1.95
29171072--29171726	91	7.2	91	94	2	1117	28	21	16	33	1.95
29171074--29171850	227	3.5	228	93	4	1278	28	22	15	33	1.95
29171700--29171752	26	2.0	26	100	0	106	18	30	9	41	1.82
29171655--29171798	71	2.0	72	93	1	245	25	25	13	35	1.93
29171727--29171850	46	2.7	46	98	0	239	29	23	13	33	1.93
29175550--29175659	55	2.0	55	92	0	184	40	11	10	37	1.77
29180419--29180528	55	2.0	55	94	0	193	40	11	10	37	1.75
29185307--29185339	16	2.0	17	88	5	50	45	36	0	18	1.49
29185424--29185497	39	1.9	39	83	2	96	40	24	9	25	1.85
29189257--29189335	32	2.5	32	84	8	92	18	2	7	70	1.22
29195662--29195714	25	2.1	25	85	0	70	64	1	0	33	1.05
29197104--29197146	18	2.4	18	88	0	59	41	46	0	11	1.40
29197244--29197301	9	6.4	9	81	15	75	29	8	20	41	1.82
29197350--29197398	25	2.0	25	95	0	89	53	20	6	20	1.67
29208517--29208552	17	2.1	18	89	5	56	8	22	5	63	1.43
29216403--29216427	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
29219138--29219204	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
29220377--29220410	16	2.1	16	94	0	59	8	17	2	70	1.25
29221552--29221665	56	2.0	56	100	0	228	49	19	3	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29224569--29224616	11	4.4	11	78	19	55	50	0	4	45	1.21
29224782--29224821	20	2.0	20	95	0	71	35	17	10	37	1.83
29226013--29226104	22	4.2	22	86	5	105	30	28	0	41	1.56
29226013--29226104	44	2.1	44	84	8	116	30	28	0	41	1.56
29226103--29226157	22	2.5	22	76	2	67	40	29	0	30	1.57
29226189--29226244	28	2.0	29	92	3	96	37	0	1	60	1.07
29226189--29226252	28	2.2	29	88	2	94	37	0	1	60	1.06
29228516--29228605	23	3.8	24	73	7	76	42	25	0	32	1.55
29228599--29228850	28	9.4	28	88	6	362	47	25	0	27	1.52
29228751--29228793	23	2.0	20	95	4	59	48	20	0	30	1.50
29228826--29228878	23	2.7	18	72	25	52	45	20	0	33	1.52
29232018--29232218	85	2.4	85	93	0	348	33	22	19	23	1.97
29232127--29232408	125	2.3	125	80	4	318	33	22	13	30	1.93
29236580--29236604	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
29237868--29238963	551	2.0	551	92	0	1843	25	10	20	43	1.84
29246739--29247178	51	8.7	51	79	5	444	29	15	26	29	1.96
29246739--29247184	102	4.4	102	89	1	646	29	15	26	29	1.96
29254104--29254149	16	3.0	16	90	6	69	10	32	0	56	1.34
29254308--29254347	13	3.2	13	77	22	50	80	2	12	5	0.98
29254308--29254359	24	2.2	24	82	6	61	76	1	17	3	1.02
29266027--29266067	15	2.7	15	85	10	57	75	9	12	2	1.13
29266872--29266915	22	2.0	23	90	4	72	56	18	0	25	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29273461--29273502	19	2.2	19	83	8	50	52	4	4	38	1.44
29275572--29275636	22	2.8	23	77	17	64	60	0	3	36	1.13
29279687--29279731	22	2.0	22	100	0	90	28	17	13	40	1.88
29279692--29279742	22	2.3	22	89	0	75	29	21	9	39	1.85
29285608--29285634	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29285725--29285758	17	1.9	18	94	5	61	32	38	29	0	1.58
29286386--29286486	50	2.0	50	84	3	132	32	16	11	38	1.86
29287426--29287455	13	2.3	13	94	0	51	40	0	3	56	1.16
29288559--29288627	31	2.3	29	81	13	79	50	5	4	39	1.46
29289682--29289745	3	21.0	3	72	15	51	60	1	7	29	1.34
29289770--29289807	19	2.0	20	85	15	53	57	0	13	28	1.36
29290956--29290993	17	2.1	19	90	9	62	2	2	15	78	0.97
29291198--29291839	44	14.5	44	75	2	496	30	21	16	31	1.96
29291198--29291845	133	4.9	133	75	3	507	30	21	17	31	1.96
29291254--29291845	177	3.3	176	82	3	643	30	20	17	31	1.95
29291197--29291845	265	2.4	266	82	3	727	30	21	17	31	1.96
29292408--29292496	44	2.0	44	95	0	160	55	10	12	22	1.67
29296448--29296725	50	5.5	50	82	5	265	28	19	28	24	1.98
29301268--29301328	3	20.0	3	73	9	52	60	1	8	29	1.35
29301353--29301390	19	2.0	20	85	15	53	57	0	13	28	1.36
29302606--29302649	16	2.5	17	82	17	54	6	2	15	75	1.12
29306281--29306336	27	2.1	27	83	6	69	55	3	5	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29306351--29306383	12	2.8	12	86	4	50	72	3	0	24	0.98
29308056--29308109	20	2.7	20	85	0	63	35	7	5	51	1.53
29308714--29308875	86	1.9	84	84	2	216	30	14	11	43	1.81
29310677--29310736	30	2.0	30	83	0	75	26	30	28	15	1.96
29318047--29318076	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
29326411--29326462	20	2.6	20	85	11	79	32	5	7	53	1.53
29326909--29326955	22	2.1	23	88	4	69	27	2	4	65	1.22
29338490--29338523	11	2.9	11	91	8	50	35	0	0	64	0.94
29360085--29360130	3	16.0	3	91	8	78	67	0	32	0	0.91
29360046--29360130	20	4.4	20	75	16	74	65	1	30	2	1.12
29360085--29360136	14	3.6	14	89	2	77	65	0	32	1	1.04
29360065--29360130	11	5.9	11	84	10	80	65	1	30	3	1.17
29361718--29361789	30	2.5	28	76	12	83	36	15	12	36	1.85
29364360--29364434	36	2.1	36	100	0	150	53	10	0	36	1.36
29366815--29366952	41	3.4	41	82	4	161	39	24	16	19	1.92
29372762--29373123	46	8.6	44	81	13	344	29	21	13	35	1.91
29372894--29373082	36	5.0	36	80	12	225	31	20	11	37	1.87
29372805--29373123	82	3.9	82	83	12	379	30	21	12	36	1.90
29372851--29373087	118	2.0	118	91	1	386	30	20	12	36	1.89
29383916--29384282	104	3.6	103	92	3	598	30	30	20	18	1.96
29384158--29384209	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
29384605--29384668	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29384612--29384668	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
29391726--29391776	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
29391488--29391854	103	3.6	104	94	2	627	30	30	20	18	1.97
29392181--29392244	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
29392188--29392244	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
29394558--29394710	45	3.4	45	81	7	168	16	23	15	43	1.87
29394558--29394813	45	5.7	45	77	9	164	20	20	16	42	1.89
29394600--29394813	45	4.8	44	77	9	182	21	19	17	42	1.90
29394739--29394863	45	2.8	45	78	4	126	24	19	13	42	1.87
29397312--29397489	90	2.0	90	81	0	212	34	21	15	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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